由于PySCF程序更新较为频繁，不少小伙伴反映按照本公众号之前发过的离线安装教程《离线安装PySCF程序（1.5及更高版本）》经常会出现编译无法通过等问题，因此再次更新一下安装教程。...关于PySCF更多特点介绍请见 https://github.com/pyscf/pyscf/blob/master/FEATURES 注意PySCF联网在线安装只需pip install pyscf一行命令即可...下载 先到GitHub网站下载PySCF压缩包 https://github.com/pyscf/pyscf/releases 此处我们以1.7.6版本为例，下载压缩包pyscf-1.7.6.tar.gz...解压，进入lib目录 tar -zxf pyscf-1.7.6.tar.gz cd pyscf-1.7.6/pyscf/lib 打开此目录下的CMakeLists.txt文件，搜索URL或GIT_REPOSITORY...5.安装PySCF 我们回到本文一开始提到的pyscf-1.7.6/pyscf/lib目录，再次打开CMakeLists.txt文件，找到第一个# set(BLAS_LIBRARIES"-L/这一行，在此处删除注释符号
本公众号之前已发过《离线安装PySCF程序》一文，可在“文章分类->软件教程->PySCF”中查看。...现更新适用于PySCF 1.5及之后版本的安装教程。.../pyscf 注意官方安装教程中的xcfun-stable-1.x.zip对于PySCF 1.5或更高版本已不再适用，需要去xcfun官网下载更新的xcfun-master。...mv pyscf-master pyscf-1.5.4 最后一步也可以不改文件夹名称，纯粹是个人习惯。...安装PySCF cd pyscf-1.5.4/pyscf/lib 打开这里的CMakeLists.txt文件，找到第一个#set(BLAS_LIBRARIES一行，在此处删除注释符号“#”，更改mkl库路径为当前系统下的
PySCF联网在线安装只需pip install pyscf一行命令即可，能联网的建议通过联网安装。本文介绍的是离线安装步骤，适合不允许联网或很难联网的内部节点。...1.下载 先到官网下载PySCF压缩包 https://github.com/pyscf/pyscf/releases 本文以2.1.1版为例，但安装过程对目前所有2.x版均适用。...下载得到pyscf-2.1.1.tar.gz。...解压，进入lib目录 tar -zxf pyscf-2.1.1.tar.gz cd pyscf-2.1.1/pyscf/lib 打开此目录下的CMakeLists.txt文件，搜索URL或GIT_REPOSITORY...几个库的tar.gz压缩包和解压出来的文件夹都可以删了，保留cint_and_xc文件夹即可. 5.安装PySCF 我们回到本文一开始提到的pyscf-2.1.1/pyscf/lib目录，再次打开CMakeLists.txt
PySCF作为一款免费、开源的量子化学程序，如今已有众多用户。...本公众号上发表过许多相关的安装和使用教程，例如 《PySCF程序包平均场计算的一些收敛技巧》(由孙启明本人撰写) 《离线安装PySCF-1.7.6》 《离线安装PySCF-2.x》 若能较方便地将PySCF...PySCF传轨道给BDF from pyscf import gto, scf from py2bdf import py2bdf mol = gto.M(atom=''' O -0.49390246...PySCF传轨道给Dalton from pyscf import gto, scf from py2dalton import py2dalton mol = gto.M(atom=''' O -...PySCF传轨道给OpenMolcas from pyscf import gto, scf from py2molcas import py2molcas mol = gto.M(atom='''
