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R语言实例：利用css对shiny页面优化及htmlwidgets创建控件

摘要本演讲将介绍如何利用CSS对shiny页面进行个性化设计及在网页中嵌入视频；并通过一个详细案例介绍了利用htmlwidgets包开发HTML控件，基于D3.JS库创建简单的交互桑基图，包括控件创建...、函数修改、数据调用及与shiny结合的演示。...1、创建一个样式表，把它放到www目录文件下：在应用的当前目录下，创建www文件夹，把CSS样式放在www目录里。对Shiny自带的“03_reactivity”例子添加个性化样式。 ?...修改treemap.R的文件配置在treemap.R中，删除message=message命令，增加data=data命令。...与Rmarkdown结合利用htmlwidgets包创建的控件，很容易与Rmarkdown和Shiny结合。 ? 我的分享到此结束，谢谢大家！

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绘制旭日图：sunburstR

shiny是R的Web应用程序框架，使用R构建交互式Web应用程序较容易 1....,在Shiny应用程序和交互式Rmd文件中使用d2b输出函数 server <- function(input, output, session) { output$s2b <- renderSund2b...) （3） sunburst(sequences, legendOrder = unique(unlist(strsplit(sequences[,1],"-"))), #只需在中间的说明中提供名称即可...d3r的d3依赖 ) 7....使用来自R数据集的颜色列 library(treemap) library(d3r) rhd <- random.hierarchical.data() tm <- treemap( rhd, index

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Apache Zeppelin 中 R 解释器

概述 R是用于统计计算和图形的免费软件环境。要在Apache Zeppelin中运行R代码和可视化图形，您将需要在主节点（或您的开发笔记本电脑）上使用R。...星火上下文和语境SQL创建并注入当地环境自动sc和sql。同样的情况下与共享%spark，%sql并%pyspark解释： ? 您还可以使普通的R变量在scala和Python中可访问： ?...为什么没有htmlwidgets？为了支持htmlwidgets，它具有间接依赖，rmarkdown使用pandoc，这需要写入和读取光盘。这使它比knitrRAM完全运行的速度慢许多倍。...为什么不ggvis和shiny？支持shiny需要将反向代理集成到Zeppelin中，这是一项任务。最大的OS X和不区分大小写的文件系统。...检查你的shell登录脚本，看看它们是否在DISPLAY调整环境变量。这在某些操作系统上是常见的，作为ssh问题的解决方法，但可能会干扰R绘图。 akka库版本或TTransport错误。

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shiny资源汇总

六年前还在上海工作的时候，机缘巧合接触了使用R语言的shiny体系搭建网页工具的技术，就一直身体力行的在我们生物信息学圈子里面推广它。...在造汽车之前，造辆自行车玩玩有成就感的入门，为接下来枯燥无味的进阶积累一点点动力快速上手 The written Shiny tutorial https://shiny.rstudio.com/tutorial...纸上得来终觉浅，绝知此事要躬行一些文章和书他们也许因为软件版本的迭代，在操作环节有一点点过时在亚马逊服务器上部署 DS4B 202A-R: Expert Shiny Developer with...开发者视频讲座 Shiny Developer Series 一个shiny例子集合 dreamRs shiny gallery js在shiny中的运用 JavaScript 4 Shiny - Field...UI设计 Welcome | Outstanding User Interfaces with Shiny 怎么写小工具 How to write a useful htmlwidgets in R:

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rmarkdown+flexdashboard制作dashboard原型

R语言作为一门统计计算和数据可视化为核心特色的工具性语言，其在可视化领域或者说数据呈现方面有着非常成熟和系统的解决方案。...其一是shiny+shinydashboard+诸多可视化系统及组件（图表、表格、文本信息），shinydashboard是相当于前端UI模板化的R语言api接口，你可以以R语法的格式去配置交互控件以及组织页面逻辑...第二套框架便是使用rmarkdown+flexdashboard+可视化组间（各种图形语法以及表格、文本信息等），rmarkdown是基于通用markdwon语法深度扩展的R语言markdown实现，在保留通用标记语法的基础上扩展了相当多的应用场景...rmarkdown支持的可视化（主要得益于flexdashboard赋予的扩展能力）组件主要包含以下几种： graphics:base、lattice、grid(ggplot2)、htmlwidgets...输出的shiny图形组件，可以直接dashboard的控件布局，直接输出的R内置图形可以支持自定义单个图形的长款尺寸。

