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ICML 2024｜用于统一分子建模的多尺度蛋白质语言模型ESM-AA

测试模型设计性能编码

多模态蛋白质语言模型是一个新兴的方向。《Multi-scale Protein Language Model for Unified Molecular Modeling》是一篇发表在ICML 2024的文献，作者是 Kangjie Zheng、Siyu Long、Tianyu Lu、Junwei Yang、Xinyu Dai、Ming Zhang、Zaiqing Nie、Wei-Ying Ma 和 Hao Zhou。文章的蛋白质语言模型涉及到氨基酸序列和分子结构的多模态信息，提供了一个整合的思路。

2024-06-05

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CVPR 2014｜ BioCLIP：生命之树的视觉基础模型

工作基础模型数据测试

BioCLIP 是一个利用图像和结构化生物知识回答生物学问题的多模态大模型。通过在生命之树（生物学分类）上训练模型，增强了对自然界层次结构的理解，具有强大的可泛化性。文章还创建了 TreeOfLife-10M 生物图像数据集，代码和数据集均已开源。

2024-06-05

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Genome Biology｜常用计算工具会产生相互矛盾和过于乐观的AUPRC值

工具可视化数据性能机器学习

在生物医学和生物信息学领域，PRC 和 AUPRC 有着非常广泛的应用。然而，常用的计算工具本身存在的问题可能会被研究人员忽略，从而可能导致对结果解读的偏差。2024 年 5 月，香港中文大学曹沁研究助理教授与徐国荣教授、美国SBP研究所Kevin Yip教授在 Genome Biology 上发表了一篇题为《Commonly used software tools produce conflicting and overly-optimistic AUPRC values》的文章，比较了常用软件工具在基因组学研究中的计算结果，发现产生的 AUPRC 值之间存在冲突和过度乐观的情况。研究人员在使用这些工具评估和解释基因组学研究结果时，需要谨慎，避免可能的误导性结果和偏见。

2024-06-05

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Science｜持续数十年的实验，通过细菌研究突变在演化过程的适应性效应

模型数据模块化

突变对生物体适应度（fitness，生存和繁殖的能力）的影响，可能会受到后续突变的影响，这可能会限制未来的适应性进化路径。这些变化如何发生、会产生怎样的影响，尚缺乏具体的数据。近日，《Science》杂志发表了一项名为《Changing fitness effects of mutations through long-term bacterial evolution》的研究，这项研究通过测量在不同进化适应阶段的细菌，对突变对适应度的影响，或者说适应度效应分布（DFEs）进行了深入的分析。

2024-04-10

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文献速递｜估算中国人群生理年龄的DNA甲基化时钟

数据 https 开发模型设计

DNA methylation clocks for estimating biological age in Chinese cohorts

2024-04-10

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Django后端如何限制上传文件大小

表单后端用户体验 django file

在Django中，对上传文件大小进行限制可以通过几种不同的方法来实现。这包括在表单层面、视图层面或通过设置Django项目的全局配置。以下是一些常用的方法：

2024-04-10

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[文章分享] Biobank测序时代的罕见变异关联分析进展综述

设计数据统计 analysis

这篇综述由 Wenan Chen、Brandon J. Coombes和Nicholas B. Larson撰写，发表在《Frontiers in Genetics》期刊上，主要讨论了生物银行时代稀有变异关联分析的最新进展和挑战。文章概述了稀有变异（Rare Variants, RVs）在遗传疾病和复杂性状中的作用，特别是它们如何可能对常见复杂性状有较大的每等位基因效应大小，尽管检测这些关联的能力可能有限。随着测序成本的降低和技术的进步，采用全外显子组和全基因组测序对大规模生物银行样本进行分析变得可行，这为稀有变异关联分析提供了机会和挑战。

2024-03-25

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使用Django-Simple-Captcha在Django项目加入验证码模块并自定义样式

验证码 captcha 表单配置 django

在 Django 项目中加入验证码功能，通常需要借助第三方库，比如 Django-Smple-Captch 、Django-reCAPTCHA、DEF-reCAPTCHA、Wagtail-Django-ReCaptcha、Django-Friendly-Captcha等。

