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使用MEME-ChIP挖掘序列中的de novo motif

MEME-ChIP是一款综合性的motif分析软件，集成了以下几款软件 MEME DREME CentriMo Tomtom FIMO SpaMo 适用于分析数据量较大的序列上的motif信息。...在线工具的网址如下 http://meme-suite.org/tools/meme-chip 只需要提供输入序列就可以了 ?...命令行版本的基本用法如下 meme-chip \ -meme-p 6 \ -oc out_dir \ -db JASPAR2018_CORE_non-redundant.meme \ input.fna...其中-meme-p指定运行MEME时的线程数，MEME这个软件的运行速度减慢，多线程可以提高运行速度,-db参数指定已知motif的数据库，在该软件的官网提供了motif的数据库供下载。...相比MEME和DREME, MEME-ChIP功能更加的强大。 ·end· —如果喜欢，快分享给你的朋友们吧— 扫描关注微信号，更多精彩内容等着你！

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    windows下直接跑MEME suite？对！任何人都可以。

    MEME suite是一个motif挖掘和分析工具。...我之所以这么说，可以看我QQ空间几年前写的perl one-liner日志，里面是一些我现在不太看得上的，但是可以完成很多事情的，单行命令。...Windows下直接运行MEME suite 课题组最近做了一些测序，需要做类似的分析。我个人的建议是，把序列抓出来，然后到MEME suite官网跑一下看看。结果是什么？无尽地等待！...MEME suite网页分析常常需要排队，且每次排队可能是一两天。解决的办法只有两个： 上服务器，命令行运行 让其他人上服务器，命令行运行 而我变成了上面的其他人。...[n52fb0p08e.png] 使用MEME，任何平台都可以 注：如果是linux或者Mac，需要自行安装好MEME suite....

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    【ChiP-seq分析】超级增强子系列7: 用MEME进行超级增强子转录因子motif 富集分析实战

    这一步我们使用强大的 bedtools 工具包中的 getfasta 命令。 1....这个 SE.fasta 文件即可作为输入，上传至MEME suite进行下一步分析。 三、进入MEME在线平台：选择XSTREME进行motif发现 1....在STREME，MEME，SEA options也可以进行相应设置。最后点击Start Search进行motif 分析。...XSTREME non-redundant motifs in MEME text format：这是非冗余基序的标准化描述文件，以MEME工具专用的文本格式存储每个基序的位置权重矩阵（PWM），可用于后续的基序扫描或与其他工具...四、不同Motif分析工具深度对比：相同点与不同点 MEME、STREME、XSTREME、GLAM2 属于 deno vo motif discovery 工具；MEME-ChIP 是 集成分析流程；

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    异步爬虫实践攻略：利用Python Aiohttp框架实现高效数据抓取

    Aiohttp框架介绍 Aiohttp是一个基于异步IO的HTTP客户端/服务器框架，专门用于处理HTTP请求和响应。它结合了Python的协程技术，提供了非常便捷的方式来实现异步HTTP请求。...通过以下命令安装Aiohttp和asyncio： pip install aiohttp pip install asyncio 二、Aiohttp通过代理访问HTTPS网页 有时候我们需要通过代理来访问...使用Aiohttp可以简便地实现这个需求，以下是一个示例代码：这段代码展示了如何利用Aiohttp通过代理访问HTTPS网页，从而让数据抓取更加灵活多样。...import aiohttp async def fetch(url, proxy): async with aiohttp.ClientSession() as session:...connector = aiohttp.TCPConnector(limit=100, ssl=False) proxy_auth = aiohttp.BasicAuth(proxyUser

