馊主意?绘制S3类对象图
许多R对象都有与之关联的S3方法进行绘图。例如，每个R回归教程都包含以下内容：
dat <- data.frame(x=runif(10))
dat$y <- dat$x+runif(10)
my.lm <- lm( y~x, dat )
plot(my.lm)它显示回归诊断。
类似地，我有一个用于包的S3对象，它由一个列表组成，该列表基本上包含几个时间序列。我对它有一个plot.myobject方法，它可以到达列表中，拉出时间序列，并将它们绘制在同一张图上。我想把它重写成一个ggplot2函数，这样它就会更漂亮，也可能更具可扩展性。
因为这个包的目的是让没有太多R经验的人快速上手和运行，我希望这是一个带有一个参数的一行程序，就像在plot(myobject)，ggplot(myobject)，或者任何合适的版本一样。一旦他们上钩了，他们就可以了解更多关于ggplot2的知识，并根据自己的喜好定制图表。
我最初的想法是简单地用ggplot2替换plot.myobject方法的内部部分。然而，这似乎会让我失去主要的风格要点。
这是一个坏主意吗?如果是的话，为什么我应该使用，我应该使用什么替代方案？
回答 4
Stack Overflow用户
发布于 2011-08-21 16:06:56
根据Hadley在评论中的建议，我已经向ggplot2 Github存储库提交了一个通用的S3 autoplot()。因此，如果它被接受并通过检查，将来应该会有一个autoplot可用于此用途。
更新
现在可以在ggplot2中使用autoplot。
Stack Overflow用户
发布于 2011-08-18 04:28:30
在ggplot2中有一个现有的习惯用法，可以完全按照您的建议去做。它被称为fortify。它获取一个对象，并以ggplot可以使用的形式生成该对象的一个版本，即data.frame。Hadley的ggplot2一书中的第9.3节以S3对象类lm为例介绍了如何做到这一点。要查看实际操作，请在控制台中键入fortify.lm以获取以下代码：
function (model, data = model$model, ...)
{
infl <- influence(model, do.coef = FALSE)
data$.hat <- infl$hat
data$.sigma <- infl$sigma
data$.cooksd <- cooks.distance(model, infl)
data$.fitted <- predict(model)
data$.resid <- resid(model)
data$.stdresid <- rstandard(model, infl)
data
}
<environment: namespace:ggplot2>下面是我自己为tree编写fortify方法的示例，最初发布在ggplot2 mailing list上
fortify.tree <- function(model, data, ...){
require(tree)
# Uses tree:::treeco to extract data frame of plot locations
xy <- tree:::treeco(model)
n <- model$frame$n
# Lines copied from tree:::treepl
x <- xy$x
y <- xy$y
node = as.numeric(row.names(model$frame))
parent <- match((node%/%2), node)
sibling <- match(ifelse(node%%2, node - 1L, node + 1L), node)
linev <- data.frame(x=x, y=y, xend=x, yend=y[parent], n=n)
lineh <- data.frame(x=x[parent], y=y[parent], xend=x,
yend=y[parent], n=n)
rbind(linev[-1,], lineh[-1,])
}
theme_null <- opts(
panel.grid.major = theme_blank(),
panel.grid.minor = theme_blank(),
axis.text.x = theme_blank(),
axis.text.y = theme_blank(),
axis.ticks = theme_blank(),
axis.title.x = theme_blank(),
axis.title.y = theme_blank(),
legend.position = "none"
)和绘图代码。注意，传递给ggplot的数据不是data.frame，而是tree对象。
library(ggplot2)
library(tree)
data(cpus, package="MASS")
cpus.ltr <- tree(log10(perf) ~ syct+mmin+mmax+cach+chmin+chmax, cpus)
p <- ggplot(data=cpus.ltr) +
geom_segment(aes(x=x,y=y,xend=xend,yend=yend,size=n),
colour="blue", alpha=0.5) +
scale_size("n", to=c(0, 3)) +
theme_null
print(p)
Stack Overflow用户
发布于 2011-08-18 04:19:48
使用plot.myobject很容易记忆和执行。但是，如果您谈论的是已经具有plot.myobject函数的myobject，那么您可能不得不担心不同名称空间中的不同版本。但如果只是为了你自己的myobject，你不会因为我而失去任何风格点。例如，nlme包广泛地实现了这一点，不过它使用的是点阵图，而不是ggplot。
使用ggplot.myobject是另一种选择；您不必担心其他版本，除非其他人开始做同样的事情。但是，正如您所注意到的，它确实打破了ggplot的使用范例。
另一种选择是使用一个新的名称，比如gsk3plot；您永远不必担心其他版本，记住它并不太难，而且您可以根据自己的需要进行替换，而不必担心冲突。这可能是我会选择的，因为它清楚地告诉观众，这些情节是可定制的，这是一个功能，使情节以你喜欢的方式，如果他们如此倾向，他们可以挖掘并做同样的事情。
https://stackoverflow.com/questions/7098830
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