单细胞-腾讯云开发者社区

开发者社区

文档建议反馈控制台

最新优惠活动

文章/答案/技术大牛

发布

单细胞

从头开始记录一个新的项目

专栏成员

6

文章

721

阅读量

6

订阅数

RNA速率分析中遇到的问题以及debug纪实

根据之前的推文，我们获得了全部样本合并后的loom文件，但在我使用scvelo进行分析时惊讶的发现，将单细胞矩阵和loom文件合并后细胞数从11万减少到了5万。

2024-08-20

1560

因为恰好遇到了PRJNA752099这个数据集，他上传的fastq文件被合并成了一个，所以我需要下载SRA文件重新拆分。正好作为上游最后一块的补充内容。

2024-07-12

1250

嘴对嘴的单细胞上游教程(从fastq开始).Day4 RNA速率分析

前一篇文章中给出了celrlanger定量的代码，虽然我发文的是一个失败案例(感兴趣的的同志们可以自行查看https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/study/?acc=PRJNA752099&o=acc_s%3Aa随便点开一个SRA可以看到它的data access下确实有三个fastq，只是作者上传时合并为了一个，所以需要下载SRA文件再生成fastq)，但其他文件成功了，所以本篇文章从定量完成后开始。

2024-07-10

1090

酱紫命名？

我在练习上游数据处理的过程中遇到了一个奇怪的数据https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE181454，可以看到这里是两个样本的矩阵。

2024-07-08

690

嘴对嘴的单细胞上游数据处理(从fastq开始).Day3检查文件完整性

将ENA数据库上的aspera链接写入一个txt文件下以便下载脚本读取，下面我将以2个链接作为演示

2024-07-07

1480

嘴对嘴的单细胞上游处理（从fastq开始）

从GEO中选择示例数据：GSE181454。因为作者上传的10x输入文件比较古老（cellranger V2定量），我们重新运行该过程。

2024-06-28

1140

没有更多了

社区活动

【纪录片】中国数据库前世今生

穿越半个世纪，探寻中国数据库50年的发展历程

Python精品学习库

代码在线跑，知识轻松学

博客搬家 | 分享价值百万资源包

自行/邀约他人一键搬运博客，速成社区影响力并领取好礼

技术创作特训营·精选知识专栏

往期视频·千货材料·成员作品最新动态