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R语言&linux

生信星球课程笔记

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转录组测序分析——差异表达分析2

2023-11-03

3661

下游表达分析——差异表达分析

pearson:对离异值非常敏感，如果有一个值与正常值差很远会导致数据相关性很低，所以通常进行log处理之后再进行pearson分析。 pearson计算出的相关性比spearman计算出的相关性要高。

2023-11-01

6680

转录组测序分析专题——比对/定量

NCBI:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/genome/gu ide/human/index.shtml

2023-10-26

8770

转录组测序分析专题——质控

jobs具有当前窗口时效性，只能看见当前窗口进行的任务，但ps可以看到其他窗口进行的任务

2023-10-20

4840

FASTQ数据格式介绍

2023-10-19

8162

转录组——背景介绍

2023-10-19

2670

linux 环境变量&脚本编程之系统环境与变量

https://wizardforcel.gitbooks.io/vbird-linux-basic-4e/content/104.html

2023-10-18

1490

linux 软件安装

2023-10-16

2490

linux grep awk file vim

特征: 两部分, id行和序列行. - id行:以“>”开头, 有时候会包含注释信息，如 chr1、chr2 ... - 序列行:一个字母表示一个碱基/氨基酸，ATCGN 或 20种氨基酸

2023-03-15

4540

一、linux系统简介》图片命令格式：命令+参数+文件图片举例 tar -zxvf Data.tar.gz 二、文件夹与文件管理命令 1.pwd：printworking dire

2023-03-13

7940

https http 网络安全

1.GO富集分析 rm(list = ls()) load(file = 'step4output.Rdata') library(clusterProfiler) library(ggthemes) library(org.Hs.eg.db) library(dplyr) library(ggplot2) library(stringr) library(enrichplot) 1）输入数据 gene_up = deg$ENTREZID[deg$change == 'up'] gene_down

2023-02-11

3320

1.字符串图片1.str_length图片x <- "The birch canoe slid on the smooth planks."x### 1.检测字符串长度str_length(x)length(x) #返回字符串的个数2.str_splitsplit返回列表，但是列表不能进行计算，对列表进行取子集### 2.字符串拆分str_split(x," ")x2 = str_split(x," ")[[1]];x2y = c("jimmy 150","nicker 140","tony 152")st

2023-02-07

1.7K0

dev.off() #关闭画板，报错也没问题，如果多次运行也不出图就dev.new()

2023-02-07

8230

R语言-文件读写

文件存储 html 编程算法

ex2 <- read.csv("ex2.csv",row.names = 1,check.names = F) #check.name=F不允许检查行名，可以保留其特殊字符

2023-02-04

6210

3）是否更新：建议选n，除非一直报错；不想回答安装命令参数：update=F, ask=F

2023-02-03

3910

2-R语言数据结构

html date document output title

---title: "2-R语言数据结构"output: html_documentdate: "2023-02-02"---矩阵：只允许一种数据类型的二维结构数据框：每一列只允许一种数据类型列表：可以装各种数据类型#重点：数据框#1.数据框来源# （1）用代码新建# （2）由已有数据转换或处理得到# （3）读取表格文件# （4）R语言内置数据#2.新建和读取数据框df1 <- data.frame(gene = paste0("gene",1:4), change =

2023-02-02

4730

R语言-基础+向量

python character na paste 数据类型

数据类型：数值型（numeric)，字符型（character，必须加" "or' '），逻辑型（TRUE FALSE NA存在但未知）

2023-02-02

8330

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