Day4-蓝色柠檬

今天开始学习R语言基础，我曾经用过R跑过基因的单倍型分析，代码都是固定的，（依托文献如下），但是我只是单纯的能跑通这些代码，但是对于很多代码的含义并不熟悉，对于某些代码是否有更简洁的表述方式，这个还需要积累。目前能做的就是从基础入手，逐渐丰富自己的基础知识。

geneHapR: an R package for gene haplotypic statistics and visualization

一、R与RStudio的安装

从下面的链接中，转到官网，之后依次下载R和RStudio。https://posit.co/download/rstudio-desktop/ 注意安装路径不要有中文。（最好电脑用户名也要是英文的）。

二、认识R与RStudio

此部分摘抄自【生信星球】

R是一种编程语言，也是统计计算和绘图的环境，它汇集了许多函数，能够提供强大的功能。R语言软件界面简陋，通常不直接使用（注意但并不是不可以操作，也是可以输入代码进行工作的），而是用图形界面的Rstudio。 RStudio是免费提供的开源集成开发环境（IDE）。RStudio提供了一个具有很多功能的环境，使R更容易使用，是在终端中使用R的绝佳选择。其界面分为四个部分，界面编辑器（左上）、控制台：脚本运行和结果显示（左下）、environment：对象/变量列表和history：历史命令（右上）、文件/图片/帮助/包（右下）

三、RStudio基本操作

3.1简单图形绘制

其中rnorm(50)表示，随机正态分布，取50个值

plot(rnorm(50)) #必应查查plot和runif什么意思

plot()是R中最基础的画图函数对得到的数据进行画图；runif()R语言中的函数用于创建均匀分布的随机偏差。用法： runif(n, min, max)。参数：n:表示观察次数，是范围内均匀分布的数，min, max:表示分布的下限和上限；rnorm(n, mean, sd) ,n:表示观察次数，mean, sd:表示分布的平均值和方差，是范围内正态分布的数；rnorm与runif的区别见网站所示：https://www.cnblogs.com/liujiaxin2018/p/16271502.html

boxplot(iris$Sepal.Length~iris$Species,col = c("lightblue","lightyellow","lightpink"))

注：iris是一个R语言自带的数据框，通常用作示例。iris$Sepal.Length表示iris数据框的Sepal.Length这一列数据。

3.2设置字体大小

步骤Tools-Global options-Appearance-font size

3.3R语言基本操作

注意括号和代码都是英文字体下输入的！

setwd("") #设取工作目录
getwd("") #查看工作目录
dir() #展示设取到的工作目录中的内容
1+2/1*2/1-2 #输入任何一项按回车都可直接再结果栏展示结果（加减乘除运算）
x<- 1+2 #<-是赋值符号，这个符号的意思是把1+2的结果赋值给X
a<-3 #a的值为3
b <- 1 #b的值为1
c <- 4 #c的值为4
u <- 5+6 #u的值为11
rm(b) #删除变量，删除b
rm(u,c)  #删除u,c
rm(list = ls())#清空所有变量
ls() #输入完第12行后，看列表中的元素显示为0
#清空控制台快捷键为ctri+l

今天主要是认识了一些代码，之后我今天的其他空余时间要用更新的R去再跑一次基因单倍型分析，推进课题！