2024-03-25

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如何在Kubernetes集群中集成Cromwell和Volcano（概述）

kubernetes 测试集群配置通信

将 Cromwell 和 Volcano 在 Kubernetes 集群中集成，使用 Volcano 作为 Cromwell 调度器，涉及到在Kubernetes集群上安装和配置这两个系统以及确保它们能够无缝协作。

2024-03-25

1600

如何在HPC集群使用Jupyter Lab

ssh jupyter notebook http https 开源

在 PBS 任务递交系统的 HPC 集群上，我们需要在登录节点上用 qsub 命令递交任务，把计算任务投递到计算节点中运算。如果你想在集群上使用 Jupyter Lab 或者 Jupyter Notebook，该怎么办？

2021-09-22

1.9K0

R画图y轴范围太大时，如何局部压缩坐标轴？

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用 R 画图的时候，如果 y 轴存在个别非常大或非常小的值，或者当中的数值存在非常大差异的时候，画出的图很容易产生误导效果，使人忽略当中某一部分信息。

2021-09-22

3.7K1

R读取大文件速度太慢？来试试能提速两千倍的fread

csv data file fread table

R 的 read.table 和 read.csv 读取文件速度比较慢。尤其在读取稍微大一点的数据，需要等很长时间。

2021-09-22

2K0

HostHatch 10T大硬盘VPS系统手动安装教程附简单测速

https 网络安全 centos linux

早上收到邮件，HostHatch 的 10T 大盘鸡开通了。不过有点坑的是，系统还得手动安装：

2021-09-22

1.8K0

今日Science：狗是怎么变成狗的？来看看化石DNA的故事！

https 网络安全数据分析

狗第一个被驯化的动物，可能起源于与人类发生了密切接触的灰狼。不过，狗的起源仍有很多争议。虽然已经有不少这方面的研究，但绝大部分研究是基于现代的狗和灰狼进行溯祖，有些问题依旧未能解决。

2021-09-22

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Anaconda安装升级软件包总是失败怎么败

anaconda https 网络安全缓存

在国内连接 Anaconda 官方源速度非常慢。用官方源去安装、升级包，速度估计会抓狂，说不定还总是失败。

2021-09-22

1.7K0

减少繁琐操作，试试这几款免费Docker/K8S管理面板

https 容器镜像服务网络安全 kubernetes 网站

在管理 Docker / Kubernetes 时，图形化管理工具还是非常方便的。这里推荐几款免费不花钱的面板，总有一款适合你。

2021-09-22

3.4K0

Python创建大量线程时遇上OpenBLAS blas_thread_init报错怎么办？

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计算机明明还有空闲资源，但 Python 创建大量线程时，遇上OpenBLAS blas_thread_init 报错怎么办？

2021-09-22

2.5K0

使用ADMIXTURE估计个体的祖先成分

ADMIXTURE 是常用的群体遗传学分析工具，可以估计个体的祖先成分。与 STRUCTURE 相比，它的速度更快。

2021-09-22

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使用Hapbin基于EHH、iHS、XP-EHH方法检测基因组中的选择信号

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EHH（Extended Haplotype Homozygosity）、iHS（Integrated Haplotype Score）和 XP-EHH（Cross Population Extended Haplotype Homozogysity）是常用的基于 haplotype 分析基因组受选择情况的方法。其中，EHH 和 iHS 是检测一个群体中的选择信号，而 XP-EHH 是在两个群体中进行比较。

2021-09-22

1.9K0

预算有限怎么办？来看看这篇千元级别的生信服务器搭建指南

做生信分析的人越来越多，但并不是每个人都有足够的计算资源。云计算是个好东西，但它的成本优势更多体现在大数据处理上，每天需要处理几十几百 TB 甚至 PB 级别的数据时，云计算才会比自建维护机房要划算得多。如果处理的数据不大，自己组装个服务器要划算得多。

2021-09-22

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