这个网站是新上线的一个网站:LinkedOmics,网址:http://www.linkedomics.org/ 主页打开后是这样的: 具体功能太强大,且听我慢慢道来。...最后,大家用的时候记得引用文章: LinkedOmics: analyzing multi-omics data within and across 32 cancer types.Nucleic Acids
所以今天就来给大家介绍一个多组学关联分析的数据库: LinkedOmics (http://www.linkedomics.org/login.php) 01内置数据集介绍 在使用一个工具之前,首先还是要了解这个数据库里面包括哪些东西的...关于LinkedOmics而言,主要包括的还是TCGA的内置数据。由于是要做多组学的关联分析的,一定要对于TCGA数据包括哪些数据要有一定的认识。这样才能方便我们来进行交叉分析的。
接下来,作者用LinkedOmics数据库做共表达分析,使得数据丰满起来;同时用这些共表达基因做进一步分GO分析和KEGG富集分析。...我们可以借助LinkedOmics来完成。 网址:http://linkedomics.org/login.php ? 表格进一步呈现富集分析的结果。 ?
五 功能富集分析 作者借助LinkedOmics在线工具进行了差异分析,并绘制了火山图和热图,接着借助Function模块分别进行了BP,MF,CC,KEGG富集分析。...六 靶标网络构建 首先采用LinkedOmics工具进行激酶,miRNA和转录因子的寻找,每个各找了前5个,如下: 接着作者借助GeneMANIA工具绘制了PPI网络。 至此整篇文章就结束了。...文章所用到的工具总结 Oncomine,UALCAN,c-BioPortal,LinkedOmics,GeneMANIA,5大在线工具完成5分文章,看着让人羡慕。
LinkedOmics(http://www.linkedomics.org/) 分析TCGA数据库的工具这么多,我就只服这一个! ?
www.cbioportal.org/ Kaplan-Meier Plotter:http://kmplot.com/analysis/ TIMER:http://timer.cistrome.org/ LinkedOmics...:http://www.linkedomics.org/login.php STRING:https://string-db.org/ GeneCards:https://www.genecards.org...图3 04 KDM5家族基因的富集 为了探索胰腺癌中KDM5家族基因与其共表达基因之间的相互作用,从LinkedOmics数据库中获得了KDM5家族的800个共表达基因,并绘制了胰腺癌中KDM5家族和共表达基因的火山图
探究转录因子调控的靶细胞(LinkedOmics数据库),是对下游信号分子的分析,与上游分子的分析结合起来,前后呼应,值得学习。新技能! ? 免疫浸润机制的探究。
02 ESCA中GLUT1基因共表达网络的富集分析和PPI分析 为了进一步了解GLUT1在ESCA中的生物学意义,使用LinkedOmics数据库分析了GLUT1在ESCA中的共表达。
领取专属 10元无门槛券
手把手带您无忧上云