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    一个数量遗传学题:如何计算育种值

    题目 设动物个体效应为随机遗传效应(a),日粮、性别和畜舍为固定环境效应(b),背膘厚的遗传力为0.4,请完成以下工作: 1,建立背膘厚的线性模型 2,写出模型的一般形式和矩阵形式 3,写出混合线性模型方程组的各组分成分...4,获得的估计值具有哪些特点 5,不同日粮和性别的效应值是多少 6,个体育种值是多少,是否和表型值排序一致?...则遗传力为:2/(2+3) = 0.4 问题4,问题5,问题6需要根据结果来解答 解决方案1:R语言 构建数据: 根据公式建立混合方程组,确定固定因子矩阵Z,随机因子矩阵X,亲缘关系逆矩阵`solve...data.frame(ID,Riliang,Sex,Sire,Dam,Chushe,mm) dat #构建模型: ped <- dat[,c(1,4,5)] ainv ginv...tZX,tZZk)) dim(LHS) tXY = t(X)%*%Y tZY = t(Z)%*%Y RHS = rbind(tXY,tZY) dim(RHS) library(MASS) ab = ginv

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    GCTA学习6 | GCTA计算GRM矩阵(G矩阵)

    R函数,读入二进制矩阵 可以通过R语言代码读取二进制GRM文件: # R script to read the GRM binary file ReadGRMBin=function(prefix, AllN...,为压缩文件,第一列和第二列为编号信息(根据ID的顺序编号,相当于是矩阵的下三角行列信息),第三列是SNP个数,第四列是相关系数 1 1 1000 1.0021 2 1 998...将GCTA计算的GRM变为ASReml支持的格式 ASReml-R的ginv格式,是矩阵的下三角,第一列是矩阵的行号,第二列是矩阵的列号,第三列是矩阵的数值(亲缘关系系数)。...所以,可以直接根据GCTA的文本的GRM,进行转换。 「注意,ASReml计算需要的是G逆矩阵,而GCTA计算的是G矩阵,所以要求逆矩阵之后,才可以利用。」...「命令代码:」 gcta64 --bfile test --make-grm-bin --make-grm-alg 1 --out g1 --maf 0.01 在R语言中读取二进制G矩阵,并转化为逆矩阵的三元组形式

    1.8K30

    全基因组选择介绍及实践-1

    进行检测 不同群体变化较大 标记可解释的遗传变异百分比较低 在动物育种中的应用非常有限 全基因组选择 优点: 无需进行主效基因或者QTL的检测 不依赖于表型信息(候选群) 能够捕获基因组中的全部变异 对于低遗传力...动物模型是利用的系谱构建的A矩阵 GBLUP是利用基因组信息构建的G矩阵 一步法(single-setp)是利用系谱和基因组信息构建的H矩阵 5,其它方法 除了GBLUP和Single-step, 还有其它方法用于基因组选择..., 不过应用最广最强建最有优势的还是GBLUP和Single-step....# 计算A逆矩阵 moda_as = asreml(Phen ~ Sex + G, random = ~ ped(Progeny),ginverse= list(Progeny=ainv),data...library(asreml) diag(G) = diag(G)+0.01 # 矩阵奇异, 对角线+0.01防止奇异 ginv = write_relation_matrix(G,type="ginv

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    温故知新--R基础知识(下)

    · 短的向量操作数将会被循环使用以达到其他操作数的长度。 · 有且只有短的向量和数组在一起,数组必须有一样的属性dim,否则返回一个错误。 · 向量操作数比矩阵或者数组操作数长时会引起错误。...R包括许多只对矩阵操作的操作符和函数。例如上面提到的t(X)就是矩阵的转置函数。函数nrow(A)和ncol(A)将会分别返回矩阵A的行数和列数。 1.矩阵相乘 操作符%*% 用于矩阵相乘。...diag():返回以该向量元素为对角元素的对角矩阵。 2.解线性方程和求逆 求解线性方程组是矩阵乘法的逆运算。...在R里面,用命令 solve(A,b) 矩阵的逆可以用下面的命令计算 solve(A) 三、小结 R语言中数组可以看作是带有多个下标类型相同的元素集合。...()可以完成"矢积"运算,也就是crossprod(X,y)和t(X) %% y 等价,而且在运算上更为高效,diag()返回以该向量元素为对角元素的对角矩阵,使用solve()可以对矩阵求逆。

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    如何在 Go 中优雅的处理和返回错误(1)——函数内部的错误处理

