1、字符设备驱动: 当我们的应用层读写(read()/write())字符设备驱动时,是按字节/字符来读写数据的,期间没有任何缓存区,因为数据量小,不能随机读取数据,例如:按键、LED、鼠标、键盘等 2、块设备: 块设备是i/o设备中的一类, 当我们的应用层对该设备读写时,是按扇区大小来读写数据的,若读写的数据小于扇区的大小,就会需要缓存区, 可以随机读写设备的任意位置处的数据，例如 普通文件(.txt,.c等),硬盘,U盘，SD卡。 3、块设备结构： 段(Segments)：由若干个块组成。是Linux内存管理机制中一个内存页或者内存页的一部分。 块 (Blocks)： 由Linux制定对内核或文件系统等数据处理的基本单位。通常由1个或多个扇区组成。（对Linux操作系统而言） 扇区(Sectors)：块设备的基本单位。通常在512字节到32768字节之间,默认512字节 应用程序进行文件的读写，通过文件系统将文件的读写转换为块设备驱动操作硬件。
2.看样子是 64 位的，然后去找miniconda for Linux 64的最新版本，顺利下载到了 biosoft 目录下
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
今天是加入生信星球学习的第2天，昨天晚上开组会给我开崩溃了，真的设计不出实验方案啊啊啊，但不管怎么样，今天要元气满满地学好今天的内容
4，Linux不分各种磁盘，文件系统呈现树状，系统目录无法使用，主要可用的是home文件夹
找后缀.sh的点击并复制下载链接（一定要.sh而不是.exe，sh是脚本脚本的意思，我因为搞了个.exe一直错 笑哭）
网上关于BIO和块设备读写流程的文章何止千万，但是能够让你彻底读懂读明白的文章实在难找，可以说是越读越糊涂！
OpenSSL可以直接使用命令对文件件进行base64的编码与解码，利用OpenSSL提供的API同样可以做到这一点。
之后会出现more,是还有更多，让enter翻页的意思，持续按enter，第一个enter下来是空白行，不要担心继续往下按，直到出现
目的：安装64位最新版本（Miniconda3-py39_24.1.2-0-Linux-x86_64.sh）
按照学习要求练习了几个基本命令：pwd、mkdir、ls、rm、cd、vi、cat、cp、mv。
传统的机械硬盘一般为3.5英寸硬盘，并由多个圆形蝶片组成，每个蝶片拥有独立的机械臂和磁头，每个堞片的圆形平面被划分了不同的同心圆，每一个同心圆称为一个磁道，位于最外面的道的周长最长称为外道，最里面的道称为内道，通常硬盘厂商会将圆形蝶片最靠里面的一些内道(速度较慢，影响性能)封装起来不用；道又被划分成不同的块单元称为扇区，每个道的周长不同，现代硬盘不同长度的道划分出来的扇区数也是不相同的，而磁头不工作的时候一般位于内道，如果追求响应时间，则数据可存储在硬盘的内道，如果追求大的吞吐量，则数据应存储在硬盘的外道；
在计算机的世界里，我们可以将业务进行抽象简化为两种场景——计算密集型和IO密集型。这两种场景下的表现，决定这一个计算机系统的能力。数据库作为一个典型的基础软件，它的所有业务逻辑同样可以抽象为这两种场景的混合。因此，一个数据库系统性能的强悍与否，往往跟操作系统和硬件提供的计算能力、IO能力紧密相关。
``` R pwd #显示当前路径 bio02@ecm-cefa:~$ pwd /home/bio02 mkdir #创建目录 bio02@ecm-cefa:~$ mkdir hello ls #显示列表 bio02@ecm-cefa:~$ ls biosoft hello project src tmp #除了四个已有目录，新增一个hello目录 rm #删文件 rmdir #删空目录 rm -r #删非空目录（删除统一展示了，如下，因为不会随意切换目录，导致删除要挨个进入目录删） bio02@ecm-cefa:~$ rm -r tmp bio02@ecm-cefa:~$ mkdir tmp bio02@ecm-cefa:~$ cd tmp bio02@ecm-cefa:~/tmp$ mkdir rm_test bio02@ecm-cefa:~/tmp$ cd rm_test bio02@ecm-cefa:~/tmp/rm_test$ mkdir huahua bio02@ecm-cefa:~/tmp/rm_test$ cd huahua bio02@ecm-cefa:~/tmp/rm_test/huahua$ touch doodle.txt bio02@ecm-cefa:~/tmp/rm_test/huahua$ rm doodle.txt bio02@ecm-cefa:~/tmp/rm_test/huahua$ cd bio02@ecm-cefa:~$ cd tmp bio02@ecm-cefa:~/tmp$ cd rm_test bio02@ecm-cefa:~/tmp/rm_test$ rmdir huahua