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单细胞经典文章复现（二）
数据
数据库
data
merge
对象
今天复现的文章是2022年发表在《Nature》子刊《Communications Biology》上，题为“Single-cell transcriptomics reveals cellular heterogeneity and molecular stratification of cervical cancer”的宫颈癌单细胞研究。
天意生信云
2025-03-06
87
0
单细胞转录组｜单细胞数据分析中细胞类型的智能识别与注释
对象
可视化
数据
数据分析
智能识别
前面的文章我们介绍过单细胞基于python手动注释的方法，本篇基于Seurat学习自动注释和手动注释。
天意生信云
2025-03-06
109
0
R 语言统计建模大全：20 个经典模型实战解析，速收藏！
模型
数据
统计
变量
可视化
统计建模是数据科学中至关重要的一部分，帮助分析和预测数据中的趋势与模式。在数据科学中，常用的统计模型有回归分析、时间序列分析、分类模型、聚类模型等，每种模型有其独特的应用场景。在R语言中，我们可以通过丰富的统计包，如lm()进行线性回归分析，glm()用于广义线性模型，arima()进行时间序列建模等。这些模型能够帮助我们从数据中提取信息并做出科学决策，成为数据分析中的强大工具。
天意生信云
2025-02-27
146
0
精准分析单细胞数据：使用DoubletFinder去除双胞的详细步骤
数据
object
对象
可视化
命令行
在单细胞RNA测序中，我们希望对每个单独的细胞进行测序分析。然而，在样本制备过程中，可能会出现多个细胞聚集在一起的现象，形成所谓的“双细胞”或“多细胞”。双胞的存在可能会对下游分析（如聚类、差异表达等）产生误导，因此在分析过程中识别和过滤双胞是一个重要的步骤。
天意生信云
2025-02-25
152
0
单细胞经典文章复现（一）
数据
element
legend
position
size
从零基础掌握单细胞数据的分析技巧最有效的方法就是复现一篇单细胞研究文章，学习作者的分析思路和可视化方法。本次我们选择复现的文章是2023年发表在《Nature Communications》上的一篇研究，题为《Single-cell analysis reveals prognostic fibroblast subpopulations linked to molecular and immunological subtypes of lung cancer》，研究聚焦于肺癌肿瘤中的成纤维细胞（CAFs）单细胞分析。
天意生信云
2025-02-25
90
0
只需一个服务器账号，单细胞分析轻松上手！
数据
索引
数据分析
服务器
配置
随着现代生物学发展的深入，单细胞转录组学越来越成为理解生物体内细胞异质性、发育过程和疾病机制不可或缺的工具。无论是自测的单细胞数据还是公共数据库的数据，单细胞数据的体量都需要有一个稳健的服务器做支撑。本篇就介绍一下借助共享服务器开展单细胞转录组的分析工作。
天意生信云
2025-02-21
144
1
科研利器：Zotero整合DeepSeek，让文献阅读与写作变得简单高效！
翻译
配置
DeepSeek
测试
插件
专为中国科研人，小白也能轻松操作，不仅能精准翻译晦涩难懂的文献段落，还能整理笔记、管理文献，甚至在写作时激发灵感。
天意生信云
2025-02-18
585
0
单细胞数据分析 | 单细胞计数矩阵（Seurat)
存储
数据分析
数据
索引
数据库
在使用seurat进行单细胞分析的时候，大多数的教程都是用计数矩阵作为数据输入，但是我发现一些新手朋友对于不同数据库来源(GEO、BD)的数据或者想要去复现、借鉴一个感兴趣的文章中的下机数据时，不知道怎么把数据处理成Seurat可以读入的计数矩阵，所以本篇文章就详细介绍单细胞数据的上游分析。
天意生信云
2025-02-18
110
0
解锁生物信息学必备！核心数据库使用指南
技巧
数据
数据类型
芯片
数据库
生物信息学研究离不开数据支撑，这些数据库能让你事半功倍！ 本文详解常用数据库的检索下载技巧，并提供可直接复用的代码模板。
天意生信云
2025-02-08
182
0
R语言TCGA数据下载与整理
系统
data
工具
配置
数据