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    aiohttp 了解下

    本文内容是介绍一个强大的异步 I/O 操作的库 —— aiohttp。 1 aiohttp 介绍 说到 aiohttp ，不得不说下 asyncio 。...从名字中，我们可知 aiohttp 是分为服务器端和客户端，专门异步处理 HTTP 的请求。 2 aiohttp 安装 安装 aiohttp 可以通过 pip 方式安装，在终端中执行安装命令即可。...4 aiohttp 基本用法 我们使用 aiohttp 以 GET 方式向httpbin.org网站发起一个 HTTP 请求。因为是 aiohttp 是异步处理 HTTP 请求。...使用 aiohttp 发起一个 HTTP 请求，具体编写可以分为以下几步： 1）使用 async 定义异步函数 2）通过 aiohttp.ClientSession 获取一个 session 对象 3）...说句实话，aiohttp 跟 Requests 的用法大同小异。如果你已经学会了 Requests 库，很快就能掌握 aiohttp 的用法。

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    利用aiohttp异步爬虫实现网站数据高效抓取

    本文将介绍如何利用aiohttp异步爬虫技术实现网站数据抓取，以及其在实际应用中的优势和注意事项。...一、aiohttp简介 aiohttp是一个基于asyncio的异步HTTP客户端/服务器框架，它提供了一种简单而强大的方式来处理异步HTTP请求。...通过利用Python的async/await语法，aiohttp可以实现高效的异步网络通信，非常适合构建异步爬虫。...三、利用aiohttp实现异步爬虫 首先安装aiohttp，我们需要安装aiohttp库，可以通过pip命令进行安装： 巴什 复制 pip install aiohttp 编写异步爬虫代码接下来的数据...以下是一个简单的示例代码，用于利用aiohttp实现异步爬虫网站： Python 复制 import aiohttp import asyncio async def fetch(session,

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    异步爬虫实践攻略：利用Python Aiohttp框架实现高效数据抓取

    Aiohttp框架介绍Aiohttp是一个基于异步IO的HTTP客户端/服务器框架，专门用于处理HTTP请求和响应。它结合了Python的协程技术，提供了非常便捷的方式来实现异步HTTP请求。...通过以下命令安装Aiohttp和asyncio：pip install aiohttppip install asyncio二、Aiohttp通过代理访问HTTPS网页有时候我们需要通过代理来访问HTTPS...使用Aiohttp可以简便地实现这个需求，以下是一个示例代码：这段代码展示了如何利用Aiohttp通过代理访问HTTPS网页，从而让数据抓取更加灵活多样。...= aiohttp.TCPConnector(limit=100, ssl=False) proxy_auth = aiohttp.BasicAuth(proxyUser, proxyPass...接下来，编写 Python 程序，利用 Aiohttp 发送异步请求获取历史文章列表数据。

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    强大的异步爬虫 with aiohttp

    看到现在网络上大多讲的都是requests、scrapy，却没有说到爬虫中的神器：aiohttp aiohttp 介绍 aiohttp是什么，官网上有这样一句话介绍：Async HTTP client...重点来了，aiohttp是异步的。在python3.5中，加入了asyncio/await 关键字，使得回调的写法更加直观和人性化。...而aiohttp是一个提供异步web服务的库，asyncio可以实现单线程并发IO操作。...我们现在使用的aiohttp是异步的，简单来说，就是不需要等待，你尽管去下载网页就好了，我不用傻傻的等待你完成才进行下一步，我还有别的活要干。这样就极大的提高了下载网页的效率。...阻塞的代码包括： 访问文件、数据库或者Web 产生新的进程并需要处理新进程的输出，如运行shell命令 执行系统层次操作的代码，如等待系统队列 代码实例 这里是使用aiohttp的一个爬虫实例 import

