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生态学建模:增强回归树(BRT)预测短鳍鳗生存分布和影响因素|附代码数据

p=22482 在本文中,在R中拟合BRT(提升回归树)模型。我们的目标是使BRT(提升回归树)模型应用于生态学数据,并解释结果。 引言 本教程的目的是帮助你学习如何在R中开发一个BRT模型。  ...使用1000个观测值和11个预测因子,创建10个50棵树的初始模型。 上面我们使用了交叉验证的。...它做出的模型只有650棵树,所以我们的下一步将是减少lr。例如,尝试lr = 0.005,争取超过1000棵树。...在其中,我们评估了简化lr为0.005的模型的价值,但只测试剔除最多5个变量("n.drop "参数;默认是自动规则一直持续到预测偏差的平均变化超过gbm.step中计算的原始标准误差)。...,例如,第5列的预测是针对tree.list[5]=500棵树。

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生态学建模:增强回归树(BRT)预测短鳍鳗生存分布和影响因素|附代码数据

我们的目标是使BRT(提升回归树)模型应用于生态学数据,并解释结果。 引言 本教程的目的是帮助你学习如何在R中开发一个BRT模型。  示例数据 有两套短鳍鳗的记录数据。...使用1000个观测值和11个预测因子,创建10个50棵树的初始模型。 上面我们使用了交叉验证的。...它做出的模型只有650棵树,所以我们的下一步将是减少lr。例如,尝试lr = 0.005,争取超过1000棵树。...在其中,我们评估了简化lr为0.005的模型的价值,但只测试剔除最多5个变量("n.drop "参数;默认是自动规则一直持续到预测偏差的平均变化超过gbm.step中计算的原始标准误差)。...,例如,第5列的预测是针对tree.list[5]=500棵树。

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    GBDT+LR算法解析及Python实现

    与通常做法不同的是,当 GBDT 训练好做预测的时候,输出的并不是最终的二分类概率值,而是要把模型中的每棵树计算得到的预测概率值所属的叶子结点位置记为 1,这样,就构造出了新的训练数据。...顺便来讲,RF 也是多棵树,但从效果上有实践证明不如 GBDT。且 GBDT 前面的树,特征分裂主要体现对多数样本有区分度的特征;后面的树,主要体现的是经过前 N 颗树,残差仍然较大的少数样本。...') # y_pred 分别落在 100 棵树上的哪个节点上 y_pred = gbm.predict(x_train, pred_leaf=True) y_pred_prob = gbm.predict...100 棵树的序号,中间的值为对应树的节点序号) temp = np.arange(len(y_pred[0])) _ num_leaf + np.array(y_pred[i]) # 构造 one-hot...棵树,每棵树有 64 个叶子节点,所以索引范围是 0~6400;(这里有一个技巧,通过把每棵树的起点索引组成一个列表,再加上由落在每棵树叶子节点的索引组成的列表,就得到了往二维零数组里插入元素的索引信息

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    陈天奇做的XGBoost为什么能横扫机器学习竞赛平台?

    在涉及非结构化数据(图像、文本等)的预测问题中,人工神经网络显著优于所有其他算法或框架。但当涉及到中小型结构/表格数据时,基于决策树的算法现在被认为是最佳方法。...XGBoost选用了CART树,数学公式表达XGBoost模型如下: K是树的数量,F表示所有可能的CART树,f表示一棵具体的CART树。这个模型由K棵CART树组成。...Bagging:是一种集合元算法,通过多数投票机制将来自多决策树的预测结合起来,也就是将弱分离器 f_i(x) 组合起来形成强分类器 F(x) 的一种方法 随机森林:基于Bagging算法。...随机选择一个包含多种特性的子集来构建一个森林,或者决策树的集合 Boosting:通过最小化先前模型的误差,同时增加高性能模型的影响,顺序构建模型 梯度上升:对于似然函数,要求最大值,叫做梯度上升 XGBoost...Tree Pruning: GBM框架内树分裂的停止标准本质上是贪婪的,取决于分裂点的负损失标准。XGBoost首先使用'max_depth'参数而不是标准,然后开始向后修剪树。

