包括服务器和桌面环境,自动识别指令集架构,支持x86/x64/arm/arm64/mips64/loongarch64/riscv64。
Code tells all: #encoding=utf-8 #author: walker #date: 2015-10-26 #summary: 测试gzip压缩/解压文件 import gzip BufSize = 1024*8 def gZipFile(src, dst): fin = open(src, 'rb') fout = gzip.open(dst, 'wb') in2out(fin, fout) def gunZipFi
分享一个c语言作图的库kplot,github链接为 https://github.com/kristapsdz/kplot 。
本人 以fastq.gz文件计数为例分别以perl语言和c语言实现了代码,具体如下:
发现AUCell包使用了 GSE60361 数据集的单细胞转录组表达矩阵,是直接读取文本文件文件,代码具有学习价值,值得反复分享,如下:
注:同方法二,如果没有 “all.datatable.txt” 的文件,也可忽略此步骤。这里只是提供多种情况下的读入方法。(想尝试的话,方法一有生成 “all.datatable.txt” 的代码,不过要注意路径。)
Go语言专门针对多处理器系统应用程序的编程进行了优化,使用Go编译的程序可以媲美C或C++代码的速度,而且更加安全、支持并行进程。
做生信的朋友应该都很熟悉类Unix系统中的grep命令,该命令可以快速查找并输出包含目标字符串的行。在对fastq文件进行处理时,我们有时候需要查找包含特定字符串的reads。因为一个reads包含了多行,所以grep命令不能完全适用。那有没有其它命令或者工具可以实现快速简便地实现上述查找特定reads的功能呢?就像grep快速查找行一样。
总算到了我们压缩相关扩展的最后一篇文章了,最后我们要学习的也是 Linux 下非常常用的一种压缩格式:.gz 的压缩扩展。作为 PHP 的自带扩展,就像 zip 一样,zlib 扩展是随着 PHP 的安装包一起发布的,所以我们在编译的时候直接加上 --with-zlib 就可以了,如果无法找到对应的软件包的话,使用 yum 安装相应的软件包即可。
大家自行去GEO官网(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gds)搜索下载自己想要的单细胞测序数据。本文后面会提供数据用于示例代码测试。
在我们平时的研究工作中,经常使用的是逗号分隔文件(.csv文件)、制表符分隔文件(.tsv文件)和空格分隔文件(.txt文件)。当然对于一些基因组文件或者其它格式的文件,各自有各自的特点,原则上R语言可以读取任何格式的文件,只需掌握基本的读取文件方法后按照不同特点调整参数即可。
对于只有只有部分重叠的datasets,合并方法我们依然可以采用Seurat、Harmony,rliger包,本期介绍一下rliger包的用法。
Apache DolphinScheduler 是一个分布式易扩展的可视化 DAG 工作流任务调度开源系统。解决数据研发ETL 错综复杂的依赖关系,不能直观监控任务健康状态等问题。DolphinScheduler 以 DAG 流式的方式将 Task 组装起来,可实时监控任务的运行状态,同时支持重试、从指定节点恢复失败、暂停及Kill任务等操作
1写在前面 对于只有只有部分重叠的datasets,合并方法我们依然可以采用Seurat、Harmony,rliger包,本期介绍一下Harmony包的用法。🤩 2用到的包 rm(list = ls()) library(Seurat) library(SeuratDisk) library(SeuratWrappers) library(patchwork) library(harmony) library(rliger) library(RColorBrewer) library(tidyverse)
There are a few principal functions readingdata into R.
PHP函数非常多,但是使用不当会造成危险。以下列出PHP中存在风险的函数,可以用作PHP代码安全审计! 命令执行: 函数 解释 exec 不输出但返回结果最后一行,第二个参数储存全部结果 passthru 输出不返回结果 system 返回并输出结果 shell_exec 返回但不输出结果 `` 反引号,作用同shell_exec popen 执行命令返回资源号 proc_open 同popen,更高权限 pcntl_exec 执行程序 代码执行: 函数 解释 eval 执行代码 assert 判断表达式
即将用到爬虫,于是打算收集一下User Agent(UA)数据。接着马上想到自己网站的访问日志不就是现成的优质数据源吗?于是愉快的决定写个脚本统计一下Nginx访问日志中的UA信息。
为了区分共识网络分析结果,我们把变量命名为consMEs、moduleLabels、moduleColors 和 conTree 。🙃
在2019/08/07的Nature刊中,中科院景乃禾课题组发表了文章——Molecular architecture of lineage allocation and tissue organization in early mouse embryo ,我在这篇文章中发现了一个被汤神组 (就是Hemberg-lab单细胞转录组数据分析(二)- 实验平台中开辟了单细胞转录组领域的人)反复用到的R工具-SCENIC,现在让我们来一起看看该工具有何妙用!
1写在前面 之前我们介绍了Seurat、Harmony,rliger三个包,用于3'和5'数据合并的方法。🤒 但有时候我们会遇到两个datasets只有部分重叠,这和之前介绍的方法就有一点不同了。🤨 2用到的包 rm(list = ls()) library(Seurat) library(SeuratDisk) library(SeuratWrappers) library(patchwork) library(harmony) library(rliger) library(RColorBrewer)
文件操作 文件的基本操作 读文件 func readFile(){ filename := "./aaa.log" file, err := os.Open(filename) if err != nil { fmt.Printf("open %s is error,error %v\n",filename,err) return } //关闭文件句柄 defer func() { file.Close() }() //
1,控制读入的数据行数,非批处理,有点类似数据库中的指标操作,可对文件中的数据逐行操作。
在Golang中,可以通过pprof工具对应于程序的运行时进行性能分析,包括CPU、内存、Goroutine等实时信息。
2.静态变量让函数在多次被调用时记住变量的值,而这些变量并不是全局变量。可以在递归时统计计数。
所以最终的出口在于最下面的instrument(input,output,string),下面是剩余部分代码:
单细胞代码解析-妇科癌症单细胞转录组及染色质可及性分析1:https://cloud.tencent.com/developer/article/2055573
入口类—PreMain 通过 agent 参数和命令行配置,通过 JVM 初始化 agent 时调用,使得 javaagent 得以在 JVM 启动后,应用启动前载入,通知自己 ok 且 javaagent 可用于 instrument 和 transform 字节码了
问题 你想知道包里有什么。 方案 在一个新的 R 会话中使用 search() 可以查看默认加载的包。 search() #> [1] ".GlobalEnv" "package:ellipse" #> [3] "package:Cairo" "package:grid" #> [5] "package:dplyr" "package:scales" #> [7] "package:Rmisc" "package:plyr" #>
鉴于内存的非持久性和容量限制,一个有效的数据处理工具必须能够使用外部数据:能够从外部获取大量的数据,也能够将处理结果保存。R中提供了一系列的函数进行外部数据处理,从外部数据的类型可以分为文件、数据库、网络等;其中文件操作还可以区分为导入/导出操作和流式操作。
TensorFlow 模型还可用于在移动和嵌入式平台上运行的应用。 TensorFlow Lite 和 TensorFlow Mobile 是资源受限移动设备的两种 TensorFlow。与 TensorFlow Mobile 相比,TensorFlow Lite 支持功能的子集。由于较小的二进制大小和较少的依赖项,TensorFlow Lite 可以获得更好的表现。
请注意,本文编写于 398 天前,最后修改于 378 天前,其中某些信息可能已经过时。
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