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普大喜奔！usearch开源+64位旧版本免费用
开源
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前段时间听说USEARCH即将开源，今天另一位小编发现GitHub上已经有开源代码了。我们随即搜索了开源版本的使用效果，发现V12版本的测试结果不尽如人意，具体详情请参阅这篇公众号文章。正当我感到失望时，浏览评论时发现了意外的惊喜——旧版本的64位虽然不会开源，介已经开放下载使用了！于是我们决定测试一下并向大家分享使用体验，一起试试吧！
用户1075469
2024-07-01
62
0
usearch教程-OTU表抽平
https
教程
软件
数据
开源
USEARCH 是继 Mothur 和 QIIME 之后的第三大流行扩增子分析流程，目前已被引用 20,824 次。USEARCH 由 Robert Edgar 独立编写，使用 C 和 C++ 开发，体积小，运行速度快且功能强大，且不需要依赖其他软件（安装过 QIIME1 和 QIIME2 的用户应该对此深有体会）。
用户1075469
2024-07-01
153
0
QIIME 2 2024.5 更新来啦
可视化
数据
重构
插件
开发
小编划重点：发布节奏改为每年两次！Python 3.9，去污染和分类器训练的更新，各版本的预训练的分类器下载更加方便。
用户1075469
2024-06-18
100
0
小白用自己游戏本训练方言分类AI识别模型
arguments
测试
模型
数据
游戏
笔记本型号是Redmi G2021，配置还凑活，5800H，16G, 3050Ti Laptop（4G VRAM)，相当一般的配置啦！不过自从英伟达更新了驱动，可以实现RAM充当显存，可训练以及使用的模型就多了很多啦，当然这种类似swap的方式性能还是有点损失的。不过，总比运行不起来强多啦！
用户1075469
2024-06-06
71
0
编译|mummer2circos画环状细菌基因组圈图
容器
heatmap
编译
工具
镜像
mummer2circos 是一个用于绘制细菌基因组的圈图（circos 图）的工具。它基于 BLAST 或 NUCMER/PROMER 的比对结果，生成 SVG 和 PNG 格式的图像，可以直观地展示基因组的结构和特征。
用户1075469
2024-04-12
151
0
脚本分享—从GeneBank数据库批量下载序列
file
脚本
浏览器
效率
数据库
hello，hello！小伙伴们大家好，我是小编豆豆，好久没有给大家分享使用的脚本了，最近小编在一直在忙着16s整理数据库，需要下载大量物种的16s rRNA序列。
用户1075469
2024-03-26
291
0
有向后不兼容接口更改，QIIME 2 2024.2 来啦
可视化
数据
插件
管理
接口
今年 12 月，QIIME 2 团队选择放弃计划的 2023.11 版本，转而减少拉取请求的长队列并开发一些新功能。
用户1075469
2024-02-23
146
0
一文读懂Prodigal教程
字符串
file
翻译
教程
数据
Prodigal[1] 由橡树岭国家实验室[2]和田纳西大学诺克斯维尔分校[3]于 2007 年在能源部联合基因组研究所[4]的主持下联合开发，是一种用于细菌和古细菌基因组的蛋白质编码基因预测软件工具，Prodigal 已成为世界上最受欢迎的微生物基因预测算法之一。首字母缩略词代表 PROkaryotic DYnamic Programming Genefinding ALgorithm。Dictionary.com[5] 提供了“Prodigal”一词的几种定义。作者希望援引的是：
用户1075469
2024-02-22
340
0
脚本分享—将GenBank格式的文件转换为GFF3格式
正则表达式
测试
脚本
镜像
模型
小编欢乐豆又放出一个珍藏多年的脚本，2749 行的长度，长到已经难以用 GPT 解读啦，不过用起来还是很方便的！这个 perl 脚本用于将 GenBank 格式的文件转换为 GFF3 格式。
用户1075469
