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生信程序 | 基因水平的单细胞轨迹对齐 | Nat.Methods |

G2G (1) 生成描述性基因对齐结果;(2) 识别具有相似对齐模式的基因簇;(3) 在所有或部分基因中推导出聚合的细胞水平对齐;(4) 识别具有差异动态表达的基因;以及 (5) 探索其相关的生物通路。...Para_05 我们在模拟数据集中验证了G2G准确捕捉不同对齐模式的能力,并与CellAlign和TrAGEDy(当前单细胞轨迹对齐的最先进方法)进行基准测试,同时在已发表的实际数据集中展示了两个条件之间的基因水平对齐...最后,G2G 将所有基因水平的对齐结果聚合为单一的细胞水平对齐,提供轨迹之间的平均映射关系。 当基因间的对齐模式异质时,基因水平和细胞水平的对齐都很有用。...(扩展数据图2c;有关最佳阈值选择的详细信息,请参见方法部分)。 我们将其与CellAlign基于基因伪时间偏移(基因水平DTW对齐中匹配时间点之间的差异)的k均值聚类进行了比较。...我们注意到现有的用于分支轨迹对齐的 DTW 方法。 从这些方法中输出的对应关系对可以通过 G2G 对齐来捕获基因水平的不匹配情况。

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Arch Linux 中的引导式安装程序是迈向正确的一步

在该安装程序的 GitHub 页面上有这样的描述: “引导性安装程序会给用户提供一个友好的逐步安装方式,但是关键在于这个安装程序是个选项,它是可选的,绝不会强迫用户使用其进行安装。”...这意味着新的安装程序不会影响高级用户,同时也使得其可以向更广泛的受众开放,在这一改动所带来的许多优点之中,一个显著的优点即是:更广泛的用户。...尽管这看上去可能有些反直觉,但是这个安装程序实际上能够增进 Arch Linux 的可定制性。...当前,Arch Linux 定制性的最大瓶颈是用户的技术水平,而这一问题能够通过 archinstall 解决。...有了新的安装程序,用户不需要掌握创建完美开发环境的技巧,安装程序可以帮助用户完成这些工作,这提供了广泛的自定义选项,是普通用户难以实现的。

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    API场景中的数据流

    译者微博:@从流域到海域 API场景中的数据流 我正在重新审视my real-time API research(我的实时API研究)作为上周我所进行的一些“数据流”和“事件溯源”对话的一部分。...Apache Kafka:Kafka™用于构建实时数据管道和流应用程序。它具有横向扩展性,容错性,(处理)速度级快,并且可以在数千家公司的生产环境中运行。...Apache Flink:ApacheFlink®是一款面向分布式、高性能、始终可用并且始终准确无误的数据流应用程序的开源流处理框架。...Webhooks:Web开发中的 Webhook是一种通过自定义回调来增强或改变网页或Web应用程序的行为的方法。...它们在某些使用案例中占有自己的位置,大型组织有这些资源,但我仍花了很多时间担心这个小家伙。 我认为在Twitter API社区中可以找到一个很好的Web API与对比Streaming API的示例。

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    Go 装饰器模式在 API 服务程序中的使用

    但对于 Golang 这种奉行极简主义的语言,如何提高代码复用率就会成为一个很大的挑战,API server 中的大量接口很可能有完全一致的逻辑,如果不解决这个问题,代码会变得非常冗余和难看。...Python 中的装饰器   在 Python 中,装饰器功能非常好的解决了这个问题,下面的伪代码中展示了一个例子,检查 token 的逻辑放在了装饰器函数 check_token 里,在接口函数上加一个...以下的 API 服务代码示例是基于 Gin-Gonic 框架,对 Gin 不太熟悉的朋友,可以参考我之前翻译的一篇文章:如何使用 Gin 和 Gorm 搭建一个简单的 API 服务器 (一)   本文中的代码为了方便展示...CheckParamAndHeader 中除了运行自己的代码,也调用了作为入参传递进来的 h 函数。...服务程序可能会需要判断用户是否有权限访问接口,如果使用了 MVC 模式,就需要根据接口所在的 module 和接口自己的名称来判断用户能否访问,这就要求在装饰器函数中知道被调用的接口函数名称是什么,这点可以通过

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    常驻型计算机病毒工作原理,复习计算机病毒分析与防范

    触发、影响文件系统、user水平决定传播、摘除还原 蠕虫:独立存在、拷贝自身复制、系统漏洞传染、针对网络、自身触发、影响网络系统性能、user水平不影响、补丁还原 判断PE文件的方法 mz头4d5a,pe...感染PE文件的方法/如何实现添加新节判断MZ、PE、感染标记 获得数据目录Directory个数(每个8字节) 获得节表起始位置(Directory偏移地址+目录字节数)、最后节表的末尾偏移(节表起始位置...+节个数*28H) 新节写入节表节名8 节的实际字节数4 本节开始偏移地址(上一节开始偏移地址+(上节大小/节对齐+1)*节对齐) 本节对齐后大小 本节在文件中的开始位置(上节文件开始位置+上节对齐后大小...以下由MBR程序执行 MBR将自己复制到0000:0600处 在主分区表中搜索是否有活动分区 将活动分区的第一个扇区读入0000:7c00 检查0000:7def 是否为0xaa55 跳转到0000:...GetProcAddress通过DLL地址和API函数名获得API函数的地址。 木马结构 木马软件一般由木马配置程序、控制端程序和被控端程序三部分组成。

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    Java Stream API中如何实现数据的并行处理?

