gffread可以直接实现这个功能,这来自于cufflinks(一直不知道这个老软件竟然还有这个功能),直接conda install cufflinks之后即可使用gffread。...使用如下代码即可转换: gffread transcripts.gtf -g reference.fasta -w transcripts.fasta 转出来效果: ?...使用: gffread -h 即可查看所有参数。
今天小编就给大家介绍一个工具,gffread来实现这个目的。注意这个工具需要在linux或者mac操作系统上运行。...CLUHART00000008717:three_prime_utr"; Parent "CLUHART00000008717"; original_biotype "three_prime_UTR"; 那么如何安装gffread...通过conda安装gffread conda install -c bioconda gffread 3.格式转换,下面这一条命令就可以将gff3格式的注释文件转换成gtf格式的文件了。...gffread gencode.v19.annotation.gff3 -T -o gencode.v19.gtf 当然也可以将gtf格式的文件转换成gff3格式的文件 gffread gencode.vM13
安装提取工具gffread 这里用到了gffread (https://github.com/gpertea/gffread),安装方式如下 (若不理解,见这个为生信学习打造的开源Linux教程真香的软件安装部分...): git clone https://github.com/gpertea/gffread cd gffread make release 提取转录本序列、CDS和蛋白序列 gffread -h可以参考所有可用参数...1.获取转录本序列 gffread GRCh38.gtf -g GRCh38.fa -w GRCh38.transcripts.fa 内容如下: head GRCh38.transcripts.fa >...ENST00000382398 ATGAAGTCCCTACTGTTCACCCTTGCAGTTTTTATGCTCCTGGCCCAATTGGTCTCAGGTAATTGGTATG 3.获取蛋白序列 # 获取蛋白序列 gffread...unprocessed_pseudogene 我们只筛选lincRNA grep 'transcript_biotype "lincRNA"' GRCh38.gtf >GRCh38.lincRNA.gtf gffread
GFF 文件与 GTF 文件相互转换 使用Cufflinks里面的工具gffread #gff2gtf gffread my.gff3 -T -o my.gtf #gtf2gff gffread merged.gtf...-o- > merged.gff3 GTF 文件中提取转录本序列(.fa) Cufflink中的gffread gffread transcripts.gtf –g genome.fa –w transcripts.output.fa...# 获取CDS序列 gffread transcripts.gtf –g genome.fa -x cds.output.fa # 获取蛋白序列 gffread transcripts.gtf –g
前面我们讲了如何利用工具gffread将gff文件转换成gtf文件。可能有些读者会说我没有安装了linux或者苹果操作系统的电脑。...这个工具包对操作系统没有要求,也就是说在windows,linux或者苹果操作系统下面都能用。 下面我们来看看具体的操作 1.
genomes/all/GCF/000/001/405/GCF_000001405.38_GRCh38.p12/GCF_000001405.38_GRCh38.p12_genomic.gff.gz 1. gffread...gffread是由cufflinks的开发团队提供的一款读取gff文件的工具,可以实现gff文件转换为gtf文件,用法如下 gffread -T GCF_000001405.38_GRCh38.p12...transcript_id "rna0"; gene_id "gene0"; gene_name "DDX11L1"; gffread 生成的gtf文件中只提供了exon和CDS这两种类型的结构信息,第九列的属性也只有...CDS 3. start_codon 4. stop_codon 5. transcript 虽然区间的类型变多了,但是属性的问题和gffread是一样的,除了gene_name属性有价值外
from pyranges import PyRanges read_gtf_full("example02.gtf") example02.gtf文件的内容 ##gff-version 3 # gffread...v0.12.7 # gffread -E --keep-genes /mnt/shared/scratch/wguo/barkeRTD/stringtie/B1/Stringtie_B1.gtf -o
不需要用gffread进行转化。 3).gffread的安装和使用。...$ conda install -c bioconda gffread #GFF转换GTF $ gffread input.gff3 -T -o out.gtf #GTF转换GFF3 $ gffread
dna.primary_assembly.fa.gz -O GRCh38.gtf.gz gunzip -c GRCh38.fa.gz >GRCh38.fa gunzip -c GRCh38.gtf.gz >GRCh38.gtf # 获取cDNA序列 gffread...GRCh38.gtf -g GRCh38.fa -w GRCh38.transcript.fa.tmp # gffread生成的fasta文件同时包含基因名字和转录本名字 grep '>' GRCh38
