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AlphaFold3现已开源！
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人工智能
2024年11月11日，DeepMind宣布，AI蛋白质预测工具AlphaFold3现已开源。这一获得诺贝尔奖的蛋白质结构建模工具的基础代码现在可供学术界下载。
智药邦
2024-11-12
17
0
NCS+NC｜湖南大学DrugAI实验室同一天发表两项重要成果
模型
设计
视频
数据
优化
来自湖南大学曾湘祥教授领导下的DrugAI实验室在2024年11月8号背靠背发表的两篇Nature子刊论文。
智药邦
2024-11-11
61
0
诺贝尔化学奖评述：生物领域人工智能的过去、现在和未来
工具
基础
模型
设计
人工智能
Hassabis和Jumper在蛋白质结构预测方面的工作，以及Baker在全新蛋白质设计方面的卓越成就，为未来人工智能不仅能在原子水平上解读生物学，还能为生物技术、医学及其他领域设计新分子奠定了基础。
智药邦
2024-11-08
114
0
Nat Commun｜全球健康药物研发中心/微软研究院科学智能中心：通过化学语言模型生成靶向分子的药物设计
设计
研发
nat
测试
模型
生成式药物设计有助于创造出有效对抗致病靶蛋白的化合物。这为在广阔的化学空间中发现新型化合物提供了可能，并促进了创新治疗策略的开发。然而，生成分子的实用性往往受到限制，因为许多设计只关注一组与药物相关的狭窄特性，无法提高后续药物发现过程的成功率。
智药邦
2024-11-07
81
0
JCIM｜机器学习驱动的数据估值：优化高通量筛选流程的前沿探索
机器学习
模型
数据
效率
优化
高通量筛选（HTS）是现代药物发现中识别新活性化合物的核心方法。通过大规模筛选成千上万种化合物，HTS有助于发现潜在的药物分子。然而，HTS也面临诸多挑战，包括高误报率、数据不平衡、以及筛选效率低等问题。这些挑战使得HTS过程中产生了大量无用或低效的化合物数据，增加了后续实验的成本和时间。为了应对这些问题，科学家们开始探索如何通过数据分析技术优化HTS流程，减少不必要的实验，并提高模型预测的准确性和效率。
智药邦
2024-11-06
107
0
AI+抗体笼药物技术｜David Baker新公司Archon完成2000万美元种子轮融资
设计
人工智能
工具
工作
开发
2024年10月30日，率先通过计算设计抗体笼 (AbCs)，发掘现有方法无法触及的强大治疗靶点的生物技术公司Archon Biosciences完成2000万美元种子融资。
智药邦
2024-11-05
95
0
复旦大学王满宁团队提出PGBind模型，通过基于口袋引导的显性注意力机制预测蛋白质-配体对接
网络
性能
深度学习
模型
设计
随着越来越多的蛋白质结构被发现，蛋白质-配体对接预测将在药物发现中发挥越来越重要的作用。近年来，基于深度学习的方法在蛋白质与配体的对接预测方面取得了重大进展，但由于在蛋白质特征提取中没有充分考虑潜在口袋区和非口袋区之间的差异，其所获得的蛋白质特征并不是最优的。
智药邦
2024-11-04
78
0
数据驱动的生物分子设计和制造｜智源深澜完成数千万元种子轮融资
行业
科技
设计
数据
自动化
2024年10月，北京智源深澜科技有限公司（下称“智源深澜”）完成数千万元种子轮融资，本轮融资由英诺天使基金领投，水木清华校友种子基金、零以创投跟投。
智药邦
2024-11-04
99
0
JCIM｜利用化学语言模型导航超大虚拟化学空间
虚拟化
产品
开发
模型
优化
在药物开发早期阶段，化学空间的全面探索对于发现新的药物化合物至关重要。然而，传统的虚拟筛选方法通常依赖于有限的化合物数据库，无法有效探索数十亿甚至更多的虚拟化学空间。化学语言模型为探索这些广阔的化学空间提供了一种新方法。然而，现有的模型在生成的化合物的合成可行性和目标特性优化方面仍存在不足。
智药邦
2024-11-01
68
0
南开大学卫金茂团队提出新的药物相似度建模方法，通过药物结构包含相似度（SIS）进行药物靶标结合亲和力预测
模型
数据库
神经网络
工作
函数
探索药物和靶标之间的联系是药物发现和重新利用的必要条件。与传统方法将药物的探索视为一种二元分类任务相比，预测药物与靶标的结合亲和力可以提供更具体的信息。许多研究都是基于类似药物可能与相同靶标相互作用的假设。这些方法根据无向药物相似度或靶标相似度构造对称图。虽然这些相似性可以测量两个分子之间的差异，但无法分析其子结构的包含关系。例如，如果药物A包含药物B的所有子结构，那么在图神经网络的消息传递机制中，药物A应该获得药物B的所有性质，而药物B应该只获得药物A的部分性质。
智药邦
2024-10-29
108
0
JCIM｜破解PROTAC系统的协同效应：终点结合自由能计算的新突破
模型
设计
数据
系统
效率
2024年10月21日，中国药科大学孙慧涌研究团队和浙江大学侯廷军课题组联合在Journal of Chemical Information and Modeling上发表研究Characterizing the Cooperative Effect of PROTAC Systems with End-Point Binding Free Energy Calculation。
智药邦
2024-10-23
90
0
Nat Commun｜北京大学陈语谦团队/腾讯AI Lab：生成式大语言模型用于抗体从头设计
设计
腾讯
nat
开发
模型
