归一化R中的系统树
归一化R中的系统树
提问于 2011-07-27 03:50:07
在处理R中的系统发育树数据时(特别是在处理"phylo“或"phylo4”对象时)，规范化分支长度将很有用，以便某些分类群(进化较快的分类群)不会为树贡献过多的分支长度。这似乎在计算UniFrac值时很常见，可以在这里的讨论中找到：http://bmf2.colorado.edu/unifrac/help.psp。(但是，我需要的不仅仅是UniFrac值)。
但是，我找不到执行此规范化步骤的函数。我已经看过类人猿，皮坎特，阿德菲罗和藻酸酶。有没有人可以给我介绍一个包含这个函数的包，或者一个让编写这类函数变得简单的包？
回答 1
Stack Overflow用户
回答已采纳
发布于 2011-08-07 18:14:21
您是否正在寻找一个仅缩放树的分支长度的函数？如果是这样的话，类人猿的compute.brlen()就会做到这一点。Grafen的rho和all = 1都有内置的选项，你也可以提供自己的函数。
我不知道UniFrac是否做了其他类型的分支长度缩放。但如果是这样的话，你可以编写你的函数并传递它。
页面原文内容由Stack Overflow提供。腾讯云小微IT领域专用引擎提供翻译支持
原文链接：
https://stackoverflow.com/questions/6839266
复制相关文章
相似问题
腾讯云开发者