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    生态学建模:增强回归树(BRT)预测短鳍鳗生存分布和影响因素|附代码数据

    我们的目标是使BRT(提升回归树)模型应用于生态学数据,并解释结果。 引言 本教程的目的是帮助你学习如何在R中开发一个BRT模型。  示例数据 有两套短鳍鳗的记录数据。...使用1000个观测值和11个预测因子,创建10个50棵树的初始模型。 上面我们使用了交叉验证的。...它做出的模型只有650棵树,所以我们的下一步将是减少lr。例如,尝试lr = 0.005,争取超过1000棵树。...在其中,我们评估了简化lr为0.005的模型的价值,但只测试剔除最多5个变量("n.drop "参数;默认是自动规则一直持续到预测偏差的平均变化超过gbm.step中计算的原始标准误差)。...,例如,第5列的预测是针对tree.list[5]=500棵树。

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    生态学建模:增强回归树(BRT)预测短鳍鳗生存分布和影响因素|附代码数据

    我们的目标是使BRT(提升回归树)模型应用于生态学数据,并解释结果。 引言 本教程的目的是帮助你学习如何在R中开发一个BRT模型。  示例数据 有两套短鳍鳗的记录数据。...使用1000个观测值和11个预测因子,创建10个50棵树的初始模型。 上面我们使用了交叉验证的。...它做出的模型只有650棵树,所以我们的下一步将是减少lr。例如,尝试lr = 0.005,争取超过1000棵树。...在其中,我们评估了简化lr为0.005的模型的价值,但只测试剔除最多5个变量("n.drop "参数;默认是自动规则一直持续到预测偏差的平均变化超过gbm.step中计算的原始标准误差)。...,例如,第5列的预测是针对tree.list[5]=500棵树。

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    生态学建模:增强回归树(BRT)预测短鳍鳗生存分布和影响因素

    存在(1)和不存在(0)被记录在第2列。环境变量在第3至14列。 > head(train) 拟合模型 拟合gbm模型,你需要决定使用什么设置,本文为你提供经验法则使用的信息。...使用1000个观测值和11个预测因子,创建10个50棵树的初始模型。 上面我们使用了交叉验证的。...它做出的模型只有650棵树,所以我们的下一步将是减少lr。例如,尝试lr = 0.005,争取超过1000棵树。...在其中,我们评估了简化lr为0.005的模型的价值,但只测试剔除最多5个变量("n.drop "参数;默认是自动规则一直持续到预测偏差的平均变化超过gbm.step中计算的原始标准误差)。...,例如,第5列的预测是针对tree.list[5]=500棵树。

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    生态学建模:增强回归树(BRT)预测短鳍鳗生存分布和影响因素|附代码数据

    我们的目标是使BRT(提升回归树)模型应用于生态学数据,并解释结果。 引言 本教程的目的是帮助你学习如何在R中开发一个BRT模型。  示例数据 有两套短鳍鳗的记录数据。...使用1000个观测值和11个预测因子,创建10个50棵树的初始模型。 上面我们使用了交叉验证的。...它做出的模型只有650棵树,所以我们的下一步将是减少lr。例如,尝试lr = 0.005,争取超过1000棵树。...在其中,我们评估了简化lr为0.005的模型的价值,但只测试剔除最多5个变量("n.drop "参数;默认是自动规则一直持续到预测偏差的平均变化超过gbm.step中计算的原始标准误差)。...,例如,第5列的预测是针对tree.list[5]=500棵树。

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    推荐系统中传统模型——LightGBM + LR融合

