blast+本地化的构建对于流程化处理大量数据序列很方便,blast+是将blast模块化,分为了蛋白质序列比对蛋白数据库(blastp)、核酸序列比对核酸数据库(blastn)、核酸序列比对蛋白质数据库.../blast/executables/blast+/LATEST 得到最新版本的blast+压缩包:ncbi-blast-2.9.0+-x64-win64.tar.gz 对安装包进行解压: [wangh...@master Softbacks]$ tar -zxvf ncbi-blast-2.9.0+-x64-linux.tar.gz [wangh@master Softbacks]$ cd ncbi-blast...-2.9.0+ [wangh@master ncbi-blast-2.9.0+]$ vim ~/.bashrc # 对blast+进行环境配置,进入变量配置环境中后,按i或者o切换到插入(编辑模式下)输入下列路径...# ncbi-blast export PATH=/path/ncbi-blast-2.9.0+/bin/:$PATH #######按Esc键退出编辑环境,再输入 :wq 命令进行写入保存(w)
主要的BLAST程序有以下几种: BLAST的在线版https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi可以方便的进行单一的同源性序列搜索,但是不方便进行大批量的数据操作,...接下来小编就要教大家如何建立本地的BLAST数据库。 基于BLAST优秀的算法,BLAST程序可以轻松的在普通的个人电脑中运行。...BLAST程序的官方下载地址:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST 在网页中我们可以看到很多文件,其中*.md5是效验文件...,我们可以忽略它,现在一般是x64的操作系统,我们可以根据自己的电脑系统,下载x64的win或Linux或macosx版本。...R 输入cmd命令,再通过cd 命令进入当前的bin 文件夹,或者直接在bin文件夹内按住shift和鼠标右键,选择在此文件夹打开命令提示符 我们通过makeblastad -help命令,查看创建本地数据库的帮助文件
Blast2go本地化教程网上也有不少,但是都是13年之前的,由于最近有这个需求,我也重新收集了下资料,然后整理了下: 主要参考: http://blog.shenwei.me/local-blast2go-installation...GO: 基因本体论注释数据库 这里我们就讲解如何本地化Blast2go完成蛋白序列到GO数据库的注释。...(名字随意),解压上述文件,并将所有文件都放到blast2go目录下,然后cd到blast2go目录下,进行后续操作,文件总共有这几个: b2gdb.sql b2gdb.sql~ gene2accession...TO 'blast2go'@'localhost' IDENTIFIED BY 'blast4it';" mysql -u root -p password -e "FLUSH PRIVILEGES;"...blast2go blast4it 测试 理论上,上述的步骤都没报错的话,下面的测试肯定没问题的 下载官网的测试例子https://blast2go.com/data/blast2go/b2g4pipe_v2.5
本地 BLAST 不受网速、序列数目的限制,能够快速、准确地进行序列比对。...2009年 7 月,NCBI 发布了 BLAST 升级版——BLAST+,BLAST+使用了 BLAST 的核心算法,延续了 BLAST 的优势功能,发展并增强了如 BLAST 的 fastacmd 程序...BLAST+是一个全新设计的程序,在性能以及易用性上均有了很大提高,清晰的模块化将会极大地提高维护者的效率。NCBI 官方也强烈推荐用户放弃 BLAST,使用 BLAST+工具。...数据库 四、blast 数据库 4.1 NCBI blast 数据库 blast 比对需要建立索引,索引 index,是目录的意思。...网址:https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi 计算资源有限。
一、物种鉴定 当拿到一条未知序列时,可以直接与 ncbi nt 库或者 nr 库进行 blast 比对,鉴定未知序列。...将两个基因集氨基酸序列进行 blast 比对,将比对上的序列 ID 筛选出来。...相比于 blast程序,具有以下特点。...install -y diamond #现在预编译程序 wget http://github.com/bbuchfink/diamond/releases/download/v2.0.13/diamond-linux64.... tar.gz tar xzf diamond-linux64.tar.gz 2 选项参数 https://github.com/bbuchfink/diamond/wiki/3.
