blast+本地化的构建对于流程化处理大量数据序列很方便，blast+是将blast模块化，分为了蛋白质序列比对蛋白数据库(blastp)、核酸序列比对核酸数据库(blastn)、核酸序列比对蛋白质数据库...ncbi-blast-2.9.0+-x64-win64.tar.gz 对安装包进行解压: [wangh@master Softbacks]$ tar -zxvf ncbi-blast-2.9.0+-x64-linux.tar.gz...master ncbi-blast-2.9.0+]$ source ~/.bashrc #刷新你的环境配置文件，使得系统识别你刚加入的环境变量(也可以关闭当前终端再次打开，系统自动刷新环境配置文件) blastp...待格式化处理的fasta文件(一般是从PDB/NCBI里下载所有的相关或者整个库中的序列); -dbtype: 数据库类型，prot或者nucl; -out: 输出的数据库名; 蛋白质比对蛋白数据库(blastp...): blastp –query name.fasta –out name.blast –db PDB –outfmt 6 –evalue 1e-5 –num_threads 11 –max_target_seqs
#筛选共有基因 #建立索引 makeblastdb -in ref.faa -dbtype prot -parse_seqids -out ref.faa #blastp比对 blastp -query...install -y diamond #现在预编译程序 wget http://github.com/bbuchfink/diamond/releases/download/v2.0.13/diamond-linux64.... tar.gz tar xzf diamond-linux64.tar.gz 2 选项参数 https://github.com/bbuchfink/diamond/wiki/3....-Command-line-options 功能选项： makedb ：建立索引 blastp：blastp 模式比对 blastx：blastx 模式比对...比对 #建立索引 diamond makedb --in ref.faa --db ref diamond 比对 diamond blastp -q query.faa -d ref -o blastp.txt
图1 BLAST blastn:核酸搜核酸数据库 blastp：蛋白质搜蛋白质数据库 blastx：DNA用所有可能的阅读框翻译成翻译成蛋白后搜蛋白数据库 tblastn：查询的蛋白序列搜索核酸数据库中...---- 二： LINUX下BLAST的安装与运行 优点：速度快，灵活性大，可自己配置库 缺点：序列数据库下载量大，并且更新麻烦，需要重新下载 1 安装配置BLAST 1.1 利用conda安装，关于...Length: 241992963 (231M), 68087643 (65M) remaining (unauthoritative) ncbi-blast-2.8.1+-x64-linux.tar...deltablast makeblastdb rpsblast tblastx blastdbcheck blastp...psiblast tblastn 2 运行 要进行序列比对，得有以下几个条件 第一，有查询序列，并有特定格式 第二，有目标序列库，蛋白库还是DNA库 第三，确定查询工具，blastn,blastp
mkdir blast && cd blast wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/LATEST/ncbi-blast-2.6.0+-x64-linux.tar.gztar...ncbi-blast-2.6.0+-x64-linux.tar.gz 比对分为好几种，blastn, blastp,blastx,tblastn,运行的方法都是一样的 blastp -query seq.fasta...-out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_descriptions 10 -num_threads 8 blastp: protein...protein query -> nucleotide sequence database blastx: nucleotide query -> protein sequence database blastp
站点里面可以找到blast++的下载链接 wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/LATEST/ncbi-blast-2.2.30+-x64-linux.tar.gz...2，比对分为好几种，blastn, blastp,blastx，tblastn，tblastx blastp -query seq.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt...ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-ubuntu64.tar.gz tar xzf sratoolkit.current-centos_linux64...fastqc软件的使用 一：下载安装该软件 具体搜索其地址下载，fastqc是一个java软件，下载后可以直接使用，但是需要自行配置好java环境，具体配置方法，见linux下java配置。 ?