PySCF程序包平均场计算的一些收敛技巧 平均场计算是 PySCF 程序包里优化得比较并全面的模块之一。...同时 PySCF 提供了大量的辅助功能来帮助平均场计算收敛。以下我们通过一些例子来演示在 PySCF 里收敛平均场计算的技巧。 以下的例子在 PySCF-1.5 以上发行版均可使用。...此时，就需要对 PySCF 的初始猜测进行调整。PySCF 支持构造好一个密度矩阵，然后传给平均场对象作为初始猜测进行计算。...更多初始猜测的例子参见 PySCF 源代码提供的例子 https://github.com/pyscf/pyscf/blob/master/examples/scf/14-restart.py 和 https...://github.com/pyscf/pyscf/blob/master/examples/scf/15-initial_guess.py 二阶收敛方法 PySCF 提供了二阶收敛方法。
Block-1.5一般结合PySCF使用，可以进行DMRG-CASCI，DMRG-CASSCF和DMRG-SC-NEVPT2等计算。...在PySCF中设定Block-1.5路径 若读者尚未安装PySCF，请见文末相关链接，自行安装。...若读者安装的是PySCF-1.7.6，那就进入pyscf/pyscf/dmrgscf/目录；若安装的是PySCF-2.x和dmrgscf插件，那就进入dmrgscf/pyscf/dmrgscf/目录。...注意目标目录可能随下载包来源的不同而不同，例如也有可能叫dmrgscf-master/pyscf/dmrgscf/。...测试 PySCF与Block-1.5联用的输入文件示例见dmrgscf/examples/目录。
目前，通过内置或非内置的形式可以做XYG3型泛函计算的程序包括但不限于：Q-Chem, Gaussian, PySCF, FHI-aims, ORCA, ......下面我们介绍一下使用Gaussian和PySCF做XYG3型泛函计算的方法。...使用PySCF 尽管PySCF没有内置任何的双杂化泛函，但是只要熟悉双杂化泛函的逻辑，就能利用PySCF写出几行代码的XYG3运行脚本，这在PySCF的一个issue中有详尽的讨论： https://github.com.../pyscf/pyscf/issues/911 例如一个非冻核的XYG3计算： from pyscf import gto, dft, mp def get_energy_xDH(mol: gto.Mole
其中Gaussian、CRYSTAL和PySCF的结果是笔者算的，MPQC的结果来自文献[1]，未给出Gap和 \vec{k} 采样信息。...Gaussian CRYSTAL PySCF MPQC 总能量/(a.u.) -75.34302 -75.34286 -75.34170 -75.34296 Gap/eV 12.20 12.25 13.06...PySCF稍有差别，可能是 \vec{k} 采样没收敛导致的。更密的 \vec{k} 会算很久，就先不做了。 简单讨论一下PBC-HF的理论。...VASP 下面是Gaussian, CRYSTAL和PySCF三者的PBC-HF随 \vec{k} 的变化，将看到和上文的分析是一致的。...-75.33561-75.341705秒100分钟9小时3天 注意PySCF的HF必须使用density fitting，此处使用的是MDF方法。
PySCF PySCF的输入文件示范如下 from pyscf import gto, scf, lo from pyscf.tools import molden mol = gto.M() mol.atom...PySCF支持对指定的某些轨道做局域化，十分灵活，更多实例可去pyscf/examples/local_orb目录下找。...可能有读者对96这个数字有疑问，对于6-31G(d)基组，高斯默认采用Cartesian型6D，而PySCF默认采用球谐型5D，因此这里PySCF算的轨道和基函数均只有96个，而在高斯里有102个（每个...若想在PySCF中也使用Cartesian型基函数，则需在基组后加上一行mol.cart = True。...注意：对于PySCF-1.6.4之前的版本，在使用Cartesian型时，输出的molden文件内容有误，需用1.6.4（含）之后的版本。 3.
