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转录组比对番外篇:aligner 与 mapping 区别

导读 考虑到在转录组比对时,有许多软件可以使用,但很少有介绍它们之间的差别。因此,本文主要介绍 STAR, KALLISTO, SALMON 之间的区别。 1....定义 STAR 是 aligner Kallisto/salmon 是 mapping 2. aligner vs. mapping 那么aligner 与 mapping的区别[1]是什么呢?...2.1. aligner 当我们比对一个 read 时,我们不仅要询问它可能在基因组中的位置,还要询问碱基与碱基的确切对应关系。...像 Kallisto 和 Salmon 这样的工具改变了这一点,因为它们可以将 reads 分配给基因/特征/任何东西,而无需查看精确的比对。...区别 3.1. STAR STAR[2] 是一款aligner。它的工作是找出每个测序读数在基因组中的位置,这就是(主要)它输出的内容 - 读数列表及其在基因组上的坐标(以 BAM 文件的形式)。

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    MySQL数据类型选择性能比对

    ---+ | Leshami | http://blog.csdn.net/leshami | +---------+------------------------------+ 二、基于无索引情形比对...表上统计信息,mysql统计信息不是很准确,如下图,基于bigint数据类型占用的磁盘你空间与char类型占用磁盘空间等同。...image.png 二、基于索引情形比对 下面为过滤条件列mobile添加索引列,观察性能表现 CREATE INDEX uk_mobile ON tb_char(mobile); CREATE...uk_mobile ON tb_bigint(mobile); 如下图所示,索引占用磁盘开销是bigint数据类型最小,基于索引查询的时间,三者相当 image.png 三、基于索引列分组聚合情形比对...为了更好比对性能,下面基于索引列进行分组以及聚合运算,可以看出依旧是bigint数据类型性能最佳 image.png 四、最终比对结果及结论 最终完整结果图: image.png

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    使用python实现MySQL表结构比对【初级版】

    使用Python写了个最基本的表结构比对告警脚本, 目前这个版本只能做到发现表结构存在差异的表。后续考虑再迭代下,看如何把差异的表和列的明细也报出来。...configs.py 内容如下: # MySQL数据源的信息 mysql_source_host = "localhost" mysql_source_port = "3306" mysql_source_user...dest_tb_set): # s1.add(i[0]) # 如果要全部都报出来,用下面这种写法 s1.add(i[0]) print('表结构(只比对了列和索引...,未包括字符集和排序集)检查完成,存在差异的表如下 ---> ', s1) else: print('表结构(只比对了列和索引,未包括字符集和排序集)检查完成,没有发现存在差异的表') stop_time...= time.time() time_dur = stop_time - start_time print(f"耗时 {time_dur} 秒") readme 内容如下: 上面程序里面,我们没有比对表中的字符集和排序集

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    MySQL数据类型选择性能比对详解

    ---+ | Leshami | http://blog.csdn.net/leshami | +---------+------------------------------+ 二、基于无索引情形比对...表上统计信息,MySQL统计信息不是很准确,如下图,基于bigint数据类型占用的磁盘你空间与char类型占用磁盘空间等同。...-- 下面执行以下三条SQL语句比对性能 SELECT * FROM tb_char WHERE mobile = '17998335908'; SELECT * FROM tb_varchar WHERE...二、基于索引情形比对 下面为过滤条件列mobile添加索引列,观察性能表现 CREATE INDEX uk_mobile ON tb_char(mobile); CREATE INDEX uk_mobile...为了更好比对性能,下面基于索引列进行分组以及聚合运算,可以看出依旧是bigint数据类型性能最佳 四、最终比对结果及结论 最终完整结果图: 结论: 1)满足需求的前提使用更小长度的数据类型(更少磁盘占用

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    oracle与mysql结构区别_oracle与mysql区别

    1、列类型区别 oracle:可变长度varchar2、浮点型number,小数浮点型number(m,n),可变二进制数据raw,大对象类型(存储无结构数据,最大4G)lob mysql:可变长度varchar...外键约束,CHECK 检查约束) oracle:多了CHECK(检查约束),eg:constraint gen_ch check(gender in (‘male’,’female’)) 3、序列(mysql...没有,因为mysql有自增AUTO_INCREMENT,而oracle需要新增序列seq然后再用seq.nextval来记录id) 4、同义词(别名) oracle:create synonym t for...dual; 6、列别名(oracle暂无) mysql:select column as c from table; 7、分页 oracle:虚拟列(rownum) mysql:select * from...user_ind_columns; mysql:show create table t; 9、事务(oracle不允许不用事务。

