4，Linux不分各种磁盘，文件系统呈现树状，系统目录无法使用，主要可用的是home文件夹
2.看样子是 64 位的，然后去找miniconda for Linux 64的最新版本，顺利下载到了 biosoft 目录下
之后会出现more,是还有更多，让enter翻页的意思，持续按enter，第一个enter下来是空白行，不要担心继续往下按，直到出现
生物信息分析平台可以同时提供给多个用户使用，如果想要使用服务器，必须以一个用户的身份登录，现代操作系统一般属于多用户的操作系统，也就是说，同一台机器可以多个用户同时使用，一般这些用户都是为普通用户，这些普通用户能同时登录这台计算机，计算机对这些用户分配一定的资源，普通用户在所分配到的资源内进行各自的操作。因为是多用户操作，就需要进行用户管理，包括用户的创建删除，分组管理，权限设置，资源分配等。Linux系统中引入 root 用户来进行管理。一个系统只有一个 root 账户，此用户是唯一的，拥有系统的所有权限。这个 root 用户我们也叫做超级用户。使用 root 账户一定要小心，拥有 root密码就意味着拥有了这台计算机上所有用户的所有数据。
1.下载安装 xshell 7 和 xftp 免费版都超级顺利，登录也超级顺利，没有遇到任何问题（就让人怪不放心的，总觉得该出现点什么 bug 才行）
bio01@VM-0-6-ubuntu:~/rm_test$ rm doodle.txt
今天发现突然有一台主机无缘无故死机了，于是翻看了/var/log/message日志，发现提示： echo 0 > /proc/sys/kernel/hung_task_timeout_secs;
廖威雄，就职于珠海全志科技股份有限公司，负责Linux IO全栈研发、性能优化、开源社区开发交流、Linux 内核开源社区pstore/blk,mtdpstore模块的作者(与maintainer交流中)、大客户存储技术支持、全志首个UBI存储方案主导人、全志首个RTOS NFTL主导人。
块设备架构 通用块设备层: 负责从文件系统层传递下来的磁盘O请求，用户态发起的读写操作，经过vfs到实际文件系统ext4,最终需要经过通用块设备层，实际文件系统传递过来的IO操作是通过submit_bio将bio结构传递给通用块设备层。submit_bio将bio请求到磁盘request请求的转换(请求的合并和IO优化)，并将request请求挂入到磁盘请求的队列中，然后进行处理。 IO 调度层：负责磁盘IO调度的优化，目前内核支持noop(先来先处理)、cfq(按照每个进程的IO请求的公平原则，基于数据量
先讲一个作者大约5-6年前我在某当时很火的一个应用分发创业公司的面试小插曲，该公司安排了一个刚工作1年多的一个同学来面我，聊到我们项目中的配置文件里写的一个开关，这位同学就跳出来说，你这个读文件啦，每个用户请求来了还得多一次的磁盘IO，性能肯定差。借由这个故事其实我发现了一个问题，虽然我们中的大部分人都是计算机科班出身，代码也写的很遛。但是在一些看似司空见惯的问题上，我们中的绝大多数人并没有真正理解，或者理解的不够透彻。
1、字符设备驱动: 当我们的应用层读写(read()/write())字符设备驱动时,是按字节/字符来读写数据的,期间没有任何缓存区,因为数据量小,不能随机读取数据,例如:按键、LED、鼠标、键盘等 2、块设备: 块设备是i/o设备中的一类, 当我们的应用层对该设备读写时,是按扇区大小来读写数据的,若读写的数据小于扇区的大小,就会需要缓存区, 可以随机读写设备的任意位置处的数据，例如 普通文件(.txt,.c等),硬盘,U盘，SD卡。 3、块设备结构： 段(Segments)：由若干个块组成。是Linux内存管理机制中一个内存页或者内存页的一部分。 块 (Blocks)： 由Linux制定对内核或文件系统等数据处理的基本单位。通常由1个或多个扇区组成。（对Linux操作系统而言） 扇区(Sectors)：块设备的基本单位。通常在512字节到32768字节之间,默认512字节 应用程序进行文件的读写，通过文件系统将文件的读写转换为块设备驱动操作硬件。
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
今天是加入生信星球学习的第2天，昨天晚上开组会给我开崩溃了，真的设计不出实验方案啊啊啊，但不管怎么样，今天要元气满满地学好今天的内容
上面的主文件我们只需要关注2819、2835、2836以及2844四行，前三行分别对应的是socket的创建，以及绑定端口和监听事件。而后面的poll则是一个等待事件函数，我们接下来看看方法描述。
找后缀.sh的点击并复制下载链接（一定要.sh而不是.exe，sh是脚本脚本的意思，我因为搞了个.exe一直错 笑哭）
网上关于BIO和块设备读写流程的文章何止千万，但是能够让你彻底读懂读明白的文章实在难找，可以说是越读越糊涂！
OpenSSL可以直接使用命令对文件件进行base64的编码与解码，利用OpenSSL提供的API同样可以做到这一点。
目的：安装64位最新版本（Miniconda3-py39_24.1.2-0-Linux-x86_64.sh）
