如何将RDKit conformer对象保存到sdf文件中？
RDKit是一款用于分子模拟和药物设计的开源工具包，它提供了许多化学信息学和计算化学的功能。RDKit中的conformer对象是分子的构象信息，我们可以将其保存到SDF（Structure Data File）文件中，以便后续的分析和处理。
下面是将RDKit conformer对象保存到SDF文件的步骤：
- 导入所需的库和模块：
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import AllChem- 创建一个空的SDF文件并定义写入器：
suppl = Chem.SDMolSupplier() # 创建一个SDF文件的读取器
writer = Chem.SDWriter('output.sdf') # 创建一个SDF文件的写入器- 创建一个RDKit的分子对象，添加conformer信息并保存到SDF文件中：
mol = Chem.Mol() # 创建一个空的分子对象
conformer = Chem.Conformer() # 创建一个空的conformer对象
# 假设我们已经有了一些原子的坐标信息，可以通过下面的方式添加到conformer中
conformer.SetAtomPosition(atom_index, position) # atom_index为原子索引，position为原子的坐标
# 将conformer对象添加到分子对象中
mol.AddConformer(conformer)
# 设置分子的其他属性，如分子式、分子量等，以便保存到SDF文件中
mol.SetProp('SMILES', 'CCO') # 设置分子的SMILES表示
# 将分子对象写入到SDF文件中
writer.write(mol)- 关闭SDF文件写入器：
writer.close()通过以上步骤，我们就可以将RDKit conformer对象保存到SDF文件中了。这样保存的SDF文件可以在后续的化学信息学分析、药物设计等工作中使用。
关于RDKit和相关的化学信息学工具，腾讯云没有提供直接相关的产品或服务，但可以通过使用腾讯云的弹性计算服务，如云服务器、容器服务等，搭建自己的计算环境，并安装RDKit等相关库和工具进行使用。
更多关于RDKit的详细信息和使用方法，可以参考RDKit官方文档：RDKit Documentation。
相关·内容
对于每个符合条件，我希望将坐标保存在SDF文件中。我尝试了以下方法，但sdf文件中的坐标与conformer中的坐标不同。from rdkit import Chemfrom rdkit.Chem.EnumerateStereoisomers import EnumerateStereoisomers= mol.GetConformer
浏览 318提问于2021-10-14得票数 1
回答已采纳
一种新的基于图像的药物发现深入学习算法，需要将包含3000个化合物的文件分割成包含单个2D 200×200像素图像的png文件(.我可以发送一个初始的f1.sdf示例，其中包含9个复合图像、名称和微笑，每个复合行一个。在Anaconda3中使用rdkit 2017.09.1和Python3.6、3.7或3.8、木星笔记本和/或Python提示符，在Windows8专业人员的2台e7 64计算机中，我正在寻找一个简单的Python代码来拆分这些图像，将它们转换为200x200像素
浏览 16提问于2021-01-21得票数 0
回答已采纳
我试图使用RDKit来枚举大量的复合库，并将结果输出为CSV文件中的一行微笑字符串。('reactants_1.sdf')prods = AllChem.EnumerateLibraryFromReaction为了减少内存使用量，我尝试执行一个迭代枚举，在"reactants_1“中每次取一个分子，与"reactants_2”中<
浏览 13提问于2022-01-28得票数 2
回答已采纳
所以，我必须生成由15个分子组成的网格图像，并将其保存到我的计算机上，但我一直使用的脚本没有显示任何错误，但仍然没有生成任何图像，也没有将它们保存到我的计算机指定的文件中，即使电池气体已经成功执行。from rdkit import Chemfrom rdkit.Chem.Draw import MolsToGridImage
from rdkit.Chemimport SDMolSupplie
浏览 0提问于2021-02-24得票数 0
回答已采纳
2回答
我正在使用Biopython对pdb文件执行各种操作。随后，我想向由Biopython生成的Biopython结构对象添加一些新原子。在Python中有没有好的/推荐的方法来做这件事。Biopython似乎只提供了写出pdb文件的现有元素的选项，而不是创建新的元素。
浏览 5提问于2019-11-10得票数 0
在过滤sdf数据库之后，我得到的结果只在屏幕上打印出来。下面是我的过滤代码。我想我需要使用SDWriter Rdkit模块，但在互联网上找不到具体的代码来实现我的脚本来过滤分子。from rdkit.Chem import Descriptorsif __name__ == '__