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    编程型比对仪帮助创建高度自动化加工单元

    该公司将FANUC机器人与Equator™比对仪进行集成,同时采用雷尼绍EZ-IO软件来提供易用而全面的通信功能,实现100%工件检测以及对双主轴Okuma 2SP-250车床的自动补偿。...今天,任何一家工厂都可以借助年轻一代自动化专家的聪明才智来充分挖掘新技术的潜力,Conroe公司就是一个明证:该公司的年轻数控程序员James Wardell和机器人技术员Jeff Buck围绕雷尼绍编程型...Equator比对仪开发出了相关应用程序和软件。...该自动化小组随后还为客户开发了一种无需人工操作的工件测量/分拣单元,将两台Equator比对仪、一台FANUC机器人、一套影像系统和一套小型多道传送系统组合在一起。...在这两种应用中,Equator比对仪无需使用任何夹具便能够快速、经济地测量一系列轴承座圈,同时还可克服工厂环境变化带来的影响,这充分证明了可编程比对检测的价值。

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    MySQL和Oracle区别

    二者在使用时的区别: 主键:   MySql一般使用自动增长类型,在创建表的时候只要指定表的主键为auto increment,插入记录时就不需要再为主键添加记录了,主键会自动增长。...分页查询:   这个应该是两者最明显的区别了,很多人都知道MySql中分页很简单,因为他有专门的关键字limit来实现分页查询;但是Oracle里面没有这种关键字来实现分页查询的,所以它实现起来就比MySql...oracle和mysql在创建表、更新表(增加、修改、删除字段)、删除表的区别与联系:         oracle:                创建表:                create...在用varchar(20)时,创建时会自动变成varchar2(20),varchar和varchar2没太大区别,建议使用varchar2  2.更新表时,在修改和删除多个字段时,两者还是有较大区别的...MYSQL自动增长的数据类型,插入记录时不用操作此字段,会自动获得数据值。

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    使用python实现MySQL和其他数据源的数据比对

    日常工作有时候需要比对不同MySQL或者其他数据源的差异情况,如果是主从环境可是用percona-toolkit工具包,如果是非主从环境的数据比对,就需要我们自行写脚本实现。...data_diff用于比对mysqlmysql/pg/es之间的数据差异,mysql2mysqlmysql2pg需要确保二者的列的顺序是一致的,mysql2es二者的列顺序无所谓。...说明mysql2mysql 用于源端和目标端都是MySQL的数据比对场景。mysql2pg 用于源端是MySQL,目标端是PG的数据比对场景。...mysql2es 用于源端是MySQL,目标端是ES的数据比对场景。它会将差异的es id输出到redis queue中。...redis==3.5.3性能step为1000时,每秒大约可以比对2.5k条记录不足mysql2pg的脚本,不能处理bit类型,会出现误判的情况mysql2pg的脚本,暂时不具备where条件的功能,

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    mysql语句和sql语句的区别_mongodb和mysql区别

    MySQL和SQL之间的区别有哪些?很多PHP的初学者,对MySQL,MyAdmin和SQL有什么区别并不是很清楚?下面就带领大家来学习一下MySQL和SQL之间的区别。...二:什么是MySQL MySQL是一个全球流行的数据库,也是一个可以处理数据库的管理系统(RDBMS)。...MySQL支持当前的SQL标准,此外,MySQL以各种SQL模式运行,例如ANSI,STRICT TRANS TABLES,TRADITIONAL。...三:MySQL和SQL之间的区别 两者最大的区别就是MySQL是开源,但是两者都是关系型数据库,目前有很多人使用这两种数据库,具体请看以下图: 结论: SQL是一种用于操作数据库的语言 MySQL是市场上第一个可用的开源数据库之一...SQL用于访问,更新和操作数据库中的数据 MySQL是一种RDBMS,它允许保持数据库中存在的数据 SQL是结构化查询语言 MySQL是一个使用MYSQL存储,检索,修改和管理数据库的RDBMS SQL

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    Mysql和Oracle的区别

    主键: MySql一般使用自动增长类型,在创建表的时候只要指定表的主键为auto increment,插入记录时就不需要再为主键添加记录了,主键会自动增长。...Oracle中没有自动增长,主键一般使用序列,插入记录时将序列号的下一值付给该字段即可,只是ORM框架只是需要native主键生成策略即可。...•分页查询: 这个应该是两者最明显的区别了,很多人都知道MySql中分页很简单,因为他有专门的关键字limit来实现分页查询; 但是Oracle里面没有这种关键字来实现分页查询的,所以它实现起来就比MySql...各种方法的区别: 1.数据类型 Oracle中的整型,number(),字符串类型,varchar2() MySQL中的整型,int(),字符串类型,varchar() 2.日期 Oracle中的日期,...MySQL中的日期,date(),time(),timedate(),timestamp(),Year() 3.空值 MySQL中的null值处理,用ifnull(),一般用法ifnull(comm,0

