首页
学习
活动
专区
工具
TVP
发布
精选内容/技术社群/优惠产品,尽在小程序
立即前往

glmmadmb R包:process_randformula错误(公式,随机,数据=数据),``colnames<-`错误(`*tmp*`,值=字符(0))

glmmadmb R包是一个用于拟合广义线性混合模型的工具包。它提供了一种灵活的方法来处理具有非正态分布误差结构和随机效应的数据。该包的主要功能是通过最大似然估计来拟合广义线性混合模型,并提供了一些额外的功能来处理复杂的数据结构。

在使用glmmadmb包时,可能会遇到一些错误。其中一个常见的错误是"process_randformula错误(公式,随机,数据=数据)"。这个错误通常是由于在指定随机效应时出现了问题。可能是公式中的随机效应部分有误,或者数据中缺少必要的变量。

另一个可能遇到的错误是"colnames<-错误(*tmp*,值=字符(0))"。这个错误通常是由于在给数据框命名列时出现了问题。可能是数据框中没有任何列,或者在命名列时出现了错误。

为了解决这些错误,可以尝试以下步骤:

  1. 检查公式中的随机效应部分是否正确。确保使用正确的语法和变量名称,并确保所有必要的变量都包含在数据中。
  2. 检查数据框是否为空。如果数据框为空,可以尝试重新加载数据或使用其他数据进行测试。

如果以上步骤都没有解决问题,可以查阅glmmadmb包的官方文档或寻求相关论坛或社区的帮助。在解决问题时,可以参考腾讯云提供的云计算服务,例如腾讯云服务器、腾讯云数据库等,以满足数据处理和存储的需求。具体的产品介绍和链接地址可以在腾讯云官方网站上找到。

页面内容是否对你有帮助?
有帮助
没帮助

相关·内容

一套完整的基于随机森林的机器学习流程(特征选择、交叉验证、模型评估))

<- "data/prostat.metadata.txt" # 每个基因表达是内部比较,只要是样品之间标准化的数据即可,其它什么转换都关系不大 # 机器学习时,字符串还是默认为因子类型的好 expr_mat...一图感受各种机器学习算法 机器学习算法 - 随机森林之决策树初探(1) 机器学习算法-随机森林之决策树R 代码从头暴力实现(2) 机器学习算法-随机森林之决策树R 代码从头暴力实现(3) 机器学习算法-...个机器学习R,这也太赞了吧 基于Caret和RandomForest进行随机森林分析的一般步骤 (1) Caret模型训练和调参更多参数解读(2) 基于Caret进行随机森林随机调参的4种方式 机器学习第...17篇 - 特征变量筛选(1) 机器学习第18篇 - Boruta特征变量筛选(2) 机器学习第19篇 - 机器学习系列补充:数据集准备和更正YSX 机器学习第20篇 - 基于Boruta选择的特征变量构建随机森林...多套用于机器学习的多种癌症表达数据集 这个统一了238个机器学习模型R的参考手册推荐给你 莫烦Python机器学习 机器学习与人工智能、深度学习有什么关系?终于有人讲明白了

8.9K31
  • 数据挖掘课程能带给你什么收获

    额我突然想起来在某一次代码出问题时,改过这个数据框的名字问题,明天在茫茫数据中找找,可能还比较显眼,应该是红色的错误。...(PS: 学员的推理是错的,虽然最开始,x和y确实数据类型不一样,理论上不可能存在一个矩阵里面,但是呢,用cbind起来后,x和y就都成为了字符,所以可以存在一个矩阵了。)...4.函数和R 安装R可能会出现”is not available (for R version 3.5.2)“ 主要有下面三个原因: 1.名写错 2.安装命令使用错误 本机的R语言版本与所要求的版本不符...(colnames(exprSet1),'-01A',simplify = T)[,1] str_count(tmp,"TCGA") str_locate(tmp,"TCGA")[,1] table(tmp...) length(tmp) colnames(exprSet1) = tmp exprSet2 = exprSet1 ###这样为什么不行?