浏览 14提问于2021-02-24得票数 0
我目前正在创建一个将数据保存到磁盘中的应用程序。我希望文件的文件名是当前日期。为此，我尝试使用SimpleDateFormat，但我不知道如何将它转换为字符串。它的toString()方法没有被对象覆盖，因此我没有得到一个有效的结果。这是代码：...ImageIO.write(capture, "
浏览 3提问于2014-06-18得票数 0
回答已采纳
通过postman发送以下dateOfJoining后，如何将JSON值(String类型)绑定到DateInput类中的成员变量dateOfJoining(Date类型)。如何在java中将字符串转换为具有相同格式dd/MM/yyyy的Date对象。转换的日期应在date对象中，而不是字符串中。dateOfJoining更改为字符串，然后尝试将其转换为date对象，如下所示
浏览 2提问于2017-04-05得票数 13
1回答
我用RDKit计算了两个微笑结构的分子列表之间的分子相似度。现在，我能够从两个单独的csv文件中提取微笑结构。我想知道如何将这些结构放入RDKit中的指纹模块，以及如何计算两个分子列表之间的相似性。from rdkit import DataStructsms = [Chem.MolFromSmiles然后比较两个列表中每对分子之间的相似性，也许这
浏览 0提问于2018-08-04得票数 4
回答已采纳
我有一个名为"task“的对象，它有一个名为startDateTimeLocal的Date属性。在处理之后，我希望首先将更新后的task.startDateTimeLocal转换为UTC时间，然后转换为字符串值，然后将字符串值保存到数据库字段startDateTimeUTCString中。SQLite中的属性为"startDateTimeUTC TEXT NOT NULL DEFAULT“我的对象中对应的属性为"Date startDateTimeUTC&q
浏览 0提问于2013-04-19得票数 0
回答已采纳
我正在开发一个程序，在该程序中，我希望输出到一个文件，该文件的文件名后面附加了yyy/MM/dd格式的当前数据。String outputFileName = "someFile";
浏览 0提问于2011-12-13得票数 2
回答已采纳
在Databricks (SparkR)中，我从kohonen包并行运行自组织映射的批处理算法，因为与本地机器相比，它大大减少了计算时间。在Databricks中是不可用的。我知道如何将SparkDataFrame保存并下载到csv：write.df(sdftest, path = "dbfs:/FileStore/test.csv", source = "csv", mode = "overwrite")
浏览 0提问于2021-01-06得票数 0
回答已采纳
1回答
嗨，我有一个嵌套很深的json文件。我使用sparklyr读取这个json文件，并将其命名为"data“对象。因此，如果我使用以下命令提取"a“：我可以查看里面的数据，比如： a1 Hello world现在的问题是，当我使用sdf_select()一个更深层次的结构时。dat
浏览 9提问于2018-02-19得票数 1
我在R中创建了一个使用C50库将电子邮件分类为不同类别的模型。我现在想要使用的模型，以分类新的电子邮件的实时使用R预测通过java。我不知道如何从R中保存模型并将其加载到与Java一起使用的另一个R实例中。是否有任何方法将模型保存到文件中，然后将文件加载到R中以使模型返回以进行预测？
浏览 0提问于2016-01-13得票数 1
回答已采纳
1回答
服务器发送一个包含所有信息的SQL文件(T-SQL查询)。有没有办法在SQL CE中执行这些命令？
我可以将sql文件解析为纯文本文件，但我想知道sql ce是否可以自动执行此操作？
浏览 0提问于2012-04-26得票数 0
回答已采纳
1回答
我有一个python S4对象，我想使用rpy2存储它以便将来在python中使用。然后，我希望在需要时将其从一个文件导入回R中。我该怎么做呢？
Python 2.7 R 3.1.2
浏览 1提问于2015-02-12得票数 1
在xcode编程中可以将(jpg+mp3)转换为mp4或将mp4转换为(jpg+mp3)吗？文件类型不一定是jpg或mp3，它可以是任何可能的照片文件类型，如jpg、png或bmp，并且可以是任何可能的音频文件类型，如wav、caf或mp3。非常感谢！
浏览 2提问于2010-10-05得票数 0
如何将shapely.geometry.polygon.Polygon对象保存到文件(尤其是shapefile)中，并在需要时将其加载到Python环境中？82,32.261),(79.304,32.474),(77.282,30.261),(81.037,28.354)]我希望将polygon对象保存到shapefile (或任何其他格式化文件)中，并在
浏览 9提问于2020-05-27得票数 0
回答已采纳
扫码
添加站长 进交流群
领取专属 10元无门槛券
手把手带您无忧上云
相关资讯
热门标签
云服务器
ICP备案
实时音视频
对象存储
即时通信 IM活动推荐
腾讯云开发者
