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在 Linux 上使用 Pigz 更快地压缩文件，真的快！

Pigz是一款快速压缩文件的工具，它能够使用多个CPU核心进行压缩，使得压缩速度得到了极大的提升。在本文中，我们将介绍如何在Linux上使用Pigz来更快地压缩文件。...安装Pigz 在开始使用Pigz之前，我们需要先安装它。在大多数Linux发行版中，Pigz可以通过包管理器来安装。...例如，在Ubuntu中，可以使用以下命令来安装Pigz： sudo apt-get install pigz 输出：图片安装完成后，您可以使用以下命令来检查Pigz是否正确安装： pigz --version...输出：图片如果输出了Pigz的版本信息，说明Pigz已经成功安装。...压缩文件要使用Pigz压缩文件，可以使用以下命令： pigz 文件名例如，要压缩名为wljslmz.txt的文件，可以使用以下命令： pigz wljslmz.txt 输出：图片 Pigz将会在同一目录下生成一个名为

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高效解压缩压缩工具pigz

什么是pigz？pigz(Parallel Implementation of GZip)是gzip的并行实现版本，它能够利用多核处理器的优势，显著加快压缩和解压缩的速度。...在当今多核CPU普及的环境下，pigz相比传统的gzip能够提供数倍的性能提升。pigz工作原理基本架构pigz的核心思想是将压缩任务分解成多个独立的块，然后在不同的处理器核心上并行处理这些块。...使用样例基本压缩操作# 压缩单个文件pigz filename.txt# 压缩并保留原文件pigz -k filename.txt# 指定压缩级别pigz -9 largefile.iso# 使用所有可用核心...pigz -p $(nproc) bigfile.tar解压缩操作# 解压缩文件pigz -d filename.txt.gz# 解压缩并保留压缩文件pigz -dk filename.txt.gz高级用法...# 结合tar进行目录压缩tar cf - directory/ | pigz > directory.tar.gz# 列出压缩文件信息pigz -l archive.gz# 测试压缩文件完整性pigz

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给TAR命令提提速

给tar命令提速：如何提升压缩与解压效率tar（tape archive）命令是Linux/Unix系统中最常用的打包工具之一。它可以将多个文件和目录打包成一个单一的归档文件，方便存储和传输。...在tar命令中，可以使用-I选项指定使用pigz。...，这里使用pigz来替代默认的gzip。...| pigz：通过管道将打包结果传递给pigz进行压缩。此命令将目录/path/to/directory打包并通过pigz进行压缩，最终生成archive.tar.gz文件。...使用pigz工具可以显著加速压缩和解压过程。pigz**加速**：通过使用pigz（并行gzip），可以有效利用多核CPU提高压缩和解压的速度。我们可以在tar命令中结合pigz来加速操作。

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从NT_NR数据库中提取子库

names.dmp和nodes.dmp两个文件很重要，是后续提取子库的基础 2 下载NCBI的TaxonKit软件，http://bioinf.shenwei.me/taxonkit/download/，linux...也可一并cp到~/.taxonkit下 cp taxdump/* ~/.taxonkit 3 下载NCBI的csvtk软件，http://bioinf.shenwei.me/csvtk/download/，linux...采取这种方法提取的子库序列往往出乎意料的少，很可能是该库的accession与NT/NR库的accession不一致，前者可能冗余更多，因此该方法可忽略，见仁见智吧，下面给个例子，例如： #从taxonomy数据库中的...nucl_wgs.accession2taxid提取accession号 pigz -dc prot.accession2taxid.gz \ | csvtk grep -t -f taxid -P $...这种从NT库中还原的nt.fa序列里面有很多重复的头文件，例如所以使用的话，还需要写个perl把这些序列拆开，最终形成nt.anmail.fa.gz 8 如果直接想构建子库，那么没必要搞序列，直接运行

