论文对应的代码是公开的 https://github.com/ajwilk/2020_Wilk_COVID
在本章中,我们将继续使用Tung前一章中生成的过滤数据集。我们将探索可视化数据的不同方法,以便您在质量控制步骤之后评估表达式矩阵发生的情况。scaterpackage提供了几个非常有用的功能来简化可视化。
通过比较图7.6和图7.13,很明显基于read的过滤比基于UMI的分析去除了更多的细胞。如果您返回并比较结果,您应该能够得出结论,ERCC和MT过滤器对于基于read的分析更严格。
R-Ladies是一个世界性的促进R语言社区性别多样性的组织,本文分析了这个组织的粉丝成员分布信息。
R语言中的ggplot2是最美的绘图包之一。但调整主题的细节需要写大量代码,而且还要反复修改、预览,很是费时费力。
作者:严涛 浙江大学作物遗传育种在读研究生(生物信息学方向)伪码农,R语言爱好者,爱开源。生信宝典对代码进行了系统测试和解释。
在 YAML 文件中用 number_sections: TRUE 参数设置自动编号:
作者:严涛 浙江大学作物遗传育种在读研究生(生物信息学方向)伪码农,R语言爱好者,爱开源
其实 ggplot2 并没有类似于 geom_pie() 这样的函数实现饼图的绘制,它是由 geom_bar() 柱状图经过 coord_polar() 极坐标弯曲从而得到的。 对于为什么 ggplot2 中没有专门用于饼图绘制的函,有人说:“柱状图的高度,对应于饼图的弧度,饼图并不推荐,因为人类的眼睛比较弧度的能力比不上比较高度(柱状图)。” 关于饼状图被批评为可视化效果差,不推荐在 R 社区中使用的文章在网络也有不少,感兴趣的可以去搜一下。
包作者:Kevin Blighe撰文:协和医学院 苑晓梅编辑:生信宝典 时间:2019-06-03
本文利用Iris数据集训练了多组机器学习模型,并通过预测大量的拟合数据绘制出了每个模型的决策边界。
本文翻译自《Problems In Estimating GARCH Parameters in R 》
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