    且GBDT前面的树,特征分裂主要体现对多数样本有区分度的特征;后面的树,主要体现的是经过前N颗树,残差仍然较大的少数样本。...2 LightGBM + LR融合案例 一段核心代码,整体流程为: 源数据 -> 标准化 -> 训练LGM模型 -> 预测训练集+验证集的每个样本落在每棵树的哪个节点上 -> LGB的节点特征合并成为新的训练集...10维 gbdt_feats_test = model.predict(test, pred_leaf = True) # 获得验证集的各颗树的节点数(10棵树,每棵树100个叶子节点)...=- 1, silent=True, importance_type='split', **kwargs) 其中: n_estimators - 树的棵树,相当于主成分,多少个主成分一样 num_leaves...),然后每个样本标记的,在10棵树的叶子位置(每个样本(1599)在10颗树的叶子(100片叶子)节点的编号)

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    R 集成算法④ 梯度提升树

    然后等进行了N次迭代,将会得到N个简单的基分类器(basic learner),最后将它们组合起来,可以对它们进行加权(错误率越大的基分类器权重值越小,错误率越小的基分类器权重值越大)、或者让它们进行投票等得到一个最终的模型...梯度提升算法的核心在于,每棵树是从先前所有树的残差中来学习。利用的是当前模型中损失函数的负梯度值作为提升树算法中的残差的近似值,进而拟合一棵回归(分类)树。...特点 GBM优点: 可以和随机森林这样的高性能算法竞争 能保持可靠的预测表现,预测结果比简单模型差的情况非常罕见 常常被kaggle等竞赛的获胜者使用 能处理缺失数据 无需进行特征缩放 能处理的因子水平比随机森林高...树的数量(n.trees):拟合树的总量。选择这个参数时要特别注意,因为这个值过大会造成过拟合 每棵树的分叉数目(interaction.depth):这个参数控制这提升集成的复杂程度。..., test_data, type = "response", n.trees = 1000) summary.gbm(gbm1) ?

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    GBDT+LR算法解析及Python实现

    与通常做法不同的是,当 GBDT 训练好做预测的时候,输出的并不是最终的二分类概率值,而是要把模型中的每棵树计算得到的预测概率值所属的叶子结点位置记为 1,这样,就构造出了新的训练数据。...顺便来讲,RF 也是多棵树,但从效果上有实践证明不如 GBDT。且 GBDT 前面的树,特征分裂主要体现对多数样本有区分度的特征;后面的树,主要体现的是经过前 N 颗树,残差仍然较大的少数样本。...') # y_pred 分别落在 100 棵树上的哪个节点上 y_pred = gbm.predict(x_train, pred_leaf=True) y_pred_prob = gbm.predict...100 棵树的序号,中间的值为对应树的节点序号) temp = np.arange(len(y_pred[0])) _ num_leaf + np.array(y_pred[i]) # 构造 one-hot...棵树,每棵树有 64 个叶子节点,所以索引范围是 0~6400;(这里有一个技巧,通过把每棵树的起点索引组成一个列表,再加上由落在每棵树叶子节点的索引组成的列表,就得到了往二维零数组里插入元素的索引信息

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    生态学建模:增强回归树(BRT)预测短鳍鳗生存分布和影响因素|附代码数据

    存在(1)和不存在(0)被记录在第2列。环境变量在第3至14列。> head(train)拟合模型拟合gbm模型,你需要决定使用什么设置,本文为你提供经验法则使用的信息。...使用1000个观测值和11个预测因子,创建10个50棵树的初始模型。上面我们使用了交叉验证的。...在其中,我们评估了简化lr为0.005的模型的价值,但只测试剔除最多5个变量("n.drop "参数;默认是自动规则一直持续到预测偏差的平均变化超过gbm.step中计算的原始标准误差)。...treen.trees=tree, "response")上面的代码会形成一个矩阵,每一列都是模型对tree.list中该元素所指定的树数量的预测...,例如,第5列的预测是针对tree.list[5]=500棵树。

