0x00 写在前面 2013年2月份美国白宫发布了一份总统备忘录，专门就当前面临的内部威胁（Insider Threats）进行了分析，并且督促行政部门紧急出台一份应对内部威胁的解决方案。无独有偶，DARPA也在2012年出台了ADAMS项目，该项目专门用于美国国内敏感部门、企业的内部威胁检测。 2013年，美国国际科学应用国际公司SAIC联合CMU、OSU、GTRI以及UMASS四家高校联合开发了PRODIGAL系统（PROactive Detection of Insider Threats with
Prodigal[1] 由橡树岭国家实验室[2]和田纳西大学诺克斯维尔分校[3]于 2007 年在能源部联合基因组研究所[4]的主持下联合开发，是一种用于细菌和古细菌基因组的蛋白质编码基因预测软件工具，Prodigal 已成为世界上最受欢迎的微生物基因预测算法之一。首字母缩略词代表 PROkaryotic DYnamic Programming Genefinding ALgorithm。Dictionary.com[5] 提供了“Prodigal”一词的几种定义。作者希望援引的是：
在得到了一个物种的基因组序列之后，就可以开始对其序列进行分析了。序列分析主要包括结构基因组分析，功能基因组分析以及比较基因组分析几部分。通过对序列进行全面地分析，在基因组水平上了解一个物种的特点。序列分析主要包括基因预测，基因功能注释，ncRNA，重复序列，特殊功能序列，比较基因组等方面。
基因预测是指通过对组装的基因组序列进行分析，根据已知生物的基因结构知识或数据库序列来识别其所包含的基因等功能区域。编码基因预测，就是识别基因组序列上所包含的蛋白质编码区域（Coding sequence，CDS），通过在基因组序列上寻找开放阅读框（Open Reading Frame，ORF）实现。
编译(compilation , compile) ，利用编译程序从源语言编写的源程序产生目标程序的过程。编译就是把高级语言变成计算机可以识别的 2 进制语言，计算机只认识 1 和 0，编译程序把人们熟悉的语言换成 2 进制的。
CRISPR也即Clustered regularly interspaced shortpalindromicrepeats（成簇的、规律间隔的、短回文、重复序列），由回文重复序列repeats及其间隔序列spacer组成，是大多数细菌及古细菌中的一种获得性免疫方式。在CRISPR特征序列附近还有一些CRISPR-associated基因，编码一系列Cas蛋白，合称CRISPR/Cas系统。间隔序列来自于外来入侵DNA，作为识别外来入侵者身份的指纹，其在入侵DNA上对应的为原间隔序列（protospacer），作为身份识别的原间隔序列其特点为两端延伸的临近序列十分保守，称为原间隔序列临近基序（protospacer adjacentmotif，PAM）。
后续我们的生信分析。除了了解软件的使用方法外，重要的就是编写脚本了。简单的说就是提供给软件你需要执行的操作，你与计算机之间的交流等都可以写成脚本。
有许多基于测序的方法来了解复杂宏基因组，从全样本鸟枪法测序到靶向扩增。虽然靶向方法在低测序深度提供有价值的数据，但它们受引物设计和PCR限制。全样本鸟枪法通常使用短读长测序，这导致数据处理困难。例如，长度小于500bp的读数很少覆盖完整的感兴趣的基因或区域，所以将需要组装。这不仅引入了来自不同社区成员的序列不正确地拼接的可能性，还需要高覆盖深度。因此，罕见的社区成员可能不会在结果集合中被表示。、
20220519_生物信息平台搭建及生物信息软件安装 01 基础软件安装 基础软件安装 ============================================================================================ #java安装 apt-get install openjdk-8-jdk sudo add-apt-repository ppa:webupd8team/java
基因组组装或者宏基因组binning获得的基因组草图，首先需要评估其质量，包括基因组完整度、污染度、序列分布等信息。
在过去的十年中，宏基因组测序技术以惊人的速度提供了越来越多的蛋白序列数据，这些数据已被用于各研究领域，如研究肠道微生物群在人类疾病和衰老中的作用。然而，在收集的所有宏基因组序列中，只有一小部分在功能或结构上进行了表征，其中大部分尚未被探索。近日《Computational and Structural Biotechnology Journal》发表了一篇Mini review，回顾了宏基因组数据如何被用于蛋白质结构预测和蛋白质发现。
当系统环境配置完成之后就可以开始安装生物软件了。生物软件安装有多种方式，可以直接使用源代码编译，也可以直接下载安装编译好的版本。当前还有 bioconda 方便管理生物软件。如果以上方式都很难安装成功软件，还可以使用 docker 的方法。如果是 ubuntu 系统，还可以直接使用 apt 命令安装生物软件。