按照学习要求练习了几个基本命令：pwd、mkdir、ls、rm、cd、vi、cat、cp、mv。
传统的机械硬盘一般为3.5英寸硬盘，并由多个圆形蝶片组成，每个蝶片拥有独立的机械臂和磁头，每个堞片的圆形平面被划分了不同的同心圆，每一个同心圆称为一个磁道，位于最外面的道的周长最长称为外道，最里面的道称为内道，通常硬盘厂商会将圆形蝶片最靠里面的一些内道(速度较慢，影响性能)封装起来不用；道又被划分成不同的块单元称为扇区，每个道的周长不同，现代硬盘不同长度的道划分出来的扇区数也是不相同的，而磁头不工作的时候一般位于内道，如果追求响应时间，则数据可存储在硬盘的内道，如果追求大的吞吐量，则数据应存储在硬盘的外道；
在计算机的世界里，我们可以将业务进行抽象简化为两种场景——计算密集型和IO密集型。这两种场景下的表现，决定这一个计算机系统的能力。数据库作为一个典型的基础软件，它的所有业务逻辑同样可以抽象为这两种场景的混合。因此，一个数据库系统性能的强悍与否，往往跟操作系统和硬件提供的计算能力、IO能力紧密相关。
Conda是一个开源的软件包管理系统和环境管理系统，主要用于Python程序，但也可以用于其他编程语言。它能够跨平台运行，支持多种操作系统，如Linux、OS X和Windows。Conda主要用于安装和管理软件包及其依赖关系，可以在不同环境中轻松切换，使得软件包的安装和管理更加方便。
``` R pwd #显示当前路径 bio02@ecm-cefa:~$ pwd /home/bio02 mkdir #创建目录 bio02@ecm-cefa:~$ mkdir hello ls #显示列表 bio02@ecm-cefa:~$ ls biosoft hello project src tmp #除了四个已有目录，新增一个hello目录 rm #删文件 rmdir #删空目录 rm -r #删非空目录（删除统一展示了，如下，因为不会随意切换目录，导致删除要挨个进入目录删） bio02@ecm-cefa:~$ rm -r tmp bio02@ecm-cefa:~$ mkdir tmp bio02@ecm-cefa:~$ cd tmp bio02@ecm-cefa:~/tmp$ mkdir rm_test bio02@ecm-cefa:~/tmp$ cd rm_test bio02@ecm-cefa:~/tmp/rm_test$ mkdir huahua bio02@ecm-cefa:~/tmp/rm_test$ cd huahua bio02@ecm-cefa:~/tmp/rm_test/huahua$ touch doodle.txt bio02@ecm-cefa:~/tmp/rm_test/huahua$ rm doodle.txt bio02@ecm-cefa:~/tmp/rm_test/huahua$ cd bio02@ecm-cefa:~$ cd tmp bio02@ecm-cefa:~/tmp$ cd rm_test bio02@ecm-cefa:~/tmp/rm_test$ rmdir huahua bio02@ecm-cefa:~/tmp/rm_test$ cd bio02@ecm-cefa:~$ cd tmp bio02@ecm-cefa:~/tmp$ rmdir rm_test bio02@ecm-cefa:~/tmp$ cd #进入目录 bio02@ecm-cefa:~$ cd tmp vi #建脚本或文档 bio02@ecm-cefa:~/tmp/new$ vi hello_world.txt cat #查看文档并展示到屏幕 bio02@ecm-cefa:~/tmp/new$ cat hello_world.txt i today is a good day,i meet my boyfriend,he is older than me,he finished his work then meet me.we have a good time. head #输出前十行（然而我只发挥了一行） bio02@ecm-cefa:~/tmp/new$ head hello_world.txt i today is a good day,i meet my boyfriend,he is older than me,he finished his work then meet me.we have a good time. tail #输出后十行（如上括号所言） bio02@ecm-cefa:~/tmp/new$ tail hello_world.txt i today is a good day,i meet my boyfriend,he is older than me,he finished his work then meet me.we have a good time. head -n #数字 自定义输出几行 bio02@ecm-cefa:~/tmp/new$ head -n 2 hello_world.txt i today is a good day,i meet my boyfriend,he is older than me,he finished his work then meet me.we have a good time. cp #复制 bio02@ecm-cefa:~/tmp/new$ cp hello_world.txt hello_boy mv #移动 bio02@ecm-cefa:~/tmp/new$ mv hello_world.txt tmp bio02@ecm-cefa:~/tmp/new$ ```
