如何在cowplot中使用plot_grid - 腾讯云开发者社区 - 腾讯云

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「R」cowplot（一）介绍

cowplot是ggplot2包的一个简单插件（或称拓展包），它的目的是为ggplot2提供一个出版级别的主题，使用少量代码即可实现主题统一的修改，如轴标签大小、画图背景。...为了用一种通用的方式解决这个问题，cowplot在ggplot2的顶部施行了一个通用的绘图图层。在这个图层中，你可以添加在一个图形顶部添加任意的图形元素。现在让我们看它如何让我们画出漂亮地组合图形。...cowplot提供了plot_grid()函数用于组合图形： plot_grid(plot.mpg, plot.diamonds, labels = c("A", "B")) ?...plot_grid()函数与save_plot()函数组合使用效果是非常好的。...这在组合子图是是非常有用的，比如将一个小图插入大的图形中。

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R语言cowplot包拼图系列教程～文末彩蛋

往期cowplot文章 R高级|利用cowplot包拼接图片（1）基本操作 R高级|利用cowplot包拼接图片（2）巧用NULL调节距离、排版 R高级|cowplot包拼图（3）：overlap...R高级|cowplot包拼图（4）：ggdraw和draw_* R高级| cowplot包拼图（5）：theme R高级| cowplot包拼图（6）：plot_grid又见plot_grid 前面所讲的图形都是简单图形的拼接...，所谓简单，指得是两幅图的布局相同，但是如果两幅图的布局不同，那么利用align来拼图就不行了，这个时候需要使用axis参数，来对齐x轴和y轴。...2、使用axis参数当两个图形的布局不同时，align参数就不行了，这个时候需要使用axis参数。axis参数是在align参数基础上使用的，也就是说axis参数和align参数一起用。...画1行的时候，底部和顶部对齐 plot_grid(A,B,nrow = 1,align = 'hv', axis = 'b') 画成1列的时候左右两侧对齐 plot_grid(A,

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R高级|利用cowplot包拼接图片（1）基本操作

有时候，我们想把画的几幅图拼接在一起，在R中，cowplot包提供了将图片拼在一起的方法。...0、安装cowplot包 install.packages('cowplot') 调用cowplot包 library(cowplot) 1、准备4幅图先用ggplot2画4幅图...比如，我们想把4个图片画成1行，那就将nrow设置成1 plot_grid(A,B,C,D,nrow = 1) 我们看到，第四幅图与前三幅图没有完全对齐，我们使用align='h'来设置水平对齐...当然还可以使用hjust和vjust来水平和竖直调整标签的相对位置，比如hjust=-0.5 7、设置每一个图片的大小使用scale来设置每一个图片的大小，不是整张图片的大小 plot_grid(...= unit(c(1,2,3,4), "cm")) 9、使用list把4个图片捆在一起有时候，你需要把所有的图片都放在一起，然后做出图，那就使用list 再把对象赋值给plotlist参数 pic4

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R高级|利用cowplot包拼接图片（2）巧用NULL调节距离、排版

学习这一篇教程的前提是：已经学习了上一篇《R高级|利用cowplot包拼接图片（1）基本操作》，并且熟悉了cowplot包中plot_grid函数的基本操作，我们仍然使用上一篇中的A、B...在cowplot包中并没有直接调节图片距离的函数，但是我们仍然有方法解决。图片的距离有2种：相对距离和绝对距离。...0、组图 library(cowplot) plot_grid(A,B) 1、调节相对距离相对距离指的是随着图片的大小不断改变，图片大，图片之间的距离就变小，图片小，图片之间的距离就大。...使用plot_grid函数中的scale参数，这个我们在上一节谈到过。...空图','D')) 这时候的图片2行×3列，第一列是A、C，第2列是2个空图，第3列是B、D，现在，我们要调节第1列和第2列的距离，我们仍然使用rel_widths plot_grid

