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HiC数据分析实战之Hic-pro

现在才正式开始数据处理实战，其中实战的测试数据，参考基因组以及对应的软件安装都是在第3讲：流程及软件。...Hic-pro 软件 Hic-pro安装比较麻烦，我就不重复写了，大家仔细查看第3讲：流程及软件。...很明显，前面教程我们讲到我们的Hic-pro安装在： source activate hic /home/zengjianming/biosoft/hicpro/bin/HiC-Pro_2.10.0/bin...Hic-pro软件的使用。...~/data/project/hic/ cd ~/data/project/hic/ 参考基因组 mkdir -p ~/data/project/hic/ref cd ~/data/project/hic

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HiC-Pro:灵活的Hi-C数据处理软件

HiC-Pro是一款高效的Hi-C数据分析软件，提供了从原始数据到归一化之后的HI-C图谱构建的完整功能，运行效率高，用法简便。...HiC-Pro的一个强大功能在于可以构建单倍型级别的Hi-C图谱，单倍型级别的Hi-C图谱有助于更加精细化理解基因组三维结构，进一步对基因调控等功能进行深入细致的研究。...序列比对 HiC-Pro采用了两步比对的策略，如下所示 ?...HIC-Pro还提供了一系列的质控标准，如下图所示 ? 一个高质量的文库绝大部分肯定都能够比对上基因组，如图A所示， R1和R2的比对率都很高。...HiC-Pro所有的参数都放置在一个配置文件中，既可以一键化运行整个pipeline, 也可以分布运行，单独执行其中的某几步，灵活性很强，后续会介绍其详细用法。

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HiC-Pro实战详解

HiC-Pro软件非常灵活，不仅可以处理各种不同建库方式的Hi-C数据，也可以处理capture Hi-C数据。.../configure make make install # HiC-Pro wget https://github.com/nservant/HiC-Pro/archive/v2.11.1.tar.gz...tar xzvf v2.11.1.tar.gz cd HiC-Pro-2.11.1 make configure make install 安装好之后，需要准备以下几种参考物种的相关文件 1....输出结果目录如下 |-- bowtie_results |-- config_test_latest.txt |-- hic_results |-- logs |-- rawdata -> /HiC-Pro...-2.11.1/test_data/ `-- tmp 其中hic_results目录下是最终结果，包含了不同分辨率下的hi-c图谱和质控的图表。

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HiC Pro 环境配置及使用

HiC Pro 是一组基因组分析套件，可提供 HiC 相关的分析。配置运行时环境Python 环境和 Docker 环境二选一即可。....tar.gz# 根据 HiC Pro 项目中的配置文件创建一个全新的环境conda env create -f HiC-Pro-3.1.0/environment.yml# 激活 HiC-Pro Python...name 代表 docker 运行时名称；-v 代表挂载目录（可挂载多个路径）；nservant/hicpro 代表镜像名称；/HiC-Pro_3.0.0/bin/HiC-Pro 代表 HiC Pro...Pro 程序参数：/HiC-Pro_3.0.0/bin/HiC-Pro -c /data/E234/config-hicpro.txt -o analysis -i /data/E234/dataHic...如果是 Docker 环境: /HiC-Pro_3.1.0 (注意 3.1.0 为软件版本，后续可能改变，可通过 ls 查看根目录下判断得出具体目录)/HiC-Pro_3.0.0/bin/HiC-Pro

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HiC Pro 环境配置及使用

HiC Pro 是一组基因组分析套件，可提供 HiC 相关的分析。配置运行时环境 Python 环境和 Docker 环境二选一即可。...v3.1.0.tar.gz # 根据 HiC Pro 项目中的配置文件创建一个全新的环境 conda env create -f HiC-Pro-3.1.0/environment.yml # 激活...HiC-Pro Python 环境 conda activate HiC-Pro_v3.1.0 # 可选，AWS Ubuntu 需要安装 apt install g++ unzip # 生成配置，...；—name 代表 docker 运行时名称；-v 代表挂载目录（可挂载多个路径）； nservant/hicpro 代表镜像名称； /HiC-Pro_3.0.0/bin/HiC-Pro 代表 HiC...Pro 程序参数： /HiC-Pro_3.0.0/bin/HiC-Pro -c /data/E234/config-hicpro.txt -o analysis -i /data/E234/data

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HiC数据分析实战（一）

/miniconda3/envs/hic/bin/R PYTHON_PATH =/home/zengjianming/miniconda3/envs/hic/bin/python CLUSTER_SYS.../home/zengjianming/biosoft/hicpro/bin/HiC-Pro_2.10.0/bin/HiC-Pro -h 这样如果输出了帮助文档，说明安装成功哦。...Hic-pro教程其说明书完全不逊于hiclib，详见：http://nservant.github.io/HiC-Pro 大体上看就6个步骤，比对、过滤HiC比对结果、检测有效HiC序列、结果合并、...构建HiC关联图谱以及关联图谱标准化。...当然，不得不提的是其特色功能：位基因特异性HiC分析今天有点晚了，明天继续实战哦。

