腾讯云
开发者社区
文档
建议反馈
控制台
首页
学习
活动
专区
工具
TVP
最新优惠活动
文章/答案/技术大牛
搜索
搜索
关闭
发布
登录/注册
首页
学习
活动
专区
工具
TVP
最新优惠活动
返回腾讯云官网
生物信息云
旨在传播生物医学科研实验技能和生物信息学基础知识及应用技巧
专栏成员
举报
257
文章
1122065
阅读量
404
订阅数
订阅专栏
申请加入专栏
全部文章(257)
数据库(74)
sql(67)
https(39)
编程算法(35)
网络安全(33)
数据分析(33)
r 语言(19)
腾讯云开发者社区(18)
数据(17)
python(15)
http(14)
go(13)
硬件开发(10)
linux(9)
可视化(9)
na(8)
函数(7)
html(6)
视频(6)
神经网络(5)
数据处理(5)
数据结构(5)
min(5)
对象(5)
教程(5)
机器学习(4)
ide(4)
深度学习(4)
人工智能(4)
线性回归(4)
file(4)
pdb(4)
开发(4)
系统(4)
bash(3)
json(3)
express(3)
存储(3)
tcp/ip(3)
cell(3)
count(3)
data(3)
ggplot2(3)
line(3)
pdf(3)
工具(3)
网络(3)
云服务器(2)
对象存储(2)
java(2)
node.js(2)
打包(2)
git(2)
github(2)
centos(2)
文件存储(2)
腾讯云测试服务(2)
网站(2)
企业(2)
开源(2)
缓存(2)
正则表达式(2)
面向对象编程(2)
大数据(2)
windows(2)
adt(2)
anova(2)
barcode(2)
bi(2)
com(2)
grid(2)
matrix(2)
partial(2)
path(2)
python3(2)
sample(2)
基础(2)
模型(2)
软件(2)
统计(2)
原理(2)
云硬盘(1)
数据挖掘(1)
php(1)
perl(1)
javascript(1)
xml(1)
css(1)
jquery(1)
android(1)
access(1)
搜索引擎(1)
windows server(1)
apache(1)
bash 指令(1)
黑石物理服务器(1)
日志服务(1)
腾讯专有云 PaaS 平台(1)
图像处理(1)
医疗(1)
xslt & xpath(1)
云联网(1)
ssh(1)
gui(1)
ftp(1)
grep(1)
ntp(1)
anaconda(1)
数据可视化(1)
虚拟化(1)
聚类算法(1)
flink(1)
学习方法(1)
数据集成(1)
alpha(1)
apply(1)
atom(1)
background(1)
bit(1)
calculation(1)
conda(1)
cycle(1)
database(1)
db(1)
display(1)
download(1)
drawing(1)
dt(1)
element(1)
expect(1)
expression(1)
format(1)
fs(1)
geo(1)
glsl(1)
image(1)
import(1)
interface(1)
lambda(1)
lattice(1)
launch(1)
limit(1)
list(1)
map(1)
marker(1)
math(1)
methods(1)
model(1)
normalization(1)
null(1)
object(1)
panel(1)
paste(1)
perfect(1)
plot(1)
point(1)
product(1)
ps(1)
rank(1)
response(1)
sequence(1)
set(1)
show(1)
size(1)
slide(1)
snapshot(1)
sse(1)
surface(1)
tar(1)
text(1)
tfs(1)
time(1)
tm(1)
tools(1)
umi(1)
url(1)
using(1)
version(1)
vi(1)
web(1)
变量(1)
编码(1)
布局(1)
测试(1)
插件(1)
程序(1)
集合(1)
配置(1)
软件开发(1)
事件(1)
搜索(1)
算法(1)
芯片(1)
性能(1)
字符串(1)
搜索文章
搜索
搜索
关闭
Cytoscape从安装到应用cytoHubba、GlueGO寻找hub基因和做富集分析
工具
网络
数据库
布局
插件
当前页面的提示,Cytoscape依赖于Java12,安装的时候会自动安装,如果没有安装成功,需要点击here,下载Java安装。下面是下载安装包后点安装包的提示,没有安装JAVA,就必须点击download下载。
