首页
学习
活动
专区
圈层
工具
发布
  • 您找到你想要的搜索结果了吗?
    是的
    没有找到

    基因的可变剪切_如何确认发现了可变剪切

    大家好,又见面了,我是你们的朋友全栈君。 什么是基因的可变剪切?...有些基因的前体mRNA(pre-mRNA)通过不同的剪接方式(选择不同的剪接位点)产生不同的mRNA剪接异构体,这一过程称为可变剪接(或者选择性剪切)(Alternative Splicing)。...First Exon) 可变剪切的意义 可变剪切是调节基因表达和产生蛋白组多样性的重要原因,是导致真核生物基因与蛋白质数量差异效果的主要原因。...可变剪切预测软件 使用Cufflinks软件,与基因原有的剪接模型进行比较,对Mapped Data中的跨内含子Reads,进行新可变剪接事件(Alternative Splicing Events)预测...quantification by RNA Seq reveals unannotated transcripts and isoform switching during cell differentiation) 使用

    2.6K30

    【JavaSE】可变参数的基本使用

    可变参数 1. 基本概念 Java 允许将同一个类中多个同名同功能但参数个数不同的方法,封装成一个方法 就可以通过可变参数实现 2. 基本语法 访问修饰符 返回类型 方法名(数据类型......, 100)); //106 System.out.println(x.sum(1,19)); //20 } } //上面的三个方法名称相同,功能相同, 参数个数不同-> 使用可变参数优化...表示接受的是可变参数,类型是int ,即可以接收多个int(0-多) //2. 使用可变参数时,可以当做数组来使用 即 nums 可以当做数组 //3....(String[] args) { //细节: 可变参数的实参可以为数组 int[] arr = {1, 2, 3}; TT t1 = new TT();...封装成一个可变参数的方法 */ //分析: // 1. 方法名 showScore // 2. 形参(String ,double... ) // 3.

    56830

    《从Java面试题来看源码》,单参数,多参数,如何正确使用 @param

    Mybatis Dao 接口中,单参数,多参数,如何正确使用 @Param? 答:单参数、多参数下,都可以用注解或不用注解。...多参数下,建议使用注解,方便后期调式,如果不用注解必须使用 0,1… 索引 或者 param1,param2… 源码分析 如何初始化,请看该篇文章《从面试题来看源码》,Dao 接口的工作原理 首先还是来看...如果是使用注解,结构是这样 上面方法的参数列表已经处理完了,下面就要处理参数列表跟传入数值的对应关系了,该过程在开头 2️⃣中进行处理 MapperMethod.java   public...hasParamAnnotation && paramCount == 1) {       return args[names.firstKey()];       //处理使用@Param注解指定了参数名称或有多个参数的情况...        }         i++;       }       return param;     }   } 最后你会发现 param 中是这个样子 所以说: 多参数下,如果不用注解必须使用

    75640

    如何批量打印可变内容的方法

    在可变数据软件中,批量生成可变内容是一种不可缺少而且是非常专业的一项功能,但是在很多不太了解可变内容批量打印的用户,可能会不太理解其制作原理或者生成效果,下面我们就几个常用的批量生成可变内容的方法来为大家演示一下...: 一、数据库导入 这种可变效果是用户使用最为普遍且效率最高的一种。...使用数据库导入实现批量生成,需要先将要打印的标签内容整理到一个数据库中,然后将数据库导入软件中,在标签上添加内容时,使用数据库导入的方式添加即可。...操作方法和效果如下: 图片1.png 图片2.png 二、序列生成 软件本身有自动生成流水号的可变功能,具体操作方式还是需要在所添加对象的数据源中,选择相应的添加方式,必要的话,也可以对数据进行处理...,具体添加方式如下: 图片5.png 图片6.png 以上就是在变数据软件中,比较常用的批量生成可变内容效果的功能及方法,添加可变内容还有添加动态日期时间、数据引用、脚本编程等都可以实现想要的可变效果

    2.1K20

    使用rmats进行可变剪切的分析

    rmats是目前使用的最广泛的可变剪切分析软件,该软件不仅可以识别可变剪切事件,还提供了定量和组间差异分析的功能,功能强大,网站链接如下 http://rnaseq-mats.sourceforge.net...安装也很简单,直接下载解压缩即可使用,这里不赘述。rmats可以识别以下五种类型的可变剪切事件 ?...其他类型的可变剪切事件也可以划分成上述两种isoform, 示意图如下 ?...当然,实际计算过程是非常繁琐的,需要考虑数据的分布,对应的统计模型等各种因素,最终会给出每个可变剪切事件的p值和多重假设检验校正后的FDR值。...rmats中,识别可变剪切是以exon为单位的,只需要比较邻近的3到4个exon的表达情况,就可以确定一个可变剪切事件是否发生,这个思路从可变剪切最核心的地方,即exon的变化出发进行分析,直接有效,但是由于其对问题的高度抽象和简化