2024-01-26
193
0
脚本分享—快速统计基因组组装结果
file
函数
脚本
命令行
统计
我们小编欢乐豆有个压箱底的 perl 脚本，由于编程语言"洁癖"，想要彻底抛弃 perl 语言转向 python，于是他使用 AI 辅助下进行了转换，由于脚本相对简单，转换竟然就成功了。中间发现四种碱基含量百分比和原脚本统计有出入，检查确认是序列大小写没有注意的原因，修改后就完美运行了，这里分享给大家！
用户1075469
2024-01-22
155
0
qiime2+lefse的n个解决方案
table
解决方案
命令行
搜索
终端
qiime2 有自带的差异分析工具的（composition ancom），可是，大家已经习惯了一直用的 lefse，于是，把 qiime2 的结果导出进行 lefse 分析，在某种程度上就是一个“刚需”啦！在希望 qiime2 官方或者 lefse 官方做一个 q2-lefse 之前，我们的解决方案有哪几个呢？这里分享下我找到的几个，欢迎补充。
用户1075469
2024-01-15
287
0
全球生物样本库荟萃分析倡议 (GBMI)+整理的一个github的repo
github
网站
表格
框架
统计
全球生物样本库荟萃分析倡议 （GBMI） 旨在创建一个框架，以启动全球生物样本库和倡议合作。这个简单框架的好处包括但不限于：
用户1075469
2024-01-02
459
0
俄罗斯生物银行（BBRU）
网站
医疗
可视化
数据
搜索
最近搜索发现了个新的生物银行，分享一下，summary statistics可下载。
用户1075469
2023-12-14
458
0
俄罗斯生物银行（BBRU）
网站
医疗
可视化
数据
搜索
最近搜索发现了个新的生物银行，分享一下，summary statistics可下载。
用户1075469
2023-12-14
188
0
首个宏基因组版本--Qiime2 2023.9发布啦
数据分析
插件
集合
可视化
连接
计划的下一个QIIME 2版本计划于2023年2月发布（QIIME2 2023.12）。
用户1075469
2023-11-01
422
0
国内2个Biobank，一个summary statistics可下载
数据库
大数据
statistics
summary
研发
提示近期正在维护，暂时没有任何内容可供查看下载了。不过，GWAS Catalog的还是可以下载的，点赞！
用户1075469
2023-10-24
383
0
2023牛津纳米孔16S测序数据新的探索
数据库
工具
工作流
软件
数据
有同学和我交流离线的牛津纳米孔16S测序数据分析的问题，感慨的确这种方案还是少的，我想主要原因之前大家的印象还是相比Pacbio和短读长，成本高，准确性还是差了一点吧，16S对准确性要求还是相对高的。不过好处是，临床这种现场特别赶时间的，可以使用官方软件实时获得菌的分类结果。从同学处得到了一个测试数据，先看看质量：
用户1075469
2023-08-26
343
0
QIIME 2 2023.7更新
持续集成
插件
教程
索引
系统
今天看到官网论坛上宣布，QIIME 2 2023.7 版本现已发布！计划的下一个QIIME 2版本计划于2023年9月发布（QIIME 2023.9），本次更新是一个小的版本更新，更新频率挺高，不过还是有一些改变的，一起来看下！qiime2团队的目标真的是星辰大海，这是全世界科研工作者合作的力量，重命名为“扩增子发行版”，这意味着宏基因组版本很快将到来！
用户1075469
2023-08-26
237
0
Parsl-Python中的高效并行编程模块
python
编程
并发
函数
教程
之前从qiime2的更新介绍中了解到了这个模块，这里再详细了解一下！哪天用起来呀！
用户1075469
2023-08-26
253
0
大更新，QIIME 2 2023.5
缓存
对象
集合
可视化
数据
并行化、断点续分析、输出集合、基于阴性对照识别污染、宏基因组学工作流程(即将推出！)
用户1075469
2023-08-26
214
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