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    三种转录组差异分析方法及区别你会了吗?

    在做项目时,曾有小伙伴对我用edgeR进行差异分析筛选出的具体显著差异基因表示质疑,因为发表的文章清楚的说明某个基因是差异基因,但是我edgeR的分析结果并没有表明。在小伙伴的质疑下,我认真看了下文章,发现文章用的是DEseq2进行差异分析。值得注意的是该小伙伴关注的差异基因是一个离散比较大的基因,此处的离散较大可以理解为假定对照组为5,6,7;实验组则为14,13,3的情况。那为什么这个基因在edgeR分析下不是显著差异基因,然而在DEseq2的分析下是差异基因呢?这应该很大程度源于算法判定显著差异基因的区别。接着,我看了关于DEseq2与edgeR区别的描述,发现「edgeR与Deseq2都是基于负二项分布模型做的,两者处理同一组数据时,相同阈值处理大部分基因是一样的,但是也会有一部分基因会因为离散度不同导致差异不同」,如刚刚示例的基因离散度被DEseq2识别为差异,但是不被edgeR识别,所以两种算法获取的差异基因与数目是存在细微区别的。

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    深入浅出为你解析关于大数据的所有事情

    大数据是什么?为什么要使用大数据?大数据有哪些流行的工具?本文将为您解答。 现在,大数据是一个被滥用的流行词,但是它真正的价值甚至是一个小企业都可以实现。 通过整合不同来源的数据,比如:网站分析、社交数据、用户、本地数据,大数据可以帮助你了解的全面的情况。大数据分析正在变的越来越容易,成本越来越低,而且相比以前能更容易的加速对业务的理解。 大数据通常与企业商业智能(BI)和数据仓库有共同的特点:高成本、高难度、高风险。 以前的商业智能和数据仓库的举措是失败的,因为他们需要花费数月甚至是数年的时间才能让股东得

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    领券