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121-R可视化39-对拼图结果做标记

中，plot_grid 是提供了一系列的选项的：比如： plot_grid( p1, p2,p3,p4, labels = "AUTO", label_size = 15, label_fontfamily...在一般的ggplot 中，通过+对对象属性进行修改。...theme(plot.tag = element_text(size = 14, face = "italic") ) 虽然plot_annotation 内置了theme 选项，但其使用受限...related to the titles as well as plot margin and background is used. ” 但我们可以利用其专门调控patchwork title 的特点，加以使用...”： cowplot::plot_grid(patchwork1,patchwork2, ncol = 1, rel_heights = c(2,1), labels

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R高级|cowplot包拼图（3）：overlap

强烈建议你读了前两节后，再来读次教程 R高级|利用cowplot包拼接图片（1）基本操作 R高级|利用cowplot包拼接图片（2）巧用NULL调节距离、排版这次我们来讲overlap...hv' plot_grid(A,NULL,B,nrow=1, align = 'hv', rel_widths = c(1,-1,1)) 2、叠加图层使用...我们使用ggdraw产生一个空图层，然后使用draw_plot，往这个图层上面一点一点加产生空图层 ggdraw() 加图片A ggdraw()+ draw_plot(pl[[1]])...第2种思路：先使用align_plots设置2附图为垂直、水平对齐，使用ggdraw命令画1个空画布，然后使用draw_plot命令不断往上加，这个像极了PS中的操作，也和ggplot2风格一样。...3、overlap（2） overlap到这里还没有结束，因为我们还没有画《R高级|利用cowplot包拼接图片（2）巧用NULL调节距离、排版》中最后的一幅图。

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119-R可视化37-利用循环实现ggplot批量作图并拼图

目前对于绘图，我主要使用的两个包是patchwork 和cowplot。其实它们的绘图函数都是带有接收list 作为输入的选项。...也就是说，我们可以使用lapply 等循环操作，把一个个绘图对象保存到一个列表。再传递给对应的绘图函数。...cowplot cowplot 中，主要通过plot_grid 完成图片的排列。...plot_grid(plotlist = umap_list, align = "h", nrow = 3) patchwork patchwork 提供了函数wrap_plots...这个个人认为更为优雅一些，如果拼图使用的绘图对象无需保存，我们直接利用管道符号，将ggplot 对象传递给拼图函数。

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技术贴：R语言拼图全面介绍

准备工作将cowplot、patchwork、gridExtra和aplot安装好即可。...("aplot") 接下来依次讲解每个R包的用法：拼图R包讲解 01 cowplot cowplot是R语言中最常用的拼图软件之一。...plot_grid(p1, p2, p3, ncol=3, labels=LETTERS[1:3]) 并且可以对子图的宽度和高度进行调整,以实现更多复杂的布局。...plot_grid( p1, p2, p3, p4, align = 'hv', rel_heights = c(2,1), rel_widths = c(1,2) ) plot_grid...那如果我们使用aplot来重新画这张图呢： Y轴坐标终于能完美对齐了！

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「R」cowplot（四）图形排列

基本用法 plot_grid()提供了将图形排列进网格以及为它们添加标签的简单接口： require(cowplot) theme_set(theme_cowplot(font_size=12)) #...plot_grid(plot.mpg, plot.diamonds, labels = "auto") ?...现在使用plot_grid()进行组合： plot_grid(plot.mpg, recordedplot, plotfunc, gcircle, labels = "AUTO", hjust = 0,...精细调节图形显示使用 label_size调节标签大小，默认是14。...嵌套网格你可以通过在一个plot_grid()中嵌套另外一个plot_grid()： bottom_row plot_grid(plot.mpg, plot.diamonds, labels =

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「R」cowplot（三）添加注释

cowplot包提供了很多函数用于注释图形，包括图形下方的注释，图内数学表达式，组合图的总标题等。因为ggplot2 v2.2.0本身就支持这些特性，所以推荐优先使用ggplot2本身的方法。...未来两种相同的功能将从cowplot移除。使用数学表达式注释我们通常想要使用数学表达式注释图形，比如我们想要在图形中显示一个统计分析结果。...为此，cowplot定义了函数draw_label()，它可以给一个图形添加任意检验或数学表达式。依赖于应用，我们可能想要以绝对坐标（独立于绘图数学）或以数据的坐标指定标签位置。...连接图标题当我们使用plot_grid()组合图形时，我们可能想要添加一个跨越多个组合图的标题。虽然cowplot没有特定的函数实现这个效果，但可以通过以下少量代码实现。...在最后一行代码中，rel_heights的值需要合适地选择以让图形的标题看起来正确。此处，标题占据了整个图形9%的高度（0.1/1.1）。