    在使用 Go 开发的后台服务中,对于错误处理,一直以来都有多种不同的方案,本文探讨并提出一种从服务内到服务外的错误传递、返回和回溯的完整方案,还请读者们一起讨论。...---- 问题提出 在后台开发中,针对错误处理,有三个维度的问题需要解决: 函数内部的错误处理: 这指的是一个函数在执行过程中遇到各种错误时的错误处理。...,那么这一行中的 err 变量和函数最前面定义的 (err error) 不是同一个变量,因此即便在此处发生了错误,但是在 defer 函数中无法捕获到 err 变量了。   ...---   下一篇文章是《如何在 Go 中优雅的处理和返回错误(2)——函数/模块的错误信息返回》,笔者详细整理了 Go 1.13 之后的 error wrapping 功能,敬请期待~~ --- 本文章采用...原文标题:《如何在 Go 中优雅的处理和返回错误(1)——函数内部的错误处理》 发布日期:2021-09-18 原文链接:https://cloud.tencent.com/developer/article

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    数据分析 ——— numpy基础(二)

    接上篇文章,继续更新一些numpy下的一些常用函数的使用, 在这里多为矩阵的操作,创建矩阵,单位矩阵,求解逆矩阵等并进行one-hot编码,线性矩阵的特征向量,特征值,奇异值,行列式的计算。...=None) n: int型表示的是输出的矩阵的行数和列数都是n dtype: 表示的是输出的类型,默认是float 返回值:是n*n的主对角线为1,其余都为0的数组 该函数和np.eye()函数的区别在于...[[1,9,7], [3,9,4]]) print('A:',A) print('B:',B) print('A的转置:',A.T) # 矩阵的转置 print('B逆矩阵:',B.I) # 逆矩阵...函数求解线性方程组 x = np.linalg.solve(A, b) print("solution", x) # 使用dot函数检查是否正确 print("check:", np.dot(A, x..."" 代码获取:微信扫一扫下方二维码,后台回复“numpy”即可获取代码 精彩推荐 python图像识别——图片相似度计算 简单的验证码识别————代码实现 win10下安装GPU版本的TensorFlow

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    Google Earth Engine(GEE)——影像数组的转换与运算.matrixSolve

    Earth Engine 支持转置、逆和伪逆等数组变换。例如,考虑一个时间序列图像的普通最小二乘 (OLS) 回归。...matrixPseudoInverse() 计算矩阵的 Moore-Penrose 伪逆。...Returns: Image matrixSolve(image2) 求解矩阵方程 A*x=B 中的 x,如果对于 image1 和 image2 中每个匹配的波段对 A 是超过估计的,则找到最小二乘解...Returns: Image 或者 从可读性和计算效率的角度来看,获得 OLS 系数的最佳方法是solve()(matrixSolve()对于阵列图像)。...该 solve()函数确定如何从输入的特征中最好地求解系统,使用超定系统的伪逆、方阵的逆和近似奇异矩阵的特殊技术: 代码: // 此函数使用简单云分数的阈值屏蔽输入。

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    matlab符号计算(二)

    ,假设用符号变量A和B,其中A,B可以是单个符号变量也可以是有符号变量组成的符号矩阵。当A,B是矩阵时,运算规则按矩阵运算规则进行。 A+B、A-B:加法与减法。...计算矩阵A的整数B次方幂。若A为标量而B为方阵,A^B用方阵B的特征值与特征向量计算数值。若A 与B同时为矩阵,则返回一错误信息。 A.^B:点次方幂。按A与B对应的分量进行方幂计算。...v,与给定的边界条件和初始条件cond1,cond2, …,....pretty 将表达式显示成惯用的数学书写形式 findsym 从符号表达式中或矩阵中找出符号变量 finverse 函数的反函数 horner 嵌套形式的多项式的表达式 hypergeom 广义超几何函数...Laplace变换 ilaplace 逆Laplace变换 zeta Riemannζ-函数 ztrans z-变换 iztrans 逆z-变换 taylor Taylor 级数展开式 jacobian

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    利用numpy解决解方程组的基本问题

    找到用于解方程组的系数和常数数据; 将数据按照线性代数的方法进行排列; 利用numpy和相关函数、库进行运算; 通过实验、实践等证明提出的方法是有效的,是能够解决开头提出的问题。...83;42") # b为常数列inv_A = np.linalg.inv(A) # A的逆矩阵inv_A = A.I # A的逆矩阵# x = inv_A.dot(b) # A的逆矩阵与b做点积运算...x = np.linalg.solve(A, b)print(x) 我们可以输出: [[11...] [13.]] 3 结语 针对这一问题,提出使用numpy库、solve()函数等方法运用该方程组的系数矩阵和常数矩阵进行计算求得逆矩阵,最终得出结果求得未知数。通过实验,证明该方法是有效的。...其中对于正则表达式的书写方法还不够熟练,对于函数solve()的使用还存在很多未知,由于知识和技术上存在问题以上代码暂时只用于三阶及以下和部分高阶的方程组,我们相信通过不断地学习与练习,我们能进一步优化方法