    3K41

    使用MISO进行可变剪切的分析

    MISO是一款经典的可变剪切分析工具,和rmats类似,该软件也支持对可变剪切事件进行定量和差异分析,网址如下 https://miso.readthedocs.io/en/fastmiso/index.html...# 这个软件支持exon和transcript两种水平的可变剪切分析,在rmats的文章中,我们也提到了rmats是从exon水平给出的可变剪切结果,因为二代测序读长短的特点,无法有效得到转录本全长,从...,需要提供已知的可变剪切事件的GFF格式文件,示意如下 chr1 SE gene 4772649 4775821...从这种图中,可以直观的看到两组样本间的可变剪切表达有无差异,上图中heartWT组中的表达量高于heartKO组。...实际分析时,由于需要手动整理可变剪切isofrom对应的gff文件,所以使用的难度较大,但是其提供的可视化功能是非常值得借鉴的。 ·end· —如果喜欢,快分享给你的朋友们吧—

    2.3K20

    【Rust每周一知】如何理解Rust中的可变与不可变?

    Rust中的引用(references)允许使用值但不获取其所有权,这种操作也被称为所有权借用(borrowing)。...通过Cell的源码可知,只有实现了Copy的类型T,才可以使用get方法获取值;但任何类型T都可以使用set方法修改值。get()方法,返回所包含值的复制。set()方法,设置所包含的值。...使用Cell及其提供的get/set方法,实现结构体内字段可变的示例: use std::cell::Cell; struct SomeStruct { regular_field: u8...Cell使用get/set方法操作值,RefCell使用borrow/borrow_mut方法获取引用进而再操作值。...通常情况下,共享不可变,可变不共享。 内部可变性,单线程使用Cell 和RefCell 。 内部可变性,多线程使用Mutex,RwLock(后续)。

    2.2K20

    如何理解 String 类型值的不可变?

    2.缓存 Hashcode 字符串的hashcode在Java中频繁地使用,比如在HashMap 或者 HashSet。...hashcode始终相同成为了字符串不变的保证,所以可以在操作的时候可以不必担心改变。这也就意味着,不用每次使用的时候都要计算其hashcode,这样更高效。...4.安全 String类在Java很多类中被广泛的使用(作为方法的参数),比如网络连接,打开文件等操作。 如果String类可变,某个连接或者文件会可能被改变,这可能会导致严重的安全威胁。...这样便不用因为线程安全问题而使用同步。字符串自己便是线程安全的。 4.类加载器要用到字符串,不可变性提供了安全性,以便正确的类被加载。...这就是HashMap中的键往往都使用字符串。

    1.5K20

    如何使用CSS Paint API动态创建与分辨率无关的可变背景

    如果你碰巧使用几何图形作为背景图像,有一个替代方案:你可以使用CSS Paint API以编程方式生成背景。 在本教程中,我们将探讨其功能,并探讨如何使用它来动态创建与分辨率无关的动态背景。...我正在使用 textarea 进行演示,因此我们可以看到调整画布的大小将如何重绘图案。...使背景动态化 遗憾的是,除了调整 textarea 的大小和一窥 Paint API 是如何重绘一切的,这大部分还是静态的。...这些属性可以被 var() 函数使用。但在我们的案例中,我们将在我们的 paint worklet 中使用它。...最明显的是,它减小了响应的大小。通过消除图像的使用,你可以节省一个网络请求和几千字节。这样可以提高性能。 对于使用 DOM 元素的复杂 CSS 效果,你还可以减少页面上的节点数量。

    2.9K20

    共享可变状态中出现的问题以及如何避免

    通过复制数据避免共享 在开始研究如何避免共享之前,我们需要看一下如何在 JavaScript 中复制数据。 浅拷贝与深拷贝 对于数据,有两个可复制的“深度”: 浅拷贝仅复制对象和数组的顶层条目。...ColorPoint.from(original); 3assert.deepEqual(copy, original); 拷贝如何帮助共享可变状态?...接下来,我们将研究 JavaScript 如何支持不变性。之后,讨论不可变数据如何帮助共享可变状态。...(高级) 用不可变的包装器包装可变的集合并提供相同的 API,但没有破坏性的操作。...在 D 行中,我们使用 Immutable 的内置 .equals() 方法来检查是否确实撤消了更改。 Immer 在其存储库中,Immer 库 的描述为: 通过更改当前状态来创建下一个不可变状态。