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    集成算法的简单分享

    使用同一模型,训练得到S个分类器,预测时使用投票结果最多的分类。  RandomForestClassifier随机森林,它是对决策树的集成,用随机的方式建立一个决策树的森林。...当有一个新的输入样本进入的时候,就让森林中的每一棵决策树分别进行判断,预测时使用投票结果最多的分类,也是少数服从多数的算法。  ...GBM常把决策树作为基模型,我们常看到的GBDT梯度提升决策树,一般也是指该算法。  ...在调参方面,作为梯度下降算法,我们也需要在参数中指定学习率(每次迭代改进多少),误差函数(在回归问题中判断预测值与实际值的差异);是与决策树结合时,还需要指定树的大小;另外还要设置迭代的次数,每次抽取样本的比例等等...说明: 实例摘自sklearn官网上GBM的例程,实现的是波士顿房价预测,它使用4层决策树,经过500次迭代之后预测房价,从图中可看到,预测结果的均方误差在迭代的过程中是如何下降的,以及从模型中提取的变量与结果的相关性

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    机器学习6:集成学习--boosting(AdaBoost)与GBDT

    其中Tj学习的是之前j-1棵树预测结果的残差,这种思想就像准备考试前的复习,先做一遍习题册,然后把做错的题目挑出来,在做一次,然后把做错的题目挑出来在做一次,经过反复多轮训练,取得最好的成绩。...上图很直观地体现了GradientBoosting的策略,而每一步的预测模型是回归树:Decision Tree决策树。...GBDT的核心就在于,每一棵树学的是之前所有树结论和的残差,这个残差就是一个加预测值后能得真实值的累加量。比如A的真实年龄是18岁,但第一棵树的预测年龄是12岁,差了6岁,即残差为6岁。...那么在第二棵树里我们把A的年龄设为6岁去学习,如果第二棵树真的能把A分到6岁的叶子节点,那累加两棵树的结论就是A的真实年龄;如果第二棵树的结论是5岁,则A仍然存在1岁的残差,第三棵树里A的年龄就变成1岁...;4,训练模型;5,使用模型进行测试集样本预测; 6,保存预测结果。

    2.3K10

    【原创精品】使用R语言gbm包实现梯度提升算法

    最基础的模型集成方法,即生成多个模型(也叫基础学习器base learner)后,取预测平均数(如线性回归)或以多数投票表决(如决策树等分类问题)为模型结果。...迭代次数的选择与学习速率密切相关,下图展示了模型表现、学习速率和迭代次数之间的关系: 迭代次数可以设得稍微大一点,因为模型训练完后,gbm中的gbm.perf可以估计出最佳迭代次数以供预测阶段使用。...(4)interaction.depth和n.minobsinnode:子决策树即基础学习器的深度和决策树叶节点包含的最小观测树,若基础学习器训练得过于复杂,将提升模型对于样本的拟合能力而导致过拟合问题...实现 本文以kaggle上著名的titanic生还预测问题为例,演示如何用R语言实现这一强大的算法。具体问题介绍可移步:https://www.kaggle.com/c/titanic....gbm.perf函数返回最佳迭代次数,由图可看出迭代到第1364次时,模型表现不再有进一步的提升,因此最佳迭代次数为1364。 样本内预测准确度为0.87 在gaggle上提交结果: ?

    5.1K71

    独家 | 从基础到实现:集成学习综合教程(附Python代码)

    以下是简单堆叠集成法的逐步解释: 第一步:把训练集分成10份 ? 第二步:基础模型(假设是决策树)在其中9份上拟合,并对第10份进行预测。 第三步:对训练集上的每一份如此做一遍。 ?...GBM使用boosting技术,结合了许多弱学习器,以形成一个强大的学习器。回归树用作基础学习器,每个后续的树都是基于前一棵树计算的错误构建的。 我们将使用一个简单的例子来理解GBM算法。...由于创建了二叉树,因此深度'n'将产生最多2 ^ n个叶子 如果它被定义,则GBM会忽略max_depth max_features 搜索最佳拆分时要考虑的特征数量。这些特征将被随机选择。...由于创建了二叉树,因此深度'n'将产生最多2 ^ n个叶子 如果已定义,则GBM将忽略max_depth gamma 仅当产生的分割能给出损失函数的正向减少时,才分割节点。...colsample_bytree 它类似于GBM中的max_features 表示要为每个树随机采样的列的比例 4.6 Light GBM 在讨论Light GBM如何工作之前,先理解为什么在我们有如此多其他算法时

