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单细胞

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美化clusterProfiler富集分析结果：enrichplot包中的cnetplot

Y叔为啥要开发cnetplot函数来画图呢，需要我们先理解一个概念：基因-概念网络 (Gene-Concept Network) GCN

生信小博士

2024-03-30

1.4K0

多样本或批次的数据整合分析时，是否需要按样本分别进行ScaleData处理？

在使用Seurat进行单细胞数据分析时，特别是处理多个样本或批次的数据时，关于是否需要按样本分别进行ScaleData处理？

生信小博士

2024-03-22

1940

两步法搞定：Python中的h5ad文件转为R中的seurat对象

AnnData对象（Python中）和Seurat对象（R中）分别是两个非常流行的单细胞RNA测序数据分析框架中的核心数据结构。

生信小博士

2024-03-22

7290

命令行一键完成所有R包更新

昨天我们发现需要更新BioManager至3.18的话，就需要更新600多个r包。R包安装失败怎么办？（一）msigdbr

生信小博士

2024-03-22

2370

获取KEGG通路的基因列表做单细胞GSEA、GSVA分析

使用KEGG通路的基因列表进行单细胞GSEA GSVA分析的过程，我们需要遵循以下步骤：

生信小博士

2024-03-22

2900

DotPlot中的Average expression图注竟然消失了

无意间发现seurat中的Dotplot画图时候，不管是在seurat的v4 还是v5版本。都存在这个“bug”：右边本该出现的Average expression图注消失了，如何把它恢复呢？

生信小博士

2024-03-22

1110

数据分析中的指鹿为马（一）

数据分析中经常会有一些模棱两可的数据出现。如何让数据“为我所用”就很需要数据处理的技巧了。

生信小博士

2024-03-22

760

无需注册，免费Linux学习机

学习生信的过程中怎么能少了Linux呢。但是很多人都是Linux新手，又不想花钱买服务器，这里有个免费的网页版Linux服务（链接在文末），足够学习基础的Linux命令！

生信小博士

2024-03-22

970

ShinyCell：随手画出细胞比例图，不会单细胞分析的小白也可以做可视化分析

鉴于有些读者对单细胞分析还不是很熟练，但是又想要看单细胞数据里某个基因的表达，或者某种细胞的分组比例，或者画umap图、画小提琴图....

生信小博士

2024-03-22

2700

Cell发表的单细胞整合方法：LIGER，很好用！

LIGER（Linked Inference of Genomic Experimental Relationships，基因实验关系的链接推断）是一个用于整合和分析多个单细胞数据集的软件包，由Macosko实验室开发，并由Welch实验室维护和扩展。它依赖于整合的非负矩阵分解技术来识别共享的和数据集特定的因子。

生信小博士

2024-03-22

1760

韦恩图还有这个功能。:可以导出Excel表格 venn

大家好，是不是有时候你画韦恩图的网页工具画出来的图特别丑，就像这样，标签都看不到，或者在圆圈里面：

生信小博士

2024-02-23

2090

Seurat包学习：如何查看R包函数源代码

我们很多时候都很好奇作者的r包是如何写出来的，手痒的时候就想学习一下源码，顺便改一改

生信小博士

2024-02-23

1460

R的seurat和python的scanpy对比学习

python r 语言

现在的单细胞分析，往往避免不了scanpy的使用，我们可以通过对比seurat来学习scanpy

生信小博士

2024-02-23

2290

seurat v5直播，一键完成五种数据整合：harmony，CCA，RPCA,FastMNN,scVI

【生物信息学】R语言，学习生信，seurat，单细胞测序，空间转录组。 Python，scanpy，cell2location，资料分享

生信小博士

2024-02-23

1.4K0

所有的样本都可以harmony合并分析吗？加测了TCR/BCR的单细胞数据能和普通的单细胞样本合并分析呢？

结论：当然不是无脑合并，需要综合考量各种因素。可以去除TCR/BCR相关基因之后进行合并分析。

生信小博士

2024-02-23

900

通用代码：python中的h5、h5ad文件批量转为seuart对象通用代码：python中的h5、h5ad文件批量转为seu

大家好，今天我们来聊聊python中anndata对象（scanpy）和seurat对象的转化。

生信小博士

2024-02-23

6140

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