欢迎关注R语言数据分析指南 ❝本节来回答VIP会员群中两位观众老爷的问题，「R中计算效应值及如何无缝拼图」，下面通过两个案例来进行展示，结果仅供参考，希望各位观众老爷能够喜欢。...❞加载R包 library(tidyverse) library(magrittr) library(patchwork) library(aplot) library(cowplot) R种计算效应值大小..."pre"]) + var(data$outcome[data$treatment == "post"])) / 2) d <- (mean_A - mean_B) / sd_pooled # 计算组间平方和...data$outcome))^2) + sum((mean(data$outcome[data$treatment == "post"]) - mean(data$outcome))^2) # 计算总平方和...（SST） SST <- sum((data$outcome - mean(data$outcome))^2) # 计算Eta-squared eta_squared <- SSB / SST ❝R
幸运的是，Jupyterlab为我们提供了一个交互式计算环境，让我们可以直接输入代码并立即查看结果。这个功能强大的工具已经成为了数据分析领域的瑰宝，被广泛应用于各种数据分析、可视化等任务中。...将JupyterLab集成到VS Code中，可以让你在一个统一的开发环境中完成代码编辑、调试和运行等操作，避免了频繁切换不同软件带来的不便。...接下来，我们还要配置一些设置，来更快捷的使用。拓展程序安装虽然目前我们能在Jupyterlab中使用R了，但是实际用的时候会发现代码补全和一些快捷键不方便，而Rstudio中各种辅助配置非常完善了。...总结总的来说，R语言的IDE中，Rstudio是最为常用和流行的。而JupyterLab则更多地被应用在Python数据分析领域。...但是，VS Code也是一个非常强大的编辑器，通过安装一些插件，可以实现很多功能。在本文中，我们介绍了如何通过安装插件，在VS Code中远程连接服务器，并愉快地开始编写Python和R代码。
1、R中重复值的处理 unique函数作用：把数据结构中，行相同的数据去除。...：unique，用于清洗数据中的重复值。...“dplyr”包中的distinct() 函数更强大： distinct(df,V1,V2) 根据V1和V2两个条件来进行去重 unique()是对整个数据框进行去重，而distinct()可以针对某些列进行去重...2、R中缺失值的处理 缺失值的产生 ①有些信息暂时无法获取 ②有些信息被遗漏或者错误处理了 缺失值的处理方式 ①数据补齐（例如用平均值填充） ②删除对应缺失值（如果数据量少的时候慎用） ③不处理 na.omit...') 使用R.studio的小伙伴，在下载包很慢的的时候，可以使用R的官网站点，在中国地区会快很多，以解决此问题。
在撰写本文时，ggplot2涉及在CRAN上的超过2,000个包和其他地方的更多包！在包中使用ggplot2编程增加了几个约束，特别是如果你想将包提交给CRAN。...尤其是在R包中编程改变了从ggplot2引用函数的方式，以及在aes()和vars()中使用ggplot2的非标准求值的方式。...而这两个函数都使用了非标准计算，如果你在包中直接使用它，后面再CMD check的使用会引入一个note。 所有的Error, warning和note都需要解决才能上传到CRAN。...常规任务最佳实践 使用ggplot2可视化一个对象 ggplot2在包中通常用于可视化对象（例如，在一个plot()-风格的函数中）。.../ 234, "r" = 25 / 234 ), class = "discrete_distr" ) R中需要的类都有plot()方法，但想要依赖一个单一的plot()为你的每个用户都提供他们所需要的可视化需求是不现实的
各位小伙伴，大家好，我是邓飞，今天介绍一下，如何使用R语言进行logistic分析，并且计算OR值和置信区间。...在二分类 GWAS（基因组关联研究）分析中，OR 值用于衡量某个基因变异（或基因型）与某个疾病（或特征）之间的关联程度。...一般情况下，OR 值越大表示基因变异和疾病间的关联程度越强。 在二分类 GWAS 分析中，通过计算每个基因变异的OR值，可以评估其与疾病之间的关联程度，从而推断基因变异对疾病风险的贡献。...plink的Logisitic模型的GWAS分析计算结果如下： R语言的解决方案： m1 = glm(phe.V3 ~ rs3131972_A,family = "binomial",data=dd...(mod) 结果： 手动计算OR值： 一步到位的OR值和置信区间：
方案 在一个新的 R 会话中使用 search() 可以查看默认加载的包。...#> [19] "package:datasets" "package:methods" #> [21] "Autoloads" "package:base" 以下提供的函数能够列出包中的函数和对象...showPackageContents <- function(packageName) { # 获取特定包所有内容的列表 funlist 的东西 idx <- grep("<-", funlist) if (length(idx) !...qr.resid qr.solve qr.X quarters quarters.Date quarters.POSIXt quit R_system_version R.home R.Version