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    使用 SSH 连接到 GitHub（多帐号）

    首先，你需要通过以上命令生成 SSH 密钥对。当然，将上面的邮箱地址改为你自己在 GitHub 上的邮箱地址。然后，如果你是第一次生成的话，一路回车即可（口令 passphrase 非必须）。...最后，如果你 git clone 或 git remote add 的是 HTTPS 的地址[1]，那么要修改仓库的远程仓库链接地址为 SSH 地址，比如： 1 ~/hugo-theme-meme $...git remote set-url origin git@github.com:reuixiy/hugo-theme-meme.git 此外，当你本地第一次连接 GitHub 的服务器时，可能会有警告信息...User git IdentityFile ~/.ssh/id_rsa_yixiuer 类似，修改下相应仓库的远程仓库链接地址，比如： 1 2 3 4 5 # 帐号一 ~/hugo-theme-meme...$ git remote set-url origin git@reuixiy.github.com:reuixiy/hugo-theme-meme.git # 帐号二 ~/yixiuer.me $

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    Python3网络爬虫实战-2、请求库安

    验证安装 配置完成之后，就可以在命令行下直接执行 geckodriver 命令测试。 命令行下输入： geckodriver 这时控制台应该有类似输出，如图 1-20 所示： ?...Aiohttp 就是这样一个提供异步 Web 服务的库，从 Python3.5 版本开始，Python 中加入了 async/await 关键字，使得回调的写法更加直观和人性化，Aiohttp的异步操作借助于...相关链接 官方文档：http://aiohttp.readthedocs.io... GitHub：https://github.com/aio-libs/a......安装 推荐使用 Pip 安装，命令如下： pip3 install aiohttp 另外官方还推荐安装如下两个库，一个是字符编码检测库 cchardet，另一个是加速 DNS 解析库 aiodns，安装命令如下...测试安装 安装完成之后，可以在 Python 命令行下测试。

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    异步爬虫实战：实际应用asyncio和aiohttp库构建异步爬虫

    Python中的asyncio和aiohttp库提供了强大的异步爬虫支持，使得开发者能够轻松构建高效的异步爬虫。什么是异动爬虫？为什么要使用自动爬虫？...如何使用asyncio和aiohttp库构建异步爬虫？一、准备工作在开始编写代码之前，我们需要安装相应的库。...使用以下命令来安装asyncio和aiohttp库：pip install asyncio aiohttp二、导入库和设置代理在编写代码时，我们需要导入之前提高所需的库，并设置代理信息，异步爬虫可以同时发送多个请求...在这个函数中，我们将使用aiohttp库提供的ClientSession类来发送请求，并设置代理信息。...async def main(): async with aiohttp.ClientSession() as session: url = "https://www.zhihu.com

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    简化MongoDB操作：使用Go语言的go-mongox库提升开发效率

    通过aiohttp库，结合asyncio，我们可以轻松实现异步的HTTP请求。以下是一个示例，演示如何使用aiohttp进行多个异步HTTP请求。...6.1 安装aiohttp 首先，需要安装aiohttp库。...可以使用以下命令进行安装： pip install aiohttp 6.2 示例代码 下面的代码示例展示了如何使用aiohttp进行异步HTTP请求： import asyncio import aiohttp...aiohttp.ClientSession()用于管理HTTP连接，确保连接在请求完成后被正确关闭。...总结 通过使用asyncio和aiohttp，我们可以高效地执行异步I/O操作。这对于网络请求、Web爬虫等场景尤其有效。通过限制并发请求的数量，我们可以更好地控制程序的性能和稳定性。

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    Hakuin：一款自动化SQL盲注（BSQLI）安全检测工具

    源码安装 广大研究人员可以直接使用下列命令将该项目源码克隆至本地： git clone https://github.com/pruzko/hakuin.git 然后切换到项目目录中，并执行安装命令...pip安装 除此之外，我们还可以直接使用pip3命令安装Hakuin： pip3 install hakuin 工具使用 Hakuin附带一个简单的封装工具，hk.py允许我们直接从命令行使用Hakuin...要了解更多信息，请运行： python3 hk.py -h 使用样例 基于状态推断的查询参数注入检测 import aiohttp from hakuin import Requester...class StatusRequester(Requester): async def request(self, ctx, query): r = await aiohttp.get..., ctx, query): headers = {'vulnerable-header': f'xxx" OR ({query}) --'} r = await aiohttp.get

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