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问使用fct_relevel排序交互级别
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Stack Overflow用户

提问于 2021-08-31 19:15:03

回答 1查看 51关注 0票数 1

我有一个为基因型(gen = "WT")和治疗(treat = "saline")提供参考水平的2×2设计。我正在尝试重用代码，而不是硬编码我的级别(我的WT将始终是引用级别，而不管我使用的是什么其他基因型)。这里是我的数据集的一个玩具例子。

library(tidyverse)
toy1 <- tidyr::expand_grid(
  gen = c("WT", "QQ"),
  treat = c("saline", "ab")
)

toy1 %>% 
  mutate(gen = fct_relevel(gen, reference="WT"),
         treat = fct_relevel(treat, reference="saline"),
         inter = interaction(gen, treat)) %>% 
  pull(inter)

这给了我

[1] WT.saline WT.ab     QQ.saline QQ.ab    
Levels: WT.saline QQ.saline WT.ab QQ.ab

这是接近的，但是我想要的输出应该是

[1] WT.saline WT.ab     QQ.saline QQ.ab    
Levels: WT.saline WT.ab QQ.saline QQ.ab

在这种情况下，tibble和级别的顺序是相同的，但不能认为这是理所当然的，而levels(inter)才是我关心的问题。

回答 1

Stack Overflow用户

回答已采纳

发布于 2021-08-31 19:18:52

我们可以用lex.order成为TRUE in interaction

toy1 %>% 
  mutate(gen = fct_relevel(gen, reference="WT"),
         treat = fct_relevel(treat, reference="saline"),
         inter = interaction(gen, treat, lex.order = TRUE)) %>% 
  pull(inter)

-output

[1] WT.saline WT.ab     QQ.saline QQ.ab    
Levels: WT.saline WT.ab QQ.saline QQ.ab

或者，我们可以在末尾添加一个factor，其中levels指定为unique值。

toy1 %>% 
  mutate(gen = fct_relevel(gen, reference="WT"),
         treat = fct_relevel(treat, reference="saline"), 
          inter = interaction(gen, treat), 
          inter = factor(inter, levels = unique(inter))) %>% 
  pull(inter)

-output

[1] WT.saline WT.ab     QQ.saline QQ.ab    
Levels: WT.saline WT.ab QQ.saline QQ.ab

票数 1

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原文链接：

https://stackoverflow.com/questions/69004221

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