欢迎关注R语言数据分析指南 ❝本节来分享一个进化树与棒棒糖图结合的案例来进行系统发育可视化展示，案例主要使用phytools包+基础绘图语法来进行展示，当然也可以使用ggplot语法来实现相同的功能。...0,2*h), # 绘制鳗鱼树 mar=c(0.1,3.1,0.1,0.1)) pp 的树的信息...pp$xx),rep(1.1*h,2),col="black",lty="dotted") # 绘制一条虚线 rel.eel_size计算相对大小...绘制变色龙树 mar=c(0.1,5.1,0.1,0.1),lwd=1) pp的树的信息...x计算相对位置 rownames(anole.data)) polygon(c(0,max
有朋友问两个比值数据，怎么求他们的 p 值？ 例如，两组人，分别接受两种药物治疗，想知道疗效之间是否有差异，计算 p 值。 接受药物 1 治疗，30 人，其中 20 人有疗效，10 人没有疗效。...直观上判断，药物 1 的疗效要好（20:10 vs 10:20），但与药物 2 的疗效相比，是否达到了显著性的差异了呢？...这种情况可以用 fisher 检验来探索，R 代码如下： fisher.test(matrix(c(20, 10, 10, 20), ncol = 2)) ## ## Fisher's Exact...另外判断差异时，不仅要看 p 值，还要看 OR 值，这里的 OR 值 = 3.901234，其 95 % 置信区间为 1.212812 - 13.467843，是有意义的。...OR 的置信区间不能跨过 1，否则 p 值再小也无意义。
并且在1.21中完善了windows系统下的extension的bug。...整体看起来效果还是非常不错的，开发者在整体上还是保留了Rstudio和visual studio中对于View()这个函数的配置，还在此基础上添加了search功能，此外对Rshiny可视化的支持也非常棒...二 在visual studio code中下载R和R LSP client两个extension R extension作为基础的R语言插件，R LSP client作为代码编写时函数提示的辅助工具。...▶ pip install radian 四 在R中安装languageserver和jsonlite R LSP client需要借助languageserver实现函数的智能识别，R session...中运行的话，则会出现R session watcher不启用的状况，data和plot的review窗口则会自动调用自身gui所带的review窗口，以在windows中选择radian.exe路径为例
今天给大家分享三种在ggplot2包画的图形上添加拟合的线性回归方程和R^2的值的方法。....% italic(x)*","~~italic(r)^2~"="~r2, list(a = format(unname(coef(m)[1]), digits...= 2), b = format(unname(coef(m)[2]), digits = 2), r2...= format(summary(m)$r.squared, digits = 3))) as.character(as.expression(eq)); } p1 <- p + geom_text
我们用R做数据处理的时候，经常要对数据的格式进行变换。例如将数据框（dataframe）转换成列表（list），或者反过来将列表转换成数据框。...那么今天小编就给大家介绍一对R函数来实现这样的功能。 这一对函数就叫做stack和unstack。从字面意思上来看就是堆叠和去堆叠，就像下面这张图展示的这样。...那么R里面这两个函数具体可以实现什么样的功能呢？下面这张图可以帮助大家来理解。unstack就是根据数据框的第二列的分组信息，将第一列的数据划分到各个组，是一个去堆叠的过程。...一、unstack 下面我们来看几个具体的例子 例如现在我们手上有一个数据框，里面的数据来自PlantGrowth 我们可以先看看PlantGrowth 中的内容，第一列是重量，第二列是不同的处理方式...df = PlantGrowth unstacked_df = unstack(df) unstacked_df 结果如下，因为这里ctrl，trt1和trt2中的样本刚好都是10个，所以这里结果看上去还像是一个数据框
在日常数据分析的过程中，我们经常需要在一个字符串或者字符串向量中查找是否包含我们要找的东西，或者向量中那几个元素包含我们要查找的内容。...这个时候我们会用到R中最常用的两个函数，grep和grepl。...其实grep这个函数也并非是R所特有的，在linux中模式匹配也用grep这个函数，前面我就给大家简单介绍过☞Linux xargs grep zgrep命令。...我们先来看看grep和grepl这两个函数的用法。 这两个函数最大的区别在于grep返回找到的位置，grepl返回是否包含要查找的内容。接下来我们结合具体的例子来讲解。...☞讨论学习R的grepl函数 参考资料： ☞Linux xargs grep zgrep命令 ☞讨论学习R的grepl函数
广义估计方程和混合线性模型在R和python中的实现欢迎大家关注全网生信学习者系列：WX公zhong号：生信学习者Xiao hong书：生信学习者知hu：生信学习者CDSN：生信学习者2介绍针对某个科学问题...Estimate 和 Std.err 值用于计算置信区间。例如，micro 变量的比值几率的95%置信区间可能是 [-23.75, -16.72]。...比值几率表示单位预测变量变化时响应变量的几率的乘性变化。在本例中，不适合。...OddRatio：风险值，一般用于逻辑回归，可以通过对系数估计进行指数化来计算比值几率。比值几率表示单位预测变量变化时响应变量的几率的乘性变化。在本例中，不适合。...Python、SPSS实现）混合线性模型介绍--Wiki广义估计方程中工作相关矩阵的选择及R语言代码在Rstudio 中使用pythonAn Introduction to Linear Mixed Effects