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linux30-文件压缩与解压缩命令

因此在linux 编辑的文本，在windows 显示会是没有换行的。...$ unzip -q shiyanlou.zip -d ziptest 参数-l 不会解压，只会输出zip 中的文件。...gzip -d SRR1039510_1.fastq.gz 参考：详解pigz使用方法-良许Linux教程网[1]还有有个多线程的gzip 工具，pigz，常用参数如下： -p n: 压缩时使用的核心数量...taz tb2 tbz tbz2 tgz tlz txz xpi xz zip zst zstd dtrx 的重要选项包括： -l：列出存档中的文件...参考资料 [1] 详解pigz使用方法-良许Linux教程网: https://www.lxlinux.net/4877.html [2] dtrx: 懒人的存档提取之道 · LinuxTOY: https

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解决国产系统 Docker 拉取大镜像卡顿之谜

Version: 4.19.90-2211.5.0.0178.22.uel20.aarch64 Operating System: UnionTech OS Server 20 OSType: linux...File Descriptors: 29 Goroutines: 46 System Time: 2023-04-12T16:10:25.33362426+08:00 $ uname -a Linux...BUG_REPORT_URL="https://bbs.chinauos.com/" VERSION_CODENAME=fuyu PLATFORM_ID="platform:uel20" 排查卡住的过程中，...-2.4-7.uel20.01.aarch64 $ rpm -V pigz # -V 查看包也没被修改注意看其中有个 env 设置不使用 PIGZ 而是使用 gzip，然后启动 Docker Daemon...--debug 后续 UOS 这个系统需要授权才能使用 yum 安装升级，访问 repo 里的 url 会报错 401，让客户联系 UOS 厂商升级 pigz 包发现是最新的版本，只能使用 MOBY_DISABLE_PIGZ

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Ubuntu Server下Docker实战 01: 安装Docker

添加密钥 curl -fsSL https://download.docker.com/linux/ubuntu/gpg | sudo apt-key add - sudo apt-key fingerprint...添加docker源仓库 sudo add-apt-repository "deb [arch=amd64] https://download.docker.com/linux/ubuntu $(lsb_release...[Y/n] Get:1 https://download.docker.com/linux/ubuntu bionic/stable amd64 docker-ce amd64 18.06.1~ce~3.../archives/pigz_2.4-1_amd64.deb ... Unpacking pigz (2.4-1) ......Setting up pigz (2.4-1) ... Setting up docker-ce (18.06.1~ce~3-0~ubuntu) ...

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【Docker】Linux安装Docker（极简版）

概览整个配置大致分为下面的步骤：检查LInux内核版本，不能太老root权限更新yum清理旧版本。更换Docker镜像地址安装Docker1....检查Linux内核版本建议使用centerOs 7.9 以上的版本，内核基本上可以满足Docker的需求。...清理旧版本如果之前Linux安装过Docker，则需要先进行卸载。...--add-repo http://mirrors.aliyun.com/docker-ce/linux/centos/docker-ce.repo5....libtool-ltdl.x86_64 0:2.4.2-22.el7_3 pigz.x86

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Install Rancher 1

0 root@rancher:~# Tip: 报 sudo: unable to resolve host rancher 是 hosts 文件中没有加入 rancher 的解析，加到 127.0.0.1...1.1ubuntu1 [92.9 kB] Fetched 92.9 kB in 1s (65.2 kB/s) Selecting previously unselected package pigz.../pigz_2.3.1-2_amd64.deb ... Unpacking pigz (2.3.1-2) ......Setting up pigz (2.3.1-2) ... Setting up aufs-tools (1:3.2+20130722-1.1ubuntu1) ......Done The following package was automatically installed and is no longer required: pigz Use 'sudo apt