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「R」Shiny：工作流（二）调试

本文对于学习 R 编程调试也是有帮助的。当你开始编写应用程序时，几乎可以确定会出错。导致大多数错误的原因是我们心里的 Shiny 设计模型与 Shiny 实际的运行情况的不匹配。...所有值都是正确的，但是在你期望的时候它们不会更新。这是最具挑战性的问题，因为它是 Shiny 所特有的，因此你无法利用现有的 R 调试技能。...： 1: f("a") 2: g(x) 3: h(x) 您可能已经熟悉 R 中的 traceback()。...此功能可以在发生错误之后以交互方式运行以查看导致错误的调用顺序。我们无法在 Shiny 中使用此功能，因为我们无法在应用运行时以交互方式运行代码，而是 Shiny 会自动为我们打印调用堆栈。...1: source 3: print.shiny.appobj 5: runApp 接下来，我们看到一些内部 Shiny 的代码负责调用反应式表达式。

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Shiny-R语言轻松开发交互式web应用

Shiny简介 Shiny是RStudio公司开发的新包，有了它，可以用R语言轻松开发交互式web应用。特性只用几行代码就可以构建有用的web应用程序—不需要用JavaScript。...采用websockets包，做到浏览器和R之间快速双向通信。采用反应式（reactive）编程模型，摒弃了繁杂的事件处理代码，这样你可以集中精力于真正关心的代码上。...开发和发布你自己的Shiny小工具，其他开发者也可以非常容易地将它加到自己的应用中安装 Shiny可以从CRAN获取，所以你可以用通常的方式来安装，在R的命令行里输入： install.packages...与常见的R语言做出的图不同，Hello shiny有一个可以调整bins（柱的个数）的滑条，用户可以滑动选择bins的数目，app图表会随即产生变化....用户界面是在源文件ui.R中定义的： ui.R library(shiny) # Define UI for app that draws a histogram ---- ui <- fluidPage

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R : Shiny|搭建单细胞数据分析云平台

前言 shiny官网(https://shiny.rstudio.com/) 在R for data science这本书中，作者提出数据分析的一个流程，在数据转换、可视化以及建模之后，来到数据分析的新阶段...R for data science 有不少文章在发表的最后也会附上数据探索的一个Shiny程序，方便读者再利用文章的数据。...您还可以使用CSS主题、htmlwidgets和JavaScript动作来扩展您的应用程序。...建立Shiny程序在Rstudio中像新建文件一样，建立Shiny文件： ?...编写 server.R 以及ui.R 然后就可以开始写我们自己的shiny程序了，先来看一下我的server.R： # # This is the server logic of a Shiny web

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《R语言游戏数据分析与挖掘》新书推荐

作者：谢佳标微软中国MVP，多届中国R语言大会演讲嘉宾，目前在创梦天地担任高级数据分析师一职，作为创梦天地数据挖掘组的负责人，带领团队对游戏数据进行深度挖掘，主要利用R语言进行大数据的挖掘和可视化工作...，对用户和收入进行深度挖掘，这些实战案例的解决方案具有行业通用性，可以很好地将思路移植到其他行业领域中；提高篇又分为rattle和shiny，rattle是一款优秀的R语言数据挖掘工具，shiny是RStudio...：base系统、lattice系统和ggplot系统的绘图技术以及交互式绘图（rCharts包、recharts包、plotly包以及其他基于HTMLWidgets包开发的交互包）。...在渠道用户质量分析一章中，书中借鉴时间管理理论中一个非常重要的四象限法则，对渠道用户进行象限划分，进而研究不同渠道的用户质量情况。...在提高篇详细介绍了R语言数据挖掘工具Rattle，此工具能够在一个图形化的界面上完成数据导入、数据探索、数据可视化、数据建模和模型评估整个数据挖掘流程；最后一章介绍了Web开发框架shiny包，使得R的使用者不必太了解

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基于R语言的shiny网页工具开发基础系列-07

然后将您的app.R文件以及该应用程序使用的所有补充文件存储在存储库中。...比如： runGist("eb3470beb1c0252bd0289cbc89bcf36f") 作为网页分享以上所有方法都有相同的限制。他们要求您的用户在计算机上安装R和Shiny。...Connect，这是您的团队在R中创建的工作的发布平台。...在一个方便的位置共享Shiny应用程序，R Markdown报告，仪表板，绘图，Jupyter Notebook等。...恭喜你您已经完成了整个Shiny开发过程。您可以构建复杂的反应式应用程序，进行部署并与他人共享。用户可以与您的数据进行交互，并以新的方式关注您的故事。下一步是练习，然后探索Shiny的高级功能。

