未整理 hg ci -m "close branch" -- close-branch //关闭某个分支 hg branches 查看全部分支 hg update 分支名 切换分支 hg push...-b 分支名 只提交某个分支 hg tags 所有tag列表 hg tag tag名字 给代码库打tag hg log -l 2 -v 查看log, 只显示前两行 hg diff -r 14 >...r14.patch 将当前版本和第14个log的差异写到r14.patch 文件中 hg strip -r 15 删除第15个之后的hg log hg patch r14.patch 将补丁做当前...log 创建新分支 hg branch test 创建test分支 hg commit -m "test branch" 提交分支到本地 hg push --new-branch 将新分支提交到远程仓库...使用分支 hg branch 查看当前分支 hg branches 查看当前所有分支 hg update test 切换当前分支到test hg update -r 版本号 切换到你指定的版本
漏洞简介 Mercurial(hg)是一种分布式版本控制系统，它与Git类似也可以用于管理代码的版本控制，如果Mercurial服务器的安全措施不当或用户不小心，可能会导致Mercurial源码的信息泄露的问题...： rip-svn.pl -v -u http://www.example.com/.svn/ CVS测试： rip-cvs.pl -v -u http://www.example.com/CVS/ HG...测试： rip-hg.pl -v -u http://www.example.com/.hg/ 漏洞案例 这里以CTFHUB中的一道题目为例进行演示说明： Step 1：访问靶场地址可以看到如下信息提示界面.../rip-hg.pl -u http://challenge-c39a63118b9bf1ae.sandbox.ctfhub.com:10800/.hg/ Step 3：之后从历史记录里寻找查看，在文件....hg/store/fncache中查看到flag的文件名为flag_88274161.txt，直接访问即可得flag——ctfhub{14921b837eee364167a5cc92} 防御措施
了解hg19和hg38参考基因组异同 需要知道hg38这个新版参考基因组到底进步在哪里。...1375 T_varscan.snp.Somatic 1071 d_varscan.snp.Somatic 1001 t_varscan.snp.Somatic 其中大写字母的文件代表是比对到了hg19...，小写字母的文件是我比对到hg38后跑varscan得到的。...可以看到，如果是比对到hg38参考基因组的，那么找到的变异位点要稍微少一点点，不过我意识到参考基因组的有一些是非染色体的片段，所以我重新看了看染色体个数分布情况。...hg38 hg19 chr hg38 hg19 chr 10 18 1 8 16 1 8 12 2 8 14 2 5 9 3 4 7 3 7 20 4 8 22 4 6 7 5 6 9 5
conda activate py3 conda install -c bioconda pyBigWig pip3 install CrossMap 进行参考基因组版本转换的命令如下： # 需要自行下载 hg19ToHg38....over.chain.gz test.snp.hg19.vcf \ ~/data/Homo_sapiens_assembly38.fasta test.snp.hg38.vcf 可以把snp和indel...的vcf文件都转换一下，然后拿到的转换好的文件如下： 1.3M Jul 8 05:16 test.indel.hg38.vcf 23K Jul 8 05:16 test.indel.hg38.vcf.unmap...1003K Jun 19 11:10 test.indel.vcf 13M Jul 8 05:18 test.snp.hg38.vcf 245K Jul 8 05:18 test.snp.hg38...进化到hg38的时候，不仅仅是片段的自然扩充，还包括一些以前组装顺序弄错了的片段的纠正。
背景 最近换了光纤，装了光猫，型号是HG220GS-U，软件版本E00L3.01。改光猫自带wifi功能，和路由器一样，经过简单的设置就可以上网了。...教程 在网上找了一圈，发现HG220的教程不少，但是HG220GS-U的基本没有。好多教程还设计了超级管理员权限的获取。 最后，决定试一下以下这个教程，详细的可以看链接。以防万一，在此简单记录。
如果你也是hg19和hg38傻傻的分不清，可以先看看我五年前的博客介绍： 首先是NCBI对应UCSC，然后对应ENSEMBL数据库： GRCh36 (hg18): ENSEMBL release_52....GRCh37 (hg19): ENSEMBL release_59/61/64/68/69/75....但是UCSC的版本就简单了，就hg18,19,38, 常用的是hg19，但是我推荐大家都转为hg38。看起来NCBI也是很简单，就 GRCh36,37,38。目前是没有hg39参考基因组的！...但是最近看到一个文献里面的关于转录组数据处理过程的描述居然就出现了hg39参考基因组，如下所示： ?...Genome_build: hg38 可以看到其实是一个乌龙，仅仅是文章作者自己写错了而已，并没有实际上使用hg39参考基因组。
建立本地仓库 hg init 3. 添加、删除、重命名文件 hg add xxx.v hg remove xxx.v hg rename xxx.v yyy.v 4....与远程仓库同步 hg pull # 远程->本地 hg push # 本地->远程 Tips： 当只想部分更新时（仅更新到指定版本），可以加参数-r REV，例如：hg pull -r 205。...查看状态 hg status # 查看状态 hg st # 可简写 hg st -q ....查看与远端服务器的差别 hg incoming # 只是看差别，不真正pull hg outgoing # 只是看差别，不真正push Tips： hg incoming -v用来查看远端改了哪些文件...查看更新记录 hg tip # 查看最新一次的提交 hg log -r # 版本号 hg log -l 2 # 只看最新的两个版本 hg log -v # 查看更新了哪些文件
登录工程帐号用户名：fiberhomehg2x0 密码：hg2x0，然后如下图所示开启telnet自定义填入用户名和密码。 ?