随着基因组和宏基因组的测序成本逐渐降低，直接获取环境中微生物的基因组变得越来越容易，大大促进了科学家们对微生物尤其是无法纯培养微生物的了解。当我们通过基因组测序或者宏基因组测序binning获得一个新的基因组时，我们如何判断其处于哪一个系统发育分支？也许搜寻其中的16S序列并与数据库进行比对是个可行的方法，然而宏基因组binning获得的基因组（bins）常常丢失16S序列。本文将介绍两个基于全基因组的系统发育分类工具PhyloPhlAn与GTDB-Tk。
hello，hello！小伙伴们大家下午好，我是小编豆豆，之前小编给大家分享了NC学宏基因组分析流程，今天小编再给大家分享一篇宏基因流程，文章提供完整的分析流程和代码，是一篇学习宏基因组数据分析不错的素材。文章是2023年3月份发表在 npj biofilms and microbiomes，题为：Gut microbiome determines therapeutic effects of OCA on NAFLD by modulating bile acid metabolism。
bioconda 是一个管理生物信息软件的一个工具软件，可以将 bioconda 当成生物信息软件的AppStore。它基于 Anaconda 可以进行生物软件的搜索，下载，安装，升级，删除等操作。通过一条命令即可完成绝大部分生物软件的安装。目前已经是最好的生物软件管理工具之一，目前支持超过 7000 多款生物软件的安装。
Hi，everybody！今天不知道怎么了，一夜之间外卖头像爆红，市面上已经出现了千奇百怪的图案，像不像区块链养猫呢？告诉小编科科，你喜欢哪一款。 这是 4 月 20 日的每日1句话新闻，只需1分钟，看看全球最热、最新的区块链新闻。 实时币价：BTC $8344.1 ETH $575.6（数据来源: Bitfinex） 观点 CSDN孟岩：现今区块链发展有发币、黑箱等七大陷阱 IBM全球区块链副总裁：比特币是区块链唯一的主流应用 百度肖伟：区块链去中心化是个伪命题 中国信息通信研究院高级工程师：智能合约并
全新的以太坊语言Vyper已经发布，并在社交媒体上引起热议。Vyper是由废弃语言Serpent升级而来，为开发者们提供了可以替代Solidity语言的一种选择。
智能合约的安全是区块链安全中的热议话题，但其实 89% 的智能合约都存在漏洞，本文将浅谈以太坊智能合约出现过的一些安全漏洞。
你可以自己学习，或者你可以使用这份便利的一步步的指南来准确地知道在什么时候该做什么，并对合约进行审计。
本文主要研究一下DubboDefaultPropertiesEnvironmentPostProcessor
在Springboot main方法中获取SpringbootApplication上下文
1、创建数据库表 需要创建一个Product表来存储商品信息。表格中应该包含以下字段：id（主键）、name（商品名）、description（商品描述）、price（商品价格）以及其他一些必要的字段。
辅助记忆:REQUIRED+REQUIRES_NEW+NESTED+SUPPORTS/NOT_SUPPORTED+MANDATORY/NEVER
接上文 Spring5源码分析（三）refresh方法 中已经讲到了refresh()中的postProcessBeanFactory(beanFactory);方法。
BeanFactoryPostProcessor支持对IoC容器内部的所有BeanDefinition进行定制化修改， 并且可以根据IoC容器内部的BeanFactory进行Bean属性值的适配。
这个接口是beanFactory的扩展接口，调用时机在spring在读取beanDefinition信息之后，实例化bean之前。
其中，interpret 方法接收一个上下文环境对象，并根据环境变量进行解释操作。
ProcessHacker这款开源软件如官方所说是一款免费、强大的多用途工具，可帮助您监控系统资源、调试软件和检测恶意软件，我们可以通过学习其源代码在我们的软件中定时采集每个进程的CPU使用率、IO使用率等等，还有整机总的CPU使用率、GPU使用率、内存、磁盘使用情况等，具体可以参考ProcessHacker官网的介绍：Process Hacker Overview。最近在看进程CPU采集的代码，参考的是processhacker的源代码的采集逻辑，processhacker是每隔1秒钟采集一次当前进程的CPU使用率的，当然我们也可以根据自己需要将进程的CPU采集频率改小一些，或者改大一些。于是尝试使用VS2022打开processhacker源代码编译运行，看一下进程CPU使用率的采集流程，当然ProcessHacker除了可以采集进程的CPU使用率之外，还可以进程的采集IO使用率等。
上一篇我们已经确立的购买上下文和销售上下文的交互方式，传送门在此：http://www.cnblogs.com/Zachary-Fan/p/DDD_6.html，本篇我们来实现售价上下文的具体细节。
BeanDefinitionRegistryPostProcessork可以在加载到项目中的beanDefinition之后执行，提供一个补充的扩展点。