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    极限学习机︱R语言快速深度学习进行回归预测

    f为激活函数。 卷积层中的权值与阈值通过随机梯度下降法得到: ? 式中,a为学习率。 损失函数对卷积层参数的梯度可通过链式求导来得到,如下: ? 式中, ? 表示前一层的梯度。...卷积神经网络中的激活函数有多种形式: ? 式中a为固定的参数。 ? 式中 ? ,每个batch训练样本中的都随机采样自均值分布,在测试中取 ? 。 ?...用最小二乘法解决的一种特殊结果为,等价为一种矩阵求逆的形式 ? ? 为的Moore-Penrose广义逆。...在分类过程中取得了更好的效果; 3)与其他神经网络算法不同,极限学习机在训练过程中,选择激活函数过程中可以选择不可微函数。...{ x <- model.matrix(object$formula, newdata) } else { x <- newdata } ########1.获取训练模型中的参数

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    用Python的Numpy求解线性方程组

    为此,我们可以采用矩阵逆的点积A和矩阵B,如下所示: X = inverse(A).B 用numpy求解线性方程组 要求解线性方程组,我们需要执行两个操作:矩阵求逆和矩阵点积。...使用inv()和dot()方法 首先,我们将找到A在上一节中定义的矩阵逆。 首先让我们A在Python中创建矩阵。要创建矩阵,array可以使用Numpy模块的方法。...) 为了找到矩阵的逆,将矩阵传递给linalg.inv()Numpy模块: inv_A = np.linalg.inv(A) print(inv_A) 下一步是找出矩阵的逆矩阵之间的点积A和矩阵B。...重要的是要提一下,只有在矩阵的维度相等的情况下,才可能在矩阵之间获得矩阵点积,即,左矩阵的列数必须与右矩阵的行数匹配。 要使用Numpy库查找点积,使用linalg.dot()函数。...使用solve()方法 在前两个示例中,我们使用linalg.inv()和linalg.dot()方法来找到方程组的解。

    1.5K10

    PYTHON替代MATLAB在线性代数学习中的应用(使用Python辅助MIT 18.06 Linear Algebra学习)

    特别是对于向量的表示,向量本来是纵向的,代表矩阵中的一列。但在方法1、2中,都成为了横向的。这很容易造成概念的混淆,和计算中的错误。...) Matrix([ [ -2, 1], [3/2, -1/2]]) #符号计算会保持分数形式 #numpy也可以从sympy的计算结果中,获取计算数值,通常,这能提供更高的精度 #当然,sympy...以及根据自由变量F子矩阵的情况获得方程的0空间解。 当然,如同前面的解方程一样,SymPy中直接提供了函数获取0空间解。...需要注意的是在数学中,矩阵行列的计数通常从1开始,第1行、第2行...第1列、第2列。而在Python中,遵循了计算机语言一贯的习俗,是从0开始计数的。...希望能为学习线性代数的同学,或者希望从MATLAB迁移至Python的同学带来帮助。 错误疏漏因水平所限难以避免,欢迎指正。

    5.5K51

    单性状动物模型矩阵形式计算BLUP值

    ID Sire Dam 1 NA NA 2 NA NA 3 1 NA 4 1 2 5 3 2 如果是计算逆矩阵的矩阵形式, 可以使用makeAinv(pped)$Ainv Ainv = makeAinv...-1.0 -1.0000000 . 2 如果是计算逆矩阵的行列形式, 可以使用makeAinv(pped)$listAinv makeAinv(pped)$listAinv row..., 两者一样 3, 构建模型 y = Xb + Zu + e 构建固定因子矩阵 这里使用函数model.matrix构建矩阵, 比较方便 for(i in 1:4) dat[,i] <- as.factor...-2 -2.000000 . 5 可以看到, 里面的LHS左手矩阵和上图结果一致. RHS <- rbind(Xpy,Zpy) RHS ?...可以看到, 结果虽然结果不一致, 但是PPT里面的结果是错误的… 所以说,PPT里面的内容也不一定是正确的,现场演示之后,发现PPT里面的结果是错误的,这该如何圆场???现场翻车记!!!

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