size是概率函数中的r，即连续成功的次数，prob是单词成功的概率，mu未知.....对于连续变量，dfunction的值是x去特定值代入概率密度函数得到的函数值。...mean+3sd)几乎是在肯定的。...，据说这种情况下你可以投诉上海的公交公司。...相对湿度的值显然仅能出现于0到1之间（经常用百分比表示）。冬季塔里木盆地的日最大相对湿度和夏季日最小相对湿度。
windows系统下Java中：检测\r和\n对应的ASCII值的方法：使用 \r字符和\n字符 与 0 做加法 \r 回车(回到光标所在的行的开头) \n 换行(换到光标所在的下一行...) \r\n 回车换行(回到光标所在的下一行的开头) System.out.println('\r' + 0); // 13 System.out.println('\n' + 0
前面给大家简单介绍了 ☞【R语言】R中的因子（factor） 今天我们来结合具体的例子给大家讲解一下因子在临床分组中的应用。 我们还是以TCGA数据中的CHOL（胆管癌）这套数据为例。...关于这套临床数据的下载可以参考 ☞如何从TCGA数据库下载RNAseq数据以及临床信息(一) 前面我们也给大家介绍过一些处理临床数据的小技巧 ☞【R语言】卡方检验和Fisher精确检验，复现临床paper...stage I，stage II，stage III和stage IV四个分期 接下来我们试着把组织病理分期从四个组合并成两个组，并转换成因子 方法一、使用gsub函数 前面也给大家介绍过☞R替换函数...gsub("[ABCD]$","",clin$ajcc_pathologic_stage) #将Stage III和Stage IV替换成stage III/IV，剩下的stageI和II保持不变 stage...参考资料： ☞【R语言】R中的因子（factor） ☞如何从TCGA数据库下载RNAseq数据以及临床信息(一) ☞【R语言】卡方检验和Fisher精确检验，复现临床paper ☞R生成临床信息统计表
1 paste的用法 paste(..., sep=" ", collapse=NULL) 本质是把输入的term转变为string，和as.character意思一样。然后进行连接。...通过具体例子来看sep和collapse参数 > paste('Sample',1:10,sep = '') [1] "Sample1" "Sample2" "Sample3" "Sample4...letters[1:5],sep = '-',collapse = '\t')) Sample-a Sample-b Sample-c Sample-d Sample-e #注意区分和上一条命令的区别...n') Sample 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 > cat('Sample',1:10, sep = '-') Sample-1-2-3-4-5-6-7-8-9-10 注意以下两个命令的区别...), collapse = '\t')) Sample A > cat(paste(c('Sample',LETTERS[1]), collapse = '\n')) Sample A 3 sink的用法
我们希望将我们的检验应用于检测 GARCH 模型中的结构性变化，这是金融时间序列中的常见模型。据我所知，用于 GARCH 模型估计和推断（以及其他工作）的“最新技术” R 包是 fGarch。...下面是一个辅助函数，用于通过 garchFit()（在计算过程中屏蔽所有 garchFit() 的输出）来提取特定拟合的系数和标准差。...我已将结果保存在 Rda 文件中。对于涉及并行计算的每个代码块都是如此。我在犹他大学数学系的超级计算机上执行了这些计算，在这里保存结果。)...也许我们的检验所要求的连续优化可以使用先前迭代中的参数作为初始值，从而有助于防止优化计算找到离群的、局部最优而全局次优的解。 虽然这使得问题比我最初想找一个我们检验的例子更难。...回到 GARCH 模型参数估计的话题，我猜测β的不稳定性可能来自以下原因： GARCH 序列的统计性质对 α 和 β敏感，特别是 β； ω、α、β以及长期方差之间存在一个硬性的等式约束，但是在优化计算中没有体现出这种等式约束
R8是Android中替换Proguard新一代的混淆工具，同时它整合了class转Dex功能，将混淆和Dex功能集中到了一个工具中，对混淆耗时以及包大小有明显优化。...三、R8在手Q应用中遇到的问题3.1 Liveness Analyze过程—根可达性算法在介绍补丁问题前，先简单介绍Liveness Analyze过程，后面的几个问题都和Liveness Analyze...在使用R8过程中，我们发现同样的代码，构建多次，高概率出现不正常的dexDiff，具体表现如下：IDragview 的clinit方法有时候存在，有时不存在，导致生成的补丁不稳定。...同时在代码复杂度角度，R8比proguard和DX工具的代码要复杂不少，刚开始看的时候一头雾水，经过了一段时间的分析和探索，初步掌握了一些分析方法和思路，能定位和解决一些实际问题，但离理解全部流程、甚至提升...R8本身性能还有很多路要走，希望有更多团队和同学能加入到R8的应用和建设上来，欢迎大家交流。
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