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撰写PBS脚本向超算服务器提交作业任务

本文介绍在Linux服务器中，通过PBS（Portable Batch System）作业管理系统脚本的方式，提交任务到服务器队列，并执行任务的方法。 ...ls 接下来，基于如下代码创建PBS脚本，我在这里将其命名为py_task.pbs；其中，.pbs就是PBS脚本文件的固定拓展名。后续我们向PBS系统提交任务时所用的脚本，就是这个文件。.../bin/bash #PBS -N py_task #PBS -q rtlab1_4 #PBS -l nodes=1:ppn=4 #PBS -l walltime=00:30:00 #PBS -o /data1.../bin/bash #PBS -N py_task #PBS -q rtlab1_4 #PBS -l nodes=1:ppn=1 #PBS -l walltime=12:00:00 #PBS -o /data1...qsub py_task.pbs 上述代码会将我们前述编辑好的PBS脚本文件py_task.pbs提交到PBS作业调度系统中，并开始等待系统分配资源，从而执行作业。

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NSCC集群使用笔记

使用创建一个后缀为pbs的任务文件 task.pbs： #l/bin/bash #PBS -q normal #PBS -l select=1:ngpus=4 #PBS -P personal-username.../task.pbs 完了后会返回 jobid，假设是 123456.pbs101 查看任务的申请情况 qstat -f 123456.pbs101 申请成功的话会输出一堆信息，重要的如下：...PBS_O_SHELL=/bin/bash, PBS_O_HOST=asp2a-login-nus01.head.cm.asp2a.nscc.sg, PBS_O_WORKDIR...=/home/users/nus/username/code, PBS_O_SYSTEM=Linux,PBS_O_QUEUE=normal,nvidia_group_id=31...环境变量: export PBS_JOBID=123456.pbs101 连接到节点 ssh x1022c1s3b31 连接成功后环境安装推荐使用 singularity，集群里有提供 pytorch

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Centos7安装-多节点Torque

PBS的目前包括openPBS, PBS Pro和Torque三个主要分支. 其中OpenPBS是最早的PBS系统, 目前已经没有太多后续开发,PBS pro是PBS的商业版本, 功能最为丰富....torque主要由三个主要部件组成： PBS服务守护进程： pbs_server 负责接收作业提交，位于服务节点 PBS调度守护进程： pbs_sched 负责调度作业，位于服务节点 PBS MOM...#将master节点下torque-6.1.1.1的torque-package*文件copy到salve1节点torque6中 $scp torque-package-{mom,clients}-linux-x86.../torque-package-clients-linux-x86_64.sh --install $..../torque-package-mom-linux-x86_64.sh --install #创建/var/spool/torque/mom_priv/config文件 $vi /var/spool

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CONQUEST 编译安装指南 Slurm 篇

作业属性：通过命令行参数传递给 qsub 命令；在 PBS 脚本中以 #PBS 方式指定。...脚本 PBS 脚本本质上是一个 Linux shell 脚本，在 PBS 脚本中可以用一种特殊形式的注释（#PBS）作为 PBS 指令以设定作业属性。...echo "Now the Grid.GridCutoff is " $i cq done unset echo Slurm 简介与安装 Slurm 任务调度工具（前身为极简 Linux...资源管理工具，英文：Simple Linux Utility for Resource Management，取首字母，简写为 SLURM），或 Slurm，是一个用于 Linux 和 Unix 内核系统的免费...free,slurmstate=idle,size=0kb:0kb,ncpus=128,boards=1,sockets=2,cores=64,threads=1,availmem=1mb,opsys=linux

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Debian10安装roxmox Backup Server备份软件

和PVE一样，PBS本身有安装ISO，也可以在debian linux上直接安装。...版本需要6.3以上，否则没法在GUI界面直接集成PBS。...下面是在debian10上面安装pbs并集成到pve的简要步骤。安装PBS服务器和客户端 1....最后在PVE里面加载PBS存储之后就可以在pve的管理界面添加pbs到存储了。还需要来自PBS服务器的指纹 5. 创建备份计划之后就和以前备份一样，只是换了存储。...按照官方的说法，PBS支持增量备份，所以不用向以前那样每次都全量备备份，可以大大节约时间和带宽。此外PBS可以在存储层进行精简去除重复数据，降低磁盘使用量。