从官网下载openssl源码和 libcurl源码。OpenSSL顺利交叉编译通过。
Block Layer层在整个I/O中负责承上启下，上接文件系统，下接块驱动。 我不想直接讨论代码，希望从一个架构的演变来初探一下Block Layer层。
按照ldd的说法，linux的设备驱动包括了char，block，net三种设备。char设备是比较简单的，只要分配了major、minor号，就可以进行读写处理了。相对而言，block和net要稍微复杂些。net设备姑且按下不谈，我们在以后的博文中会有涉及。今天，我们可以看看一个简单的block是怎么设计的。
Bio-Linux是功能齐全的、强大的、可定制的、易于维护的生物分析工作站。Bio-Linux基于Ubuntu提供500多个生物分析程序，由一个图形化的菜单进行管理，能方便地访问到其生物分析文档系统及对测试程序有用的样本数据。用于处理新型序列数据类型的Bio-Linux软件包可额外安装。
研究IO也很久了，一直无法串联bio和块设备驱动，只知道bio经过IO调度算法传递到块设备驱动，怎么过去的，IO调度算法在哪里发挥作用，一直没有完全搞明白，查看了很多资料，终于对块设备驱动有所理解，也打通了bio到块设备。
《跟闪电侠学Netty》 并不是个人接触的第一本Netty书籍，但个人更推荐读者把它作为作为第一本Netty入门的书籍。
进入网址：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/
redis.conf中的appendfysnc是对redis性能有重要影响的参数之一。可取三种值：always、everysec和no。
linux是操作系统（OS），类似于Windows和mac，吉祥物是一只叫Tux的小企鹅
连接数高的情况下:阻塞 -> 耗资源、效率低。 阻塞意味着等待，等待就会一直占用该线程，当连接数高时，大多线程又在等待，就会耗尽系统的线程资源。
Linux是一个操作系统，类似于MacOS和Windows。优点是开源、免费、安全、稳定。Linux系统在生信领域中非常重要。
PS：NIO就是用最少的线程干最多的事情，BIO是找更多的人来干。都是要进行堵塞的，尤其是selector.select()方法上，跟bio的accept()一样，其实都在阻塞。比较单线程和多线程的处理方式，一般情况下无论哪种，nio模式都要比bio更优。
DAX: 磁盘(disk)的访问模式有三种 BUFFERED、DIRECT、DAX。前面提到的由于page cache存在可以避免耗时的磁盘通信就是BUFFERED访问模式的集中体现；但是如果我要求用户的write请求要实时存储到磁盘里，不能只在内存中更新，那么此时我便需要DIRECT模式；大家可能听说过flash分为两种nand flash和nor flash，nor flash可以像ram一样直接通过地址线和数据线访问，不需要整块整块的刷，对于这种场景我们采用DAX模式。所以file_operations的read_iter和write_iter回调函数首先就需要根据不同的标志判断采用哪种访问模式, kernel在2020年12月的patch中提出了folio的概念，我们可以把folio简单理解为一段连续内存，一个或多个page的集合
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/
有些时候我们需要查看下jvm中的线程执行情况，比如，发现服务器的CPU的负载突然增高了、出现了死锁、死循环等，我们该如何分析呢？
我们在安装完conda后，自动会创建一个名为base的基础环境，后面的*号说明我们目前处在这个环境中。
本节目的: 通过分析块设备驱动的框架,知道如何来写驱动 1.之前我们学的都是字符设备驱动,先来回忆一下 字符设备驱动: 当我们的应用层读写(read()/write())字符设备驱动时,是按字
tomcat6.0之前都是用的BIO，8.0是默认的BIO，传统的java IO来进行的其实就是socket。
学习生信的过程中怎么能少了Linux呢。但是很多人都是Linux新手，又不想花钱买服务器，这里有个免费的网页版Linux服务（链接在文末），足够学习基础的Linux命令！
(base) bio02@ecm-cefa:~$ conda remove fastqc -y
了解之后发现我申请的域名是单域名， 如 baidu.com和ssl.baidu.com认为是两个域名，只是他们的主域名是baidu.com。因此我的子域名也需要在申请个ssl。填入域名地址。等待一会后再安装到我的又拍云上。
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