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问管道python字符串到perl脚本
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Stack Overflow用户

提问于 2018-05-14 11:44:50

回答 1查看 260关注 0票数 1

我想将文件路径从Python输送到Perl脚本。虽然我熟悉Python和Bash，但我对Perl一无所知。

我有以下(示例)文件：

return.py

print( 'data/test.txt' )

uniprot.pl

use strict;
use warnings;
use LWP::UserAgent;

my $list = $ARGV[0]; # File containg list of UniProt identifiers.
my $base = 'http://www.uniprot.org';
my $tool = 'uploadlists';

my $contact = ''; # Please set your email address here to help us debug in case of problems.
my $agent = LWP::UserAgent->new(agent => "libwww-perl $contact");
push @{$agent->requests_redirectable}, 'POST';

my $response = $agent->post("$base/$tool/",
                            [ 'file' => [$list],
                              'format' => 'fasta',
                              'from' => 'ACC+ID',
                              'to' => 'ACC',
                            ],
                            'Content_Type' => 'form-data');

while (my $wait = $response->header('Retry-After')) {
  print STDERR "Waiting ($wait)...\n";
  sleep $wait;
  $response = $agent->get($response->base);
}

$response->is_success ?
  print $response->content :
  die 'Failed, got ' . $response->status_line .
    ' for ' . $response->request->uri . "\n";

当我从shell调用perl文件时，比如：perl uniprot.pl data/test.txt，它可以正常工作。

我尝试了不同的方法将python打印到这个调用，但显然是错误的：

python3 return.py | perl uniprot.pl

这将给：Failed, got 500 Internal Server Error for http://www.uniprot.org/uploadlists/。但是，正如我所知，代码工作(如上所述)，这必须是由错误的管道造成的。

python3 return.py | perl uniprot.pl -

这将给出: perl，所以看起来字符串被传递给perl文件，但是perl正在寻找一个完全不同的目录。

我更改了这一行：my $list = $ARGV[0]; --to-> my $list = <STDIN>;，然后再次调用上述命令(例如1和2)。两者都给予：Can't open file data/test.txt : No such file or directory at /usr/share/perl5/LWP/UserAgent.pm line 476.

问题如何将字符串从return.py传递给uniprot.pl

shell

perl

回答 1

Stack Overflow用户

回答已采纳

发布于 2018-05-14 12:02:36

您需要检查参数是通过命令行参数还是通过STDIN提供的。

my $file;
if (@ARGV) {
    $file = $ARGV[0];
}
else {
    chomp($file = <STDIN>); # chomp removes linebreak
}

票数 3

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原文链接：

https://stackoverflow.com/questions/50329497

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