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《Python分布式计算》第6章超级计算机群使用Python （Distributed Computing with Python）典型的HPC群任务规划器使用HTCondor运行Python任务

HTCondor机群交互的方法是使用Distributed Resource Management Application API (DRMAA)，它内置于多数HTCondor安装包，被打包成一个共享库（例如，Linux...例如，我们可以进行一些试验，我们请求运行64位Linux、大于64GB内存的机器，倾向于快速机器： Requirements = (Target.Memory > 64) && (Target.Arch...== "X86_64") && (Target.OpSys == "LINUX") Rank = Target.KFlops 笔记：对于Requirements和Rank的可能的值，你可以查看附录A...这些指令的Windows批处理脚本形式是#PBS 或 REM PBS （例如，#PBS -q serial or REM PBS –q serial）。...一些设定了提交任务的账户的环境，它们的名字通常是PBS_0开头（例如，$PBS_O_HOME或$PBS_O_PATH）。其它是专门用于任务的，如$PBS_TMPDIR。

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「工具」sync-deploy - 让远程命令操作更简单

sync-deploy工具集是我 2017 年在解决这样的问题以及远程部署 PBS 计算任务不便时开始写，其实质是一堆 shell 脚本。...后面我又增加了一系列的功能，包括：增加主机、切换主机，批量生成（PBS）脚本等。只要系统可以执行 shell，基本都能用这个工具，因为它的实现基本就是对 ssh 和 scp 的封装。...如果ssh服务还没有开启，请参考https://www.linuxidc.com/Linux/2015-01/112045.htm解决。...任务计算 sync-template 新建PBS任务模板 sync-deploy 部署PBS计算任务 sync-check 检查PBS任务状态 sync-qgen PBS脚本批量生成 sync-qsub...提交目录内的所有 PBS 脚本

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我国首次实现Pbs级光传输，一根光纤可供300亿人同时通话

这次实验中采用的传输介质是一种单模19芯的特种光纤，能够达到1秒之内传输约130块1TB硬盘所存储的数据。

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芯片加上测序再结合qPCR应该是很保险了吧

acc=GSE145894 GSM4338969 Xenograft PBS 1-circRNA seq GSM4338970 Xenograft PBS 2-circRNA seq GSM4338971...Xenograft PBS 3-circRNA seq GSM4338972 Xenograft 5-Fu 1-circRNA seq GSM4338973 Xenograft 5-Fu 2-circRNA...seq GSM4338974 Xenograft 5-Fu 3-circRNA seq 作者将富集 EBVaGC 干细胞第四代 5-Fu 处理和 PBS 处理的异体移植瘤组织进行环状 RNA 高通量测序...：第1阶段：把linux系统玩得跟Windows或者MacOS那样的桌面操作系统一样顺畅，主要目的就是去可视化，熟悉黑白命令行界面，可以仅仅以键盘交互模式完成常规文件夹及文件管理工作。...第6阶段：软件安装及conda管理，让linux系统实用性放飞自我。

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毅硕HPC | OpenPBS构建高效稳定的HPC作业调度环境

PBS_START_SERVER=1#本机是否充当PBS主机，是的话改1，子节点改0PBS_START_SCHED=1#本机是否充当PBS任务调度器，通常只在主机上用，子节点成0PBS_START_COMM...：sudochmod4755/opt/pbs/sbin/pbs_iff/opt/pbs/sbin/pbs_rcp启动PBS：sudo/etc/init.d/pbsstart若提示PBSDataServiceuserpostgresdoesnotexist...=主节点名字PBS_START_SERVER=0#本机是否充当PBS主机，是的话改1，子节点改0PBS_START_SCHED=0#本机是否充当PBS任务调度器，通常只在主机上用，子节点改成0PBS_START_COMM.../pbs/libexec/pbs_postinstall#设置文件权限sudochmod4755/opt/pbs/sbin/pbs_iff/opt/pbs/sbin/pbs_rcp#启动pbssudo/.../bin/bash#PBS-NMyFirstHPCJob#PBS-lnodes=1:ppn=1#PBS-qhpc#PBS-joe#PBS-o/home/hpcuser/pbs_test.logecho"