bio02@ecm-cefa:~/tmp/rm_test$ cd bio02@ecm-cefa:~$ cd tmp bio02@ecm-cefa:~/tmp$ rmdir rm_test bio02@ecm-cefa:~/tmp$ cd #进入目录 bio02@ecm-cefa:~$ cd tmp vi #建脚本或文档 bio02@ecm-cefa:~/tmp/new$ vi hello_world.txt cat #查看文档并展示到屏幕 bio02@ecm-cefa:~/tmp/new$ cat hello_world.txt i today is a good day,i meet my boyfriend,he is older than me,he finished his work then meet me.we have a good time. head #输出前十行（然而我只发挥了一行） bio02@ecm-cefa:~/tmp/new$ head hello_world.txt i today is a good day,i meet my boyfriend,he is older than me,he finished his work then meet me.we have a good time. tail #输出后十行（如上括号所言） bio02@ecm-cefa:~/tmp/new$ tail hello_world.txt i today is a good day,i meet my boyfriend,he is older than me,he finished his work then meet me.we have a good time. head -n #数字 自定义输出几行 bio02@ecm-cefa:~/tmp/new$ head -n 2 hello_world.txt i today is a good day,i meet my boyfriend,he is older than me,he finished his work then meet me.we have a good time. cp #复制 bio02@ecm-cefa:~/tmp/new$ cp hello_world.txt hello_boy mv #移动 bio02@ecm-cefa:~/tmp/new$ mv hello_world.txt tmp bio02@ecm-cefa:~/tmp/new$ ```
Conda是一个开源的软件包管理系统和环境管理系统，主要用于Python程序，但也可以用于其他编程语言。它能够跨平台运行，支持多种操作系统，如Linux、OS X和Windows。Conda主要用于安装和管理软件包及其依赖关系，可以在不同环境中轻松切换，使得软件包的安装和管理更加方便。
从官网下载openssl源码和 libcurl源码。OpenSSL顺利交叉编译通过。
Block Layer层在整个I/O中负责承上启下，上接文件系统，下接块驱动。 我不想直接讨论代码，希望从一个架构的演变来初探一下Block Layer层。
按照ldd的说法，linux的设备驱动包括了char，block，net三种设备。char设备是比较简单的，只要分配了major、minor号，就可以进行读写处理了。相对而言，block和net要稍微复杂些。net设备姑且按下不谈，我们在以后的博文中会有涉及。今天，我们可以看看一个简单的block是怎么设计的。
研究IO也很久了，一直无法串联bio和块设备驱动，只知道bio经过IO调度算法传递到块设备驱动，怎么过去的，IO调度算法在哪里发挥作用，一直没有完全搞明白，查看了很多资料，终于对块设备驱动有所理解，也打通了bio到块设备。
Bio-Linux是功能齐全的、强大的、可定制的、易于维护的生物分析工作站。Bio-Linux基于Ubuntu提供500多个生物分析程序，由一个图形化的菜单进行管理，能方便地访问到其生物分析文档系统及对测试程序有用的样本数据。用于处理新型序列数据类型的Bio-Linux软件包可额外安装。
进入网址：https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/
redis.conf中的appendfysnc是对redis性能有重要影响的参数之一。可取三种值：always、everysec和no。
linux是操作系统（OS），类似于Windows和mac，吉祥物是一只叫Tux的小企鹅
连接数高的情况下:阻塞 -> 耗资源、效率低。 阻塞意味着等待，等待就会一直占用该线程，当连接数高时，大多线程又在等待，就会耗尽系统的线程资源。
Linux是一个操作系统，类似于MacOS和Windows。优点是开源、免费、安全、稳定。Linux系统在生信领域中非常重要。