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从NT_NR数据库中提取子库

names.dmp和nodes.dmp两个文件很重要，是后续提取子库的基础 2下载NCBI的TaxonKit软件，http://bioinf.shenwei.me/taxonkit/download/，linux...也可一并cp到~/.taxonkit下 cp taxdump/* ~/.taxonkit 3下载NCBI的csvtk软件，http://bioinf.shenwei.me/csvtk/download/，linux...采取这种方法提取的子库序列往往出乎意料的少，很可能是该库的accession与NT/NR库的accession不一致，前者可能冗余更多，因此该方法可忽略，见仁见智吧，下面给个例子，例如： #从taxonomy数据库中的...nucl_wgs.accession2taxid提取accession号 pigz -dc prot.accession2taxid.gz \ | csvtk grep -t -f taxid -P $...这种从NT库中还原的nt.fa序列里面有很多重复的头文件，例如所以使用的话，还需要写个perl把这些序列拆开，最终形成nt.anmail.fa.gz 8 如果直接想构建子库，那么没必要搞序列，直接运行

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linux中wq(linux a)

Linux ESC :wq 和:wq!的区别 Linux ESC:wq 和:wq!...的区别发布者：IT人在线｜发表时间：2018-12-4 17:20:43 Linux ESC :wq esc(键退出)->:(符号输入)->wq(保存退出) wq(存盘并退出 write%quite

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传输 40GB 的源代码巨大导致极其缓慢的解决办法！

pigz(ParallelGzip)可以利用服务器的所有CPU核心进行并行压缩，速度通常是zip或普通tar+gzip的10倍以上。...比pigz更现代。...在Windows的终端（WSL或GitBash）中运行：展开代码语言：BashAI代码解释#-a:归档模式(保留权限等)#-z:传输时压缩(对源代码非常有效，相当于边压边传)#-P:显示进度并支持断点续传...需要你在Windows上使用支持命令行的SSH客户端（如PowerShell中的ssh，或者GitBash）。...总结建议首选方案：方案一(Pigz)。先在服务器用pigz压成一个大包，速度飞快。然后用支持断点续传的下载工具（如FileZilla,IDM,或者rsync-P）把这个大包拖下来。

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RNA-seq入门实战（一）：上游数据下载、格式转化和质控清洗

CPM 的转化获取基因有效长度的N种方下面是他对我们b站转录组视频课程的详细笔记本节概览： 1.在文章中找到 GEO accession number, 从NCBI获取数据SRR号 2.在linux...中使用prefetch命令根据SRR号下载SRA文件 3.使用fasterq-dump/fastq-dump命令将SRA文件转为FASTQ格式，pigz软件多线程压缩（可选） 4.使用fastqc和multiqc...进行测序数据的质控查看5.使用trim-galore去除低质量碱基和接头承接上节RNA-seq入门实战（零）：RNA-seq流程前的准备——Linux与R的环境创建一、从NCBI获取数据SRR号数据的文章来源...进入NCBI官网搜索GSE154290，选择相应结果进入找到Supplementary file 下的SRA Run Select选项 Common Fields下介绍了数据的基本信息，例如表中的...fasterq-dump命令转化格式为fastq，之后用pigz软件多线程压缩为.gz文件节省空间（可略过），再用fastqc和multiqc进行原始数据的质控和质控汇总~ fasterq-dump/

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Nr数据库子库构建

Nr数据库，全称为Non-RedundantProtein Sequence Database，即包含了GenPept、Swissprot、PIR、PDF、PDB以及RefSeq Database中序列的蛋白质数据库...tar -zxvf ncbi-blast-2.12.0+-x64-linux.tar.gz echo 'PATH=your_path/blast/ncbi-blast-2.12.0+/bin:$PATH...2.提取对应类群序列，自行进行构建本地nr数据库子库方法1： blastdbcmd -db nr -entry_batch sequence.seq -out - | pigz -c > blastdbcmd.nr....3193.fa.gz 方法2： # 提取preformatted nr数据库中的所有序列 blastdbcmd -db nr -dbtype prot -entry all -outfmt "%f"...-out - | pigz -c > nr.fa.gz time cat pigz -dc nr.fa.gz) \ | perl -e 'BEGIN{ $/ = "\n>"