##bed to intervals_list cat ~/annotation/CCDS/human/exon_probe.hg38.gene.bed|awk '{print "chr"$0}' >...hg38.chr.bed java -jar ~/biosoft/picardtools/2.9.2/picard.jar BedToIntervalList \ I=hg38.chr.bed \ O....dict INDEX=/home/jianmingzeng/biosoft/GATK/resources/bundle/hg38/bwa_index/gatk_hg38 GATK=/home/jianmingzeng.../dbsnp_146.hg38.vcf.gz kgSNP=/home/jianmingzeng/biosoft/GATK/resources/bundle/hg38/1000G_phase1.snps.high_confidence.hg38....vcf.gz kgINDEL=/home/jianmingzeng/biosoft/GATK/resources/bundle/hg38/Mills_and_1000G_gold_standard.indels.hg38
-> HG_Trigger -> hg_op_id->callback(&hg_cb_info) 查询地址设置的回调 lookup_callback -> HG_Forward -> NA_Msg_send_unexpected..., HG_FALSE) state.hg_context = HG_Context_create(state.hg_class) state.save_rpc_id = MERCURY_REGISTER...ret = HG_Trigger(state.hg_context, 0, 1, &count) HG_Progress(state.hg_context, 100) ret = HG_Context_destroy.../server addrmain HG_Init HG_Addr_self HG_Addr_to_string HG_Context_create HG_Register_data do...(hg_context_t *context hg_bulk_transfer_na(hg_bulk_op_t op case HG_BULK_PULL: na_bulk_op = hg_bulk_na_get
方法如下： 1、华为HG8347R自带IP段是192.168.1.x段的，通过有线或无线登录管理界面192.168.1.1管理界面，出来的页面就是限制权限的管理页面。
作者：fenix@知道创宇404实验室 背 景 华为 HG532 系列路由器是一款为家庭和小型办公用户打造的高速无线路由器产品。...2017/11/27，Check Point 软件技术部门报告了一个华为 HG532 产品的远程命令执行漏洞(CVE-2017-17215) [1] https://research.checkpoint.com...漏 洞 分 析 固件下载 网上有 HG532e 版本的公开固件，下载地址：[2] https://ia601506.us.archive.org/22/items/RouterHG532e/router...%20HG532e.rar 下载该固件，利用 binwalk 直接解压。...值得一提的是，HG532e 路由器的 uPnP 服务和防火墙都是默认开启的，防火墙默认等级为低级。 ? 在默认设置下，从 WAN 口访问 37215 端口会被防火墙拦截，漏洞无法被利用。
2017/11/27，Check Point 软件技术部门报告了一个华为 HG532 产品的远程命令执行漏洞(CVE-2017-17215)【1】 。...[9e0a4748-3048-4235-aee1-7cd6981dd413.png-w331s] 漏洞分析 固件下载 网上有 HG532e 版本的公开固件，下载地址【2】 下载该固件，利用 binwalk...[6ea4158f-8fef-49db-bb97-3849e1d1b2ec.png-w331s] 值得一提的是，HG532e 路由器的 uPnP 服务和防火墙都是默认开启的，防火墙默认等级为低级。...参考链接 【1】 Check Point 漏洞报告 https://research.checkpoint.com/good-zero-day-skiddie/ 【2】 HG532e 固件下载...https://ia601506.us.archive.org/22/items/RouterHG532e/router%20HG532e.rar 【3】 爱尔兰宽带路由器 SetNTPServers
DSMB127 57360001-HG 基础设施组件的专利回程网络图片湍流反应流的可靠模拟仍然是一个科学挑战，领先的科研机构在这个课题上投入了大量的努力。
之前因为我家那个华为的光猫HG8120C是百兆猫，所以我就”联系”电信换了一个千兆的烽火HG2543C1 现在直接进入正文： 1.首先打开浏览器输入 PLAINTEXT 1 192.168.1.1:8080
