首页
学习
活动
专区
工具
TVP
发布
精选内容/技术社群/优惠产品,尽在小程序
立即前往

R中的聚类分析:确定最佳聚类数

聚类分析是一种无监督学习方法,用于将数据集分成多个组或“簇”,使得同一组内的数据项尽可能相似,而不同组的数据项尽可能不同。在R中进行聚类分析时,确定最佳聚类数是一个关键步骤,因为这直接影响到聚类结果的准确性和解释性。

基础概念

聚类分析的基本思想是通过测量不同数据点之间的距离或相似度来将数据分组。常见的聚类算法包括K-means、层次聚类、DBSCAN等。

确定最佳聚类数的方法

  1. 肘部法(Elbow Method)
    • 原理:通过计算不同聚类数下的总内部平方和(Within-Cluster Sum of Square, WCSS),选择WCSS开始显著下降的点作为最佳聚类数。
    • 示例代码:
    • 示例代码:
  • 轮廓系数(Silhouette Coefficient)
    • 原理:衡量一个样本与其自身所在簇内其他样本的相似度,以及与其他簇的不相似度。
    • 示例代码:
    • 示例代码:
  • Gap Statistic
    • 原理:比较实际数据的聚类结果与随机生成数据的聚类结果,选择使Gap Statistic最大的聚类数。
    • 示例代码:
    • 示例代码:

应用场景

聚类分析广泛应用于市场细分、社交网络分析、图像分割、基因表达数据分析等领域。

常见问题及解决方法

  1. 聚类结果不稳定
    • 原因:数据集的特征尺度不一致,或者初始聚类中心选择不当。
    • 解决方法:标准化数据,使用K-means++初始化聚类中心。
  • 聚类数过多或过少
    • 原因:选择的聚类数不合适,导致聚类结果难以解释或过于粗糙。
    • 解决方法:使用上述方法(肘部法、轮廓系数、Gap Statistic)确定最佳聚类数。
  • 处理高维数据
    • 原因:高维数据可能导致“维度灾难”,影响聚类效果。
    • 解决方法:使用主成分分析(PCA)等降维技术。

参考链接

通过上述方法和工具,可以有效地确定最佳聚类数,并进行高质量的聚类分析。

页面内容是否对你有帮助?
有帮助
没帮助

相关·内容

R语言确定最佳:3种优化方法|附代码数据

p=7275 最近我们被客户要求撰写关于研究报告,包括一些图形和统计输出。 确定数据集中最佳是分区(例如k均值一个基本问题,它要求用户指定要生成k。...我们将介绍用于确定k均值,k medoids(PAM)和层次最佳不同方法。 这些方法包括直接方法和统计测试方法: 直接方法:包括优化准则,例如簇内平方和或平均轮廓之和。...我们将提供用于计算所有这30个索引R代码,以便使用“多数规则”确定最佳。...对于以下每种方法: 我们将描述基本思想和算法 我们将提供易于使用R代码,并提供许多示例,用于确定最佳并可视化输出。...根据多数规则,最佳群集数为2。 本文选自《R语言确定最佳:3种优化方法》。

1.5K00
  • 【机器学习】确定最佳数目的10种方法

    聚类分析时候确定最佳数目是一个很重要问题,比如kmeans函数就要你提供数目这个参数,总不能两眼一抹黑乱填一个吧。之前也被这个问题困扰过,看了很多博客,大多泛泛带过。...) 去掉标签之后就可以开始对数据集进行聚类分析了,下面就一一介绍各种确定最佳数目的方法 判定方法 1.mclust包 mclust包是聚类分析非常强大一个包,也是上课时老师给我们介绍一个包,每次导入时有一种科技感...:) 帮助文档非常详尽,可以进行、分类、密度分析 Mclust包方法有点“暴力”,数目自定义,比如我选取从1到20,然后一共14种模型,每一种模型都计算数目从1到20BIC值,最终确定最佳数目...可以看到有16个指标支持最佳数目为3,5个指标支持为2,所以该方法推荐最佳数目为3. 3....方法、肘点图法,需要人工判定,虽然可以得出大致最佳,但算法本身不会给出最佳 除了Affinity propagation (AP) clustering 给出最佳为15,剩下6种全都是给出最佳

    3.1K70

    R语言KMEANS均值和层次:亚洲国家地区生活幸福质量异同可视化分析和选择最佳

    东亚有离群点样本对政府了解低(香港)。 01 02 03 04 聚类分析 这些国家会属于不同群体吗?...我们如何选择最佳?...但是,在4个之后,WSS下降很小。因此,最佳数目为k = 4(曲线弯头)。 K均值 k均值算法如下所示: 为每个观测值随机分配一个从1到K数字,这些数字用作观测值初始分配。...第3组国家4(泰国)和第4组国家5(韩国)轮廓宽度非常低。 层次 分层将组映射到称为树状图层次结构。...它还能产生树状图,这对帮助你理解数据结构和挑选数量很有用。然而,一些缺点是,对于大数据来说,它没有k-means那么有效,而且从树状图中确定数量变得很困难。