    60730

    生信马拉松 Day9-10 GEO数据分析笔记

    =limma::normalizeBetweenArrays(exp),一般齐和非常齐之间拉平 有负值: a.取过log,有少量负值——正常(取log没加1,不影响使用) b.没取过log,有负值——错误数据...c.有一半负值,中位数为0——做了标准化(给了一个不可逆的半成品,是作者不希望我们使用) 对2和3一般弃用,非要用的话就处理原始数据 4、boxplot范围落在0-4之间可能是运行了两遍log 5、Bioconductor...的注释,用find_anno(gpl_number)提示信息来找,包括全部注释R,部分平台文件、部分自主注释(idmap里整理过的) 6、GPL页面的表格文件解析 没有gene symbol有ENTREZ...= tmp[,2] colnames(b) = c('probe_id','symbol') k1 = b$symbol!...(1,2,5,6) exp = exp[,keep] pd = pd[keep,] # 方法2:按照逻辑,根据自己的数据特点编写: # 可以是提取要保留的数据有的,也可以是不要的数据有的 # 无论如何设置

    20200

    每月一生信流程之rnaseqGene

    (很多朋友会下意识的认为RNA-seq数据的上游分析必然是基于Linux,其实也是可以使用bioconductor的全部R来完成的哦!)...) ## 表达矩阵来自于R: airway # 如果当前工作目录不存在文件:'airway_exprSet.Rdata' # 就运行下面 if 代码块内容,载入Rairway及其数据集airway...::pheatmap(cor(exprSet)) group_list tmp=data.frame(g=group_list) rownames(tmp)=colnames(exprSet...=data.frame(g=group_list) rownames(tmp)=colnames(M) pheatmap::pheatmap(M,annotation_col = tmp)...R(2019更新版) 里面给初学者的知识点路线图如下: 了解常量和变量概念 加减乘除等运算(计算器) 多种数据类型(数值,字符,逻辑,因子) 多种数据结构(向量,矩阵,数组,数据框,列表) 文件读取和写出

    86020

    转录组的批次效应该如何处理

    现在针对来源不同的bulk RNA seq数据有了很多不同的方法或R校正批次效应,这里我通过实例介绍几类常用的R实例数据预处理从EBI下载了3个不同批次的小鼠 bulk-RNA raw data (...ExpressionSet 是 Biobase 提供的。Biobase 本身是 Bioconductor 项目的一个部分,为很多基因组学数据提供数据类型支持。...= 0)/length(x)}) > occurrence) %>% dplyr::select(c(tmp, rownames(phe))) %>% column_to_rownames(...输入数据应该是标准化后的数据(如 log化),或者是DESeq2量化因子后的数据。此处是错误的示范。...每个细胞的量化因子(size factor)是所有基因与其在所有样品中的表达的几何平均值的比值的中位数。由于几何平均值的使用,只有在所有样品中表达都不为0的基因才能用来计算。

    14910

    GEO数据库挖掘

    图片2.4 数据库介绍图片3、代码分析流程3.1 数据分析之前先安装Roptions("repos"="https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/") ##这个地方的镜像可以设置为清华镜像...', getGPL = F) ###getGEO网页下载数据后读取到R,如果代码下载不下来,就可以去网页下载下来,然后放到工作目录下边。...require(stats)# 1.示例数据x <- matrix(sample(1:30,30), ncol = 6)rownames(x) = paste0("gene",1:5)colnames(...~4、问题数据和常见错误分析数据提交者的错:1.表达矩阵是空的;2.表达矩阵不完整;3.表达矩阵被标准化过;4.表达矩阵游错误或异常值自己的错误:1.用芯片流程分析转录组数据;2.忘记log或多余log...;3.分组错误;4.探针注释错误;5.id转换用错物种不可抗力:找不到探针注释;数据有错又找不到原始数据;找不到想要的实验设计

    65521

    全代码 | 随机森林在回归分析中的经典应用

    变量少了可以用默认绘图,变量多时绘制的图看不清,需要自己整理数据绘图。 定义一个函数提取每个变量对应的重要性。...随机森林回归模型预测出的不会超出训练集中响应变量的取值范围,不能用于外推。...一图感受各种机器学习算法 机器学习算法 - 随机森林之决策树初探(1) 机器学习算法-随机森林之决策树R 代码从头暴力实现(2) 机器学习算法-随机森林之决策树R 代码从头暴力实现(3) 机器学习算法-...个机器学习R,这也太赞了吧 基于Caret和RandomForest进行随机森林分析的一般步骤 (1) Caret模型训练和调参更多参数解读(2) 基于Caret进行随机森林随机调参的4种方式 机器学习第...多套用于机器学习的多种癌症表达数据集 这个统一了238个机器学习模型R的参考手册推荐给你 莫烦Python机器学习 机器学习与人工智能、深度学习有什么关系?

