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    一文读懂云计算,所有常用术语

    云计算:云计算指的是交付计算即服务(或者交付结果中包括计算架构),而不是产品。资源共享,软件和信息通过网络(企业内网、互联网或者二者的结合)供计算机或者其他设备当做公共设施使用(就像电网)。云计算的历史和一些大型企业相关,这些企业为了应对高峰需求(像圣诞采购)而构建了计算架构,他们发现在其他时间这些容量并没有有效使用。随后,他们将这些资源以付费的形式,通过互联网提供给其他需要的人,这样云计算逐步形成。 私有云:私有云是一种服务于单一企业的云基础架构,无论是托管在企业内部或者外部。 公有云:公有云是可以由众多

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    2019腾讯犀牛鸟精英人才培养计划课题介绍(四)——量子计算

    精英人才培养计划是一项校企联合人才培养项目,入选学生将受到业界顶尖技术团队与高校导师的联合指导及培养。培养期间,学生将获得3个月以上到访腾讯开展科研访问的机会,基于真实产业问题及海量数据,验证学术理论、加速成果应用转化、开阔研究视野。同时项目组将引进沟通技巧、商业分析、创新思维等定制课程,定期举办线上线下交流活动,全面提升学生综合素质。入选学生还将获得线上实名社群平台“十分精英圈”的在线访问权限,结识志同道合的科研伙伴,获取业界信息及资源。 今年共有10大方向,81个子课题 申报截止日期:2019年1

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    智能算法 | 又一大进步,软件测试开销过大的问题这样解决!

    近年来,在软件开发过程中(如图一)据统计有50%的开销来自于测试环节。软件测试的主要目的是以最少的人力、物力和时间找出软件中潜在的各种缺陷和错误,通过修正缺陷和错误提高软件质量,回避软件发布后由于潜在的软件缺陷和错误造成的隐患。其中黑盒测试和白盒测试是两种常见的测试类型,黑盒测试着重于评估测试程序的表现,白盒测试则能够揭露程序逻辑上的潜在缺陷。而测试用例自动生成问题(ATCG)是一类迫切需要解决的白盒测试问题,以往测试用例的自动生成大多通过人工手段实现,ATCG问题的解决可以有效帮助减少软件测试过程中的人力、物力资源的开销。

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    PyVibMS更新:支持ORCA、xtb、Q-Chem输出

    题中所述三种程序是比较流行的量子化学计算程序,笔者近期对PyVibMS插件进行了改进,使它能够原生支持ORCA、xtb和Q-Chem程序计算得到的振动分析输出。如果是第一次接触PyVibMS,请参见 《使用PyVibMS可视化分子和固体中的振动模式》一文。本文涉及的例子文件都在GitHub的档案中。 下面就ORCA、xtb和Q-Chem这三种量子化学计算程序,演示如何用PyVibMS显示分子振动。 1. ORCA 4 打开一个干净的PyMOL窗口,开启PyVibMS插件窗口后,在输入文件处选定 examples/ORCA/h2o/h2o.hess,在弹出的对话框内将文件类型调成 ORCA Hess File (*.hess)。确认选定后,将PyVibMS窗口的XYZ下拉菜单调成 ORCA 4 (.hess file)。因为这个文件包含了振动分析的结果,因此我们需勾选 Has Vib. Info. 然后点击Load载入即可。 ORCA产生的 .hess文件并非ORCA计算的主输出文件,它是振动分析产生的额外输出文件。 目前支持ORCA 4及以上的版本,但需要注意的是ORCA在处理多原子直线分子时似乎有个错误。例如对于二氧化碳分子(examples/ORCA/co2),ORCA只给出了3个振动而实际为4个。 2. xtb xtb程序在进行 --hess或--ohess 计算之后,会产生一个模仿高斯振动分析输出的g98.out文件,我们可以把这个文件载入PyVibMS进行振动可视化。 在新开启的PyVibMS窗口中,在输入文件处选定 examples/xtb-640/co2/g98.out,在弹出的对话框内将文件类型调成 Output File (*.out)。确认选定后,将PyVibMS窗口的XYZ下拉菜单调成 xtb (g98.out file), 勾选 Has Vib. Info. 后点击Load 载入即可。 3. Q-Chem PyVibMS插件支持Q-Chem计算的振动分析(freq) 输出和结构优化+振动分析(opt+freq) 输出,并且解析Hessian和数值Hessian情况下的振动结果都可以被分析。在新开启的PyVibMS窗口中,在输入文件处选定 examples/Q-Chem/h2o/ h2o-opt-f.log,在弹出的对话框内将文件类型调成 Log File (*.log). 确认选定后,将PyVibMS窗口的XYZ下拉菜单调成 Q-Chem 4/5, 勾选 Has Vib. Info. 后点击Load 载入即可。 4. 其他量子化学程序 除了以上几个比较常用的量子化学程序,我们还可能会用到CFOUR、MOLCAS等其他程序。对于这些程序计算得到的振动分析结果,我们可以先使用UniMoVib程序(https://github.com/zorkzou/UniMoVib)处理,导出PyVibMS可以读取的XYZ坐标和mode文本文件,再使用PyVibMS进行振动可视化。关于UniMoVib程序的情况,可参见“分子振动频率和热化学计算程序UniMoVib”一文(http://bbs.keinsci.com/thread-5793-1-1.html)。具体流程请见后续推送:“使用UniMoVib+PyVibMS显示其他量化程序振动分析结果”。