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ggplot2实现一幅自己叫不上来名字的图

想到一个解决办法是将Metric4，3，2，1 分成四份数据集，分别使用geom_tile()函数作图，然后在将图拼接起来。...image.png 接下来同样的思路再做2幅，然后使用cowplot包的plot_grid()函数将图片拼起来 df2cowplot/issues/31可以使用 plot.margin = unit(c(0,0,0,0),'cm')加到主题theme()设置里...<-p2+theme(plot.margin = unit(c(0,0,0,0),'cm')) p3.1<-p3+theme(plot.margin = unit(c(0,0,0,0),'cm')) plot_grid...看看 https://github.com/wilkelab/cowplot/issues/31这篇文章发现theme(plot.margin = unit(c(0,0,0,0),'cm'))里面的数值可以设置为负数

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美化clusterProfiler富集分析结果：enrichplot包中的cnetplot

今天我们介绍Y叔系列中enrichplot包的cnetplot函数。...然而，使用者可能想知道哪些基因参与了这些关键的富集术语。...ORA" ) p2 <- barplot(ora_res, showCategory=10 ,x = "GeneRatio" ) cowplot...::plot_grid(p1,p2)barplot(ora_res, showCategory=10 ,split = "ONTOLOGY" # 分面，GO ORA特有 )...::plot_grid(p1, p2, ncol=2, labels=LETTERS[1:2]) 展示kegg图 library("pathview") hsa04110 <- pathview

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R包：gtable包用于处理ggplot2图像

cowplot的很多功能实现就依赖于gtable。最近探索了一下gtable的使用，主要是两个方面：如何进行拼图和嵌图。...使用gtable进行拼图 cowplot拼图示例 cowplot就可以很方便的进行拼图，使用plot_grid函数即可，如下图所示。...::plot_grid(p1, p2, ncol = 2) ?...使用gtable进行嵌图 cowplot嵌图示例 cowplot进行嵌图的思路是通过创建新画布并不停叠加图层来实现，由于新图层的位置和大小可以调，也就呈现出了不同的嵌图效果。...# 使用透明主题，以防止图片被覆盖 p2_new cowplot::theme_cowplot() # 对齐图片 align_grobs cowplot::align_plots

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enrichplot的作者来介绍新功能啦，您不来看看吗？

它不仅可以对我们本实验室开发的clusterProfiler、DOSE、ReactomePA和meshes等R包的结果进行展示，也有不少R包使用enrichplot进行可视化展示，如：gprofiler2...之前已经有师妹发布了一篇关于使用enrichplot可视化的文章，写的文笔很好，内容讲解也挺细致。enrichplot一直在开发中，会不断有新的功能出现。...2、一些朋友网速实在太差，导致某些依赖包安装不上去，这时可以将R语言的下载方式改为libcurl，并使用国内镜像（如清华镜像）: options(download.file.method = 'libcurl...对于单组数据的可视化，师妹在之前的文章中已有介绍。其实cnetplot有众多的参数来支持用户来定制这个网络图，如节点大小，节点label大小，layout等，具体可参考我们提供的帮助文档。...只要在R中输入"?cnetplot"查看一下你们电脑里相应版本的文档即可。

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绘制混合密度函数图以及添加分位数线

简介最近有个需求，统计课中需要绘制以下图形：这里我主要使用 ggridges 包中的 stat_density_ridges()。...legend.position = "none", panel.grid = element_blank()) + labs(x = "x", y = "Density") p2 合并两图使用...cowplot[3] 包，将两图进行合并。...小编对该包的介绍做过几期，可见：cowplot包：用R添加水印。其他合并的方式还有：R可视乎｜合并多幅图形；R可视乎|分面一页多图。...library(cowplot) # pdf("plot_cow.pdf", width = 8, height = 4) plot_grid(p1, p2, ncol = 1, nrow = 2) #