    在 Java Stream API 中,实现数据的并行处理非常简单,核心是通过 ​​parallelStream()​​​ 方法获取并行流,而非默认的串行流(​​stream()​​)。...并行流会自动利用多核 CPU 的优势,将数据分成多个子任务并行执行,从而提升大数据量处理的效率。...一、并行处理的核心原理并行流(Parallel Stream):基于 ​​Fork/Join​​ 框架实现,自动将流中的元素分割成多个子流,由多个线程并行处理,最后合并结果。...无需手动管理线程:开发者无需创建线程池或处理线程同步,Stream API 内部已封装了并行逻辑。...优势:自动利用多核CPU,提升大数据量、复杂操作的处理效率,无需手动管理线程。注意:避免共享变量修改,数据量小或操作简单时慎用,有序性需求需权衡性能。

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    【小程序探索】:深入理解小程序中的数据

    UI 小程序作为MVVM框架中的一员,数据驱动是核心,得数据者得天下 要理解数据通信,和生命周期、运行机制密不可分,像双线程通信模型、数据驱动、底层框架、界面渲染机制等等,本文不会展开叙述,也不可能讲的比官方文档更好...、更实时 本文主要理解以下几点:(想了半天,才概括如下) 1、小程序中数据的作用域 2、合理操作数据,提升性能 3、组件间的数据通信 4、缓存数据 5、扩展-状态管理westore 在这之前,还是上几张官方的图...明确几点概念 渲染层和数据相关 逻辑层负责产生、处理数据,小程序的JS脚本运行在同一个JsCore线程里 逻辑层和渲染层是一对多的关系,但页面对象(page)和页面层级(webview)一一对应 一、小程序中数据的作用域...Page构造器中的数据,没错!...,和VUE一样,不过VUE中只要写this.text,而小程序中要写this.data.text,每次写到这个就郁闷,其实与界面渲染无关的数据最好不要设置在data中,对性能也是大有好处 4、自定义组件中的数据

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    LLM 与实时数据间的鸿沟:RAG 架构中的语义对齐与语料工程挑战

    随着大语言模型(LLM)在搜索链路中的应用日益普及(如DeepSeek、Perplexity等),传统的倒排索引检索正在被向量检索(VectorRetrieval)所取代。...一、RAG架构的底层逻辑:从关键词到语义向量在传统的搜索架构中,系统通过分词和关键词匹配来召回文档。...为了提高Token的利用率和检索的准确性,数据必须被预处理为模型偏好的格式。在工程实践中,手动构建这种海量结构化语料是不现实的。因此,通常需要引入自动化的内容中间件。...这种自动化流水线解决了“语义冷启动”的问题,确保了新实体在向量数据库中能快速积累足够的特征点。信源一致性与重排序(Reranking)RAG系统的Rerank阶段会对召回的信源进行置信度打分。...对于开发者而言,理解LLM的偏好,并利用自动化工具构建高密度、结构化、一致性的语义语料库,是提升RAG系统性能的关键路径。GEO不仅仅是运营手段,更是现代搜索架构中不可或缺的数据基建环节。

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    使用 Delete By Query API 的方式删除ES索引中的数据

    的方式去删除索引中的数据。...二、Delete By Query API 介绍 怎么理解这个API呢?实际是批量删除数据的意思 功能:根据特定的查询条件对ES相关索引中某些特定的文档进行批量删除。...使用Delete By Query 删除API注意事项: 1, 一般生产环境中,使用该API操作的索引都很大,文档都是千万甚至数亿级别。...max_num_segments=1 上面API的意思表示合并索引中的每个分片为一个单独的段,可以先设置大一点,10-5-1,一点一点慢慢降到1。一般推荐为1....执行上面的API,后面的工作直接交给ES进程去调用处理,这个过程根据数据大小来定。接着,我们再执行强制合并,快速删除数据,释放系统资源,我们需要强制合并。

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    Docker搭建webdis用于提供api查询redis中的数据

    背景 为什么想着要去搭建一个api的服务去查询redis中的数据呢?...原因如下: 最近在做一个实战项目的接口自动化,先选用的是postman工具,该项目的登录接口会涉及到要输入验证码,然后验证码是存储在redis中的,目前postman中好像没找到什么好的方法去直接查redis...中的数据,然后就准备采取这种这种的方式。...本来是自己用python写了一个api接口去查的,后来在微信群请教的时候,有大佬提示可以考虑下Webdis,然后我查了一下可以用,然后今天决定分享出来。...return return_dict if __name__ == '__main__': app.run(debug=True) 运行redisapi.py脚本后,就可以在浏览器查询redis中的数据了