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Nucleic Acids Research 在线发表癌症miRNA组学数据库CancerMIRNome

另外，CancerMIRNome数据库中收集的所有数据 (miRNA表达数据和样本表型数据) 都以ExpressionSet的形式存储在.RDS文件中，用户可以非常方便的下载这些数据并在R中读取用于更个性化的分析...个人理解Shiny的确有一些缺陷，比如网页设计不够灵活、有些功能无法实现、时间长了会掉线等等，我也注意到目前有很多新的R包被开发出来用于解决这些问题。整体来看应该会越来越好。...抛开这些不足，Shiny可能是最容易上手的工具且跟R语言无缝连接 (只是说“可能”，因为其他工具我也不了解)，再多花些时间学习一下也能做出很专业漂亮的页面。...另外有很多针对advanced Shiny app开发的R包可以直接拿来学习和使用。...我自己在Shiny app的UI设计上也做了很多研究。

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R语言实现网页版词云图的绘制

今天我们为大家介绍一个简单的词云图绘制的R包wordcloud2，这个包借助shiny框架实现了图像的可交互。废话不多说，接下来我们看下它的使用。...低于此频数的关键词将不会被显示。 (5) max.words—限制词云图上关键词的数量。最后出现在词云图上的关键词数量不超过此限制。 (6) random.order—控制关键词在图上的排列顺序。...(13)figPath—这是一个神器，可以让你的词云图按照你输入的图像的性状进行词的分布。下面我们来看几个实例： 1. 基础的词云图绘制： wordcloud2(demoFreq) ? 2....R") ?...最后的大招就是图形的交互体验，这个在这里我们没法去演示，给大家一个实例代码，这个代码主要是当我们将鼠标移动到一个词上时，就会显示我们输入的信息： hoverFunction =htmlwidgets::

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学习R语言，一篇文章让你从懵圈到入门

在R和python上都可使用 readr：实现表格数据的快速导入。...它的一部分是由R语言编写的，另一部分是由Java和Python语言编写的。用户可以部署H2O的R程序安装包，之后就可以在R语言环境下运行了。 ROCR：通过绘图来可视化分类器的综合性能。...自动化分析以下R包用于创建自动化分析结果的数据科学产品： shiny：一个使用R语言开发交互式web应用程序的工具。...shinyjs：用于在Shiny应用程序中执行常见的JavaScript操作 miniUI：提供了一个UI小部件，用于在R命令行中集成交互式应用程序 shinyapps.io：为创建的Shiny应用程序提供托管服务...：提供了一个执行非负矩阵分解的算法和框架 crayon：用于在输出终端添加颜色 RJSONIO：rjson是一个R语言与json进行转的包，是一个非常简单的包，支持用 C类库转型和R语言本身转型两种方式

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看起来全部的报错但是R包居然是安装并且成功加载

给一个学员设置R语言安装以及R包环境，遇到了一个超级有意思的现象，首先呢，在中国大陆网络设置太难了，不出意外GitHub在线安装失败： > if (!...包的压缩包文件网络传递给学生。...RcppArmadillo, matrixStats, future, future.apply, cpp11, openssl, generics, data.table, crosstalk, tidyr, htmlwidgets..., shiny, igraph, reticulate, spatstat.core, SeuratObject, plotly, pbapply, lmtest, fitdistrplus, Seurat...win-library/4.1’ (因为‘lib’没有被指定) 尤其是：有二进制版本的，但源代码版本是后来的: binary source needs_compilation

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学习R语言，一篇文章让你从懵圈到入门

在R和python上都可使用 readr：实现表格数据的快速导入。...它的一部分是由R语言编写的，另一部分是由Java和Python语言编写的。用户可以部署H2O的R程序安装包，之后就可以在R语言环境下运行了。 ROCR：通过绘图来可视化分类器的综合性能。...自动化分析以下R包用于创建自动化分析结果的数据科学产品： shiny：一个使用R语言开发交互式web应用程序的工具。...shinyjs：用于在Shiny应用程序中执行常见的JavaScript操作 miniUI：提供了一个UI小部件，用于在R命令行中集成交互式应用程序 shinyapps.io：为创建的Shiny应用程序提供托管服务...crayon：用于在输出终端添加颜色 RJSONIO：rjson是一个R语言与json进行转的包，是一个非常简单的包，支持用 C类库转型和R语言本身转型两种方式。