这篇推文将帮助你了解如何从GDC（Genomic Data Commons）下载TCGA（The Cancer Genome Atlas）数据，并在R中进行数据整理和处理。我们将包括所有的步骤，包括下载、读取、整理表达矩阵、添加行列名、以及获取样本和文件名的对应关系。
天意生信云
2025-01-22
171
0
揭秘Spateo：掌握二维切片空间对齐的关键技巧
数据
key
技巧
可视化
配置
探索胚胎发育的时空动态，揭示基因表达与细胞行为之间的深刻联系——Spateo 是一个革命性的3D时空建模框架，利用空间转录组学技术重建全器官和胚胎层面的细胞相互作用和空间梯度。通过创新的形态学向量场分析，Spateo将细胞形态与分子动态无缝连接，为研究者提供了前所未有的工具，帮助我们深入理解生物体发育和功能的分子基础。
天意生信云
2025-01-22
123
0
单细胞数据分析|差异表达分析
数据分析
meta
对象
模型
数据
在对单细胞数据进行差异表达分析的时候，可以从全细胞和元细胞两个角度去考虑。基于全细胞目前常见的单细胞转录组计算差异表达基因方法有DESeq2、edgeR、limma、MAST、SCDE (Single Cell Differential Expression)、Seurat (FindMarkers)、Monocle ( differentialGeneTest)、t-SNE/PCA-based methods。其中Seurat和DESeq2是医学研究中最常用的两种方法。基于元细胞的方法有SC3 (Single-Cell Consensus Clustering)、MetaCell。
天意生信云
2025-01-22
104
0
Python做单细胞测序数据分析必备技能
python
数据分析
函数
可视化
数据
在前面单细胞转录组数据分析的文章中，有使用python实现的。今天我们了解一下在单细胞转录组分析过程中，必须要掌握的python数据框、包和函数等内容。
天意生信云
2025-01-22
185
0
单细胞测序数据分析|手动注释
数据
数据库
数据分析
cell
marker
之前我们分享过单细胞自动注释包GPTtypecell的使用方法。今天我们详细介绍一下细胞类型注释的内容，并且学习手动注释是如何实现的。
天意生信云
2025-01-22
237
0
R语言|数据清洗
data
技巧
数据
异常
数据清洗
数据清洗是数据分析流程中必不可少的一步。清洗得当的数据是可靠分析的基础，而在R语言中，有许多强大而灵活的工具可以帮助我们高效完成数据清洗。本文将全面介绍R语言数据清洗的常见技巧，并配以具体的代码示例。
天意生信云
2025-01-22
128
0
单细胞测序数据分析|多样本整合与去批次
可视化
模型
数据
算法
数据分析
上一节我们基于seucat框架学习了单细胞转录组单样本分析，本节我们学习多样本整合去批次的内容。
天意生信云
2025-01-22
134
0
Linux 文件查找与链接命令详解
系统
语法
linux
工具
搜索
在日常使用 Linux 的过程中，我们经常需要查找文件、快捷操作命令以及创建文件链接来提高效率。本文将详细介绍以下几个常用的命令：
天意生信云
2025-01-22
149
0
跟着Seurat 官网学单细胞转录组分析
基础
可视化
数据
工具
函数
在大家进行了一段时间的R语言与Linux学习后，我们开启单细胞测序数据的学习。接下来的教程中，我们将以Seurat 分析框架 为基础，从数据预处理、聚类分析到可视化的完整流程，深入讲解如何从原始数据中提取有意义的生物学信息。
天意生信云
2025-01-22
99
0
R语言基础 | 类型判断和转换全解析
编程
函数
基础
数据
数据类型
在R语言编程中，数据类型决定了变量如何存储和操作，而正确判断和转换数据类型是实现灵活编程的关键。本篇文章将深入探讨R语言中的数据类型、类型判断及类型转换，并配以示例，帮助你快速上手。
天意生信云
2025-01-22
87
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一文总结R语言常用的数据结构！！！
数据结构
变量
数据
数组
存储
R语言是一种强大的数据分析工具，其核心在于丰富的数据结构。除了上一节我们详细介绍过的数据框（data frame），R 还有其他常用数据结构，每种结构都适用于不同的场景。以下是数据结构的分类及结合使用实例的详细解释。
天意生信云
2025-01-22
109
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