与多个电子结构程序有接口：QE，VASP，Wien2K，PySCF等。Wannier90既可以独立运行，也可以作为库使用（注意lib模式使用时只能串行）。...[2][3][5] pyWannier90 pyWannier90是PySCF和Wannier90的接口，调用Wannier90（lib模式），由PySCF计算的轨道生成MLWF。...pyWannier90需要先安装好pybind11和PySCF。...import lib from pyscf.pbc import gto, scf from pyscf.pbc.tools import pywannier90 #--------------...更精细的用法可参阅pyscf/pbc/tools/pywannier90.py源代码及Wannier90手册。
因此，在发布OpenFermion的同时，Google也推出了OpenFermion-Psi4和OpenFermion-PySCF插件，可以将OpenFermion和经典的电子结构软件包Psi4、PySCF...研究者用OpenFermion-Psi4或OpenFermion-PySCF插件来执行可扩展的经典计算，为量子计算提供最佳基础。...OpenFermion-Psi4 https://github.com/quantumlib/OpenFermion-Psi4 Psi4 https://github.com/psi4/psi4 OpenFermion-PySCF...https://github.com/quantumlib/OpenFermion-PySCF PySCF https://github.com/sunqm/pyscf OpenFermion-ProjectQ
开源程序PySCF支持ROHF/RODFT的轨道优化二阶算法，且支持波函数稳定性检验，是目前几乎最强大的RO方法计算程序。这里的描述为笔者个人经过大量计算经验总结得出，不代表任何读者或软件官方的观点。...可能很多读者不熟悉用PySCF做这种计算，这里展示一个详细的输入文件脚本 from pyscf import gto, dft, lib from mokit.lib.py2fch_direct import...fchk()是MOKIT的一个模块，用于在PySCF计算结束后导出fch文件。 若读者尚未进行任何Spin-flip计算，或计算中途遇到RODFT SCF不收敛，建议采用上述任一程序进行计算。...上面已经展示过如何使用PySCF进行RODFT计算并检验波函数稳定性，但读者碰到的情况可能更多是手上已有一个波函数文件，但未检验稳定性。...相关阅读 离线安装PySCF-2.x 利用MOKIT从Gaussian向其他量化程序传轨道 利用MOKIT从PySCF向其他量化程序传轨道
而PySCF、OpenMolcas和Molpro软件分别由python、pymolcas和molpro命令运行，无需告诉MOKIT它们的位置。...例如要做NEVPT2计算，automr默认调用PySCF程序做NEVPT2。若用户指定关键词NEVPT2_prog=molpro，则显然需要安装Molpro软件。...总的来说，用户应当至少安装Gaussian、PySCF和GAMESS这三个量化软件。automr程序默认调用的都是每个量化软件最快或最稳健的功能，一般无需更改。...DMRG-CASSCF(4,4) using program pyscf doubly_occ= 3 nvir= 17 No. of active alpha/beta e = 2/2 E...另外，若计算中检测到活性空间超过(14,14)，automr会将CASSCF自动切换为DMRGSCF，CASSCF-NEVPT2自动切换为DMRG-NEVPT2（假定用户已经安装好了PySCF和Block
对于包目录，红色边框表示包具有C/Cython扩展，而阴影表示存在外部依赖项，对于QCModel是可选的，对于pcetk和pySCF是强制的。...目前包括pcetk(它使用pcetk工具包，使用连续静电模型计算蛋白质中的质子结合能和质子化状态)、pyCPR(它用于定位过渡状态和反应路径的共轭峰值细化算法的Python实现)和pyscf(类似于上述...DFTB+和ORCA程序的方式提供到pyscf QC程序的接口)。
另外，开源免费的PySCF程序也支持MP2和CCSD非弛豫密度和对应的自然轨道，不过它的Python语句其实是自己写公式算，而非简单的一两个关键词。...这里我们举一例输入文件 from pyscf import gto, scf, mp import numpy as np mol = gto.Mole() mol.build( atom =
也支持从PySCF程序直接导出相关文件。...假设读者已在PySCF中做完了一个SCF计算，结果保存在mf对象中，在.py脚本中添加以下两行 from mokit.lib import py2amesp py2amesp(mf, aipname=
而调用其他的程序(如PySCF)的时候也需要读懂程序的接口，这种方式也不是很方便，门槛也高。
下期预告：使用PySCF+dh做XYG3优化任务和二阶梯度性质计算。
我们曾经推送过两篇关于如何在Gaussian、PySCF、ORCA中实现XYG3泛函的计算。
通过部署PySCF，研究人员可以得到分子高质量的量子力学性质。与传统的量子力学分子数据库相比，该数据库中的分子含有的原子数目更多，种类更丰富，并且量子力学的性质更精确。
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