在生活中，比如在医院有接待员帮助病人完成门诊、挂号、付费以及取药，病人只接触接待员即可，由接待员负责与医院的各个部门打交道。
invokeBeanFactoryPostProcessors 会执行 BeanFactory 的后置处理器。看到这里会有疑问：
Service接口层只需要提供一个方法即可，内部调用Dao层的两个方法，将返回结果封装到DTO中。
接上文 Spring5源码 - 04 invokeBeanFactoryPostProcessors 源码解读_1
| 导语 本文描述了ContentProvider发布者和调用者这两在Framework层是如何实现的。 作为Android的四大组件之一，ContentProvider作为进程之间静态数据传递的重要手段，其在系统级别的应用中起了重大的作用。毫无疑问ContentProvider核心机制之一也是Binder，但和其它3大组件又有区别。因为ContentProvider涉及数据的增删查改，当数据量比较大的时候，继续用Parcel做容器效率会比较低，因此它还使用了匿名共享内存的方式。 但是有一个问题是，Cont
在我刚入行不久时，总是对上下文（Context）、环境（Environment）这类抽象概念搞不清楚、弄不明白、玩不转，更是不懂它哥俩的区别或者说是联系（说实话从中文上来说不好区分，至少我是这么认为的）。 直到现在，我可以根据自己的理解对这两者下个通俗易懂的定义（不喜勿喷）：
在 SpringApplication#run(String... args) 方法中，外部化配置关键流程分为以下四步
在Windows编程中，经常会遇到需要对数据进行压缩和解压缩的情况，数据压缩是一种常见的优化手段，能够减小数据的存储空间并提高传输效率。Windows提供了这些API函数，本文将深入探讨使用Windows API进行数据压缩与解压缩的过程，主要使用ntdll.dll库中的相关函数。
如果BeanPostProcessors接囗的实现类被注册到ioc容器,那么该容器的每个Bean在调用初始化方法之前,都会获得该接口实现类的一个回调。
HTTP 协议能够在客户端和服务器之间传递信息，特点是以明文的方式发送内容，并不提供任何方式的数据加密
前面通过 invokeBeanFactoryPostProcessors 这一步了解到了什么是 BeanFactoryPostProcessor ，以及 BeanFactoryPostProcessor 的使用及作用，并通过 invokeBeanFactoryPostProcessors 这一步源码，对 BeanFactoryPostProcessor 的加载流程有了进一步了解。
profile 定义了一组有逻辑关系的 bean定义，当且仅当 profile 被激活的时候，才会注入到容器当中。也就是说，程序只需要构建一次，就可以部署到多个环境当中，而不用修改所有配置，指定哪一个profile需要被激活即可
org.springframework.core.env.Environment是当前应用运行环境的公开接口，主要包括应用程序运行环境的两个关键方面：配置文件(profiles)和属性。Environment继承自接口PropertyResolver，而PropertyResolver提供了属性访问的相关方法。这篇文章从源码的角度分析Environment的存储容器和加载流程，然后基于源码的理解给出一个生产级别的扩展。
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MyBatis快速入门——第四章、mybatis动态sql_if_choose_when ---- 测试sql 数据库名称【mytest】，编码类型【utf8】 DROP TABLE IF EXISTS `product`; CREATE TABLE `product` ( `id` varchar(255) CHARACTER SET utf8 COLLATE utf8_general_ci NOT NULL, `createDate` datetime(0) NOT NULL, `m
Profile对应中文并没有合适的翻译，它的主要作用就是让Spring Boot可以根据不同环境提供不同的配置功能支持。
模式意图 由于有些时候，需要在运行时指定对象时哪个类的实例，此时用工厂模式就有些力不从心了。通过原型模式就可以通过拷贝函数clone一个原有的对象，给现在的对象使用，从而创建更多的同类型的对象
BeanPostProcessor接口是Spring中一个非常重要的接口，它的接口定义如下
/// /// 创建lambda表达式：p=>true /// /// <typeparam name="T"></typeparam> /// <returns></returns> public static Expression<Func<T, bool>> True<T>() { return p => true; }
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