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可视化绘制技巧｜对多图合理排版布局

包括： gridExtra包中的grid.arrange()。 cowplot包中的plot_grid()。...cowplot包中有几个函数可以用来合并图形： plot_grid():可以轻松地组合多个绘图。...图1 合并多幅图形上面的代码中，首先绘制了三幅图形，箱线图，点图和时间序列图。然后使用cowplot包中的plot_grid函数将三幅图形合并到一幅图当中。...图2 合并多幅图形代码中，首先使用了ggdraw()函数添加了一张空白的画布。然后使用draw_plot函数添加了第一幅图形bxp，位置在(0，0.5)，宽度为0.5，高度为0.5。...四、在ggplot中插入一个外部图形元素使用annotation_custom()函数，可以在图中添加表，图和其他的元素。

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R可视化：ggpubr的基本图形

欢迎大家关注全网生信学习者系列：WX公zhong号：生信学习者Xiao hong书：生信学习者知hu：生信学习者CDSN：生信学习者2介绍GGPlot2（通常缩写为ggplot2）是一个在R语言中广泛使用的绘图包...ggpubr包中包含了许多高级的绘图功能，其中stat_compare_means函数是一个特别有用的工具，它能够对不同的数据组进行假设检验分析，并且将检验结果直接可视化在图形上。...::plot_grid(p3, p4, align = "hv", nrow = 1)气泡图bubble plotggscatter(dfm, x = "wt",...::plot_grid(xplot, NULL, sp, yplot, ncol = 2, align = "hv", rel_widths = c(2, 1), rel_heights...::plot_grid(p1, p2, p3, p4, ncol = 2, align = "hv")混合图混合表、字体和图# Density plot of "Sepal.Length"#:::::

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R语言绘图组合布局gridlayout

ggplot(mpg, aes(displ, hwy)) + geom_point()p1 <- base + geom_smooth() + labs(title="图1") #如图1 #用%+%调整映射关系中的数据...1print(p2, vp = vplayout(1,2)) #(1,2)的位置画图2print(p3, vp = vplayout(2,1:2)) #（2,:)的位置画图 04 — 图形组合布局 plot_grid...{cowplot} install.packages("cowplot") #安装cowplot包library(cowplot) # 加载?...plot_grid #帮助函数查看具体usage 示例 library(ggplot2) df <- data.frame( x = 1:10, y1 = 1:10, y2 = (1:10)^2,

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R tips：使用enframe和map2优雅的迭代列表

在R中更易于处理的数据形式是data.frame，list并不是太好处理，常用操作就是对它进行循环迭代。...for或者lapply迭代可以使用for循环或者lapply对列表进行迭代，比如要绘图，则可以： for (i in test) plot(i) lapply(test, plot) 都是将列表中的三个元素绘制出三个散点图...另外，上述图还可以直接交给cowplot拼图，如： test_t %$% map2(name, value, function(x, y){ df <- as_tibble(y) #转换为tibble...geom_point() + labs(x="Index", y="Value", title = paste0(x, " distribution")) + theme_bw() }) %>% cowplot...::plot_grid(plotlist=., ncol=3， align="h") ggsave("test.pdf", height = 4, width = 16) ?

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122-R可视化40-以ggplot对象的形式进行图层叠加

)[2] 前言在[[111-R可视化35-结合grid与ggplot输出]] 与[[116-R可视化36-把你长长的坐标轴弄短]] 中，我们提过：通过pushViewport控制画布位置的方法，我们可以画出...：但美中不足的一点是，因为其并非是在一个ggplot 图层上操作，就没有办法使用ggsave 的方法了。...虽然在draw_plot 方法中写道： ★Places a plot somewhere onto the drawing canvas....inset_patch" "gg" "ggplot" > class(pp_cow) [1] "gg" "ggplot" 在[[108-R可视化32-通过seurat包中的...pp <- p1 + p2 pp2 plot_grid(p1,p2) > class(pp) [1] "patchwork" "gg" "ggplot" > class(pp2

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