    65030

    R语言使用最优k-medoids进行客户细分

    实现k-medoid 在本练习,我们将使用R预构建库执行k-medoids: 将数据集前两列存储在  iris_data  变量: iris_data<-iris[,1:2] 安装  软件包...指标的类型 确定无监督学习中最佳方法不止一种。...确定最佳群集数 针对k各个值计算轮廓分数来确定最佳: 从前面的图中,选择得分最高k值;即2。根据轮廓分数,最佳数量为2。...WSS分数是集群中所有点距离平方总和。 使用WSS确定群集数 在本练习,我们将看到如何使用WSS确定集群。执行以下步骤。...用轮廓分数计算k均值最佳。 用WSS分数计算k均值最佳。 使用Gap统计量计算k均值最佳

    2.8K00

    R绘制环状热图

    欢迎关注R语言数据分析指南 ❝最近有朋友需要绘制环状热图叠加多层注释,本节来通过一个例子来简单介绍一下如何实现,主要通过「ggtreeExtra」来实现,聚类分析使用「ape」包来进行更加适用于生物信息相关数据...「数据代码已经整合上传到2023VIP交流群」,加群观众老爷可自行下载,有需要朋友可关注文末介绍加入VIP交流群。...❞ 关于永久群内容说明 ❝给予长期支持我们忠实读者们一个特别待遇:凡是购买过小编2022年或2023年VIP会员文档朋友们,「将自动获得2024年及以后绘图资料和代码更新,无需额外付费。」...目前这两年会员文档已累记卖出1500+,质量方面各位无需担忧**。简要概括就是只要购买任意1年会员内容,2024及后期公众号所更新绘图文档均会在已经加入会员群内分享。...❞ 加载R包 library(tidyverse) library(ggtree) library(treeio) library(ape) library(magrittr) library(ggnewscale

    36220

    开发 | 机器学习之确定最佳数目的10种方法

    聚类分析时候确定最佳数目是一个很重要问题,比如kmeans函数就要你提供数目这个参数,总不能两眼一抹黑乱填一个吧。之前也被这个问题困扰过,看了很多博客,大多泛泛带过。...) 去掉标签之后就可以开始对数据集进行聚类分析了,下面就一一介绍各种确定最佳数目的方法 判定方法 1.mclust包 mclust包是聚类分析非常强大一个包,也是上课时老师给我们介绍一个包,每次导入时有一种科技感...:) 帮助文档非常详尽,可以进行、分类、密度分析 Mclust包方法有点“暴力”,数目自定义,比如我选取从1到20,然后一共14种模型,每一种模型都计算数目从1到20BIC值,最终确定最佳数目...可以看到有16个指标支持最佳数目为3,5个指标支持为2,所以该方法推荐最佳数目为3. 3....方法、肘点图法,需要人工判定,虽然可以得出大致最佳,但算法本身不会给出最佳 除了Affinity propagation (AP) clustering 给出最佳为15,剩下6种全都是给出最佳

    1.2K120

    方法区别解读:各种聚类分析呀呀呀

    (同上)在聚类分析,我们常用方法有快速(迭代)和层次。...,而大大限制了它使用范围 k-means算法初始点选择不稳定,是随机选取,这就引起结果不稳定,本实验虽是经过多次实验取平均值,但是具体初始点选择方法还需进一步研究;层次虽然不需要确定分类...,但是一旦一个分裂或者合并被执行,就不能修正,质量受限制;FCM对初始中心敏感,需要人为确定,容易陷入局部最优解;SOM与实际大脑处理有很强理论联系。...目前,问题研究不仅仅局限于上述,即每一个数据只能被归为一,模糊[10]也是聚类分析研究较为广泛一个分支。...为克服非此即彼分类缺点,出现了以模糊集合论为数学基础聚类分析。用模糊数学方法进行聚类分析,就是模糊聚类分析[12]。   FCM算法是一种以隶属度来确定每个数据点属于某个程度算法。