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SRA数据几种常用的下载方法

或直接复制6个SRR到服务器的文本中。...示例中，数据量较少，可以直接通过以下命令串行下载。...}.fastq ${id}.sra";echo "pigz -p 8 -f ..../${id}_1.fastq";echo "pigz -p 8 -f ....中运行即可。

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Linux—Linux中的权限管理

前言在Linux系统中，权限管理是系统安全和资源管控的基石。...Shell对于Linux具有相同的作用，主要是对我们的指令进行解析，解析指令给Linux内核，反馈结果再通过内核运行出结果，通过Shell解析给用户。...二、Linux中的权限概念在Linux下有两种用户，分别是超级用户（root）和普通用户。...三、Linux中的权限管理 1、文件访问者的分类（人）对于用户来说，权限可以将用户分为三大类：文件和文件目录的所有者（文件拥有者）。文件拥有者所在的组的用户（文件所属组）。...可读权限：如果用户没有该目录的可读权限，则无法通过ls指令查看目录中的文件内容。可写权限：如果用户没有该目录的可写权限，则无法通过一系列指令在目录中创建文件或删除文件。

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如何在 Ubuntu 20.04 上安装和使用 Docker

Docker 在标准的 Ubuntu 20.04 软件源中可用，但是可能不是最新的版本。我们将会从 Docker 的官方软件源中安装最新的 Docker 软件包。.../ubuntu $(lsb_release -cs) stable" 现在，Docker 软件源被启用了，你可以安装软件源中任何可用的 Docker 版本。...在写作这篇文章的时候，在官方 Docker 软件源中只有一个 Docker 版本（5:19.03.9~3-0~ubuntu-focal）可用： docker-ce/focal 5:19.03.9~3-0...它是一个云端服务，主要用来储存公有和私有源中的 Docker 镜像。...准备解压 .../0-pigz_2.4-1_amd64.deb ... 正在解压 pigz (2.4-1) ... 正在选中未选择的软件包 containerd.io。

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【Linux】关于Linux中的权限

而Linux的文件类型和后缀无关（后缀名可以作为提示，用户可以使用后缀区分文件类型），但是对linux来说区分文件和文件本身的后缀是无关的（但是gcc等工具对文件后缀可能有要求）。...开始之前，我们输入ll指令，来看看前面10个字符代表什么意思：在linux中，是通过ll显示的众多属性列中的第一列的第一个字符来区分文件类型的。...则无法用ls等命令查看目录中的文件内容....可写权限: 如果目录没有可写权限, 则无法在目录中创建文件, 也无法在目录中删除文件所以这也是为什么系统规定目录的起始权限从777开始，所有的目录被创建出来，一般都要能够被进入换句话来讲, 就是只要用户具有目录的写权限..., 用户就可以删除目录中的文件, 而不论这个用户是否有这个文件的写权限。

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【Linux技术】linux中查看pyt

方法1：whereis python 查看所有python的路径，不止一个方法2：which python 查看当前使用的python路径

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使用xtrabackup完成远程备份转

I suggest using pigz for compression over gzip as pigz can use multiple processors....So if possible, install pigz on A at DC1 ( google pigz ) We are also going to make use of the "stream...At DC1 on A I run: innobackupex --user=username --password=password --stream=tar ./ | pigz | nc -l 1234...could also just send the file like: innobackupex --user=username --password=password --stream=tar ./ | pigz

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在 Linux 上使用 Pigz 更快地压缩文件，真的快！

高效解压缩压缩工具pigz

给TAR命令提提速

从NT_NR数据库中提取子库

linux30-文件压缩与解压缩命令

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Ubuntu Server下Docker实战 01: 安装Docker

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Install Rancher 1

从NT_NR数据库中提取子库

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传输 40GB 的源代码巨大导致极其缓慢的解决办法！

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Nr数据库子库构建

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