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生信小白的专栏

生信入门一年有余，分析一下心得体会

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单细胞转录组分析RNA velocity-STAR solo

STAR较CellRanger有着更快的运行速度和更广泛的运用场景。单细胞转录组的比对可以通过STAR-solo来实现，在solo Features 可以同时获取Gene expression和RNA velocity 信息，帮助我们进行拟时序分析。

2023-12-01

1.5K0

人生第一次尝试DockerFile来安装Docker

bioinformatics biopython 容器镜像服务生物基因

Docker是一个用Go语言实现的开源项目，可以让我们方便的创建和使用容器，docker将程序以及程序所有的依赖都打包到docker container，这样你的程序可以在任何环境都会有一致的表现，这里程序运行的依赖也就是容器就好比集装箱，容器所处的操作系统环境就好比货船或港口，程序的表现只和集装箱有关系(容器)，和集装箱放在哪个货船或者哪个港口(操作系统)没有关系。

2023-07-21

5450

人生第一次使用Kobas注释基因功能

生物基因功能测试

使用前annotate.py -h / identify.py -h 查看帮助文档

2023-07-04

1.4K0

单细胞转录组scruble双细胞计算

生物基因数据分析

2023-06-14

6140

人生第一次下载Reactome 基因集

单细胞转录组分析不能局限在基因的差异表达，需要具体到某个生物学功能上来，才能近一步揭示生物学意义。通常进行差异基因的功能富集分析，包括GO、KEGG、REACTOME等数据库。

2023-06-05

2K0

人生第一次使用ASCP 下载数据

生物基因 bioinformatics download

由于课题需要下载single cell raw data 进行后续分析，但是NCBI SRA 文件分割后只有一个FASTQ文件，只能从ENA上下载BAM 文件，使用Cell ranger bamtofastq 转为fastq文件再进行比对。开启了慢慢长ERROR路

2023-05-26

1.3K1

人生第一次尝试Chip-seq analysis

由于课题需要开始学习Chip-seq的分析方法，Chip-seq的原理已经有很多介绍啦，我就不再写了。

2023-05-17

8621

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