    1.3K70

    方法区别解读:各种聚类分析呀呀呀

    需要自己根据树状图以及经验来确定   (同上)在聚类分析,我们常用方法有快速(迭代)和层次。...,而大大限制了它使用范围 k-means算法初始点选择不稳定,是随机选取,这就引起结果不稳定,本实验虽是经过多次实验取平均值,但是具体初始点选择方法还需进一步研究;层次虽然不需要确定分类...,但是一旦一个分裂或者合并被执行,就不能修正,质量受限制;FCM对初始中心敏感,需要人为确定,容易陷入局部最优解;SOM与实际大脑处理有很强理论联系。...目前,问题研究不仅仅局限于上述,即每一个数据只能被归为一,模糊[10]也是聚类分析研究较为广泛一个分支。...为克服非此即彼分类缺点,出现了以模糊集合论为数学基础聚类分析。用模糊数学方法进行聚类分析,就是模糊聚类分析[12]。   FCM算法是一种以隶属度来确定每个数据点属于某个程度算法。

    1.8K30

    KMEANS均值和层次:亚洲国家地区生活幸福质量异同可视化分析和选择最佳

    东亚有离群点样本对政府了解低(中国香港)。 聚类分析 这些国家会属于不同群体吗?在本节,我们将使用(一种无监督学习方法,该方法基于相似性对对象进行分组)来找到国家组,其中组内国家相似。...我们如何选择最佳?...但是,在4个之后,WSS下降很小。因此,最佳数目为k = 4(曲线弯头)。 K均值 k均值算法如下所示: 为每个观测值随机分配一个从1到K数字,这些数字用作观测值初始分配。...第3组国家4(泰国)和第4组国家5(韩国)轮廓宽度非常低。 层次 分层将组映射到称为树状图层次结构。...它还能产生树状图,这对帮助你理解数据结构和挑选数量很有用。然而,一些缺点是,对于大数据来说,它没有k-means那么有效,而且从树状图中确定数量变得很困难。

    60910

    探索Python算法:层次

    在机器学习领域中,层次是一种常用算法,它能够以层次结构方式将数据集中样本点划分为不同簇。层次一个优势是它不需要事先指定簇数量,而是根据数据特性自动形成簇层次结构。...本文将详细介绍层次算法原理、实现步骤以及如何使用 Python 进行编程实践。 什么是层次? 层次是一种自下而上或自上而下方法,它通过逐步合并或分割样本点来形成一个簇层次结构。...在层次,每个样本点最初被视为一个单独簇,然后通过计算样本点之间相似度或距离来逐步合并或分割簇,直到达到停止条件。...Python 层次实现 下面我们使用 Python scikit-learn 库来实现一个简单层次模型: import numpy as np import matplotlib.pyplot...总结 层次是一种强大而灵活算法,能够以层次结构方式将数据集中样本点划分为不同簇。通过本文介绍,你已经了解了层次算法原理、实现步骤以及如何使用 Python 进行编程实践。

    26210

    R语言数据分析与挖掘(第九章):聚类分析(1)——动态

    函数介绍 在R语言中,用于实现k-means函数为kmeans(),其基本书写写格式为: kmeans(x, centers, iter.max = 10, nstart = 1,...表示每个类别中所有变量离差平方和,该参数用于刻画各个类别样本观测点离散程度; tot.withiness表示每个类别中所有变量离差平方和总和,即wihiness结果求和; bewees...在R语言中,用于实现k-medoids函数为pam(),该函数存储在R包cluser ,其函数基本书写格式为: pam(x, k, diss = inherits(x, "dist"),...)) plot(pam1) 上述代码表示利用函数pam()将dat数据集分成2结果展示如下图,左图展示了每一样本点分布,右边图像显示了2个簇阴影,当si值较大即接近1时,表示相应观测点能够正确划分到相似较大...同样我们也可以将结果分为3 pam2<-pam(dat,3) summary(pam2) plot(pam2) 代码运行后,可以明显看出,第三是在左边大类划分出来,各个类别之间距离用直线标注

    3.1K41

    R语言数据分析与挖掘(第九章):聚类分析(2)——层次

    层次算法原理 层次根据划分策略包括聚合层次和拆分层次,由于前者较后者有更广泛应用且算法思想一致,因此本节重点介绍聚合层次算法。...聚合层次算法假设每个样本点都是单独,然后在算法运行每一次迭代找出相似度较高进行合并,该过程不断重复,直到达到预设个数K或只有一个簇。...拆分层次算法假设所有数据集归为一,然后在算法运行每一次迭代拆分相似度最低样本,该过程不断重复,最终每个样本对应一个簇。...-VTkRaba4v7d1jCtmY4h219Ztf&new=1 2.函数介绍 hclust()函数 在R语言中,用于实现层次函数是hclust(),其基本书写格式为: hclust(d, method...此外,还可以利用包RcolorBrewer函数heatmap函数直观地观察样本与变量情况。