•蛋白质序列对蛋白质序列库比对（blastp）：直接将输入的蛋白质氨基酸序列与数据库中的氨基酸序列进行比对。...原文链接：https://blog.csdn.net/g_r_c/article/details/8477924 实例： blastall -p blastp -i eg.fasta -d path/......: out_file ='/path/to/myresult.txt' ...: my_query ='/path/to/eg.fasta' ...: program_name ='blastp...' -a 2 -F F -e 1e-10') ...: b = time.time() ...: print(b - a) /path/to/blastall -p blastp...[5]: print(command%(blast_path, program_name, my_query, data_path, out_file)) /path/to/blastall -p blastp
# 下载Blast wget -c ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.10.0+-x64-linux.tar.gz...## 解压 tar -xvzf ncbi-blast-2.10.0+-x64-linux.tar.gz 在进行序列比对前，我们首先需要构建数据库。...blastp：将氨基酸序列比对至氨基酸数据库。 blastx：将核苷酸序列比对至氨基酸数据库。 tblastn：将氨基酸序列比对至核苷酸数据库。
因此BLAST可以分为BLASTp，BLASTn，BLASTx，tBLASTn和 tBLASTx（图2.38）。...图2.38 各种 BLAST 示意图 （一）、NCBI BLASTp 在 BLASTp 输入界面里（图2.39）：1）输入待搜索的蛋白质序列，这条序列可以在示例文件 blast.fasta 里面找到。...图2.39 NCBI BLASTp 输入界面上半部分 在输入界面的下部（图2.40）选择：1）被搜索的数据库。...图2.40 NCBI BLASTp 输入界面下半部分 图2.41是搜索结果。最上面是第一部分搜索任务描述部分。输入界面里设置的各种参数都会在这里列出。...SMART-BLAST 可谓是标准 BLASTp 的简约强化版。操作极其简单，简单到只需要输入序列（图2.48）。 ?
该工具使用方法如下所示： blastp -query test.faa -out nr_blast.out -db nr -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_threads 20 参数说明...（可以使用blastp -help查看）： -query：输入文件的文件名，即基因组预测的基因蛋白序列 -db：Blast数据库的名字及其路径 -out：输出文件的文件名 -evalue：设置输出结果的...，默认包含qacc sacc pident length mismatch gapopen qstart qend sstart send evalue bitscore，也即如下两种设置是等效的： blastp...-outfmt 6 blastp -outfmt '6 qacc sacc pident length mismatch gapopen qstart qend sstart send evalue...还有一款常用的工具DIAMOND（Double Index Alignment of Next-generation sequencing Data），该工具为基于BLAST的快速序列检索比对工具，但目前仅支持blastp
转录因子未知 2 原核生物尤其这个物种的数据库很少 ---- 理论基础，转录因子本质是蛋白质，结合在TSS上游的启动子序列（有的在gene内部） 1.由该TF的DNA序列得到其最大ORF 2.NCBI blastp...MPVANVFSRTAAQRPAPLHTVVIALNVMKEMGVPAEVLLRGTGISPEEIEQANAMVTHAQEMVLFANALEATGNSAIGLHIGSSIPVTAYGLRGHAMLVSPTLGDAMRLAYEHPLMAISYFQITLGVNVDLARVTVGGYTYRADLLVLNTDMCLAAVRREIIDLIGRVPTFRRVGLAFPPPAHASVYSDIFDCEVTFDTEENFLEFDADLLDIRLPLAHSIEFEISRRACEKREFELSHWVPADLVGRLFGIMYDNPTCQDVVKLTGKLGMSPRSLQRKLKEMGTSFSALHDLVRRDIASRYLSENKSTKEIAARLGYKNTSAFSRAMKRWSKLAGD 2.NCBI blastp
目前最先进的注释方法是使用从手工制作的序列排列和评分函数建立的隐马尔可夫模型（pHMMs），或使用在大型标记序列集上进行成对排列的算法，如BLASTp7。...ProtCNN和ProtENN 在随机分割中，ProtCNN明显优于基于比对的方法Top Pick HMM（TPHMM）、BLASTp和phmmer， ProtENN是由19个ProtCNN模型组成的一个集成模型
