Day6-学习R包

Day6-学习R包

参考文献：生信星球

今天第六天，我爱学习，坚持学习感觉真好（暗示)

1.新的知识/概念：

R包（R package）

R包是什么？

R程序包是多个函数的集合，具有详细的说明和例子。

包含R函数，数据，帮助文档，描述文件等。

按照一定的规则，存放到网站。

为什么要安装R包？

特定的分析功能，需要用相应的程序包实现。

例如：作图包ggplot2

使用到哪个包就去安装和加载，知道要用的函数以及简单使用规律，查看帮助文档入门，统计学学到一定的程度，不要默认值，去指定值，这个过程可以调试。

目的不是学会某个具体的R包，而是找所有R包使用的规律。

R包都在哪里

通常来源三个网站

来源：知乎 ahsu

安装加载三部曲

options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))

options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")

install.packages("dplyr")

library(dplyr)

dplyr五个基础函数

1.mutate(),新增列

mutate(test, new = Sepal.Length * Sepal.Width)

2.select(),按列筛选

(1)按列号筛选

select(test,1)

(2)按列名筛选

select(test, Petal.Length, Petal.Width)

vars <- c("Petal.Length", "Petal.Width")

select(test, one_of(vars))

3.filter()筛选行

filter(test, Species == "setosa")

4.arrange(),按某1列或某几列对整个表格进行排序

arrange(test, Sepal.Length)#默认从小到大排序

arrange(test, desc(Sepal.Length))#用desc从大到小

5.summarise()：汇总

对数据进行汇总操作,结合group_by使用实用性强

summarise(test, mean(Sepal.Length), sd(Sepal.Length))

来源：csdn 铭记yu心