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搜索文章
搜索
搜索
关闭
为什么你的R语言不能默认显示英文呢
windows
mac
message
软件
搜索
因为学习新技能，怎么样都要遇到问题并解决问题的，英文的报错信息更容易搜索得到答案，而中文的就不怎么好搜。mac的同学就不用看了，默认就是英文的，不用设置。 而天煞的windows默认就是中文，不设置就难受死啦。
生信技能树
2024-06-21
91
0
CellChat细胞通讯
开发
数据
网络
系统
数据库
细胞通讯是单细胞数据高级分析中比较常见的一个，我们习惯使用的R包是CellChat。
生信技能树
2024-06-21
147
0
单细胞亚群的命名的细致程度需要有一个度
数据挖掘
数据库
数据分析
队列
数据
可以看到，这个时候已经是有了 M1 macrophages, natural killer T (NKT) cells, plasma cells 这样的单细胞亚群：
生信技能树
2024-06-19
119
0
单细胞亚群合理命名是数据分析基石啊
数据
数据挖掘
go
数据库
数据分析
其实这样的笑话在单细胞数据挖掘文章里面层出不穷，比如另外一个数据挖掘文章；《Identification of Five Hub Genes Based on Single-Cell RNA Sequencing Data and Network Pharmacology in Patients With Acute Myocardial Infarction》，链接是：https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fpubh.2022.894129/full ，里面的bug就更可怕了，居然是把成纤维细胞错误的命名成为了单核细胞。如下所示：
生信技能树
2024-06-08
146
0
作者仅提供了fpkm格式表达量矩阵的转录组测序数据集该如何重新分析呢
算法
数据库
工具
量化
数据
研究者们在GEO数据库是有数据分享：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE182923
生信技能树
2024-06-08
134
0
差异分析的火山图为什么不喷发呢
数据
算法
芯片
对象
教程
数据集是：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE33113
生信技能树
2024-06-08
120
0
代码分享|| 见过将代码整理成wiki资源的吗？这是篇极好的学习单细胞与scATAC-Seq组学以及联合分析的文献资源！
教程
数据
网站
image
wiki
由于最近学习多组学方向的思路，顺便随手将以前整理的资源进行了翻阅，发现了非常多好东西，~本次分享的文献是一篇极好的学习scRNA-Seq与scATAC-Seq组学以及联合分析的文献资源！囊括了上游分析的bash代码和下游每一张Figure的复现代码，是一个非常好的学习单细胞与ATAC-Seq联合分析的文献资源，代码可以说整理的非常好了，还包括各种readme说明。作者甚至还将代码整理了一个wiki版本的，这说明有各种详细的说明以及代码大纲，简直不要太棒！
生信技能树
2024-06-08
108
0
天啦，啥肿瘤有如此高比例的树突细胞
隐私
微信
数据分析
数据
统计
如下所示是的降维聚类分群和命名，很明显的可以看到髓系免疫细胞里面的巨噬细胞和树突细胞的比例是有问题的，而且那些高表达量基因明明是单核细胞的并不是树突细胞的 ：
生信技能树
2024-06-08
104
0
2024-03-05数据挖掘答疑
网络
芯片
数据挖掘
镜像
数据
A2：BiocManager::install("GenomeInfoDbData") 安装提示信息里的R包，缺失哪个包报错就用这个命令装对应的包
生信技能树
2024-06-08
102
0
2024年04月_生信入门班_微信群答疑笔记
笔记
镜像
入门
软件
微信
忽略提示。先从第一行开始，一行行run，每run一行观察左下角窗口的输出信息，没有关键词 error 且返回一个大于号 > 再run下一行
生信技能树
2024-06-08
89
0
蛋白质组学上游数据处理知多少
数据库
数据分析
数据处理
软件
数据
对大家来说，耳熟能详的软件就是 MaxQuant 啦，在综述文章《Bioinformatics Methods for Mass Spectrometry-Based Proteomics Data Analysis》有详细的介绍各种软件的对比汇总。
生信技能树
2024-06-08
192
0
2024年03月_生信入门班_微信群答疑笔记
入门
软件
微信
笔记
服务器
上课有给练习服务器账号，后续会通知。第三周上课会讲到服务器相关的知识，到时候你先用我们提供的服务器账号进行练习，等上完课后，再用自己的账号去处理真实项目数据。
生信技能树
2024-06-08
72
0
蛋白质组学公共数据库资源汇总
工具
数据
数据存储
数据库
存储
但是蛋白质组数据库并不是蛋白质数据库，主要是ProteomeXchange联盟，它是一个开放的、公共的数据存储平台，专门用于存储和共享质谱（MS）数据。它由多个蛋白质组学数据存储库组成，包括PRIDE Archive、MassIVE、PeptideAtlas 以及iProX等 。
生信技能树
2024-06-08
309
0
可以每一条代谢通路都激活吗
数据
搜索
数据库
存储
path
其中附件有一张图是男性和女性的乳腺癌患者肿瘤细胞表达量差异基因的代谢通路打分后的差异热图，如下所示：
生信技能树
2024-05-31
134
0
使用国产大模型完成单细胞自动注释
api
服务
模型
配置
数据
哥伦比亚大学梅尔曼公共卫生学院（Columbia University Mailman School of Public Health）的 Wenpin Hou 和杜克大学医学院（Duke University School of Medicine）的 Zhicheng Ji 证明，大语言模型 GPT-4 可以在单细胞 RNA 测序分析中使用标记基因信息准确注释细胞类型。
生信技能树
2024-05-31
140
0
两个表达量矩阵去除批次效应之前是否需要归一化
算法
统计
芯片
函数
数据
我们之所以要对两个表达量矩阵做去除批次效应的处理，就是因为两个表达量矩阵的取值范围就不一样，而且每个矩阵内部的每个样品或者每个基因的分布范围也不一样，做去除批次效应的处理就是为了抹去两个矩阵的系统性差异。
生信技能树
2024-05-30
152
0
合并两个不同物种的单细胞转录组数据集注意harmony的参数
matrix
txt
函数
数据
数据库
这两个数据集分别是人和鼠的SMC异质性探索的，文献标题是：《Single-Cell Genomics Reveals a Novel Cell State During Smooth Muscle Cell Phenotypic Switching and Potential Therapeutic Targets for Atherosclerosis in Mouse and Human》，可以看到GSE155513和GSE155512这两个单细胞转录组表达量矩阵是可以很好的整合：
生信技能树
2024-05-30
113
0
比较两种不同算法的表达量矩阵的差异分析结果
table
数据
算法
芯片
list
我们分享了一个案例，就是GSE30122这个数据集的作者给出来的表达量矩阵是被zscore的，所以我们可以下载它的cel文件自己制作表达量矩阵，详见：
生信技能树
2024-05-29
137
0
男性和女性的乳腺癌患者肿瘤细胞表达量差异基因应该是有很明显的性染色体倾向性？
异常
coding
事件
数据
芯片
看到了2023发表在NC杂志的男性乳腺癌患者的单细胞转录组图谱文章，标题是：《Single-cell transcriptome analysis indicates fatty acid metabolism-mediated metastasis and immunosuppression in male breast cancer》
生信技能树
2024-05-28
148
0
bioconductor有新的镜像选择啦（西湖大学）
镜像
索引
同步
src
解决方案
假如你不使用bioconductor的镜像但是你又在中国大陆地区，就会遇到下面的报错；
生信技能树
2024-05-27
680
0
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