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分享 | ATAC-Seq 分析流程
可视化
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ATAC-Seq 是“Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high-throughput Sequencing”的缩写。 ATAC-Seq 方法依赖于使用高活性转座酶 Tn5 的下一代测序（NGS）文库的构建。将 NGS 接头连接到转座酶上，该转座酶可以使染色质断裂并同时将这些接头整合到开放的染色质区域中。构建的文库可通过 NGS 测序，并使用生物信息学分析具有可及或可访问染色质的基因组区域。
用户7010445
2024-06-18
150
0
R语言做生态位分化分析（2）找找参考论文
地图
函数
连接
论文
数据
做这个分析用到的R包是 ENMtools，用到的函数是 identity.test()
用户7010445
2024-06-18
83
0
R语言把otu表格的绝对丰度转换为相对丰度
data
excel
pivot
tidyverse
表格
基本的思路是：先把otu表格宽格式转换成长格式，然后根据样本分组求和，生成一个新的列，然后用绝对丰度值除以求和列得到相对丰度，最后再转换为长格式
用户7010445
2024-06-18
106
0
用R语言的circlize包复现一下Microbiome期刊中的圈图
data
excel
表格
论文
数据
没有找到论文中提供的数据，我们自己来构造数据，如何利用otu表格把数据整理成作图需要用的格式，这个今天的推文不做介绍，今天的推文只介绍已经有了作图需要用到的数据后如何作图。
用户7010445
2024-06-18
89
0
用R语言的ggplot2包复现一下Nature正刊论文中的气泡图
网站
数据处理
ggplot2
函数
论文
https://www.nature.com/articles/s41586-023-06877-w
用户7010445
2024-06-18
103
0
R语言ggplot2复现一下CELL论文中的基因共线性图
cell
ggplot2
min
论文
数据
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867424004732
用户7010445
2024-06-18
113
0
minimap2+svim-asm+SURVIVOR流程基于基因组组装做结构变异检测
数据
asm
sha
测试
工具
代码主要参考 GraffiTE 的代码，链接https://github.com/cgroza/GraffiTE/blob/main/main.nf这个工具是利用二代测序数据给TE做基因型分型然后研究TE多态性的。前面的步骤是基于组装好的基因组进行比对检测结构变异。我们把这部分代码拆出来学习一下。
用户7010445
2024-06-07
108
0
R语言里将vcf文件转换为GenAlEx格式数据
html
https
jupyter
公众号
数据
https://grunwaldlab.github.io/Population_Genetics_in_R/Data_Preparation.html
用户7010445
2024-06-07
111
0
R语言里做生态位分化分析（1）背景知识查询
函数
数据
网站
data
对象
发现ggtree的作者Y叔也关注了这个R包的作者的github。那这个作者也是个大佬无疑了。
用户7010445
2024-06-07
111
0
学习Nature正刊论文中eQTL分析前对基因表达量的预处理
函数
论文
数据
filter
变量
https://www.nature.com/articles/s41586-022-04808-9
用户7010445
2024-06-07
79
0
评估 beagle 基因型填充的准确率
统计
list
脚本
论文
数据
最简单的一个思路，只保留vcf文件中不包含任何缺失数据的位点。然后随机把某些样本的部分位点替换成缺失，用beagle做基因型填充，比较填充后和填充前的一致性。
用户7010445
2024-05-29
102
0
如何随机选择vcf文件中的变异位点
数据分析
公众号
函数
脚本
论文
现在做群体基因组的论文大部分会公开自己论文分析中的变异检测结果，通常是vcf文件，我们自己可以把vcf文件下载下来试着复现论文中的内容，有时候vcf文件过大，每一步处理起来都会花费比较长的时间。有时候就想把这个vcf文件缩小，随机选择一部分。
用户7010445
2024-05-28
114
0
跟着Nature学数据分析:plink计算SNP和SV之间的连锁不平衡R方值
数据分析
list
脚本
论文
数据
https://www.nature.com/articles/s41586-022-04808-9
用户7010445
2024-05-27
171
0
R语言利用vcf文件计算等位基因频率和连锁不平衡（LD）R方
数据分析
ld
公众号
函数
数据
https://bmcgenomics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12864-022-08418-7
用户7010445
2024-05-27
97
0
使用paragraph软件利用二代测序数据对已知结构变异（SV）进行基因型分型（genotyping）
数据
https
com
论文
软件
https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-019-1909-7
用户7010445
2024-05-27
113
0
跟着Nature学数据分析：minimap2+DeepVariant流程利用hifi数据检测snp和indel
论文
软件
数据
数据分析
output
https://github.com/YaoZhou89/TGG/tree/main/4.Graph_pangenome/1.construction_graph_genome
用户7010445
2024-05-18
177
0
R语言rMVP包做GWAS（全基因组关联分析）分析实例
模型
数据
文件存储
map
matrix
本篇推文的示例数据来源于参考书 《Genome-Wide Association Studies》的第十章 A Practical Guide to Using Structural Variants for Genome-Wide Association Studies。
用户7010445
2024-05-18
392
1
生物信息学入门- Xshell 和 Xftp 的安装 远程链接云服务器
服务器
连接
入门
云服务器
登录
https://www.aliyun.com/daily-act/ecs/activity_selection?source=5176.11533457&userCode=3enjgk6n
用户7010445
2024-05-18
78
0
生物信息学入门~在购买的云服务器上安装anaconda3用于常用的软件安装
云服务器
数据处理
登录
入门
软件
https://www.aliyun.com/daily-act/ecs/activity_selection?source=5176.11533457&userCode=3enjgk6n
用户7010445
2024-05-18
111
0
R语言做基因表达量和变异位点的关联分析eQTL
file
脚本
论文
软件
数据
http://www.bios.unc.edu/research/genomic_software/Matrix_eQTL/runit.html
用户7010445
2024-05-09
103
0
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