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QOS面试总结第二篇

（1）双桶双速是有两个速度的（cir和pir），系统使用cir（承诺信息速率）朝着cbs（承诺突发尺寸）注入令牌；使用pir（峰值信息速率）朝pbs（峰值突发尺寸），当有数据经过这两个桶时，先检查pbs...再检查cbs： 1、如果两个都够，从两个桶取出相应的令牌，然后标记成 green. 2、如果pbs够，cbs不过则从pbs取走相应的令牌并且标记成 yellow. 3、如果两个都不够就marker...2、路由器上使用的时候，是配置限速百分比， switch上的话是针对接口的所有流量进行限速，配置一个要限制的数值问题5：linux 也可以使用一些软件实现qos 那这个是不是基于软件呢？...答：Linux是软件队列，但是他是基于电脑的CPU来执行，性能会比较差。问题6：linux也可以做路由器，那我们为什么还需要专业的路由器？...因为Linux如果要做路由器的话，需要使用相应的软件来实现，在Linux上使用软件来实现路由功能时，需要使用到CPU资源，这样一方面消耗CPU，一方面转发效率低。

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matplotlib的backend浅析

举个例子，如果你的TorqueServer的配置文件如下： #PBS -N v_test_60k #PBS -o /home/yunfeng/logs/v_test_60k.out #...PBS -e /home/yunfeng/logs/v_test_60k.err #PBS -l nodes=1:gpus=2:D #PBS -r y cd $PBS_O_WORKDIR...echo Time is `date` echo Directory is $PWD echo This job runs on following nodes: cat $PBS_NODEFILE...-N v_test_60k #PBS -o /home/yunfeng/logs/v_test_60k.out #PBS -e /home/yunfeng/logs/v_test..._60k.err #PBS -l nodes=1:gpus=2:D #PBS -r y cd $PBS_O_WORKDIR echo Time is `date` echo Directory

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性能优化总结（六）：预加载、聚合SQL应用实例

本次重点在于红线框住部分： Project：表示一个建设项目； ProjectPBS：一个项目下包含的很多PBS； PBSPropertyValue：一个PBS我们可以为它设置多个值，每一个值对应一个PBSType...当用户点击其中某个项目时，系统开始获取它下面的PBS，并显示在项目PBS页签下。这里的PBS有很多个，如果使用原有的LazyLoad的模式的话，必然造成多次的远程连接。...); foreach (var pbs in list.OrderBy(pbs => pbs.OrderNo)) { this.Add(pbs);...(@" select {0}, {1}, {2} from PBS pbs left outer join PBSProperty p on pbs.Id = p.PBSId left...所以我们在这里使用这样的策略：先正常显示PBS的列表，然后开始使用后台线程预加载所有PBS的属性。当数据没有加载好时，用户选择某个PBS，同样使用原来的模式，远程获取该PBS下的属性列表。

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性能优化总结（三）：聚合SQL在GIX4中的应用

如： /// PBS.Id as PBS_Id, PBS.Name as PBS_Name, ........ /// /// public...= string.Format(@" select {0}, {1}, {2} from PBS pbs left outer join PBSProperty p on pbs.Id =...最后生成的SQL语句如下： select pbs.pid as pbs_pid, pbs.pbstypeid as pbs_pbstypeid, pbs.code as pbs_code, pbs.name...as pbs_name, pbs.description as pbs_description, pbs.orderno as pbs_orderno, pbs.id as pbs_id, p.pbsid...PBS>, IDisplayModel { public static PBS GetChild_With_Properties(PBS pbs, IGTable subTable)

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优化OEA中的聚合SQL

=> option.LoadChildren(pbs => pbs.PBSBQItems), pbsTypeId ); 这样就生成了如下SQL： SELECT pbs0.pid as...PBS_pid, pbs0.pbstypeid as PBS_pbstypeid, pbs0.code as PBS_code, pbs0.name as PBS_name, pbs0.fullname...as PBS_fullname, pbs0.description as PBS_description, pbs0.pbssubjectid as PBS_pbssubjectid, pbs0.orderno...as PBS_orderno, pbs0.id as PBS_id, pbsbqi1.pbsid as PBSBQItem_pbsid, pbsbqi1.code as PBSBQItem_code,...AS pbs0 LEFT OUTER JOIN PBSBQItem AS pbsbqi1 ON pbsbqi1.PBSId = pbs0.Id WHERE pbs0.PBSTypeId = '

