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生物信息云

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Cytoscape从安装到应用cytoHubba、GlueGO寻找hub基因和做富集分析

工具网络数据库布局插件

当前页面的提示，Cytoscape依赖于Java12，安装的时候会自动安装，如果没有安装成功，需要点击here，下载Java安装。下面是下载安装包后点安装包的提示，没有安装JAVA，就必须点击download下载。

2024-06-25

1.3K0

一行代码即可下载TGCA数据库的数据

数据数据库函数基础开发

但是TCGA数据库这2年就更新了两次，有些以前的教程可能就不在适用，我也写了一篇文章来介绍了最新版的内容：2024年TCGA数据库改版后的数据下载问题，为了下载数据方便，以及我后续分析数据方便，我正在把以前的代码渐渐封装成一个R包，让一些常规分析变得更加方便快捷，这个R包在慢慢的开发中，包的内容比较杂，没有一个好的名字，我就用我公众号ID（MedBioInfoCloud)作为包名:

2024-06-13

3530

DeepSurv：一种基于深度神经网络的 Cox 比例风险模型方法

神经网络函数模型数据性能

该文章表示：在模拟和真实的生存数据上进行了大量的实验训练 DeepSurv。证明 DeepSurv 的表现与其他最先进的生存模型一样好，甚至更好，并验证 DeepSurv 成功地模拟了患者协变量与其失败风险之间日益复杂的关系。然后，展示了 DeepSurv 如何模拟患者特征与不同治疗方案有效性之间的关系，以展示如何使用 DeepSurv 提供个性化治疗建议。最后，在真实的临床研究中训练 DeepSurv，以证明它的个性化治疗建议将如何增加一组患者的生存时间。

2024-05-31

7231

重大发现：nature和science同时报道科学界发现全新未知生命实体“方尖碑(obelisks)”

https com 编码开发

近日，科学界迎来了一项重大突破。斯坦福大学的一组研究员在人体微生物群落中发现了一种全新的未知生命实体，这一发现不仅再次模糊了生命的界限，也为我们理解生命进化提供了新的视角。这种未知生命实体被暂时命名为“方尖碑（obelisks）”。

2024-05-31

3870

Graphpad如何绘制多组柱状图？

anova format model 数据统计

1. 在Graphpad中选择如下图。如果一组有多个数据，可以在Enter replicate values in side-by-side subcolumns中输入数字，有多少个数据就输入多少。

2024-05-31

2.3K0

scGHOST:鉴定单细胞3D基因组亚区室

https cell map 开发数据

单细胞Hi-C测序技术 (Single-cell Hi-C, scHi-C)是解析细胞特异的染色质3D结构的利器。下面是一些基本概念。

2024-05-06

2440

基于Python语言使用DESeq2方法进行bulk-RNAseq的差异表达分析

统计 python import 对象数据

注意：读入的数据进行转置，是因为使用pydeseq2包进行分析时，count矩阵需要的是行为样本，列为基因名称，和R语言中的DESeq2包刚好相反。

2024-04-15

4120

conda命令在创建环境时报错问题解决

conda file line python3 缓存

清除conda缓存：有时候，conda的缓存文件可能会损坏。运行以下命令来清除缓存：

2024-04-15

2.2K0

空间转录组学习手册合辑

工具可视化 methods slide 测试

近年来空间转录组的各类平台层出不穷，其也被《Nature Methods》评为年度技术。这里我们整理了基于Stereopy、Squidpy、Seurat、Scanpy等工具分析空转的学习手册，包含代码、学习手册、测试文件和输出结果。希望这些资料可以帮助大家完成各平台空间转录组分析的一站式学习。