前面的流程我使用的是 hisat2比对 samtools sam bam 格式转换 stringtie组装转录本 gffcompare and gffread提取转录本 salmon进行转录本定量 最后获得
/data/msu_rice# 下载相应genome,cds,protein文件和gtf文件到该文件夹# 利用gffread 把gff转换为gtf# 重命名如下data/msu_rice/├── cds.fa...首先要把gtf文件(如果是gff文件需要先用gffread转换成gtf文件)转换为genepred文件,转换的工具是gtfToGenePred,要想用这个软件,得先安装kentUtils。...# 转换 msu文件gffread genes.gff3 -T -o msu.gtfgtfToGenePred -genePredExt msu.gtf msu_refGene.txt 接下来是生成mRNA
gffread GRCh38.gtf -g GRCh38.fa -w GRCh38.transcript.fa.tmp # gffread生成的fasta文件同时包含基因名字和转录本名字 grep '...ARGIND==1{id1[$1]=1}ARGIND==2{if(id1[$1]==1) print $0}' GRCh38_tmp.seqid GRCh38.gtf >GRCh38_tmp.gtf gffread
以上图片来源于论文 GFF Utilities: GffRead and GffCompare 长链非编码RNA通常是选择class_code为u/x/i,比如论文 Global identification
Linux 文件系统 目录 说明 bin 存放二进制可执行文件 sbin 存放二进制可执行文件,只有 root 才能访问 boot 存放用于系统引导时使用的各种文件 dev 用于存放设备文件 etc...是超级管理员 localhost 表示主机名 ~ 表示当前目录(家目录),其中超级管理员家目录为 /root,普通用户家目录为 /home/chan $ 表示普通用户提示符,# 表示超级管理员提示符 Linux...test.tar.gz 文件搜索命令 locate:在后台数据库搜索文件 updatedb:更新后台数据库 whereis:搜索系统命令所在位置 which:搜索命令所在路径及别名 find:搜索文件或文件夹 用户和组 Linux
wget http://ftp.ensembl.org/pub/release-75/gtf/homo_sapiens/Homo_sapiens.GRCh37.75. gtf.gz 或者通过 gffread...#gff2gtf gffread my.gff3 -T -o my.gtf #gtf2gff gffread merged.gtf -o- > merged.gff3 写在最后:有时间我们会努力更新的
# 先安装conda并且配置镜像 wget -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86..._64.sh bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh # (一系列互动设置) source ~/.bashrc # (安装好的conda必须启动) conda...bioconductor-tximeta=1.2.2 - bioconductor-summarizedexperiment=1.14.0 - deeptools=3.3.1 - fastqc=0.11.8 - gffread
Linux文件操作 Linux中,一切皆文件(网络设备除外)。 硬件设备也“是”文件,通过文件来使用设备。 目录(文件夹)也是一种文件。...boot:这里存放的是启动Linux时使用的一些核心文件,包括一些连接文件和镜像文件。...deb:deb是Device(设备)的缩写,该目录下存放的是Linux的外部设备,在Linux中访问设备的方式和访问文件的方式是相同的。...系统会自动识别一些设备,例如U盘、光驱等,当识别后,Linux会把识别的设备挂载到这个目录下。...---- Linux文件的操作方式 文件描述符fd fd是一个大于等于0的整数。 每打开一个文件,就创建一个文件描述符,通过文件描述符来操作文件。
v4.gff3 > V4.bedpython -m jcvi.formats.gff bed --type=mRNA --key=ID sorted.gff > sorted.bed##cds文件gffread
相信很多在linux平台工作的童鞋, 都很熟悉管道符 '|', 通过它, 我们能够很灵活的将几种不同的命令协同起来完成一件任务.就好像下面的命令: echo 123 | awk '{print $0+123...EAGAIN 如果所有管道写端对应的文件描述符被关闭,则read返回0 如果所有管道读端对应的文件描述符被关闭,则write操作会产生信号SIGPIPE 当要写入的数据量不大于PIPE_BUF时,linux...当要写入的数据量大于PIPE_BUF时,linux将不再保证写入的原子性。
一、Linux下的用户分类 在Linux下,有两种用户,一种是超级用户,一种是普通用户 超级用户:可以再linux系统下做任何事情,不受权限限制(制定规则,但不需要遵守规则) 普通用户:在linux...2、Linux中的所有用户都要有自己的密码,无论是root还是普通用户,并且root的密码和普通用户的密码尽量不要一样!!...二、Linux权限的概念 什么叫做权限呢??通俗一点说就是一件事情是否允许你做! ...后缀无意义但需要 Linux系统中,文件名后缀没有没有直接的意义。 ...所以Linux中的文件是否需要使用后缀,具体看用户的需求!!
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