在ubuntu自带的软件中心里,内置了非常丰富的教育应用,可以用于物理,化学等科学课教学,只选取我用过用于教学的软件,优秀的软件不止这些,可以慢慢发掘。
在这里抛砖引玉,以教科书上的环己烯为例,讲述构象搜索(confromation search)的使用。其实不光Hypercherm可以,Avogadro也可以而且是免费的。教程使用hyperchem只因为界面容易操作。 画出饱和的六元环,即环己烯结构。根据教科书的知识,环己烯有boat和chair两种构型,通常我们通过软件建模能得到最稳定的chair式,难以得到boat。 选中四个碳原子,选择菜单select--name selection--other,填上标示名字TORSION1(自己命名) 菜单co
A:1,rdkit+Knime;2,随便一个文本编辑器,打开,编辑就可以,用记事本打开 剪切出来-再粘贴到新文件就好了
提到Qt,大多数人可能不知道,但是你一定知道C/C++,我们刚学习C/C++,运行界面是黑框框,那么当你C/C++学习到一定程度,有没有想过怎么把黑框框变成好看的界面呢?如果你有此想法,Qt不失为一种选择。
要区别设计良好的模块与设计不好的模块,最重要的因素在于,这个模块对于外部的其他模块而言,是否隐藏其内部数据和其他实现细节。对于顶层的(非嵌套的)类和接口,只有两种可能的访问级别:包级私有(package-private)的和公有(public)的。如果一个包级私有的的顶层类(或者接口)只是在一个类的内部被用到,就应该考虑使它成为唯一使用它的那个类的私有嵌套类。对于成员(域、方法、嵌套类和嵌套接口)有四种可能的访问级别,下面按照可访问性的递增顺序罗列出来:
在日常的计算化学研究中,我们经常需要将计算得到的分子或者固体/晶体体系简谐振动通过动画的方式直观地呈现在屏幕上,从而可以清楚地知道在某个特定的振动模式下是哪些原子在运动。一方面,这种振动的可视化可以在实验测量得到了振动光谱(红外、拉曼)的情况下帮助我们借助理论计算对振动谱图进行指认;另一方面,在反应机理研究的过渡态计算中,通过对虚频振动的观察,我们可以很快知道计算得到的过渡态结构是否能把反应物、产物的结构串起来。 以最常用的量化计算程序高斯为例,与之配套使用的GaussView软件可以很轻松地对振动分析 (freq) 计算结果进行可视化。类似地,Q-Chem也有一个配套的IQmol程序(免费、开源)可以呈现Q-Chem的振动分析结果。此外,一些第三方的程序如Avogadro、MOLDEN等也可以对高斯程序的振动分析结果进行可视化。计算化学公社的社长sob老师曾经写过一个可以将ORCA的振动分析结果转换为高斯输出格式的工具(http://sobereva.com/498)以及一个可以在VMD程序中显示振动模式静态矢量的工具(http://sobereva.com/567)。
官方文档:https://www.scipy.org/ \qquad https://docs.scipy.org/doc/scipy/reference/index.html
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