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学习R语言，一篇文章让你从懵圈到入门

在实际工作中，每个数据科学项目各不相同，但基本都遵循一定的通用流程。...在R和python上都可使用 readr：实现表格数据的快速导入。...它的一部分是由R语言编写的，另一部分是由Java和Python语言编写的。用户可以部署H2O的R程序安装包，之后就可以在R语言环境下运行了。 ROCR：通过绘图来可视化分类器的综合性能。...自动化分析以下R包用于创建自动化分析结果的数据科学产品： shiny：一个使用R语言开发交互式web应用程序的工具。...shinyjs：用于在Shiny应用程序中执行常见的JavaScript操作 miniUI：提供了一个UI小部件，用于在R命令行中集成交互式应用程序 shinyapps.io：为创建的Shiny应用程序提供托管服务

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FastRWeb：R网页开发不止Shiny，还有另一种方案！注意文末有彩蛋！

相同点：二者都可以响应TCP/IP请求，给R安上Server的翅膀，实现Browser to Server的需求。...不同点： Shiny是RStudio公司开发的一个包包，定位于交互式呈现数据，更加动态，Shiny包内建了Shiny-server，所以在本机运行没有问题，如果你想发布shiny Rscript（也叫Shiny...免费和商业版的比较) 实际使用上看来，有不少SCI文章所提到的数据库是用shiny展示的，实际效果不佳，反应缓慢，如果仅仅是展示数据或简单的R脚本，可以用FastRWeb。...当然，简单的交互通过传参也是可以实现的，但毕竟免费，缺少维护力量，颜值不如shiny那样高，如果要做到Shiny那样，那需要继续开发更多的控件，还有更灵活的交互和缓存机制，二次开发成本不小，对于有能力的开发团队还是建议直接把...Mining Using R，侧重的就是用R数据挖掘。

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七步即可学会R语言，从此数据分析不再怕！

本文的学习方法是在追求实用性和全面性的不断平衡中建立起来的。这里有许多优质的 R 语言免费资源，但可惜并非全部。...下面罗列一些我们最喜欢的新技术和新软件包： HTML widgets（http://www.htmlwidgets.org/）帮你创建互动可视化网站，比如动态地图（leaflet，http://rstudio.github.io...如果你自己创建一个，请参看由 RStudio 出品的教程（http://t.cn/R9UaRd5）。最近，另外一个呼声很高的技术是 Shiny（http://shiny.rstudio.com/）。...用 Shiny 你可以在 R 里面创建你自己的互动网站应用，比如这些（http://shiny.rstudio.com/gallery/）。...网上有完整的学习门户，能专门建立自己的 Shiny 应用软件，在此处（http://shiny.rstudio.com/tutorial/）查看。最近，越来越多人关注怎样在云程序中运行 R。

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受欢迎的五个开源可视化工具——你的选择是？

人工智能时代，数据和算法以及硬件资源是非常重要的，相关行业的大公司也越来越关注数据中蕴含的价值，数据的收集和应用比以前任何时候都看得更加重要，甚至业务相近的公司不惜打价格战或亏本以获得用户活跃量...R Shiny R Shiny是一个开源软件包，它提供了使用R语言来构建数据可视化，通过交互式图表和应用程序的Web框架建立。...类似于电子表格，这种反应式编程模型可以让我们轻松地操作数据，而无需每次等待整个页面的重新加载。随着新零售的到来，我们已经看到零售行业内不断地更新数据，并寻找能够成功每分钟更新的平台。 ?...凭借高达10 GB的存储空间以及拖放界面，用户可以与团队中的其他人一切协作，时实查看数据的更新。...但是，Split允许跨多个维度划分数据——目前，已经看到该软件在杂货价格、促销分析和优化方面取得了巨大成功。 ?

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UCSCXenaShiny 正式见刊发表！

目前已经有上万次的下载安装，统计有超过4万行代码。 ? 它既是一个 R 包，也是一个 Shiny 应用。我们以 Shiny 应用为主，这样可以将分析功能提供给无任何编程经验的用户。...在线使用我们借助Hiplot平台发布了Shiny插件，大家无需安装，打开浏览器，输入https://shiny.hiplot.com.cn/ucsc-xena-shiny/即可使用。...安装和使用我们可以通过非常多的方式下载和安装到本地或者自己的服务器上，这样个人或者研究组都能够本地部署Shiny用起来，也可以通过包提供的函数接口进行编程使用。方式1：使用docker。...conda install -c conda-forge r-ucscxenashiny 方式3：从CRAN/GitHub/Gitee上下载安装。...大部分下载和分析数据的功能都可以在R里面通过函数调用 ? 不会使用，还有视频：https://space.bilibili.com/11553374/channel/detail?

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