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    小程序中神秘的用户数据

    的API来获取用户数据,这个用户数据里面也可以包含当前的用户标识openid。...本文就如何获取小程序中的用户数据及数据完整性校验等内容来展开详述 API介绍 wx.getUserInfo是用来获取用户信息的API接口,下面是对应的参数字段: 字段 类型 是否必填 withCredentials...withCredentials withCredentials 这个字段是一个布尔类型的值,决定了在调用API时小程序返回的数据里是否带上登录态信息,不填的话默认该字段的值为true 那么此时API返回的结果为...小程序中的应用 那么在前面我们大致了解了小程序中是如何对用户数据进行加密的之后,我们就一起以nodejs为例来看看如何在服务端对用户数据进行解密,以及解密后的数据完整性校验: 在util.js文件中,定义了两个方法...最后 那么上面就是小程序中如何对用户数据进行加解密操作,以及如何对用户数据进行相关处理和校验的介绍,请大家多多指教!

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    如何理解数据库优化中的读写分离、垂直拆分、水平拆分、分库分表

    分库 数据库垂直拆分、数据库水平拆分 统称 分库。是指按照特定的条条件和维度,将同一个数据库中的数据拆分到多个数据库(主机)上面以达到分散单库(主机)负载的效果。...这样我们变相地降低了数据集的大小,以空间换时间来提升性能。 3.1 数据库垂直拆分 数据库垂直拆分 指的是按照业务对数据库中的表进行分组,同组的放到一个新的数据库(逻辑上,并非实例)中。...比如商城的整个业务中的 用户相关表,订单相关表,物流相关表 各自独立分类形成 用户系统数据库,订单系统数据库,物流系统数据库 如下图: ?...分表 分表也分为 数据表垂直拆分 和 数据表水平拆分 。 4.1 数据表垂直拆分 数据表垂直拆分就是纵向地把表中的列分成多个表,把表从“宽”变“窄”。...4.2 数据表的水平拆分 表的水平拆分感觉跟库的水平拆分思想上都是一样的,只不过粒度不同。表结构维持不变。也就是说拆分后数据集的并集等于拆分前的数据集。

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    程序员与数据库中的设计

    个人对程序员是充满无比的崇敬和敬仰的,这辈子没做程序员是我最大的遗憾。他们创造这这个世界,的确是伟大的。...在程序开发的SQL 存储过程中有这样一个想法,就是我只要完成功能就可以了,的确,数据量小完成功能就好了,我可以将我的存储过程写成一个 “方法论”,来回的调用,也可以将我的存储过程,写成一部 “韩国连续剧...但我对这样的程序设计和对数据库根本就不懂的行的设计,深表遗憾,如此设计,等待着的是客户的抱怨和甚至是愤怒。...数据库的程序设计写的就像一部 “韩国 108” 集的电视剧。...那存储过程里面为什么要存在临时表,原因如下 , 1 复杂的多表查询中,数据库的优化引擎在牛B ,他也有算错的时候,无论是因为统计数据的错,还是语句写法的错,复杂的查询,如果变成多个简单的查询,都是没有坏处的

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    现实中的应用程序是如何丢失数据?

    故事之一 第一个故事来自一个数据科学项目:它基本上是一个从正在进行的研究中来收集数据的庞大而复杂的管道,然后用各种不同的方式处理以满足一些尖端模型的需要。...这个面向用户的应用程序还没有推出,但是一个由数据科学家和开发人员组成的团队已经为建立这个模型和它的数据集工作了好几个月。 在项目中工作的人有他们自己的实验工作的开发环境。...该团队迫切需要推出一个面向用户的应用程序,以便那些花钱的人能够从他们几个月的投资中真正看到一些回报。在一个星期六,一位工程师试图赶工一些工作。他在晚上很晚的时候做完了一个实验,决定收拾东西回家。...这个有一个更简单的架构:大部分代码在一个应用程序中,数据在数据库中。然而,这个应用程序也是在很大的截止日期压力下编写的。...部分数据损坏也会发生,而且可能会更加混乱。 故事之三还好。尽管少量数据永久丢失,但大部分数据可以从备份中恢复。团队中的每个人都对没有标记极其明显的危险代码感到非常难过。

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    Structured Streaming | Apache Spark中处理实时数据的声明式API

    1.介绍 许多高容量的数据源是实时产生数据的,比如传感器、移动应用程序的日志以及物联网。...API表现自动的增量查询,这意味着用户只需要了解Spark批处理API就可以编写一个流数据查询。...如果应用程序由于用户定义函数中的错误而崩溃,管理员可以更新UDF并且从它停止的地方重启,这时会自动的读取WAL。如果应用程序输出了错误的数据,管理员可以手动的回滚到问题开始之前,重新计算。...我们通过Structured Streaming来解决这个挑战,它与Spark批处理和交互API紧密结合。 2.3 业务挑战 部署流应用程序的最大挑战之一是实践中的管理和运维。...需要分布式流处理系统的应用程序通常有着来自外部数据源的大量数据(例如移动设备、传感器或物联网),数据可能在到达系统时已经产生了延迟。这就是为什么事件时间处理是这些系统中的重要特性。

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