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    mysql和redis的区别

    1.mysql和redis的数据库类型 mysql是关系型数据库,主要用于存放持久化数据,将数据存储在硬盘中,读取速度较慢。...redis是NOSQL,即非关系型数据库,也是缓存数据库,即将数据存储在缓存中,缓存的读取速度快,能够大大的提高运行效率,但是保存时间有限 2.mysql的运行机制 mysql作为持久化存储的关系型数据库...5.redis和mysql区别总结 (1)类型上 从类型上来说,mysql是关系型数据库,redis是缓存数据库 (2)作用上 mysql用于持久化的存储数据到硬盘,功能强大,但是速度较慢 redis...排行榜、计数器、消息队列推送、好友关注、粉丝 首先要知道mysql存储在磁盘里,redis存储在内存里,redis既可以用来做持久存储,也可以做缓存,而目前大多数公司的存储都是mysql + redis...,在有限的条件下不能把所有数据都放在redis; 3、mysql偏向于存数据,redis偏向于快速取数据,但redis查询复杂的表关系时不如mysql,所以可以把热门的数据放redis,mysql存基本数据

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    MySQL各版本的区别

    什么是MySQL企业版(MySQL Enterprise)?   ...MySQL企业级系统监控工具,它可以提供监控和自动顾问服务,以此来帮助您消除安全上的隐患、改进复制、优化性能等。     MySQL技术支持,可以使您最棘手的技术问题得到快速解答。     ...为了更好的了解MySQL企业版和社区版之间的区别,可以在下面的表格中得到信息:      如果您的业务符合以下任何一个需求特征,那么推荐您采用MySQL企业版解决方案: ?...MySQL网络版在网络和企业部署功能、排错功能、技术和产品支持、升级更新、享有MySQL知识库、直接得到MySQL开发人员指导等方面,都是MySQL社区版所没有的。...MySQL Cluster 2台以上 mysql集群服务器   MySQL Workbench有两个版本:     MySQL Workbench Community Edition(又叫MySQL Workbench

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    MYSQL和SQL的区别

    它的设计允许管理RDBMS中的数据,例如MYSQL。SQL语言还用于控制数据访问以及数据库模式的创建和修改。 什么是MYSQLMySQL是在90年代中期开发的,是市场上第一个可用的开源数据库之一。...MySQL使用SQL语言来查询数据库。 现在让我们看看SQL和MySQL之间的区别 同样是数据库 SQL和MySQL区别是什么?...SQL和MySQL之间的区别 参数SQLMYSQL定义SQL是结构化查询语言。管理关系数据库很有用。MySQL是一个RDBMS tostore,使用SQL检索,修改和管理数据库。...MySQL是数据库软件。它使用“SQL”语言来查询数据库。支持连接器SQL不提供连接器。MySQL提供了一个名为“MySQL workbench”的集成工具来设计和开发数据库。...SQL是结构化查询语言 MySQL是一个使用MYSQL存储,检索,修改和管理数据库的RDBMS SQL是一种查询语言,而MYSQL是数据库软件 版权声明:本文内容由互联网用户自发贡献,该文观点仅代表作者本人

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    MySQL和MongoDB的区别

    什么是 MySQL 和 MongoDB MySQL 和 MongoDB 是两个可用于存储和管理数据的数据库管理系统。MySQL 是一个关系数据库系统,以结构化表格格式存储数据。...MySQL 使用 GPL 协议,使得任何人均可以免费使用 MySQL 并且可以对其进行代码修改。...主要区别 MySQL 是一个关系数据库管理系统,MongoDB 则是一个 NoSQL 数据库系统。MySQL 使用 SQL,大多数开发人员都有这方面的经验。...灵活性 作为关系数据库管理系统,MySQL 的结构比 MongoDB 更严格。MySQL 使用固定架构,将数据整理成行和表。必须将数据结构化并放入表格系统中才能使用 MySQL。...应用场景 MySQL 和 MongoDB 适合不同的应用场景,以下是一些主要的例子: MySQL 适合以下场景: MySQL 中的数据存储格式使其适用于数据仓库和在线分析处理。

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