    1.9K40

    salesforce 零基础学习(五十九)apex:param使用以及相关的疑惑

    做web项目难免要从一个页面传参数,解析参数中的值进行相关处理以后跳转到其他页面,VF中也不例外。使用传参的标签为apex:param。  ...apex:param标签不可以单独使用,需要作为子标签嵌套在相关父标签内,可以使用此标签的标签如下: ?...MessageFormat可以使用以下形式的模式: ?...通过api我们可以看出如果使用MessageFormat可以使用三种方式: {i};{i,type};{i,type,style} demo举例: 1 2 的相关使用方法以及碰到的一点问题,至于为什么用reRender和为什么setRedirect(即转发和重定向的选择)这两个还是不懂原理,希望懂得大神可以留言解惑,不懂的欢迎留言。

    1.3K100

    使用Swift actors保护并发应用中的可变状态

    Dario会为我们介绍Swift Actor模型,并介绍Actor是如何保护Swift并发应用中的可变状态(Mutable State)的。 在写并行程序是最重要的一个问题之一是如何避免资源竞争。...一种避免资源竞争的方式是使用值语义,对于一个特定类型的变量,所有变化都是本地的,此外,还可以令值语义类型成为真正的不可变化的,这样通过不同的进程就可以安全的访问他们。...Dario进一步举了一个使用结构体中的例子, ?...此时就需要共享可变状态。并行程序中的共享可变状态需要同步来保证避免资源竞争。...接下来,Dario的同事Doug进一步介绍了Actor的独立性是如何与其他语言特性交互的。

    1.7K30

    对featureCounts来源的表达矩阵使用DEXSeq分析可变剪切

    分析可变剪切,外显子差异表达呢,我们以前也分享过用法,那个时候是使用示例的表达矩阵。...用DEXSeq分析可变剪切,外显子差异表达 回顾一下featureCounts的命令及表达矩阵结果 使用featurecounts时候,我们通常的命令及参数是: gtf="/home/yb77613/...认识一下DEXSeq的输入表达矩阵 但是使用DEXSeq分析可变剪切,外显子差异表达,需要的不是基于基因的表达矩阵,而是基于exon的,比如官网例子: ?...image-20191104175538781 官网提供的是HTseq-count软件的结果转为DEXSeq输入的脚本,因为HTseq-count软件速度实在是不敢恭维,我还是想使用featurecounts...image-20191202111420077 使用featureCounts定量 接下来就可以使用featureCounts对我们的bam文件进行定量啦,先看看示例数据: suppressPackageStartupMessages

    3.2K31

    rMATS这款差异可变剪切分析软件的使用体验

    今天在全国第8届生物信息学大会有幸听到了rMATS软件开发实验室PI的演讲,正好推送一波顾兄关于rMATS这款差异可变剪切分析软件的使用体验 PPT镇楼: rMATS是一款对RNA-Seq...数据进行差异可变剪切分析的软件。...软件使用也很简单,rMATS支持两种格式文件的输入。...文件夹下rmats.py;如果出现65535则说明使用rMATS-turbo-Linux-UCS2文件夹下rmats.py rMATS的参数设置不多,我一般使用以下几个,其他具体可参考官网 --...reads,而后者不仅考虑前者的reads还考虑到只比对到第一张图中条纹的区域(也就是说没有跨越剪切位点的reads),但是我们一般使用JC的结果就够了(如果只是单纯的比较两组样品间可变剪切的差异的话)

    13.2K84

    Java并发-推荐使用不可变对象的原因分析

    但是程序员们通常并不热衷于使用不可变对象,因为他们担心每次创建新对象的开销。实际上这种开销常常被过分高估,而且使用不可变对象所带来的一些效率提升也抵消了这种开销。...例如:使用不可变对象降低了垃圾回收所产生的额外开销,也减少了用来确保使用可变对象不出现并发错误的一些额外代码。...所以,不可变对象的好处在于,只要对象符合不可变原则,该对象在线程间传递是不会产生冲突的。这就将以前的到处可能是坑的多线程编程解耦为安全的两步,首先使用不可变对象,然后在线程间传递不可变对象。...通常为了保证缓存不被污染,当我们从缓存中提取对象时,会返回原始缓存对象的一个深拷贝,这样无论上层业务代码对提取到的对象如何修改,均不会对缓存本身造成影响。...不可变对象对并发编程友好、易于在进程内缓存、且拥有更好的可维护性,建议在自己能力范围内,尽量优先考虑使用不可变对象的设计。

    79320
    领券