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HiC数据分析实战之通过文章来了解流程

本来准备直接实战了，但是在看一些新的paper 时候发现我漏掉了hic技术应用的文章解读，我还是需要带领大家看看那些已经发表的好文章到底是如何处理hic数据的。...虽然本次我们讲解HiC，但事实上这个文章利用的各种数据比较多，包括： ?...我们关心的HiC数据主要是4个HiC样本，如下： GSM2334835: Hi-C U266 MboI; Homo sapiens; OTHER GSM2334834: Hi-C U266 HindIII...然后再看其文章描述的数据处理步骤，作者使用了2013任兵教授的nature文章的数据分析方法：GSE43070....看看数据处理的中间文件我尝试下载了 HindIII_HiC_TAD_40kb.tar.gz 文件和HindIII_HiC_ice_matrix_500kb文件并且简单查看，如下: mkdir -p ~

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YoloV8改进策略：复现HIC-YOLOv5，打造HIC-YOLOv8，用于小物体检测

摘要 HIC-YOLOv5主要贡献可以总结如下：额外的预测头专为小物体设计。它在更高分辨率的特征图中检测物体，这些特征图包含更多关于微小和小物体的信息。...结果表明，HIC-YOLOv5在VisDrone-2019-DET数据集上的mAP@[.5:.95]提高了6.42%，mAP@0.5提高了9.38%。...我们参照HIC-YOLOv5，将这些改进用于YoloV8，效果如何呢？我们一起见证吧！...总结本文使用YoloV8复现了HIC-YOLOv5的改进，由于数据集中的物体并没有很多太小的！所以提升不明显！大家可以在自己的数据集上做尝试！

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YOLOv8改进：HIC-YOLOv8复现魔改HIC-YOLOv5，助力小目标检测（Small Object Detection）

本文独家改进：改进点：1）backbone加入CBAM；2）backbone、neck连接处加入involution注意力；3）添加一个针对小物体的额外预测头，提升小目标检测性能；HIC-YOLOv8...我们的结果表明，HIC-YOLOv5 在 VisDrone-2019-DET 数据集上将 mAP@[.5:.95] 提高了 6.42%，将 mAP@0.5 提高了 9.38%。...YOLOv8有3个检测头，能够多尺度对目标进行检测，但对微小目标检测可能存在检测能力不佳的现象，因此添加一个微小物体的检测头，能够大量涨点，map提升明显；2.HIC-YOLOv8复现2.1加入ultralytics

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HiC数据辅组基因组组装之Lachesis

实战我首先介绍的是：HiC数据分析实战之Hic-pro 然后关于实验细节我推荐了资源：Hic建库测序实验流程视频讲解（附送福利资源）现在插播一个学员投稿： Lachesis安装采坑全纪录卖萌哥倾情奉献

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「Workshop」第二十五期 HiC数据分析简介

Hic数据介绍及相关分析 1，什么是Hic数据？ Hi-C是研究染色质三维结构的一种方法。...3，目前的处理流程图片27.png 4，分析主要工具目前针对Hi-c数据处理的工具主要是Hic-pro和juicer 5，juicer的安装及使用 juicer由两部分组成：从原始数据到创建Hi-C...mkdir HIC003; cd HIC003 mkdir fastq; cd fastq wget http://juicerawsmirror.s3.amazonaws.com/opt/juicer.../work/HIC003/fastq/HIC003_S2_L001_R2_001.fastq.gz cd .....和inter_30.hic文件，其中的inter_30.hic 是设置了 MAPQ threshold >30 后得到的结果。

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Juicer:Hi-C数据处理分析的利器

不需要复杂的背景知识该软件按照功能拆分成了三个大的分析步骤，依次运行即可得到最终的分析结果数据预处理，将原始的fastq序列比对参考基因组，识别其中的valid pairs, 并生成一个后缀为hic...的文件读取hic文件，创建可视化的交互图谱，也称之为contact map, 并进行归一化采用算法预测TAD和染色质环等结构完整功能示意如下 ?...和其他Hi-C数据处理软件相比，juicer的功能更为齐全 ?...juicer独创了一种名为hic的文件格式，用来存储Hi-C数据的相关信息，这种格式是一种高度压缩的二进制文件格式，在以下链接可以查看这种格式的详细信息 https://github.com/theaidenlab.../juicebox/blob/master/HiC_format_v8.docx 在后续的文章中，会详细介绍该软件的用法。

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Hic建库测序实验流程视频讲解（附送福利资源）

如果大家还记得我HIC第一讲：三维基因组学习笔记里面提到： ?

