一篇文章可以有一个或者多个GSE数据集,一个GSE里面可以有一个或者多个GSM样本。多个研究的GSM样本可以根据研究目的整合为一个GDS,不过GDS本身用的很少。...上面的代码下载的文件都会保存在本地,destdir参数指定下载地址。...比较重要的三个参数是:GSEMatrix=TRUE,AnnotGPL=FALSE,getGPL=TRUE
然后是了解下载函数返回的对象
1、查看下载GDS后返回的对象
用Table(gds858)可以得到表达矩阵...后续会详细讲解:
eset <- GDS2eSet(gds858, do.log2=TRUE)
2、GSE
直接根据GSE号返回的对象:gse1009,就是expression set 对象
我们的处理函数有...( ' ", gsub(", ", " ', ' ", paste(Geolist[,1], collapse=",")," ')", seq=" ")
query
tmp = dbGetQuery