背景介绍 blast+:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/LATEST blast db:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast.../db README:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/README 通过查看 README,我们知道 nt 和 nr 库的内容:nr 是蛋白库(非冗余的),nt...下载 blast 库 BLAST+程序包中提供了一个脚本update_blastdb.pl可以方便地下载 blast 数据库。...ascp -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh -l 100M -k 1 -T anonftp@ftp.ncbi.nlm.nih.gov:/blast...111 76 186 1.92e-49 206 real 0m15.609s user 1m17.647s sys 0m31.350s 本地
下面是100个lncRNA组装流程的软件的笔记教程 BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) 是我们常用的短序列比对工具,直接输入fastq格式的序列文件就可进行比对...BLAST has many subtle functions that most users never need....一、软件安装 使用conda安装 conda install blast 二、blast类型 ? 三、blast的用法 1. 本地BLAST的基本步骤 1....用makeblastdb为BLAST提供数据库 2. 选择blast工具,blastn,blastp 3. 运行工具,有必要的还可以对输出结果进行修饰 2....建立检索所需数据库 BLAST数据库分为两类,核酸数据库和氨基酸数据库,可以用makeblastbd创建。可以用help参数简单看下说明。 ?
1、创建本地blast库 平常来说,我们使用NCBI的在线blast功能就能解决绝大多数问题。但是,当我们有大量序列需要对比时,在线查找已经不能满足我们。因此,我们需要构建一个本地blast库。...1.1、安装ncbi-blast+ NCBI的本地blast软件已经构建的非常好了,只需要下载就可以直接使用。...## 下载安装包 wget https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/LATEST/ncbi-blast-2.11.0+-x64-linux.tar.gz...tar zxvf ncbi-blast-2.11.0+-x64-linux.tar.gz ## 解压 mv ncbi-blast-2.11.0+ ~/biosoft/blast/ ## 移动到自己常用的软件目录并改名...本文部分代码及思路来自以下文章,在此致谢 《使用本地nt数据库对reads和Trinity结果进行blast》——周小钊【简书】 《Linux系统中NCBI BLAST+本地化教程》——不知道怎么取名字
之前看论文从全基因组重测序数据中提取叶绿体的reads会使用blast,自己一直在想如何具体实施,原来blast有一款工具专门在做这个事情的 —— Magic-Blast Magic-Blast is...The reference genome or teanscriptome can be given as a Blast database or a Fasta file. it is preferable...to use Blast database for large genomes, such as human, or transcript collections....论文题目、发表期刊及发表时间 Magic-BLAST, an accurate DNA and RNA-seq aligned for long and short reads 好像还没有发表,自己是在.../ 介绍 https://ncbi.github.io/magicblast/ 帮助文档 下载地址 ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/magicblast
我们在获取到webshell之后,经常会遇到Linux的操作系统,这是我们需要对Linux系统本地的敏感资源进行信息收集,下面就是一些有用的信息获取方式。...获取内核,操作系统和设备信息 命令 作用 uname -a 打印所有可用的系统信息 uname -r 内核版本信息 uname -n 系统主机名字 hostname 主机名 uname -m Linux...network/interfaces 列出网络接口信息 arp -a 查看系统arp表 route 打印如有信息 cat /etc/resolv.conf 查看dns配置信息 netstat -an 打印本地端口开放信息...program_name% 查找有用的软件 which %program_name% 查找有用的软件 cat /etc/apache2/envvars 查看运行apache的帐号 总结 这些内容基本上包含了在linux
序列比对和序列特征分析总目录 网址:https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi 运行方式:本地或web ---- 基本的BLAST工具包括: ?...所以 NCBI提供了本地化安装的blast软件包,这样就可以构建自己的数据库,提高同源性分析的准确性和一致性。...-2.8.1+-x64-linux.tar.gz’ saved [241992963] 接下来解压缩 $ tar -xzvf ncbi-blast-2.8.1+-x64-linux.tar.gz $ rm...ncbi-blast-2.8.1+-x64-linux.tar.gz $ mv ncbi-blast-2.8.1+/ blast $ cd blast $ cd bin $ ls 可执行文件显示如下...手册《BLAST Command Line Applications User Manual》 2.1本地建库 第1️⃣:NCBI下载nt和nr库文件到本地 BLAST database 获取blast