DoubleHelix
2024-06-25
144
0
一行代码即可下载TGCA数据库的数据
数据
数据库
函数
基础
开发
但是TCGA数据库这2年就更新了两次,有些以前的教程可能就不在适用,我也写了一篇文章来介绍了最新版的内容:2024年TCGA数据库改版后的数据下载问题,为了下载数据方便,以及我后续分析数据方便,我正在把以前的代码渐渐封装成一个R包,让一些常规分析变得更加方便快捷,这个R包在慢慢的开发中,包的内容比较杂,没有一个好的名字,我就用我公众号ID(MedBioInfoCloud)作为包名:
DoubleHelix
2024-06-13
93
0
DeepSurv:一种基于深度神经网络的 Cox 比例风险模型方法
神经网络
函数
模型
数据
性能
该文章表示:在模拟和真实的生存数据上进行了大量的实验训练 DeepSurv。证明 DeepSurv 的表现与其他最先进的生存模型一样好,甚至更好,并验证 DeepSurv 成功地模拟了患者协变量与其失败风险之间日益复杂的关系。然后,展示了 DeepSurv 如何模拟患者特征与不同治疗方案有效性之间的关系,以展示如何使用 DeepSurv 提供个性化治疗建议。最后,在真实的临床研究中训练 DeepSurv,以证明它的个性化治疗建议将如何增加一组患者的生存时间。
DoubleHelix
2024-05-31
282
1
重大发现:nature和science同时报道科学界发现全新未知生命实体“方尖碑(obelisks)”
https
com
编码
开发
近日,科学界迎来了一项重大突破。斯坦福大学的一组研究员在人体微生物群落中发现了一种全新的未知生命实体,这一发现不仅再次模糊了生命的界限,也为我们理解生命进化提供了新的视角。这种未知生命实体被暂时命名为“方尖碑(obelisks)”。
DoubleHelix
2024-05-31
115
0
Graphpad如何绘制多组柱状图?
anova
format
model
数据
统计
1. 在Graphpad中选择如下图。如果一组有多个数据,可以在Enter replicate values in side-by-side subcolumns中输入数字,有多少个数据就输入多少。
DoubleHelix
2024-05-31
352
0
scGHOST:鉴定单细胞3D基因组亚区室
https
cell
map
开发
数据
单细胞Hi-C测序技术 (Single-cell Hi-C, scHi-C)是解析细胞特异的染色质3D结构的利器。下面是一些基本概念。
DoubleHelix
2024-05-06
100
0
基于Python语言使用DESeq2方法进行bulk-RNAseq的差异表达分析
统计
python
import
对象
数据
注意:读入的数据进行转置,是因为使用pydeseq2包进行分析时,count矩阵需要的是行为样本,列为基因名称,和R语言中的DESeq2包刚好相反。
DoubleHelix
2024-04-15
167
0
conda命令在创建环境时报错问题解决
conda
file
line
python3
缓存
清除conda缓存:有时候,conda的缓存文件可能会损坏。运行以下命令来清除缓存:
DoubleHelix
2024-04-15
859
0
空间转录组学习手册合辑
工具
可视化
methods
slide
测试
近年来空间转录组的各类平台层出不穷,其也被《Nature Methods》评为年度技术。这里我们整理了基于Stereopy、Squidpy、Seurat、Scanpy等工具分析空转的学习手册,包含代码、学习手册、测试文件和输出结果。希望这些资料可以帮助大家完成各平台空间转录组分析的一站式学习。
DoubleHelix
2024-03-04
173
0
一行代码将PDB文件的几条链分割为多个PDB文件
null
path
pdb
函数
数据库
如果是PDB数据库的蛋白,只需要PDB蛋白的id,然后通过get.pdb函数获取即可。
DoubleHelix
2024-01-15
172
0
harmony包整合多批次单细胞数据以去除批次效应(batch effect)
变量
对象
教程
数据
算法