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Juicer: HiC数据分析与辅助基因组组装

导读本文主要对处理HiC数据的Juicer程序进行一个简短的介绍，并展示如何利用Juicer进行基因组组装中染色体挂载的第一步。 1....aligned aligned目录下存放的是最终结果，包含了可以导入juicebox的后缀为hic的图谱文件, inter.hic和inter_30.hic， 30表示通过MAPQ > 30进行过滤之后的结果

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三维基因组: SELFISH 差异分析

引言本系列主要讲解 3D-Genome (Hi-C) 系列的分析，主要涉及三维基因组分析中的数据处理，重复性评估，Compartment/TAD/Loop 检测，差异分析等，欢迎关注！...Example 本文讨论的 SELFISH 的 Python 版本是一个命令行工具，可接受 .hic、. cool 和 HiC-Pro 矩阵作为输入。...SELFISH 的运行命令如下： selfish -f1 HiC_Rep1.hic -f2 HiC_Rep1.hic -ch chr2 -r 5kb -o SELFISH_chr2_5kb_D00vsD15....tsv -t 0.05 在这里，-f1 和 -f2 是需要分析的矩阵，-ch 和 -r 是从 .hic 文件中提取的染色体和分辨率，-t 参数用于指定输出结果为制表符分隔文件，同时设置记录结果的 p

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YoloV5改进策略：复现HIC-YOLOv5，用于小物体检测

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三维基因组|Hi-C 数据格式

本文主要介绍了像 .hic 和 .mcool 这样的最新矩阵文件格式，以及 SAM/BAM 和可随机访问的接触列表等其他中间格式。....hic 矩阵格式和其他中间格式，最早是在 Lieberman-Aiden 实验室与 Juicer 和 Juicebox 这两款用于处理原位 Hi-C 数据的软件程序一同开发出来的。...在本文，我们会更详细地探讨这些最新的格式，以及在 Hi-C 数据处理过程中使用的其他现有标准和自定义格式。...hic、.cool 和 .mcool 格式还包含了预计算的归一化向量以及原始矩阵，方便快速检索归一化矩阵。归一化可以控制由各种因素引起的偏差，比如限制性位点的不均匀分布、可比对性和 G+C 含量。...4DN Hi-C 数据处理流程就采用了这种方法。

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使用TADbit识别拓扑关联结构域

TADbit是一个hi-c数据分析的软件，提供了从原始数据处理到染色质三维模型构建的完整功能，对应的文章链接如下 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5540598...hi-c矩阵该软件采用python进行开发，采用了面向对象的编程思想，首先要做的就是构建一个object, 构建的过程中需要对应的hi-c交互矩阵, 软件自带的测试数据集包含了以下两个hi-c矩阵 HIC_gm06690..._chr19_chr19_100000_obs.txt HIC_k562_chr19_chr19_100000_obs.txt 对应GM06690和K562两种细胞系19号染色体100kb分辨率下的交互矩阵

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不同的调控程序控制伤口愈合过程中皮肤成纤维细胞的再生潜能

自己单细胞数据也鉴定出HF 间质部分的Hic1表达以及Hic1基因的调控网络。 Hic1主要分布在lower dermis中，upper dermis很少。...Hic1+ 细胞共表达fibro-adipogenic MPs的marker如PDGFRa，SCA1(Ly6a),CD29 ? ? ? ① Hic1+细胞是hfDSC吗?...使用Hic1-tdT小鼠，短期谱系追踪。Hic1+细胞标记一部分的hfDSC。 ? ②毛囊外的Hic1+细胞会在毛发生长期增殖并提供新的真皮细胞吗？会，而且是皮肤MP特有的。...监测更长时间的毛发周期发现，70dpw，85dpw,Hic1+细胞还是在新生的DP 中。 ? 毛囊重组实验证明，Hic1+细胞有强劲的再生毛囊能力。 ? ? 4....9.删除Hic1 通过提高fibro的密度来增加LW中的再生在骨骼肌和心肌损伤后，Hic1的失活导致fibrosis。皮肤中的Hic1失能会对伤口造成什么影响？

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三维基因组：multiHiCcompare 差异分析

/GSM3262956_D00_HiC_Rep1.hic "$chr" "$chr" BP 5000 > /home/HiC_Matrices/GSM3262956_D00_HiC_Rep1_"$chr..."_NONE_5kb.txt straw NONE /home/HiC_Matrices/GSM3262957_D00_HiC_Rep2.hic "$chr" "$chr" BP 5000 > /home.../HiC_Matrices/GSM3262957_D00_HiC_Rep2_"$chr"_NONE_5kb.txt straw NONE Matrices/GSM3262964_D15_HiC_Rep1....hic "$chr" "$chr" BP 5000 > /home/HiC_Matrices/GSM3262964_D15_HiC_Rep1_"$chr"_NONE_5kb.txt straw NONE...Matrices/GSM3262965_D15_HiC_Rep2.hic "$chr" "$chr" BP 5000 > /home/HiC_Matrices/GSM3262965_D15_HiC_Rep2

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