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如何在PLINK中分别为每个族执行MAF分析?

在PLINK中,可以使用--within参数来指定族群信息,并使用--freq参数来执行MAF(Minor Allele Frequency)分析。

首先,需要准备一个包含族群信息的文件,例如fam.txt,其中每行包含一个样本的族群信息,格式为FamilyID SampleID PaternalID MaternalID Sex Phenotype。接下来,可以使用以下命令执行MAF分析:

代码语言:txt
复制
plink --bfile input --within fam.txt --freq --out output

其中,input是输入文件的前缀,output是输出文件的前缀。

这个命令将根据fam.txt中的族群信息,对每个族群分别执行MAF分析,并将结果输出到output.frq文件中。该文件包含每个位点的MAF信息,以及每个族群的MAF统计结果。

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