    2K50

    自动化建模 | H2O开源工具介绍

    一、基于H2O Python包的机器学习实现 首先,一起来看看在Python环境中看看如何使用这个工具进行建模(目前支持Python版本为2.7/3.5/3.6)。...4、导入模型module并建立模型object ? 这里选择GBM这个基于树的算法进行模型的开发,并设置100个树,最大深度设置为10,并设置10折交叉验证。 5、训练模型并展示训练结果 ?.../docs/modeling.html 目前H2O支持的监督模型包括: H2ODeepLearningEstimator(深度神经网络) H2OGradientBoostingEstimator(梯度提升树...前10名中还包括像XGBoost和GBM一样的基于树的模型,AUC也相当不错。...) runAutoML(自动建模) buildModel(手动建立模型) importModel(从本地读取模型) predict(使用模型进行预测) 关于自动建模的一些思考 读到这里,大家除了对H2O

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    【机器学习】集成学习方法:Bagging与Boosting的应用与优势

    显著提高了模型的稳定性和泛化能力: 降低过拟合:单棵决策树容易过拟合训练数据,而随机森林通过对多个决策树的结果进行平均或投票,可以减少单棵树的过拟合风险,增强对新数据的泛化能力。...提高稳定性:由于随机森林是由多棵独立决策树组成的,个别树的异常预测不会对整体结果产生重大影响,从而提高了模型的稳定性和鲁棒性。 2....,通过组合多个弱学习器(通常是决策树)来提高模型的预测性能。...(y_test, y_pred) print(f"GBM Accuracy: {accuracy:.2f}") 讨论GBM在逐步改进模型预测性能方面的优势 GBM在逐步改进模型预测性能方面具有显著优势:...而Boosting方法,通过迭代地改进模型的误差,如梯度提升树(GBM)、XGBoost、LightGBM和CatBoost等,在处理复杂数据和提高预测性能方面表现尤为出色。

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    逻辑回归 + GBDT模型融合实战!

    假如我们产生的第2棵决策树如下: ? 对于每个叶子节点, 计算最佳残差拟合值 意思是, 在刚构建的树中, 找到每个节点的输出, 能使得该节点的loss最小。...: 这时候, 就可以算出该节点的输出: 这里的下面表示第棵树的第个叶子节点。...接下来是右边节点的输出, 包含样本2和样本3, 同样使用二阶泰勒公式展开: 求导, 令其结果为0,就会得到, 第1棵树的第2个叶子节点的输出: 可以看出, 对于任意叶子节点, 我们可以直接计算其输出值...且GBDT前面的树,特征分裂主要体现对多数样本有区分度的特征;后面的树,主要体现的是经过前N颗树,残差仍然较大的少数样本。..., 就需要用到下面的语句: model = gbm.booster_ # 获取到建立的树 # 每个样本落在每个树的位置 , 下面两个是矩阵 (样本个数, 树的棵树) , 每一个数字代表某个样本落在了某个数的哪个叶子节点

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    AutoML:机器学习的下一波浪潮

    AutoML 通过使不同背景的人能够演进机器学习模型来解决复杂的场景,正在从根本上改变基于 ML 的解决方案给人们的印象,以上仅是说明它如何改变的其中一例。 ...典型的机器学习模型包括以下四个过程:  如何自动化机器学习管道:Axel de Romblay  从摄取数据到 预处理、优化,然后预测结果,每个步骤都由人来控制和执行。...AutoML 主要关注两个主要方面:数据采集 / 收集和预测。中间发生的所有其他步骤都可以轻松实现自动化,同时提供经过优化并准备好进行预测的模型。 ...具有模型解释的预测  已经在 Kaggle 上进行了测试并且表现良好。...:   预处理:用于读取和预处理数据  优化: 用于测试和 交叉验证 模型  预测: 用于预测。

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