    60430

    30道练习题带你玩转统计学的R语言版

    统计学精华-statQuest教学视频:https://mp.weixin.qq.com/s/X0PE9S0BgSuCcAV9zeY1jQ 基础概念 需要掌握R内置数据集及R数据集 内置数据集:https...://mp.weixin.qq.com/s/dZPbCXccTzuj0KkOL7R31g airway 数据集 https://mp.weixin.qq.com/s/FTdOyxvlS4L-zL3inHTtZg...:极差,方差和标准差,标准分数,相对离散系数(变异系数),偏态系数与峰态系数 Q1: 载入R中自带的数据集 iris,指出其每列是定性还是定量数据 Q2: 对数据集 iris的所有定量数据列计算集中趋势指标...Q8: 根据数据集 iris的第五列拆分数据集后重复上面的Q2到Q7问题 Q9:载入R中自带的数据集 mtcars,重复上面的Q1到Q7个问题 Q10: 载入rairway并且通过assay函数拿到其表达矩阵后计算每列之间的相关性...Q1: 把RNAseq_expr第一列全部加1后取log2后计算平均值和标准差 tmp=log2(RNAseq_expr[,1]+1) mean(tmp) sd(tmp) Q2: 根据上一步得到平均值和标准差生成同样个数的随机的正态分布数值

    2.9K30

    生信技能树R语言学习直播配套笔记

    下面是( R语言编程入门 )直播配套笔记 一、数据类型和向量 1....数据类型 1.1 判断数据类型class() 1.2 按Tab键自动补全1.3 数据类型的判断和转换 (1)is 族函数,判断,返回为TRUE或FALSE is.numeric("123") is.character..." "sample5" paste() 和paste0()区别:(1)paste()中的sep=将两个或多个向量字符串分别对应连接 paste(v1,v1,sep = " ") paste0()与paste...,他们发生了循环补齐 (2)修改行名和列名 #改行名和列名 rownames(df) <- c("r1","r2","r3","r4") #只修改某一行/列的名 colnames(df)[2]="CHANGE...] colnames(y) = x$ID[match(colnames(y),x$file_name)] 三、几种加载的方法 # 方法一: install.packages("tidyr") install.packages

    1.1K21

    认识向量

    一、数据类型 数据类型主要表示数据代表哪种内容,是字符串还是数值,逻辑,或者时间日期等。数值可以用于计算,字符串不能用来计算,逻辑用来判断等。...类 不同数据组合 是 三、内置数据R 语言的一个好处是内置了大量数据集,一般 R 扩展也包含数据集,这样无需自己准备输入文件,可以很方便的重复案例的内容。...启动 R 之后,默认已经加载了 datasets ,里面包含了大量数据集,使用 data()函数可以显示所有数据集。...向量其实是用于存储数值型、字符型或逻辑型数据的一维数组。R 中的向量与解析几何或者物理学中有数值和方向的量不同,R 中的向量是一个集合,即可以是数值的集合也可以是字符串或者逻辑的集合。...新手经常犯的错误就是忘了使用 c()函数。

    53210

    先差异后GSEA呢还是先ssGSEA后差异呢

    但是前面的两个方案都会手动一个批次效应的影响,如果大家没有把握好其中的批次效应的去除,很容易在差异分析阶段就不小心引入了错误。...这里仍然是以airway数据集为例子 airway数据集可以说是最出名的转录组测序数据了,因为各大教程和授课资料都是以它为案例来讲解转录组差异分析,它就在 airway的里面,如下所示的代码: #...零):RNA-seq流程前的准备——Linux与R的环境创建 (一):上游数据下载、格式转化和质控清洗 (二):上游数据的比对计数——Hisat2+ featureCounts 与 Salmon (三)...:在R里面整理表达量counts矩阵 (四):差异分析前的准备——数据检查 (五):差异分析——DESeq2 edgeR limma的使用与比较 (六):GO、KEGG富集分析与enrichplot超全可视化攻略...分析,然后对ssGSEA打分矩阵根据分组进行差异分析 前面的两个方案都需要做差异分析,接下来我们就走转录组差异分析 先差异后GSEA 转录组差异分析,我们针对测序的counts矩阵,走DESeq2这个r的方法

    1.4K31
    领券