我们做本地中运行BLAST后,往往会得到以文字形式的BLAST结果。如果我们需要查看比对的确切结果,这会给我们带来一定的烦恼。...今天给大家介绍一个网页based的可视化BLAST结果的小工具:Kablammo简介Kablammo可以让你您从Web浏览器创建BLAST结果,并进行交互式可视化。并且你不需要安装任何软件。...实例操作 BLAST的一些基本参数 首先,先介绍一下BLAST结果里面一些名称。Query就是一段你所感兴趣的DNA或者RNA序列,用以搜索的目标序列。(例子,某些生物的基因序列)。...该比对,是经过BLAST的算法后得出的,query至少会有部分序列比对到subjects的序列上。如上图,在query和subjects中,就有两段能够比对上的片段。...可视化BLAST的结果接着就是重头戏,如何进行可视化BLAST的结果。首先,你可以移动鼠标,然后点击到其中一段的比对。
BLAST采用一种局部的算法获得两个序列中具有相似性的序列,能迅速与公开数据库进行相似性序列比较,BLAST结果中的得分是对一种对相似性的统计说明。...BLAST是免费软件,除了在线比对检索服务,也可以从NCBI文件服务器上下载获得本地版本。...本地运行须有BLAST格式的数据库,常用的有NCBI的DNA数据库(nt)和蛋白质数据库(nr),均可从NCBI官网下载。...此外,也可以使用任意数据库序列文件通过BLAST提供的格式转换工具由其他格式序列文件转换而得到,如下所示: 软件下载地址:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables...BLAST XML2, 15 = Single-file BLAST JSON, 16 = Single-file BLAST XML2, 18 = Organism Report
工具提供 网页版(online visualization tool) http://tools.bat.infspire.org/circoletto/ 本地版(software package for...offline use) https://github.com/infspiredBAT/Circoletto 各有优缺点:网页版对上传文件大小有限制,最大文件20M;本地版安装依赖Bioperl,Blast...暂时先不尝试本地版。 最简单的用法:直接上传Blast结果,然后点运行就可以(输出结果png或者svg格式可选) 网页版提供一个Blast的输出结果作为例子,下载下来上传运行,结果 ?...自己运行blast,然后上传结果 #构建数据库 makeblastdb -in database.fasta -dbtype nucl -parse_seqids -out database_name
今天有同学问我LULU的第一步blast的问题,我看他用的blast的命令比较奇怪,一问才知他用rBLAST这个包跑的blast。简单看了一下用法mark一下。...mhahsler/rBLAST library(devtools) devtools::install_github("mhahsler/rBLAST") library(rBLAST) ##需要自己下载blast...#寻找本地可用的blast Sys.which("blastn") #如果找不到需要自己设置环境变量 Sys.setenv(PATH = paste(Sys.getenv("PATH"), "path_to_BLAST...file.path(dir, "seqs.fasta"), dbtype = "nucl", args="") #dbtype:"nucl" or "prot" #args:其他参数 ## 加载数据库 bl <- blast
前言 内网环境搭建本地yum仓库 步骤 创建本地仓库 最好是创建一个ftp的服务器,来存放rpm的安装包,这样所有内网,其他只需将baseurl修改为ftp:///rpm存放的位置即可
软件说明 linux系统:CentOS-6.7 系统镜像:CentOS-6.7-x86_64-bin-DVD1.iso、CentOS-6.7-x86_64-bin-DVD2.iso 1....在Linux中,一切皆文件,所以用sr0来这个文件来表示DVD1这个设备,用sr1这个文件来表示DVD2这个设备,但是这两个代表设备的文件是不能直接打开来查看其中的内容的,需要挂载到指定的目录下,才能查看其中的内容...看到系统开始安装软件,说明本地yum源配置成功! 5....配置本地yum源的第二种方法 (1) 条件 系统中已经安装了httpd服务 启动httpd服务:service httpd start 设置httpd服务开机自启动:chkconfig httpd...其他说明 本地yum源使用iso镜像,其中有6575个常用的软件安装包,用yum repolist命令可以查看,但是还是会出现我们要安装的软件在该yum源中找不到的情况,这时候可以在/etc/yum.repos.d
struct tm *localtime(const time_t *timer)
操作之前准备好以下环境: VMWare Workstation SecureCRT CentOS-6.7-x86_64-minimal.iso //用来安装minimal版本的Linux虚拟机...CentOS-6.7-x86_64-bin-DVD1.iso //用来制作本地YUM源 YUM是什么?...YUM源可以简化我们在Linux上安装软件的过程,但是,我们的生产环境通常无法上网,不能连接外网的YUM源,所以,就无法使用yum命令安装软件。...为了在生产环境的内网中也可以使用YUM安装相关的软件,就要配置本地YUM源。...1.使用CentOS-6.7-x86_64-minimal.iso在VMWare上安装好Linux虚拟机,主机名设置为mini1,通过实体机的网络与共享中心菜单查看虚拟路由VMnet8的配置: ?
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