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培养细胞单细胞悬液制备

人培养细胞示意图材料和试剂耗材实验流程贴壁细胞：将培养细胞用0.25 % ~ 5 % 胰蛋白酶消化1 ~ 5 min（根据室温情况而定），至光镜下见到贴壁细胞间出现筛状间隙为止，弃去消化液，加 PBS...弃上清，加pH 7.4的PBS液5~8 mL，低速短时离心，800~1000 r/min 离心3~5 min；重复 2~3次，以去除细胞悬液中的细胞碎片。加少许PBS液，将沉淀细胞轻轻吹打均匀。...脱落细胞：细胞洗脱到10 mL PBS液中，1500 rpm，5 min离心后，再用PBS液洗2次，800 rpm，离心2 min，弃上清；再加入PBS液5 mL，以300目尼龙滤网过滤，离心沉淀去上清...；加少许PBS液混匀沉淀细胞，加固定液或低温保存备用。

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搭建 WPF 上的 UI 自动化测试框架

测试人员会在 UIA 相应的工程中加入某个模块的 UIA 测试类，例如下图中的 PBS模板.cs 就是这个模块对应的测试： ?...其对应的代码如下： class PBS模板 : GIX4测试用例 { protected override void 运行() { 打开当前测试模块("模板管理.PBS模板...添加记录", 添加记录窗口 => { 属性编辑器("编码").输入("AutoTest01"); 属性编辑器("名称").输入("自动化测试-PBS...树>>>>>等待对树当前行的支持<<<<< 进入页签("PBS", PBS页签 => { 树型操作按钮通用测试(); 保存...修改", 修改窗口 => { 属性编辑器("编码").输入("AutoTest01-1"); 属性编辑器("名称").输入("自动化测试-PBS

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性能优化总结（二）：聚合SQL

后面可能会继续使用此例，现大致对其进行解释：其中，PBSType表示一套PBS模板/类型，一套模板由许多PBS组成。...PBS是Project Breakdown Structure的简称，用于对某一个项目进行分解，这里面一个PBS对象的实例其实只是结构中的一项，应该在后面加上Item，不过公司的人都习惯了，所以就延用这个命名...//lazily load a pbs list. data access occurs....模板下的PBS对象列表。...对应的，集合对象的一次性加载，要完成对数据的一次性加载，生成类似以下的SQL： select * from PBSType t left outer join PBS on t.Id = PBS.PBSTypeId

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人-胃癌旁组织悬液制备

细胞悬液过30 μm筛于离心管中，离心管置于冰上，用预冷的PBS/BSA 0.04 %冲洗滤膜，并同时添加预冷的0.04 % PBS/BSA至总体积为10 mL。...2 min后，加入5 mL预冷的PBS/BSA 0.04 %中和； 4℃，350 g离心5 min，去除上清，加入0.04 %预冷的PBS/BSA至10 mL。...在冰上，用100 µL预冷的0.04 % PBS/BSA重悬细胞悬液，采用台盼蓝或荧光计数法对细胞数量和活性进行检测。结果展示所获细胞悬液：活率大于90 %，结团率低，背景干净。

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细胞凋亡检测方法有哪些？常用的细胞凋亡检测实验步骤 | MCE

加入 1 mL 预冷的 PBS 轻轻重悬, 1000 ×g 离心 5 分钟，弃上清。对于贴壁细胞: 用 PBS 清洗细胞并加入胰蛋白酶 (不含 EDTA) 以分离细胞。...用 PBS (1×) 洗涤 2 次：加入 2 mL PBS (1×) 重悬细胞，400 ×g 4℃ 离心 3-4 分钟，沉淀细胞，弃上清。5. 用 500 μL 的 PBS (1×) 重悬细胞。6....(3) 洗涤：加入 PBS 洗涤 2 次，每次 5 分钟。轻轻弃去 PBS，并用滤纸吸去多余的液体。(4) 通透：加入通透液室温孵育 5 分钟。...(5) 洗涤：加入 PBS 洗涤 2 次，每次 5 分钟。轻轻弃去 PBS，并用滤纸吸去多余的液体。注：贴壁细胞/石蜡切片/冰冻切片样品处理方法见 MCE 产品说明书。2....(2) 加入 PBS 洗涤 3 次。加入 250-500 μL PBS 充分悬浮细胞。(3) 用流式细胞仪检测或涂片后在荧光显微镜下观察。

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撰写PBS脚本向超算服务器提交作业任务

NSCC集群使用笔记

Centos7安装-多节点Torque

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芯片加上测序再结合qPCR应该是很保险了吧

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