2024年8月10日，北京大学深圳研究生院研究员、科学智能(AI for Science,AI4S)中心主任陈语谦与腾讯AI Lab、及西京医院合作，在Nature Communications发表了题为De novo generation of SARS-CoV-2 antibody CDRH3 with a pre-trained generative large language model的研究论文。该研究开发了一种新型的预训练大语言人工智能模型，能够从零开始生成针对特定抗原的抗体，这一成果有望改变抗体药物的研发流程。
智药邦
2024-10-22
127
0
中国海洋大学刘昊团队提出RLP模型，通过强化学习生成多肽药物
强化学习
模型
设计
网络
优化
蛋白质含有未知的氨基酸残基，提取它们用于合成药物肽可以创造具有独特性质的新结构，从而推动药物开发。新型多肽药物分子的计算机辅助设计可以解决传统药物发现过程中成本高、效率低的问题。
智药邦
2024-10-21
127
0
Nature子刊｜对抗体可开发性的认知--你不知道的结论
模型
设计
数据
dp
量化
近日，计算免疫著名学者Victor Greiff ，在Nature子刊发了一篇关于抗体可开发综述研究，题为“Biophysical cartography of the native and human-engineered antibody landscapes quantifies the plasticity of antibody developability“的文章。
智药邦
2024-10-21
83
0
Drug Discov Today｜人类生物通路的化学覆盖范围
工具
工作
开发
系统
研发
基于CRISPR的基因组编辑技术虽已能高效鉴定蛋白质功能，但针对未被充分研究的蛋白质，高质量化学工具的缺乏仍是重大挑战。为此，全球生物医学界启动了“目标2035”联盟，旨在于2035年前为全人类蛋白质组提供严格表征的化学工具，包括化学探针和化学基因组化合物。该联盟汇聚了多家知名机构，如结构基因组学联盟、EUbOPEN联盟、勃林格殷格翰的opnMe等，以及多个化学探针相关的门户网站。
智药邦
2024-10-21
115
0
JCIM综述｜知识图谱嵌入技术在化学领域中的研究进展与应用
数据库
神经网络
知识图谱
模型
数据
2024年10月14日，来自郑州大学的南晓斐副教授等人在Journal of Chemical Information and Modeling上发表综述文章Research Progresses and Applications of Knowledge Graph Embedding Technique in Chemistry。
智药邦
2024-10-21
172
0
中山大学杨跃东团队提出AIxFuse模型，通过基于药效团组合协同学习的结构感知进行双靶点药物设计
函数
框架
模型
设计
强化学习
双靶点药物设计在癌症和自身免疫性疾病等复杂疾病的治疗中引起了很大的关注。一种广泛采用的设计策略是结合药效团来利用两个靶点的结构-活性关系的知识。然而，药效团的结合经常受限于长期和昂贵的试验，因为两个靶点的蛋白质口袋施加了复杂的结构限制。
智药邦
2024-10-14
115
0
JCIM｜扩散模型在从头药物设计中的应用与发展
神经网络
编码
工具
模型
设计
近年来，生成模型（Generative Models）在分子科学，特别是药物发现中，发挥着越来越重要的作用。从头药物设计（De Novo Drug Design, DNDD）是药物发现的关键步骤，其主要目的是在不依赖于已有分子骨架的情况下设计出全新分子。这种方法可以极大地拓宽化学空间，发现具有特定药效的全新小分子。在这类任务中，生成模型，尤其是扩散模型（Diffusion Models），被认为是能够生成具有特定3D分子结构的强大工具，特别是在以3D结构为基础的药物设计中，如分子对接（molecular docking）和蛋白质-配体复合物预测。
智药邦
2024-10-08
163
0
bioRxiv｜利用生成式AI进行初级结构生物学建模
模型
数据
gpt
插件
工具
近年来，基于人工智能的科研能力和应用取得了显著进展。在蛋白质结构预测领域，AlphaFold2和RoseTTAFold等基于AI的专用工具已经取得了令人瞩目的成果，它们能够以高精度对蛋白质结构进行建模，其精度可与低分辨率实验结构相媲美。这些工具依赖于蛋白质序列和结构数据集进行训练，并采用专门的神经网络架构。另一类基于AI的蛋白质结构预测工具是蛋白质语言模型，它们根据蛋白质序列进行训练，而非直接针对结构。
智药邦
2024-10-08
133
0
Nat Commun｜湖南大学史俊峰/曾湘祥教授团队：DeepAMP助力发现新型广谱低耐药性抗菌肽
nat
开发
模型
设计
数据
耐药菌感染已成为威胁全球公共卫生安全的重大问题，造成每年数百万人死亡。传统抗生素的开发周期漫长、成本高昂，而且耐药性的问题效果日益严重，在过去20年中，全球范围内只有三种基于全新骨架的抗生素获批上市。因此，新型抗菌药物的开发工作迫在眉睫。在这一背景下，基于小分子多肽药物的治疗手段正逐渐成为研究的热点。抗菌肽（Antimicrobial Peptides，AMPs）是一类由10至50个氨基酸组成的小分子，因其独特的杀菌机制和对耐药菌的广谱抑制效果而备受关注。然而，传统的实验筛选抗菌肽的方法效率低、成本高，极大限制了AMPs的进一步发展。
智药邦
2024-10-08
131
0
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