单细胞专题 | 1.单细胞测序(10×genomics技术)的原理 单细胞专题 | 2.如何开始单细胞RNASeq数据分析 单细胞专题 | 3.单细胞转录组的上游分析-从BCL到FASTQ 单细胞专题 | 4.单细胞转录组的上游分析-从SRA到FASTQ 单细胞专题 | 5.单细胞转录组的上游分析-从FASTQ到count矩阵 单细胞专题 | 6.单细胞下游分析——不同类型的数据读入 单细胞专题 | 7.单细胞下游分析——常规分析流程案例一 单细胞专题 | 8.单细胞类型注释之SingleR包详解 单细胞专题 | 9.如何人工注释单细胞类群? 单细胞专题 | 10.细胞周期分析 单细胞专题 | 11.最新版cellphoneDB细胞通讯分析
DoubleHelix
2023-12-26
2.5K
0
RNAseq数据分析中count、FPKM和TPM之间的转换
数据库
数据分析
count
函数
数据
现在常用的基因定量方法包括:RPKM, FPKM, TPM。这些表达量的主要区别是:通过不同的标准化方法为转录本丰度提供一个数值表示,以便于后续差异分析。
DoubleHelix
2023-12-14
8.7K
0
aPEAR:一个用于通路富集网络自主可视化的R包
对象
教程
可视化
数据
网络
生物信息数据分析教程视频——15-clusterProfiler包+ClueGO做富集分析 该包主要包括下面方法或对象
DoubleHelix
2023-11-16
1.1K
0
全网最详细的imagJ教程:imagJ自动细胞内荧光点计数
background
bit
file
教程
软件
(1)因为荧光图片荧光点是亮的,而背景是黑色的,所以将black background 勾选上。Process----Binary----options,在跳出的页面中勾选上Black background。
DoubleHelix
2023-10-27
3.2K
0
基于单细胞转录组数据评估细胞代谢激活分数
数据分析
对象
可视化
数据
原理
method有4种:VISION, AUCell, ssgsea和gsva。作者推荐VISION。
DoubleHelix
2023-10-24
264
0
python的下载安装以及环境变量的配置
python
程序
配置
软件
系统
Downloads 》》Windows 跳转页面:https://www.python.org/downloads/windows/
DoubleHelix
2023-09-18
522
0
文献 | 对免疫检查点阻断的反应、耐药性和毒性的标志
基础
开发
模型
数据
系统
使用免疫检查点封锁 (ICB) 在癌症治疗方面取得了前所未有的进展。然而,反应仅限于一部分患者,免疫相关不良事件 (irAE) 可能会产生问题,需要停止治疗。迫切需要深入了解影响 ICB 反应和毒性的宿主内在和外在因素。在过去十年中,我们对宿主内在因素(如宿主基因组、表观基因组和免疫)的影响的理解有了长足的发展,对这些因素以及肿瘤和免疫的共同进化有了更深入的了解。此外,我们开始了解急性和累积暴露——宿主内部和外部(即暴露组)——对宿主生理和治疗反应的影响。这些共同代表了当今对 ICB 的反应、耐药性和毒性的标志。建立在这些标志上的机会是有充分理由的。
DoubleHelix
2023-09-06
464
0
WGCNA + ssGSEA的组合分析
paste
pdf
视频
数据
字符串
生物信息数据分析教程视频——16-单样本基因集富集分析(ssGSEA)用于肿瘤相关免疫细胞浸润水平评估
DoubleHelix
2023-09-06
507
0
美国德州理工大学健康科学中心(TTUHSC)生物信息学、计算基因组学博后及博士生招聘
网站
数据分析
https
软件开发
数据
德州理工大学健康科学中心 Texas Tech University Health Sciences Center 全美医学排名前一百,其中临床全美排名19(U.S. News)。德州理工大学是R1大学。它是全美第二大大学(1900英亩),也是德州唯一包含本科和研究生院及法学院和医学院于一体的综合性大学。
DoubleHelix
2023-09-06
332
0
scMetabolism包用于评估单细胞代谢激活分数
数据分析
对象
可视化
数据
原理
method有4种:VISION, AUCell, ssgsea和gsva。作者推荐VISION。
DoubleHelix
2023-09-06
407
1
点击加载更多
社区活动
AI代码助手快速上手训练营
鹅厂大牛带你玩转AI智能结对编程
立即学习
Python精品学习库
代码在线跑,知识轻松学
立即查看
博客搬家 | 分享价值百万资源包
自行/邀约他人一键搬运博客,速成社区影响力并领取好礼
立即体验
技术创作特训营·精选知识专栏
往期视频·千货材料·成员作品 最新动态
立即查看
领券
问题归档
专栏文章
快讯文章归档
关键词归档
开发者手册归档
开发者手册 Section 归档