我有一个包含很多行和3列的文件，如下所示：我需要删除从"ANNOVAR_DATE“开始的文本，直到下一次出现第三列中的"ANNOVAR_DAT
浏览 0提问于2015-11-12得票数 0
creation: $(date) - file: $file"cp/home/cmccabe/Desktop/NGS/API/6-2-2016/vcf/overall/stats/*.vcf /home/cmccabe/De
浏览 5提问于2016-08-11得票数 0
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例如：我有一个格式字符串：
format如果找到，返回子列表('2018-04-16'，'2020-04-16'，'ANNOVAR_DATE')，跳过否则。
浏览 7提问于2020-11-13得票数 0
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/convert2annovar.pl \ -outfile ALL_genepy.input \-allsample \ -include 2>annovar.log ';'\
-exec /home/bioinformatics/Dokumente/pipeline_test/annovar/tab
浏览 1提问于2020-11-02得票数 0
process Annovar_genebased {
pathbuildver hg19 $snp_anatation $humandb -hgvs
rm *.variant_function}
publishDir "${pa
浏览 8提问于2022-06-10得票数 0
我有一个大数据文本文件(超过100,000行)，格式如下：0.00118343;AN=192;NS=2535;ANNOVAR_DATE=2015-12-14;Func.refGene=exonic;Gene.refGene=CLCNKA;ExonicFunc.refGene=nonsynonymous_SNV;
0.00276134;AN=192;NS=2535;ANNOVAR</em
浏览 5提问于2016-10-16得票数 0
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selection informationLastRowNo = Cells(Rows.Count, "CA").End(xlUp).Row
Worksheets("annovar").Ra
浏览 1提问于2014-06-04得票数 0
mv /home/cmccabe/Desktop/NGS/annovar/*.multianno.txt /home/cmccabe/Desktop/NGS/API/2-12-2015/annovar/mv: cannot stat ‘/home/cmccabe/Desktop/NGS/annovar/*.multianno.txt’: No
浏览 1提问于2016-02-29得票数 0
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我通常使用bash ~/annovar.sh在cygwin终端中运行bash脚本。我试图避免使用脚本，并使用下面的VB来调用和执行bash脚本。这是在excel 2010中的windows机器上。CreateObject("WScript.Shell")Set plink_object = WshShell.Run("C:\cygwin\bin\mintty.exe annovar.sh56:31_15:56:11_15:56:21;50602_15:57:07_15:56:
浏览 0提问于2014-11-19得票数 0
我有一个JSON值，它直接来自具有以下标签的DB违规代码基本上如下在模板里。JSON包含这些键，不能修改。这是一个大字典的一部分，我需要在HTML页面上显示对应的值，但是Django给出了这个错误
Could not parse the remainder: '++_RS' from 'annovar.GERP
浏览 7提问于2022-01-16得票数 1
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for i in "C:\Users\cmccabe\Desktop\annovar"; dodone
mv: cannot stat ‘C:\\Users\\cmccabe\\Desktop\\annovar\\*multianno.txt
浏览 3提问于2016-01-29得票数 0
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Reference/Covered_region.bed output/"$r1"/"$r1".vcf.gz > output/"$r1"/Covered_"$r1".vcf
perl convert2annovar.pl$r1"/Covered_"$r1".vcf -outfile output/"$r1"/Covered_"$r1".avi
浏览 9提问于2021-05-18得票数 0
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File-B_multianno.txtfor f in /home/cmccabe/Desktop/test/vcf/overall/annovarSubstitution replacement not terminated at (eval 1) line 1.
for f in /home/cmccabe/Desktop/test/vcf/
浏览 5提问于2017-02-04得票数 2
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convert() {cd 'C:\Users\cmccabe\Desktop\annovar' *) convert ;;}
printf "\n\n"
cd 'C:\Users\cmccabe\Desktop\annovar
浏览 2提问于2015-03-11得票数 0
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CREATE OR REPLACE FUNCTION sample.annovar_ods_sor_test(_sample_id integer)LANGUAGEDECLARE ods_cursor CURSOR(my_sample_id INTEGER) FOR SELECT *
FROM sample.ods_annovar
浏览 0提问于2018-11-04得票数 0
1回答
下面是我如何在bash函数中调用perl脚本:但我得到的是：c:\cygwin\home\cmccabe\bashparse.sh: line 156: C:\Users\cmccabe\Desktop\annovar我提供了.pl的完整路径、输入和输出
perl -e 'C:\Users\cmccabe\Desktop\annovar\matrix.pl' < "${id}".txt.hg19_multianno.txt
浏览 0提问于2015-03-29得票数 0
bcftools_normCommand=norm -f /home/cmccabe/Desktop/NGS/picard-tools-1.140/resources/ucsc.hg19.fasta -o genome_annovar.vcfbcftools_normCommand=norm -f /home/cmccabe/Desktop/NGS/picard-tools-1.140/resources/ucsc.hg19.fasta
浏览 0提问于2017-11-30得票数 1
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file.txt) # $1 is the first argument to add2text
cd 'C:\Users\cmccabe\Desktop\annovar
浏览 0提问于2014-12-03得票数 0
#include: "rules/preperation/get_remote_genome.snakefile"include: "rules/varscan.snakefile"in
浏览 70提问于2020-04-07得票数 1
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cmccabe/Desktop/NGS/API/5-14-2016/bedtools
ANNOVARDIR=/home/cmccabe/Desktop/NGS/API/5-14-2016/vcf/overall/annovarsplit($2,a,"-"); print a[1] "\t" $0}' | cut -f2-> /home/cmccabe/D
浏览 3提问于2016-07-25得票数 0
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