/hg19" gtf="$HOME/reference/gtf/gencode/gencode.v25lift37.annotation.gtf" ;; hg38).../hg38/mm10" exit 1 ;; esac 其实我仅仅是给出来了 hg19/hg38/mm10 这样的3个选项而已。...Linux(2019更新版)》 Linux的6个阶段也跨越过去 ，一般来说，每个阶段都需要至少一天以上的学习： 第1阶段：把linux系统玩得跟Windows或者MacOS那样的桌面操作系统一样顺畅，主要目的就是去可视化...第3阶段：元字符，通配符及shell中的各种扩展，从此linux操作不再神秘！ 第4阶段：高级目录管理：软硬链接，绝对路径和相对路径，环境变量。 第5阶段：任务提交及批处理，脚本编写解放你的双手。...第6阶段：软件安装及conda管理，让linux系统实用性放飞自我。
环境配置 这里使用Linux系统，使用PRSice-2.0 软件。...首先把数据放到Linux系统中，把可执行文件PRSice软件放到同一个文件夹中： 「注意，本操作也可以用windows系统实现，需要下载对应的PRSice-2.0 的windows版本！」...25.022827 0 HG00097 24.853638 0 HG00099 23.689295 0 HG00100 27.016203 0 HG00101 21.461624 0 HG00102...20.673635 0 HG00103 25.71508 0 HG00104 25.252243 0 HG00106 22.765049 4..../PRSice_linux --base BMI.txt --target 1kg_hm3_qc --snp MarkerName --A1 A1 --A2 A2 --stat Beta --pvalue
可从gencode中根据自己的需要下载hg38或者hg19版本的人类基因组注释文件(文章中以hg38为例)。...也可以直接在服务器的Linux系统中进行ftp下载。 本地下载： ? ftp下载： ?...在Linux系统中输入下面的代码，得到hg38版本的人类蛋白编码基因的位置坐标： zcat gencode.v34.annotation.gtf.gz | grep protein_coding...\";/; print "$F[0]\t$F[3]\t$F[4]\t$1" }' >protein_coding.hg38.position 第四步：在Linux系统中将自己待处理的bed格式文件转换为...第五步：在Linux系统中利用bedtools得到包含染色体位置坐标的蛋白编码基因。
对于同一个物种而言，会存在不同的基因组组装版本，以human为例，UCSC有以下多个版本 hg38/GRCH38 hg19/GRCH19 hg18/NCBI18 由于版本太多，这里就没有一一列举完，完整的列表可以查看以下链接...的vcf文件，参考基因组也必须是hg19。...命令行版本集成在UCSC Utilities工具集中，linux版本的链接如下 http://hgdownload.soe.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64.v385/liftOver...对应的文件如下 http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg19/liftOver/ ?...liftover的基本用法如下 liftOver hg19.bed hg19ToHg38.over.chain.gz map.bed unmap.bed 第一个参数为输入的bed文件，格式为bed3,
/SRR11178348_dedup_split.bam \ --known-sites ~/reference/linux/gatk/GRCh38/1000G_phase1.snps.high_confidence.hg38....vcf \ --known-sites ~/reference/linux/gatk/GRCh38/dbsnp_146.hg38.vcf \ --known-sites ~/reference/linux.../reference/linux/gatk/GRCh38/1000G_omni2.5.hg38.vcf \ -resource:1000G,known=false,training=true,truth...=false,prior=10.0 ~/reference/linux/gatk/GRCh38/1000G_phase1.snps.high_confidence.hg38.vcf \ -resource...:dbsnp,known=true,training=false,truth=false,prior=6.0 ~/reference/linux/gatk/GRCh38/dbsnp_146.hg38.vcf
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