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    《你问我答》第二期 | 解答关于TubeMQ、TBase、Oceanus与数据湖的疑问

    各位小伙伴们大家好,我们又见面啦~ 上一期的《你问我答》中 我们的专家解答了大伙对于腾讯大数据团队的开源项目,以及技术实践等方面的一些疑问 与此同时,我们在后台收到了更多的问题 所涉及的话题和专业领域也更加广泛 遗憾的是,由于篇幅限制 我们每期只能挑选5个问题进行答复 没有被选上的小伙伴也不要灰心 本栏目将继续进行下去 大家有任何关于ABCD(人工智能、大数据、云计算、数据库)领域的疑问 或者在工作中遇到了难以解决的相关技术问题 尽管在文章下方留言 您的问题越难,就越有可能得到专家的答复哦! (

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    使用UniMoVib+PyVibMS显示其他量化程序振动分析结果

    1. 前言 在之前的《使用PyVibMS可视化分子和固体中的振动模式》一文中,笔者介绍了PyVibMS插件的基本使用方法。目前对于量子化学程序计算的分子体系,PyVibMS已经可以原生支持高斯、ORCA、xtb和Q-Chem四款主流软件。然而对于CFOUR、MOLPRO、BDF等较少使用的量子化学程序计算的振动分析的结果,PyVibMS支持通过先载入XYZ坐标文件、再载入mode文本文件的方式进行振动可视化。其中,mode文本文件的准备可能需要用户有一定的脚本编写水平。 本文介绍一种不需要用户编写脚本制作mode文件就可以对非主流量子化学程序计算得到的振动分析结果进行可视化的方法。此方法的基本原理是先利用UniMoVib程序读取量子化学计算程序给出的Hessian矩阵信息,然后生成可以让PyVibMS读取的统一格式的XYZ和mode文件,最后将这两个文件载入PyVibMS即可。 UniMoVib是一款可以从近30种量子化学计算程序中读取Hessian、坐标等数据计算谐振频率和(可选)红外强度的Fortran程序。可以将它理解成一个加强版的freqchk程序。目前UniMoVib的代码、手册和例子文件在GitHub上托管:

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    使用PyVibMS可视化分子和固体中的振动模式

    在日常的计算化学研究中,我们经常需要将计算得到的分子或者固体/晶体体系简谐振动通过动画的方式直观地呈现在屏幕上,从而可以清楚地知道在某个特定的振动模式下是哪些原子在运动。一方面,这种振动的可视化可以在实验测量得到了振动光谱(红外、拉曼)的情况下帮助我们借助理论计算对振动谱图进行指认;另一方面,在反应机理研究的过渡态计算中,通过对虚频振动的观察,我们可以很快知道计算得到的过渡态结构是否能把反应物、产物的结构串起来。 以最常用的量化计算程序高斯为例,与之配套使用的GaussView软件可以很轻松地对振动分析 (freq) 计算结果进行可视化。类似地,Q-Chem也有一个配套的IQmol程序(免费、开源)可以呈现Q-Chem的振动分析结果。此外,一些第三方的程序如Avogadro、MOLDEN等也可以对高斯程序的振动分析结果进行可视化。计算化学公社的社长sob老师曾经写过一个可以将ORCA的振动分析结果转换为高斯输出格式的工具(http://sobereva.com/498)以及一个可以在VMD程序中显示振动模式静态矢量的工具(http://sobereva.com/567)。

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