1）使用DIAMOND软件将 Unigenes 与各功能数据库进行比对（blastp，evalue ≤ 1e-5） 2）比对结果过滤：对于每一条序列的 比对结果，选取 score 最高的比对结果（one...HSP > 60 bits）进行后续分析 Function/DIAMOND/diamond blastp -q Unigenes_50.fa -d database/COG/cog_clean.fa
脚本可以是简单字符串或多行字符串，例如： process doMoreThings { """ blastp -db $db -query query.fa -outfmt 6 > blast_result...要解决此问题，请使用双引号字符串定义脚本，并通过在系统环境变量前添加反斜杠字符来对其进行转义\，如以下示例所示： process doOtherThings { """ blastp -db
$PATH/MetaGeneMark_linux_64/mgm/gmhmmp -a -d -f 3 -m $PATH/MetaGeneMark_linux_64/mgm/MetaGeneMark_v1....SampleID_profile.txt emapper.py -i nr95_protein.fa -o eggNOG_annotation --cpu 0 --evalue 1e-5 diamond blastp
Blast的结果主要是通过NCBI的BLASTP来进行分析的。
Linux 文件系统 目录 说明 bin 存放二进制可执行文件 sbin 存放二进制可执行文件，只有 root 才能访问 boot 存放用于系统引导时使用的各种文件 dev 用于存放设备文件 etc...是超级管理员 localhost 表示主机名 ~ 表示当前目录（家目录），其中超级管理员家目录为 /root，普通用户家目录为 /home/chan $ 表示普通用户提示符，# 表示超级管理员提示符 Linux...test.tar.gz 文件搜索命令 locate：在后台数据库搜索文件 updatedb：更新后台数据库 whereis：搜索系统命令所在位置 which：搜索命令所在路径及别名 find：搜索文件或文件夹 用户和组 Linux
例如： process big_job { cpus 8 executor 'sge' """ blastp -query input_sequence -num_threads $...例如： process basicExample { module 'ncbi-blast/2.2.27' """ blastp -query """ } 可以module...从而在一个指令中指定多个模块，如下所示： process manyModules { module 'ncbi-blast/2.2.27:t_coffee/10.0:clustalw/2.1' """ blastp...例如： process big_job { cpus 4 penv 'smp' executor 'sge' """ blastp -query input_sequence -...如果此变量不存在，它将使用Linux命令创建一个新的临时目录mktemp。
http://wego.genomics.org.cn/] KAAS [https://www.genome.jp/tools/kaas/] 2.基因功能预测： FGENESH [http://linux1...] 3.基因结构预测 Exon-Intron Graphic Maker [http://wormweb.org/exonintron] 根据候选基因的外显子和内含子等信息绘制基因结构 Blastp...PROGRAM=blastp&PAGE_TYPE=BlastSearch&LINK_LOC=blasthome] 可在线获取蛋白结构域的注释和位置信息 4.同源基因分析 OrthoDB是直系同源物的综合目录
Channel.fromPath( '/some/path/*.fa' ) process blastThemAll { input: file query_file from proteins "blastp...proteins = Channel.fromPath( '/some/path/*.fa' ) process blastThemAll { input: file proteins "blastp...Channel.fromPath( '/some/path/*.fa' ) process blastThemAll { input: file 'query.fa' from proteins "blastp
Linux文件操作 Linux中，一切皆文件(网络设备除外)。 硬件设备也“是”文件，通过文件来使用设备。 目录(文件夹)也是一种文件。...boot:这里存放的是启动Linux时使用的一些核心文件，包括一些连接文件和镜像文件。...deb:deb是Device(设备)的缩写，该目录下存放的是Linux的外部设备，在Linux中访问设备的方式和访问文件的方式是相同的。...系统会自动识别一些设备，例如U盘、光驱等，当识别后，Linux会把识别的设备挂载到这个目录下。...---- Linux文件的操作方式 文件描述符fd fd是一个大于等于0的整数。 每打开一个文件，就创建一个文件描述符，通过文件描述符来操作文件。
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