    11.5K23

    R语言中划分模型

    p=6443 划分 是用于基于数据集相似性将数据集分类为多个组方法。 分区,包括: K均值 (MacQueen 1967),其中每个由属于数据点中心或平均值表示。...K-medoids或PAM(Partitioning Around Medoids,Kaufman和Rousseeuw,1990),其中,每个一个对象表示。...对于这些方法每一种,我们提供: 基本思想和关键概念 R软件算法和实现 R用于聚类分析和可视化示例 数据准备: my_data <- USArrests # 删除所有缺失值(即NA值不可用...0.521 -0.00342 ## Alaska 0.5079 1.107 -1.212 2.48420 ## Arizona 0.0716 1.479 0.999 1.04288 确定...k-means最佳: fviz_nbclust(my_data, kmeans, method = "gap_stat") ## Clustering k = 1,2,..., K.max

    69920

    使用R语言进行分析

    一:系统聚类分析 1:系统一次形成以后就不能再改变,所以这就需要我们在第一次分析时候就要比较准确,因此我们也需要准确率更高更优秀分类方法. 2:相应计算量可能会很大,比如说Q型系统过程就是在样本间距离矩阵计算上进行加深从而进行.... 3:当样本量很大时候,需要占据很大计算机内存,并且在合并过程,需要把每一样本和其他样本间距离进行一一比较,从而决定应该合并类别,这样的话就需要消耗大量时间和计算机资源 二:动态聚类分析...: 动态聚类分析又称为逐步分析法,基本业务逻辑是先粗略进行一次分类,然后按照一些局部最优算法来计算修改不合理分类,直到分类比较合理为止,比较适用于大样本Q型聚类分析这样....三:所使用R语言函数: 在这里我们使用R语言当中提供动态函数kmeans()函数,kmeans()函数采用是K-均值计算法,实际上这是一个逐一进行修改方法. kmeans()主要形式是...第二步:使用kmeans()函数进行动态聚类分析,选择生成个数为5个: ? 产生这样结果: ?

    3.5K110

    R语言进阶之聚类分析

    R语言拥有大量和聚类分析相关函数,在这里我主要会和大家介绍K-means、层次和基于模型。 1....K-means聚类分析,K-means算法是最常用,它需要分析者先确定要将这组数据分成多少,也即个数,这个通常可以用因子分析方法来确定。...比如我们可以用“nFactors”包函数来确定最佳因子个数,将因子作为,不过关于个数的确定还要考虑数据实际情况与自身需求,这样分析才会更具有现实意义。...层次 R语言提供了丰富层次函数,这里我给大家简单介绍一下用Ward方法进行层次聚类分析。...基于模型 基于模型方法利用极大似然估计法和贝叶斯准则在大量假定模型中去选择最佳模型并确定最佳个数。

    2K20

    R语言算法应用实例

    什么是 将相似的对象归到同一个簇,几乎可以应用于所有对象,对象越相似,效果越好。...与分类不同之处在于分类预先知道所分到底是什么,而则预先不知道目标,但是可以通过簇识别(cluster identification)告诉我们这些簇到底都是什么。...k-means工作流程是: 随机确定k个初始点做为质心 给数据集中每个点找距其最近质心,并分配到该簇 将每个簇质心更新为该簇所有点平均值 循环上两部,直到每个点簇分配结果不在改变为止 项目流程... 有些问题数目可能是已知,但是我们并不能保证某个数目对这个数据是最优,因为我们对数据结构是不清楚。但是我们可以通过计算每一个簇中点轮廓系数来衡量质量。...下面代码会显示为2时平均轮廓系数,可以修改n_clusters来得到不同聚数目下平均轮廓系数。

    85010

    Python用KShape对时间序列进行和肘方法确定最优k可视化|附代码数据

    它是一种更改簇,绘制每个 SSE 值,并将像“肘”一样弯曲点设置为最佳方法。#计算到1~10个群组 for i  in range(1,11):    #进行计算。    ...本文选自《Python用KShape对时间序列进行和肘方法确定最优k可视化》。...点击标题查阅往期内容R语言中SOM(自组织映射神经网络)对NBA球员聚类分析K-means和层次聚类分析癌细胞系微阵列数据和树状图可视化比较KMEANS均值和层次:亚洲国家地区生活幸福质量异同可视化分析和选择最佳...:确定最优数分析IRIS鸢尾花数据和可视化Python、R对小说进行文本挖掘和层次可视化分析案例R语言k-means、层次、主成分(PCA)降维及可视化分析鸢尾花iris数据集R语言有限混合模型...R语言中SOM(自组织映射神经网络)对NBA球员聚类分析R语言复杂网络分析:(社区检测)和可视化R语言中划分模型基于模型R语言中高斯混合模型r语言聚类分析:k-means和层次

    85800
    领券