PS：NIO就是用最少的线程干最多的事情，BIO是找更多的人来干。都是要进行堵塞的，尤其是selector.select()方法上，跟bio的accept()一样，其实都在阻塞。比较单线程和多线程的处理方式，一般情况下无论哪种，nio模式都要比bio更优。
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/
DAX: 磁盘(disk)的访问模式有三种 BUFFERED、DIRECT、DAX。前面提到的由于page cache存在可以避免耗时的磁盘通信就是BUFFERED访问模式的集中体现；但是如果我要求用户的write请求要实时存储到磁盘里，不能只在内存中更新，那么此时我便需要DIRECT模式；大家可能听说过flash分为两种nand flash和nor flash，nor flash可以像ram一样直接通过地址线和数据线访问，不需要整块整块的刷，对于这种场景我们采用DAX模式。所以file_operations的read_iter和write_iter回调函数首先就需要根据不同的标志判断采用哪种访问模式, kernel在2020年12月的patch中提出了folio的概念，我们可以把folio简单理解为一段连续内存，一个或多个page的集合
我们在安装完conda后，自动会创建一个名为base的基础环境，后面的*号说明我们目前处在这个环境中。
本节目的: 通过分析块设备驱动的框架,知道如何来写驱动 1.之前我们学的都是字符设备驱动,先来回忆一下 字符设备驱动: 当我们的应用层读写(read()/write())字符设备驱动时,是按字
tomcat6.0之前都是用的BIO，8.0是默认的BIO，传统的java IO来进行的其实就是socket。
(base) bio02@ecm-cefa:~$ conda remove fastqc -y
学习生信的过程中怎么能少了Linux呢。但是很多人都是Linux新手，又不想花钱买服务器，这里有个免费的网页版Linux服务（链接在文末），足够学习基础的Linux命令！
今天学习的是linux环境下的软件安装，因为花花老师的教程特别棒，所以操作上基本没出现特别难的地方。
1.进入https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/
Netty作为高性能的网络通信框架，它是IO模型演变过程中的产物。Netty以Java NIO为基础，是一种基于异步事件驱动的网络通信应用框架，Netty用以快速开发高性能、高可靠的网络服务器和客户端程序，很多开源框架都选择Netty作为其网络通信模块。本文主要通过分析IO模型的优化演进之路，比较不同IO模型的异同，让大家对于Java IO模型有着更加深刻的理解，我想这也是Netty如何实现高性能网络通信理解的重要基础。话不多说，我们赶紧发车了。
最近看了一个Tomcat7优化的文档，虽然项目暂时用不到，但还是简单的配置了一下。这里要说的是Tomcat的三种运行模式（BIO, NIO, APR）。 Tomcat Connector的三种不同的运
以上是摘自《Essential Netty In Action》这本书，本文的内容也是本人读了这本书之后的一些整理心得，如有不当之处欢迎大虾们指正
同步：程序从上往下执行 异步：程序从上往下执行会有多个分支共同执行（即开多个线程）。
需求: 如何利用ISCSI协议保留字段, 在Initiator和Tgt端传递, 完成一些控制开关或其他管理功能 ?
学习任何东西之前都得知道他是为什么而产生的。任何一个设计，或技术。都是为了解决某个或多个问题而产生的。即BIO到NIO到多路复用再到epollo 再到netty网络编程框架。今天我们来看看这个演进的过程。
所谓请求合并就是将进程内或者进程间产生的在物理地址上连续的多个IO请求合并成单个IO请求一并处理，从而提升IO请求的处理效率。在前面有关通用块层介绍的系列文章当中我们或多或少地提及了IO请求合并的概念，本篇我们从头集中梳理IO请求在block layer的来龙去脉，以此来增强对IO请求合并的理解。 首先来看一张图，下面的图展示了IO请求数据由用户进程产生，到最终持久化存储到物理存储介质，其间在内核空间所经历的数据流以及IO请求合并可能的触发点。
使用方法非常简单， 就是 makeCluster 函数定义好需要并行计算的线程数量，然后之前的apply家族循环就区别在函数名字前面加上par的签字，比如 lapply就替换成为了 parLapply 函数。
块是一种具有一定结构的随机存取设备，对这种设备的读写是按块进行的，他使用缓冲区来存放暂时的数据，待条件成熟后，从缓存一次性写入设备或者从设备一次性读到缓冲区。 块设备是与字符设备并列的概念， 这两类设备在 Linux 中驱动的结构有较大差异，总体而言， 块设备驱动比字符设备驱动要复杂得多，在 I/O 操作上表现出极大的不同，缓冲、 I/O 调度、请求队列等都是与块设备驱动相关的概念。
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