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《实用医学统计学与SAS应用》学习笔记 | 绪论
编程算法
统计学的概念：统计学是一门处理数据中变异性的科学与艺术，内容包括收集，整理，分析，解释和表达数据，以获得可靠的结果。
生信修炼手册
2023-03-09
530
0
校准曲线的绘制的小技巧
数据分析
在之前关于列线图的文章中，我们介绍了利用列线图来可视化预后模型，同时也提到了模型性能的几种评估方式，校准度以及校准曲线就是其中一种方式。
生信修炼手册
2022-11-25
1.1K
0
3.5小时完成20万分子对接！一键定位分子库+全流程自动化
自动化
linux
LeDock是苏黎世大学Zhao HongTao在博士期间开发的一款分子对接软件，专为快速准确地将小分子灵活对接到蛋白质而设计。
生信修炼手册
2022-11-25
2K
0
如何绘制一幅优雅的列线图
基础
列线图在预后建模的相关文章中随处可见，除了传统的只有坐标轴的列线图，还包括下列这种展示信息更加丰富的列线图
生信修炼手册
2022-11-25
927
0
手把手教你绘制最基础的列线图
axis
plot
time
在之前的文章中，我们介绍了列线图的含义和构建方法，本文重点介绍下绘制列线图的代码，经典的列线图如下所示
生信修炼手册
2022-06-09
2.4K
0
文献阅读|Nomograms列线图在肿瘤中的应用
编程算法
列线图，也叫诺莫图，在肿瘤研究的文章中随处可见，只要是涉及预后建模的文章，展示模型效果除了ROC曲线，也就是列线图了。那么列线图究竟是什么，列线图怎么得到，从图中我们可以得到哪些信息，带着这些问题，我们来阅读下面的这篇文献，地址如下
生信修炼手册
2022-06-09
2.4K
0
绘制cox生存分析结果的森林图
编程算法
每一行表示一个study，用errorbar展示log odds ratio值的分布，并将p值和m值标记在图中。森林图主要用于多个study的分析结果的汇总展示。
生信修炼手册
2022-06-09
2.3K
0
组间差异分析就要这样可视化！
腾讯云开发者社区
在之前的文章中，我们分享了多个基因差异分析的可视化，使用的是ggpubr这个R包，ggpubr在标记p值时，可以根据指定的差异分组自动添加组间的连线，非常方便，但是无法指定添加的p值的位置，在某些时候会缺乏灵活性，今天要介绍的是另外一个R包ggsignif，其帮助手册链接如下
生信修炼手册
2022-06-09
549
0
冲击图和桑基图，傻傻分不清楚！
编程算法
在之前的文章中，我们介绍了桑基图的可视化原理，而冲击图作为桑基图的一个子类，其展示的信息和桑基图基本一致，只不过在输入数据的格式上要略作调整。
生信修炼手册
2022-06-09
1.5K
0
多组差异分析的可视化，这样做最省心！
自动化
下图是来自文献中的一个示例图，展示了不同亚型之间risk score值的差异分析结果
生信修炼手册
2022-06-09
1.2K
0
一键获取graphpad同款主题
axis
ggplot2
ps
graphpad是一款商业化的绘图软件，支持多种可视化形式，而且样式美观，下图就是其典型的输出
生信修炼手册
2022-06-09
455
0
好看的桑基图是如何炼成的！
https
javascript
java
网络安全
编程算法
Sankey Diagram, 也叫做桑基图，是一种展示数据流的可视化方式，一张典型的桑基图示例如下
生信修炼手册
2022-06-09
1.8K
0
预后建模绕不开的lasso cox回归
线性回归
正则表达式
serverless
回归我们并不陌生，线性回归和最小二乘法，逻辑回归和最大似然法，这些都是我们耳熟能详的事物，在生物信息学中的应用也比较广泛, 回归中经常出现两类问题，欠拟合和过拟合。
生信修炼手册
2022-06-09
3.2K
0
ConsensusClusterPlus， 一步到位的一致性聚类！
编程算法
在之前的文章中分享了一致性聚类的原理，本文介绍下如何用R语言进行分析。ConsensusClusterPlus这个R包，就是专门用于一致性聚类分析的，为了简化调用，甚至将所有的步骤都封装到了一个函数里面，所以其使用方法非常的简单，一共三步
生信修炼手册
2022-06-09
6.4K
0
巧用热图展示基因分布的总体趋势
编程算法
热图是最常见的基因表达量数据的可视化方式，将每个单元格的表达量按照数值高低映射为不同的颜色，可以直观展示表达量在不同样本间的分布，再综合聚类的结果和基因/样本的注释信息，进一步丰富了展示的信息，一个经典的热图如下
生信修炼手册
2022-06-09
1.4K
0
使用sva包处理批次效应
批量计算
编程算法
需要注意的是，在校正批次效应之前，表达量数据必须经过归一化操作，而且去除了缺失的基因，比如在80%的样本中没有表达量的基因。
生信修炼手册
2022-06-09
2.8K
0
batch effect究竟是什么?
批量计算
数据分析
在数据分析中，经常会看到进行batch effect校正的分析，那么batch effect到底是什么，在我们自己的数据中存不存在batch effect, 在做哪些分析之前需要需要进行batch effect的校正，带着这些问题，我们来看下发表在natrure reviews上的一篇描述batch effect的文献，链接如下
生信修炼手册
2022-06-09
636
0
整理NAD+代谢相关基因
数据库
sql
https
http
网络安全
来自KEGG和Reactome两个数据库，本文主要介绍下从这两个数据库获取基因列表的方法
生信修炼手册
2022-04-20
630
0
手把手教你处理illumina beadchip芯片数据
硬件开发
https
网络安全
数据处理
在NAD+代谢相关的文献中，使用了两批illumina beadchip的芯片数据进行分析，本文以其中一篇数据为例，详细展示该平台的数据处理流程。
生信修炼手册
2022-04-18
1.6K
0
cel格式的表达谱芯片数据如何读取？
硬件开发
后缀为cel的芯片文件，对应的芯片平台为Affymetrix, 针对这一平台的数据，可以通过R包affy来读取，读取时我们需要以下两种文件
生信修炼手册
2022-04-18
5.9K
0
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穿越半个世纪，探寻中国数据库50年的发展历程
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