2024-03-04

2941

一行代码将PDB文件的几条链分割为多个PDB文件

null path pdb 函数数据库

如果是PDB数据库的蛋白，只需要PDB蛋白的id，然后通过get.pdb函数获取即可。

2024-01-15

2680

harmony包整合多批次单细胞数据以去除批次效应（batch effect）

变量对象教程数据算法

单细胞专题 | 1.单细胞测序（10×genomics技术）的原理单细胞专题 | 2.如何开始单细胞RNASeq数据分析单细胞专题 | 3.单细胞转录组的上游分析-从BCL到FASTQ 单细胞专题 | 4.单细胞转录组的上游分析-从SRA到FASTQ 单细胞专题 | 5.单细胞转录组的上游分析-从FASTQ到count矩阵单细胞专题 | 6.单细胞下游分析——不同类型的数据读入单细胞专题 | 7.单细胞下游分析——常规分析流程案例一单细胞专题 | 8.单细胞类型注释之SingleR包详解单细胞专题 | 9.如何人工注释单细胞类群？单细胞专题 | 10.细胞周期分析单细胞专题 | 11.最新版cellphoneDB细胞通讯分析

2023-12-26

6.2K0

RNAseq数据分析中count、FPKM和TPM之间的转换

数据库数据分析 count 函数数据

现在常用的基因定量方法包括：RPKM, FPKM, TPM。这些表达量的主要区别是：通过不同的标准化方法为转录本丰度提供一个数值表示，以便于后续差异分析。

2023-12-14

20.5K0

aPEAR：一个用于通路富集网络自主可视化的R包

对象教程可视化数据网络

生物信息数据分析教程视频——15-clusterProfiler包+ClueGO做富集分析该包主要包括下面方法或对象

2023-11-16

2K1

全网最详细的imagJ教程：imagJ自动细胞内荧光点计数

background bit file 教程软件

（1）因为荧光图片荧光点是亮的，而背景是黑色的，所以将black background 勾选上。Process----Binary----options,在跳出的页面中勾选上Black background。

2023-10-27

8.2K0

基于单细胞转录组数据评估细胞代谢激活分数

数据分析对象可视化数据原理

method有4种：VISION, AUCell, ssgsea和gsva。作者推荐VISION。

2023-10-24

3930

python的下载安装以及环境变量的配置

python 程序配置软件系统

Downloads 》》Windows 跳转页面：https://www.python.org/downloads/windows/

2023-09-18

7910

文献 | 对免疫检查点阻断的反应、耐药性和毒性的标志

基础开发模型数据系统

使用免疫检查点封锁 (ICB) 在癌症治疗方面取得了前所未有的进展。然而，反应仅限于一部分患者，免疫相关不良事件 (irAE) 可能会产生问题，需要停止治疗。迫切需要深入了解影响 ICB 反应和毒性的宿主内在和外在因素。在过去十年中，我们对宿主内在因素（如宿主基因组、表观基因组和免疫）的影响的理解有了长足的发展，对这些因素以及肿瘤和免疫的共同进化有了更深入的了解。此外，我们开始了解急性和累积暴露——宿主内部和外部（即暴露组）——对宿主生理和治疗反应的影响。这些共同代表了当今对 ICB 的反应、耐药性和毒性的标志。建立在这些标志上的机会是有充分理由的。

2023-09-06

7140

WGCNA + ssGSEA的组合分析

paste pdf 视频数据字符串

生物信息数据分析教程视频——16-单样本基因集富集分析(ssGSEA)用于肿瘤相关免疫细胞浸润水平评估

2023-09-06

6880

美国德州理工大学健康科学中心（TTUHSC）生物信息学、计算基因组学博后及博士生招聘

网站数据分析 https 软件开发数据

德州理工大学健康科学中心 Texas Tech University Health Sciences Center 全美医学排名前一百，其中临床全美排名19（U.S. News）。德州理工大学是R1大学。它是全美第二大大学（1900英亩），也是德州唯一包含本科和研究生院及法学院和医学院于一体的综合性大学。

2023-09-06

4360

scMetabolism包用于评估单细胞代谢激活分数

数据分析对象可视化数据原理

method有4种：VISION, AUCell, ssgsea和gsva。作者推荐VISION。

2023-09-06

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